Создание бивалентной вакцины против SARS-CoV-2 и гриппа с использованием новой технологической платформы

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 21-75-30003

НазваниеСоздание бивалентной вакцины против SARS-CoV-2 и гриппа с использованием новой технологической платформы

Руководитель Исакова-Сивак Ирина Николаевна, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Институт экспериментальной медицины" , г Санкт-Петербург

Конкурс №53 - Конкурс 2021 года по мероприятию «Проведение исследований научными лабораториями мирового уровня в рамках реализации приоритетов научно-технологического развития Российской Федерации» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-403 - Медицинская микробиология и вирусология

Ключевые слова Векторные вакцины, SARS-CoV-2, вирус гриппа, генная инженерия, живая гриппозная вакцина, иммунный ответ, клеточные технологии, технологическая платформа

Код ГРНТИ76.03.41

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
В связи с глобальным распространением нового коронавируса SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19 в 2020 году, а также угрозы возникновения сочетанных вирусных инфекций (в первую очередь COVID-19 и гриппа), создание безопасных и эффективных средств специфической профилактики и терапии наиболее актуальных вирусных инфекций является приоритетной задачей практического здравоохранения. Настоящий проект направлен на создание векторной вакцины против нового коронавируса SARS-CoV-2, используя в качестве вирусного вектора аттенуированные вирусы гриппа, которые являются основой отечественной живой гриппозной вакцины (ЖГВ), широко применяющейся в клинической практике для профилактики гриппа у детей старше трех лет и у взрослых без ограничения возраста. Использование такого вектора позволит сочетать кампании по вакцинации от гриппа и от новой коронавирусной инфекции, что существенно снизит затраты на вакцинацию, а также снизит нагрузку на органы здравоохранения. Вакцинные штаммы для живой гриппозной вакцины типа А базируются на основе холодоадаптированного донора аттенуации А/Ленинград/134/17/57 (Лен/17), для которого ранее были установлены механизмы аттенуации, а также детально изучен вклад каждой аттенуирующей мутации в проявление свойств безвредности и иммуногенности вакцинного вируса. В ходе реализации гранта РНФ Президентской программы исследовательских проектов №17-75-20054 «Конструирование поливалентной вакцины против ОРВИ различной этиологии» нами была создана панель рекомбинантных вирусов гриппа, несущих перспективные эпитопы других респираторных вирусов. Для таких вакцин была показана иммуногенность и защитная эффективность в отношении вируса-вставки и вируса гриппа. Заявляемый проект является логическим продолжением успешно завершенного в 2020 году указанного выше гранта РНФ. Важным этапом разработки векторной вакцины от SARS-CoV-2 является выбор его ключевых антигенов для встраивания в вирусный вектор. На основе Spike-белка создаётся большинство рекомбинантных и векторных вакцин против COVID-19. Такие вакцины направлены преимущественно на выработку гуморального (антительного) иммунного ответа к основному антигену коронавируса. Однако не менее перспективными являются Т-клеточные эпитопы вируса SARS-CoV-2, поскольку Т-клеточный иммунный ответ является более кросс-протективным. Современные знания о механизмах формирования Т-хэлперного (CD4) и цитотоксического (CD8) ответа на продуктивную вирусную инфекцию позволяют разработать алгоритмы для оптимального отбора Т-клеточных эпитопов целевого патогена с учетом иммуногенетических особенностей представителей разных этнических групп. Поэтому одной из задач проекта является всесторонний анализ антигенных детерминант нового коронавируса для рационального дизайна полиэпитопных кассет, которые будут встраиваться в геном вакцинного штамма живой гриппозной вакцины. Научная новизна поставленных в проекте задач определяется не только разработкой новой векторной (адресной) системы доставки чужеродных антигенов в клетки-мишени, но и тем, что принципы выбора иммунодоминантных эпитопов целевых патогенов основаны на самых современных представлениях в области изучения патогенеза и иммуногенеза вируса SARS-CoV-2. Так, впервые будет применен фундаментальный комплексный подход по выбору перспективных В- и Т-клеточных эпитопов с учетом целевых путей презентации антигенов, их экспрессии внутри клеток-мишеней, виляния взаимного расположения эпитопов внутри полиэпитопных кассет, а также с учетом распространенности HLA аллелей среди жителей Российской Федерации. Впервые будет проведен детальный анализ способности вакцинных штаммов ЖГВ включать в свой геном чужеродные антигены, будут рекомендованы специфические участки вирусных генов для инкорпорирования полиэпитопных кассет, а также определен максимальный размер вставок, которые могут быть встроены в вирус без критических нарушений его биологических свойств. Будет изучено влияние встраиваемых полиэпитопных кассет на фенотипические свойства вакцинных штаммов, их генетическую стабильность, безвредность, иммуногенность и протективную активность на моделях лабораторных животных. Также в настоящем проекте впервые будут отработаны все условия для промышленного производства создаваемых векторных вакцин на основе штаммов живой гриппозной вакцины. Для этого будут проведены фундаментальные исследования, направленные на выяснение особенностей взаимодействия «вирус-клетка» на молекулярно-генетическом уровне, при этом будет исследован целый ряд клеточных линий млекопитающих различного происхождения. Одним из ключевых этапов разработки вакцинного препарата, предназначенного для массового применения в практике здравоохранения, является отработка процесса его промышленного производства. В настоящее время подавляющее большинство противогриппозных вакцин производится на развивающихся куриных эмбрионах, тогда как успешная платформа для создания векторных вакцин должна базироваться на клеточных технологиях, с возможностью быстрого масштабирования производства в условиях пандемии. Практическая новизна Проекта заключается в том, что по результатам проекта будут подобраны условия для создания безопасных и эффективных вакцинных штаммов, пригодных для промышленного производства на суспензионных клеточных культурах. Эта технология в будущем может быть применима для конструирования векторных вакцин против любых социально-значимых инфекций, что позволит спасти миллионы человеческих жизней. Важно отметить, что отработанные в настоящем Проекте условия для промышленного производства живых векторных вакцин будут являться универсальными и смогут быть перенесены на производство сезонной (как живой, так и инактивированной) гриппозной вакцины. Привлекаемая в качестве индустриального партнера крупнейшая отечественная биотехнологическая компания ЗАО «БИОКАД» обладает обширным опытом разработок в области создания и промышленного производства различных фармацевтических препаратов, вакцин и биомолекул, при этом основные производственные мощности компании сосредоточены на клеточных технологиях. Опыт компании в области перевода производства препаратов на суспензионные линии клеток млекопитающих, аттестации банков клеточных культур, проведении доклинических и клинических исследований обеспечит успешность реализации новой технологической платформы на практике.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Матюшенко В.А., Исакова-Сивак И.Н., Кудрявцев И.В., Гошина А.Д., Чистякова А.К., Степанова Е.А., Прокопенко П.И., Detection of IFNγ-Secreting CD4+ and CD8+ Memory T Cells in COVID-19 Convalescents after Stimulation of Peripheral Blood Mononuclear Cells with Live SARS-CoV-2 Viruses, Volume 13, issue 8, article number1490 (год публикации - 2021)
10.3390/v13081490

2. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Меженская Д.А., Influenza vaccine: progress in a vaccine that elicits a broad immune response Expert Review of Vaccines, Volume 20, issue 9, pages 1097-1112 (год публикации - 2021)
10.1080/14760584.2021.1964961

3. Киселева И.В., Ксенафонтов А.Д. COVID-19 Shuts Doors to Flu but Keeps Them Open to Rhinoviruses Biology, Volume 10, issue 8, article number 733 (год публикации - 2021)
10.3390/biology10080733

4. Киселева И.В., Ларионова Н.В. Influenza: A century of research Bentham Science Publisher, Sharjah, UAE, Bentham Science Publisher. DOI: 10.2174/97816810884401210101. ISBN: 978-1-68108-845-7 (Print). https://benthambooks.com/book/9781681088440/. ISBN: 978-1-68108-844-0 (Online). 2021, 202p. (год публикации - 2021)
10.2174/97816810884401210101

5. И.Н. Исакова-Сивак, В.А. Матюшенко, И.В. Кудрявцев, Е.А. Степанова, А.Д. Гошина, А.К. Чистякова, П.И. Прокопенко, И.А. Сычев, Л.Г. Руденко Новые методологические подходы для оценки Т-клеточного иммунного ответа к вирусу SARS-CoV-2 после естественной инфекции и вакцинации III ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ ФИЗИОЛОГОВ, БИОХИМИКОВ И МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ (Сочи, Дагомыс, 3–8 октября 2021).НАУЧНЫЕ ТРУДЫ. Том 2. – М.: Издательство «Перо», 2021. – 313 с., стр.206 (год публикации - 2021)

