КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер проекта 24-15-00549

НазваниеРазработка методов неинвазивной диагностики хронических заболеваний легких с использованием протонной масс-спектрометрии выдыхаемого воздуха и методов искусственного интеллекта

Руководитель Копылов Филипп Юрьевич, Доктор медицинских наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет) , г Москва

Конкурс №92 - Конкурс 2024 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-217 - Болезни органов дыхания

Ключевые слова протонная масс-спектрометрия, летучие органические соединения, выдыхаемый воздух, искусственный интеллект, бронхиальная астма, интерстициальные заболевания легких, муковисцидоз, лимфангиолейомиоматоз

Код ГРНТИ76.29.35


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Настоящий проект направлен на решение проблемы дифференциальной диагностики внутри групп обструктивных и интерстициальных заболеваний легких путем исследования летучих органических соединений (ЛОС) в выдыхаемом воздухе с помощью протонной масс-спектрометрии и методов искусственного интеллекта. Хронические респираторные заболевания занимают третье место после сердечно-сосудистых и онкологических, среди причин смертности в структуре неинфекционных заболеваний по данным ВОЗ [ВОЗ, 2023]. Заболевания легких сопровождаются метаболическими изменениями, обусловленными протекающими патологическими процессами в дыхательной системе больного. Исследование качественного и количественного состава летучих органических соединений, а также метаболитов в составе аэрозольной фракции выдоха потенциально позволяет провести оценку статуса болезни у пациента. Успешное применение протонной масс-спектрометрии для оценки волатома (ЛОС выдыхаемого воздуха) описано в ранних исследованиях хронической обструктивной болезни легких [Cristescu et al., 2011; Carr L. et al., 2018], рака легких [Herbig J. et al., 2011], однако метод практически не применялся в дифференциальной диагностике хронических заболеваний легких, включая муковисцидоз и лимфангиолейомиоматоз. Протонная масс-спектрометрия демонстрирует достаточно высокую информативность, однако необходимо дальнейшее ее развитие для стандартизации и последующего потенциального внедрения в клиническую практику. Кроме того, протонная масс-спектрометрия выдыхаемого воздуха может стать не только инструментом диагностики, но и мониторинга эффективности терапевтических вмешательств при хронических заболеваний легких. В рамках данной работы будет проведено исследование волатома пациентов с БА, ХОБЛ, ИЗЛ (гиперчувствительный пневмонит, интерстициальный легочный фиброз, неспецифическая интерстициальная пневмония), муковисцидоза и ЛАМ. Исследование волатома пациентов с ЛАМ будет проведено впервые в мире. Качественная и количественная оценка ЛОС и соединений в составе аэрозольной фракции выдоха у пациентов с вышеуказанными заболеваниями позволит внести фундаментальный вклад в понимание патогенеза при данных заболеваниях, и при наличии хронической персистирующей инфекции, определить ее маркеры. Практическим результатом выполненной работы является классификационную модель на основе методов машинного обучения для дифференциальной диагностики внутри групп обструктивных и интерстициальных заболеваний легких. Участие член-корреспондента Авдеева С.Н., главного пульмонолога РФ, и специалистов его коллектива позволит приблизиться к решению поставленных задач, обеспечив обширную клиническую базу пациентов с разнообразными хроническими респираторными заболеваниями. Участие биохимика, научного сотрудника Института персонализированной кардиологии Центра «Цифровой биодизайн и персонализированное здравоохранение» ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет) Силантьева А.С., специализирующегося на проведении и комплексном анализе клинических метаболомных исследований, позволит разработать решение для обработки волатомных данных протонной масс-спектрометрии. Кроме того, участие главного биостатистика отдела научной аналитики и прогнозирования Департамента научного развития Сеченовского Университета Суворова А.Ю., специализирующегося на современных статистических методах обработки больших массивов данных, позволит построить классификационную модель с применением методов искусственного интеллекта и машинного обучения.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2024 году
За отчетный период в исследование были включены 102 взрослых (старше 18 лет) пациента с муковисцидозом (МВ) (диагноз был подтвержден генетически и с помощью потового теста). В группу контроля были включены 97 здоровых добровольцев, сопоставимых по возрасту и полу. Кроме того, объектами исследования являлись 51 пациенток с лимфангиолейомиоматозом (ЛАМ) (диагноз подтвержден морфологическим исследованием биоптатов легочной ткани) и 51 здоровых женщин, сопоставимых по возрасту. Всем участникам исследования пациентам была выполнена форсированная спирометрия и исследование диффузионной способности легких, а также анализ выдыхаемого воздуха с помощью времяпролетной протонной масс-спектрометрии. Ионы летучих органических соединений (ЛОС) определись по соотношению массы к заряду протонированного аналита (mass-to-charge ratio, m/z), диапазон регистрации составил 10-685 m/z. По определенным соотношениям m/z с помощью библиотеки IONICON и данных литературы в последующем произведена идентификация ЛОС. Нормализации получаемых данных осуществлялась с использованием откликов ионов системы Ionicon