6. Исакова-Сивак И.Н., Матюшенко В.А., Кудрявцев И.В., Степанова Е.А., Гошина А.Д., Чистякова А.К., Прокопенко П.И., Сычев И.А., Руденко Л.Г. T-cell immune responses to live SARS-CoV-2 after natural infection and vaccination The Eight ESWI Influenza Conference, 4-7 December 2021, Abstract #279 (год публикации - 2021)

7. Исакова-Сивак И.Н., Матюшенко В.А., Степанова Е.А., Гошина А.Д., Чистякова А.К., Прокопенко П.И., Сычев И.А., Донина С.А., Меженская Д.А., Руденко Л.Г. Durability of antibody immune responses to SARS-CoV-2 after natural infection and vaccination The Eight ESWI Influenza Conference, 4-7 December 2021, Abstract #281 (год публикации - 2021)

8. Киселева И.В., Мустаева Т.А., Ксенафонтов А.Д. SARS–CoV–2 Invasion: What happens to other respiratory viruses? The Open Microbiology Journal, Том 16, e187428582206100. (год публикации - 2022)
10.2174/18742858-v16-e2206100

9. Соколов А.В., Исакова-Сивак И.Н., Грудинина Н.А., Меженская Д.А., Литасова Е.В., Костевич В.А., Степанова Е.А., Рак А.Я., Сычев И.А., Кирик О.В., Руденко Л.Г. Ferristatin II Efficiently Inhibits SARS-CoV-2 Replication in Vero Cells. Viruses, Номер 14, том 2, С.317 (год публикации - 2022)
10.3390/v14020317

10. Кудрявцев И.В., Рубинштейн А.В., Головкин А.Л., Калинина О.В., Васильев К.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Dysregulated Immune Responses in SARS-CoV-2-Infected Patients: A Comprehensive Overview Viruses, Том 14, номер 5, С.1082 (год публикации - 2022)
10.3390/v14051082.

11. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Нисканен С.В., Меженская Д.А., Баженова Е.А., Крутикова Е.В., Котомина Т.С., Прокопенко П.И., Нетеребский Б.Д., Виноградова Е.А., Яковлев К.С., Сивак К.В., Руденко Л.Г. Development of a T Cell-Based COVID-19 Vaccine Using a Live Attenuated Influenza Vaccine Viral Vector Vaccines, Том 10, номер 7, С. 1142 (год публикации - 2022)
10.3390/vaccines10071142

12. Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Options for the development of a bivalent vaccine against SARS-CoV-2 and influenza EXPERT REVIEW OF VACCINES, Том 21, номер 11, С. 1533-1535 (год публикации - 2022)
10.1080/14760584.2022.2117692

13. Киселева И.В., Ксенафонтов А.Д. Рино– и РС–вирусы в пандемию COVID–19 Инфекция и Иммунитет, Т. 12, № 4, С.624–638. (год публикации - 2022)
10.15789/2220-7619-AR-826

14. Кудрявцев И.В., Матюшенко В.А., Степанова Е.А., Васильев К.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. In Vitro Stimulation with Live SARS-CoV-2 Suggests Th17 Dominance In Virus-Specific CD4+ T Cell Response after COVID-19 Vaccines, Том 10, номер 9, С.1544 (год публикации - 2022)
10.3390/vaccines10091544

15. Рак А.Я., Донина С.А., Забродская Я.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Cross-Reactivity of SARS-CoV-2 Nucleocapsid-Binding Antibodies and Its Implication for COVID-19 Serology Tests Viruses, Том 14, номер 9, С.2041 (год публикации - 2022)
10.3390/v14092041

16. А.К. Чистякова, Е.А. Степанова, И.Н. Исакова-Сивак, Л.Г. Руденко РАЗРАБОТКА ПРОТОКОЛОВ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ РАЗНЫХ ВАРИАНТОВ КОРОНАВИРУСА SARS-CoV-2 МЕТОДОМ ПИРОСЕКВЕНИРОВАНИЯ Медицинский Академический Журнал, Т. 22. № 2. С. 97–114. (год публикации - 2022)
10.17816/MAJ108988

17. Д.А. Меженская, И.Н. Исакова-Сивак, Л.Г. Руденко ПОДХОДЫ К ИЗУЧЕНИЮ КЛЕТОЧНОГО ИММУННОГО ОТВЕТА К АНТИГЕНАМ SARS-CoV-2 НА МОДЕЛИ СИРИЙСКИХ ХОМЯЧКОВ Медицинский Академический Журнал, Т. 22. № 2. С. 215–220 (год публикации - 2022)
10.17816/MAJ108629

18. А.Я. Рак, С.А. Донина, И.Н. Исакова-Сивак, Л.Г. Руденко ОПТИМИЗАЦИЯ УСЛОВИЙ ПОЛУЧЕНИЯ И ИССЛЕДОВАНИЕ АНТИГЕННЫХ СВОЙСТВ РЕКОМБИНАНТНОГО БЕЛКА НУКЛЕОКАПСИДА SARS-CoV-2 РАЗЛИЧНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЛИНИЙ Медицинский Академический Журнал, Т. 22. № 2. С. 235–241 (год публикации - 2022)
10.17816/MAJ108599

19. Степанова Е.А., Кудрявцев И.В., Исакова-Сивак И.Н., Матюшенко В.А., Гошина А.Д., Чистякова А.К., Прокопенко П.И., Руденко Л.Г. In vitro stimulation with live SARS-CoV-2 reveals Th17 dominance in virus-specific CD4+ T cell response after COVID-19 Abstract Book "Options XI for the Control of Influenza", 26-29 September, Belfast, UK, Poster #AOXI0171 (год публикации - 2022)

20. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Меженская Д.А., Матюшенко В.А., Нисканен С.В., Виноградова Е.А., Дмитриев А.В., Руденко Л.Г. Development of a bivalent vaccine against SARS-CoV-2 and influenza using a live attenuated influenza vaccine platform Abstract Book "Options XI for the Control of Influenza", 26-29 September, Belfast, UK, Abstract Book "Options XI for the Control of Influenza", Oral Abstract AOXI0238 (год публикации - 2022)

21. Рак А.Я., Горбунов Н.П., Костевич В.А., Соколов А.В., Прокопенко П.И., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Assessment of Immunogenic and Antigenic Properties of Recombinant Nucleocapsid Proteins of Five SARS-CoV-2 Variants in a Mouse Model Viruses, Номер 15, том 1, С.230 (год публикации - 2023)
10.3390/v15010230

22. Гошина А.Д., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Рак А.Я., Кательникова А.Е., Гусев Д.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. RDE Treatment Prevents Non-Specific Detection of SARS-CoV-2- and Influenza-Specific IgG Antibodies in Heat-Inactivated Serum Samples Antibodies, Том 12, №2, С.39 (год публикации - 2023)
10.3390/antib12020039

23. Рак А.Я., Забродская Я.А., Донина С.А., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Effect of slow evolutionary changes in SARS-CoV- 2 nucleocapsid protein on its antigenic and immunogenic properties Proceedings of the 9th ESWI Conference (17-20 September 2023, Valencia, Spain), Abstract #265 (год публикации - 2023)

24. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Котомина Т.С., Рак А.Я., Прокопенко П.И., Донина С.А., Чистякова А.К., Гошина А.Д., Новицкая В.В., Рекстин А.Р., Руденко Л.Г. Preclinical evaluation of a combined vaccine against seasonal influenza and COVID-19. Proceedings of the 9th ESWI Conference (17-20 September 2023, Valencia, Spain), Abstract #397 (год публикации - 2023)

25. Котомина Т.С., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Баженова Е.А., Матушкина А.С., Руденко Л.Г., Кудрявцев И.В., Исакова-Сивак И.Н. Live attenuated influenza vaccine viruses as a platform for the development of vaccines against multiple respiratory pathogens. Proceedings of the 9th ESWI Conference (17-20 September 2023, Valencia, Spain), Abstract #339 (год публикации - 2023)

26. Чистякова А.К., Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Адаптация протоколов генотипирования вариантов коронавируса SARS-CoV-2 для определения новых штаммов. В книге: XXXV Зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико- химической биологии и биотехнологии». Сборник тезисов., С.182 (год публикации - 2023)

27. Рак А.Я., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Nucleoprotein as a promising antigen for broadly protective influenza vaccines Vaccines, Vaccines 2023, 11(12), 1747 (год публикации - 2023)
10.3390/vaccines11121747

28. Рак А.Я., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Overview of nucleocapsid-targeting vaccines against COVID-19 Vaccines, Volume 11, Issue 12, P.1810; (год публикации - 2023)
10.3390/vaccines11121810

29. Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Меженская Д.А., Матюшенко В.А., Баженова Е.А., Рак А.Я., Вон П.-Ф., Прокопенко П.И., Котомина Т.С., Руденко Л.Г Холодоадаптированный вирус гриппа, экспрессирующий рецептор-связывающий домен SARS-CoV-2 в составе молекулы НА, обладает защитной эффективностью в отношении вируса гриппа и SARS-CoV-2 в эксперименте Сборник материалов IV Международной научно-практической конференции "Противодействие новой коронавирусной инфекции и другим инфекционным заболеваниям", 7-9 декабря 2023., Санкт-Петербург, С. 300-303 (год публикации - 2023)

30. Рак А.Я., Забродская Я.А., Горбунов Н.П., Поляков Д.С., Донина С.А., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Влияние эволюционной изменчивости на иммуногенность и диагностический потенциал белка нуклеокапсида SARS-CoV-2 Сборник материалов IV Международной научно-практической конференции "Противодействие новой коронавирусной инфекции и другим инфекционным заболеваниям", 7-9 декабря 2023., Санкт-Петербург, C. 254-257 (год публикации - 2023)

31. Рак А.Я., Забродская Я.А., Горбунов Н.П., Поляков Д.С., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Получение рекомбинантных белков нуклеокапсида SARS-CoV-2 и их использование для разработки диагностических тест-систем Сборник тезисов Всероссийской конференции молодых ученых "Вирусные инфекции – от диагностики к клинике" (Санкт-Петербург, 13–14 апреля 2023). С. 91., С. 91-92 (год публикации - 2023)

32. Гошина А.Д., Матюшенко В.А., Донина С.А., Меженская Д.А., Рак А.Я., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Влияние тепловой инактивации сывороток крови человека и животных на выявление уровней IgG-антител к SARS-CoV-2 И вирусу гриппа в иммуноферментном анализе Сборник тезисов Всероссийской конференции молодых ученых "Вирусные инфекции – от диагностики к клинике" (Санкт-Петербург, 13–14 апреля 2023). С. 91., С. 34-35 (год публикации - 2023)

33. Рак А.Я., Забродская Я.А.,Горбунов Н.П., Поляков Д.С., Меженская Д.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Development of a universal diagnostic test system for determining the titer of antibodies against SARS-CoV-2 by microneutralization X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2023. — 814 с., С. 431-432 (год публикации - 2023)
10.25205/978-5-4437-1526-1-226

34. К.С. Яковлев, Д.А. Меженская, К.В. Сивак, Л.Г. Руденко, И.Н. Исакова-Сивак СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПАТОГЕННОСТИ ВИРУСОВ SARS-COV-2 ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЛИНИЙ B.1 И B.1.617.2 НА МОДЕЛИ СИРИЙСКИХ ХОМЯКОВ Медицинский Академический Журнал, Т. 22. № 2. С. 125–136. (год публикации - 2022)
10.17816/MAJ109066

35. А.Д. Гошина, В.А. Матюшенко, С.А. Донина, И.А. Сычев, И.Н. Исакова-Сивак, А.Е. Кательникова, Л.Г. Руденко ВЛИЯНИЕ ТЕПЛОВОЙ ИНАКТИВАЦИИ СЫВОРОТОК КРОВИ ХОРЬКОВ НА ВЫЯВЛЕНИЕ ПРОТИВОКОРОНАВИРУСНЫХ IgG-АНТИТЕЛ В ИММУНОФЕРМЕНТНОМ АНАЛИЗЕ Медицинский Академический Журнал, Т. 22. № 2. С. 157–162 (год публикации - 2022)
10.17816/MAJ108844

36. А. Я. Рак, С. А. Донина, Я. А. Забродская, И. Н. Исакова-Сивак, Л. Г. Руденко ПОЛУЧЕНИЕ РЕКОМБИНАНТНЫХ БЕЛКОВ НУКЛЕОКАПСИДА SARS-CoV-2 РАЗЛИЧНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЛИНИЙ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ ПРОТИВОВИРУСНЫХ АНТИТЕЛ ПРИ COVID-19 IX Международная конференция молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков. Сборник тезисов., С.235-236. (год публикации - 2022)

37. Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Баженова Е.А., Котомина Т.С., Рак А.Я., Донина С.А., Чистякова А.К., Костромитина А.Д., Новицкая В.В., Прокопенко П.И., Родионова К.Н., Крышень К.Л., Макаров В.Г., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Safety, Immunogenicity and Protective Activity of a Modified Trivalent Live Attenuated Influenza Vaccine for Combined Protection Against Seasonal Influenza and COVID-19 in Golden Syrian Hamsters Vaccines, Volume 12, Issue 12, P. 1300 (год публикации - 2024)
10.3390/vaccines12121300

38. А.К. Чистякова, Е.А. Степанова, И.Н. Исакова-Сивак Разработка комплексного протокола молекулярно-генетических исследований SARS-CoV-2 содержащих образцов Перспективы развития фундаментальных наук. Том 4. Биология и фундаментальная медицина. Сборник научных трудов XXI Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых (Томск, 23–26 апреля 2024 г.), С.157-159 (год публикации - 2024)

39. А.Д. Костромитина, В.А. Матюшенко, А.Я. Рак, И.Н. Исакова-Сивак Неспецифическое выявление IgG антител к антигенам SARS-CoV-2 и вирусу гриппа при термоинактивации сывороток крови человека и животных Перспективы развития фундаментальных наук. Том 4. Биология и фундаментальная медицина. Сборник научных трудов XXI Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых (Томск, 23–26 апреля 2024 г.), C. 73-75 (год публикации - 2024)

40. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Баженова Е.А., Котомина Т.С., Рак А.Я., Прокопенко П.И., Донина С.А., Чистякова А.К., Гошина А.Д., Новицкая В.В., Кудрявцев И.В., руденко Л.Г. Development of a combined vaccine for simultaneous protection against seasonal influenza and COVID-19 Abstracts of "Influenza Vaccines for the World", 21-23 May 2024, TLS (Toscana Life Sciences) Auditorium, Siena, Italy (год публикации - 2024)

41. Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Котомина Т.С., Баженова Е.А., Рак А.Я., Кудрявцев И.В., Костромитина А.Д., Чистякова А.К., Прокопенко П.И., Нисканен С.А., Нетеребский Б.О., Доронин А.Н., Виноградова Е.В., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н Проблемы оценки эффективности и иммуногенности векторных вакцин на основе вируса гриппа на ранних этапах разработки Сборник тезисов докладов на конференции GPL Planet V (г. Санкт-Петербург, 03-05 июля 2024 г.), С. 30 (год публикации - 2024)

42. Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Кудрявцев И.В., Костромитина А.Д., Чистякова А.К., Рак А.Я., Баженова Е.А., Прокопенко П.И., Котомина Т.С., Донина С.А., Новицкая В.В., Донина С.А., Сивак К.В., Карал-Оглы Д.Д., Руденко Л.Г. Safety and Immunogenicity Study of a Bivalent Vaccine for Combined Prophylaxis of COVID-19 and Influenza in Non-Human Primates Vaccines, Volume 12, Issue 10, P.1099 (год публикации - 2024)
10.3390/vaccines12101099

43. А.Я. Рак, Л.Г. Руденко, И.Н. Исакова-Сивак Сравнительный анализ консервативности иммуногенных Т-клеточных эпитопов нуклеопротеина вирусов-доноров для живых и инактивированных гриппозных вакцин Инфекция и иммунитет, Т. 14, № 3, с. 601–608 (год публикации - 2024)
10.15789/2220-7619-CAO-16660

44. Рак А.Я., Забродская Я.А., Прокопенко П.И., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Влияние медленных эволюционных изменений нуклеопротеина вируса гриппа на его антигенность и кросс-протективный потенциал Сборник тезисов Всероссийской конференции молодых ученых «ВИРУСНЫЕ ИНФЕКЦИИ – ОТ ДИАГНОСТИКИ К КЛИНИКЕ» (Санкт-Петербург, 11–12 апреля 2024 года), С. 51-53 (год публикации - 2024)

45. Рак А.Я., Матюшенко В.А., Прокопенко П.И., Костромитина А.Д., Поляков Д.В., Соколов А.В., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. A novel immunofluorescent test system for SARS-CoV-2 detection in infected cells PLoS One, Volume 19, Issue 5, P. e0304534 (год публикации - 2024)
10.1371/journal.pone.0304534

46. Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Меженская Д.А., Нисканен С.А., Матюшенко В.А., Баженова Е.А., Рак А.Я., Вон П.-Ф., Прокопенко П.И., Котомина Т.С., Крутикова Е.В., Леготский С.В., Нетеребский Б.Д., Остроухова Т.В., Сивак К.В., Оршанская Я.Р., Яковлев К.А., Руденко Л.Г. Expression of the SARS‑CoV‑2 receptor‑binding domain by live attenuated influenza vaccine virus as a strategy for designing a bivalent vaccine against COVID‑19 and influenza Virology Journal, Volume 21, P.:82 (год публикации - 2024)
10.1186/s12985-024-02350-w

47. Степанова Е.А., Исакова-Сивак И.Н., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Кудрявцев И.В., Костромитина А.Д., Чистякова А.К., Баженова Е.А., Прокопенко П.И., Руденко Л.Г. Safety and immunogenicity study of a bivalent vaccine for combined SARS-CoV-2 and Influenza prophylaxis in non-human primates Proceedings of the OPTIONS XII FOR THE CONTROL OF INFLUENZA (Australia, 29.09.2024-02.10.2024), P.528 (год публикации - 2024)

48. Котомина Т.С., Степанова Е.А., Матушкина А.С., Матюшенко В.А., Прокопенко П.И., Баженова Е.А., Руденко Л.Г., Исакова-Сивак И.Н. Live attenuated influenza vaccine as a promising viral vector for the design of T cell-based vaccines against acute respiratory viruses Proceedings of the OPTIONS XII FOR THE CONTROL OF INFLUENZA (Australia, 29.09.2024-02.10.2024), P.094 (год публикации - 2024)

49. Рак А.Я., Горбунов Н.П., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Strain-independent detection of SARS-CoV-2 in infected cells with a rapid simplified assay Proceedings of the OPTIONS XII FOR THE CONTROL OF INFLUENZA (Australia, 29.09.2024-02.10.2024), P.186 (год публикации - 2024)

50. Рак А. Я., Матюшенко В. А., Прокопенко П. И., Костромитина А. Д., Соколов А. В., Руденко Л. Г., Исакова-Сивак, И.Н. Разработка новой иммунофлуоресцентной тест-системы для детекции респираторных вирусов в инфицированных клеточных культурах Фундаментальная наука и клиническая медицина — человек и его здоровье [Электронный ресурс]: материалы XXVII Международной медико-биологической конференции молодых исследователей (20 апреля 2024 года) / под ред. А. М. Сараны [и др.]; Санкт-Петербургский государственный университет. Санкт-Петербург: Сциентиа, 2024., Том XXVII. — 4,88 Мб; 912 с. — Режим доступа: https://scientia-pub.org/index.php/Sci/catalog/book/67 — Загл. с экрана. ISBN 978-5-6051734-4-1. Сю 312-313 (год публикации - 2024)

51. Прокопенко П.И., Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Рак А.Я., Чистякова А.К., Костромитина А.Д., Новицкая В.В., Кудрявцев И.В., Комлев А.В., Руденко Л.Г. Improvement of licensed live attenuated influenza vaccine by targeted modification of viral NP and NS genes Abstracts of "Influenza Vaccines for the World", 21-23 May 2024, TLS (Toscana Life Sciences) Auditorium, Siena, Italy, Abstracts of "Influenza Vaccines for the World", 21-23 May 2024, TLS (Toscana Life Sciences) Auditorium, Siena, Italy (год публикации - 2024)

52. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Меженская Д.А., Баженова Е.А., Котомина Т.С., Рак А.Я., Прокопенко П.И., Донина С.А., Чистякова А.К., Костромитина А.Д., Новицкая В.В., Кудрявцев И.В., Руденко Л.Г. Development of a modified trivalent live attenuated influenza vaccine for combined protection against seasonal influenza and COVID-19 Proceedings of the OPTIONS XII FOR THE CONTROL OF INFLUENZA (Australia, 29.09.2024-02.10.2024), P.515 (год публикации - 2024)

53. Рак А.Я., Прокопенко П.И., Забродская Я.А., Исакова-Сивак И.Н., Руденко Л.Г. Slow evolutionary changes in influenza nucleoprotein influence its antigenicity and cross-protective potential Proceedings of the OPTIONS XII FOR THE CONTROL OF INFLUENZA (Australia, 29.09.2024-02.10.2024), P. 191 (год публикации - 2024)

54. Исакова-Сивак И.Н., Степанова Е.А., Матюшенко В.А., Баженова Е.А., Котомина Т.С., Рак А.Я., Прокопенко П.И., Костромитина А.Д., Чистякова А.К., Руденко Л.Г. Разработка модифицированной трехвалентной живой аттенуированной гриппозной вакцины для комбинированной защиты от сезонного гриппа и COVID-19 СБОРНИК МАТЕРИАЛОВ V Международной научно-практической конференции по вопросам противодействия инфекционным заболеваниям (12–13 декабря 2024 г., Санкт-Петербург), С. 136-137 (год публикации - 2024)

Публикации

Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В отчетном периоде (2024 год) была разработана технология промышленной наработки культуральной трехвалентной живой гриппозной вакцины для комбинированной защиты от сезонного гриппа и SARS-CoV-2 (3×ЖГВ/CoV2). Комбинированная вакцина состоит из трех штаммов живой гриппозной вакцины (A/H1N1, A/H3N2 и В), где оба вакцинных штамма типа А кодируют в гене нейраминидазы (NA) полиэпитопную кассету SARS-CoV-2 (N92–118 + N293–370 + S948–1016). Для каждого из трех вакцинных вирусов гриппа подобраны оптимальные параметры для заражения адгезионных и суспензионных линий клеток MDCK, определены условия и длительность инкубации вирусов для получения вирусной биомассы с максимальной инфекционной активностью. На площадке компании АО «БИОКАД», выступавшей в качестве индустриального партнера в настоящем Проекте, отработаны условия для промышленной наработки вакцинных вирусов в биореакторах. Также силами партнера были подобраны условия для очистки вируссодержащей жидкости от примесей, а также разработан стабилизатор для длительного сохранения инфекционной активности у готовых серий препарата. В рамках Проекта также разработана методика оценки содержания каждого компонента в составе трехвалентного препарата с помощью количественной ПЦР, для чего были подобраны праймеры и зонды для специфической детекции гена НА каждого вакцинного штамма (A/H1N1, A/H3N2 и В). Были проведены доклинические исследования экспериментальной серии трехвалентной комбинированной вакцины 3×ЖГВ/CoV2, наработанной на культуре клеток MDCK индустриальным партнером Проекта. В экспериментах на сирийских хомяках – наиболее чувствительной животной модели для изучения гриппозной и коронавирусной инфекций – была показана безвредность, иммуногенность и протективная активность вакцины против всех целевых патогенов. Так, была показана способность вакцины вызывать образование выраженного гуморального иммунного ответа ко всем трем штаммам вирусов гриппа, входящим в состав препарата, что обеспечило защиту привитых животных от репликации вирулентных вирусов гриппа в респираторном тракте. Кроме того, несмотря на то, что полиэпитопная кассета SARS-CoV-2 была смоделирована для индукции Т-клеточного иммунного ответа у людей, привитые хомяки также были защищены от клинических проявлений коронавирусной инфекции, вызванной современным циркулирующим штаммом варианта Омикрон JN.1.18. Таким образом, полученные в результате проведенных ДКИ результаты лягут в основу досье для подачи разрешения на проведение 1-й фазы клинических испытаний вакцины на добровольцах для последующей государственной регистрации в РФ и странах ЕАЭС. В настоящем отчетном периоде также была продемонстрирована универсальность разработанной нами платформы для создания комбинированных живых вакцин для защиты от актуальных циркулирующих вирусов гриппа и коронавирусов SARS-CoV-2. В частности, мы показали, что основной поверхностный антиген вируса гриппа – гемагглютинин – может быть с легкостью заменен в составе химерных вакцинных штаммов ЖГВ H1N1/NA+CoV2 и H3N2/NA+CoV2, при этом новые рекомбинантные штаммы сохраняют все биологические свойства, характерные для полученных ранее химерных вирусов, а их антигенные характеристики соответствуют рекомендованным ВОЗ на предстоящий эпидемический сезон вирусам. Кроме того, проведенные биоинформатические исследования показали, что отобранная нами полиэпитопная кассета SARS-CoV-2, сохраняет свою актуальность и спустя 4 года после начала пандемии COVID-19, поскольку входящие в её состав фрагменты S и N белков находятся в консервативных областях вирусного генома и практически не подвержены эволюционному дрейфу. Соответственно, на данный момент не требуется актуализации этой кассеты, т.к. она охватывает большой спектр Т-клеточных эпитопов, входящих в современные штаммы SARS-CoV-2. Таким образом, можно утверждать, что в настоящем Проекте разработана новая технологическая платформа, которая может быть использована для ежегодной подготовки сезонной комбинированной вакцины, защищающей от всех циркулирующих вирусов гриппа и актуальных штаммов SARS-CoV-2. При этом использование клеточных технологий для промышленной наработки новой вакцины позволит получать большие объемы препарата для массовой вакцинации всех уязвимых слоев населения от этих двух наиболее актуальных респираторных вирусных инфекций.

Публикации

Возможность практического использования результатов
Разработанная в ходе реализации Проекта комбинированная вакцина может применяться в рутинной практике здравоохранения для ежегодной вакцинопрофилактики сезонного гриппа и COVID-19.