PerMasCal. Был стандартизован отбор проб выдыхаемого воздуха в режиме реального времени методом времяпролетной протонной масс-спектрометрии при маневре спокойного дыхания и при трёхкратном форсированном маневре у пациентов с МВ и ЛАМ. По результатам обследования были сформированы базы данных: пациентов с МВ, пациенток с ЛАМ и база данных группы контроля. При анализе клинико-инструментальных обследований выявлены значительные различия по показателям респираторной функции (показателям спирометрии и исследовании диффузионной способности легких), а именно нарушения вентиляции легких по обструктивному типу, а также нарушении газообмена у пациентов с МВ и ЛАМ при сравнении с сопоставимыми по возрасту и полу группами контроля. Анализ выдыхаемого воздуха протонной масс-спектрометрией (PTR-TOF-MS) позволил обнаружить 167 ЛОС в образцах выдыхаемого воздуха пациентов с МВ и здоровых людей. Клинические, функциональные данные и данные ЛОС пациентов с МВ и контрольной группы были проанализированы с использованием многомерного анализа и были построены два кластера k-средних. В первый кластер вошли признаки преимущественно здоровых обследуемых. Второй кластер отличался наличием более тяжелых клинических данных (более высокие баллы одышки по шкалам Борга и mMRC, меньшим индексом массы тела), худшими показателями легочной вентиляции (более низкие значения ОФВ1, ФЖЕЛ, МОС75) и газообменной функции легких (DLCO), что характерно для пациентов с МВ выборки нашего исследования. Оба кластера также различались по спектрам ЛОС, полученными с помощью PTR-TOF-MS как во время спокойного дыхания, так и во время форсированного выдоха. При проведении регрессии LASSO при использовании первых 5 (самых сильных) предикторов качество модели соответствовало AUC = 1 (чувствительность = 1, специфичность = 1). Важнейшими предикторами МВ по всем клинико-функциональным признакам и ЛОС были: m/z=281,0534 ([C19H7NO2, C12H11NO7 и C16H9O5]H+), m/z=95,0601 (фенол), МОС75 (максимальная объемная скорость при выдохе 75 % ФЖЕЛ), показатель баллов по mMRC (шкала одышки) и m/z=63,0165 (диметилсульфид). Таким образом, метод протонной масс-спектрометрии позволяет с высокой чувствительностью и специфичностью разделить пациентов с МВ от группы контроля здоровых добровольцев. Выявлены специфичные ЛОС для МВ: индол, фенол, диметилсульфид и не идентифицированные ЛОС с соотношением массой на заряд (m/z): m/z=297.0720 ([C12H13N2O7 и C17H13O5]H+), m/z=281.0534 ([C19H7NO2, C12H11NO7 и C16H9O5]H+). Результаты были опубликованы в статье журнала «Clinica chimica acta» [Mustafina, M., Silantyev, A., Krasovskiy, S. Et al. Exhaled breath analysis in adult patients with cystic fibrosis by real-time proton mass spectrometry. Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry, 560, 119733. https://doi.org/10.1016/j.cca.2024.119733] (WoS, Scopus (Q1) библиометрические базы). Также, внутри группы пациентов с МВ были определены предикторы функциональных и клинических исходов с использованием алгоритма XGBoost. Наиболее значимыми предикторами респираторных нарушений были m/z = 75,042 (метилацетат), m/z = 62,028 (метилнитрит), m/z = 65,057 (2-фторэтанол) и m/z = 118,066 (индол) и нарушений газообмена — m/z = 85,077 (2,3-диметил-2-бутен); для возбудителей респираторных заболеваний — не дифференцируемые азотсодержащие органические соединения m/z = 47,041 (CH5NO)+ и m/z = 44,044 (C2H5NH+), углеводороды (циклопропан, пропен) m/z = 43,046 (C3H6H+), серосодержащие соединение m/z = 49,020 (метантиол). Результаты были опубликованы в журнале «Biomolecules» [Mustafina M, Silantyev A, Krasovskiy S. et al. Identification of Exhaled Metabolites Correlated with Respiratory Function and Clinical Features in Adult Patients with Cystic Fibrosis by Real-Time Proton Mass Spectrometry. Biomolecules. 2024; 14(9):1189. https://doi.org/10.3390/biom14091189] (WoS, Scopus (Q1) библиометрические базы). Кроме того, было проведено сравнение спектров ЛОС до и после ингаляции сальбутамола 400 мкг при выполнении бронходилатационного теста пациентам с МВ. По результатам анализа образцов выдыхаемого воздуха с помощью протонной масс-спектрометрии выявлено влияние ингаляционного бронходилататора на спектр ЛОС, что следует учитывать при сборе проб выдыхаемого воздуха в последующих исследованиях. Результаты представлены в публикации журнала «Вестник современной клинической медицины» [Мустафина М.Х., Красовский С.А., Силантьев А.С., [и др.]. Влияние ингаляционного сальбутамола на спектр выдыхаемого воздуха у взрослых пациентов с муковисцидозом // Вестник современной клинической медицины. – 2024. – Т. 17, вып. 6. – С. 49–55. DOI: 10.20969/VSKM.2024.17(6).49-55.] (Scopus). При анализе образцов выдыхаемого воздуха с помощью PTR-TOF-MS у пациенток с ЛАМ и здоровых обследуемых из группы контроля было выявлено 197 ЛОС. Для оценки связи между ЛОС и заболеванием было проведено кластирование по методу k-means. Для построения кластеров были использованы только величины ЛОС (нормализованные значения), отдельно для маневра спокойного дыхания и отдельно для форсированного выдоха. Метод протонной масс-спектрометрии позволил разделить пациенток с ЛАМ от группы контроля здоровых добровольцев по кластерному анализу k-means (p<0,01). С помощью алгоритма XGBoost были отобраны 30 наиболее значимых предикторов ЛАМ отдельно для форсированного выдоха и спокойного дыхания. Наиболее значимыми предикторами ЛАМ являлись: m/z=44.990 (метинофосфид), m/z=99.067 (пролин), m/z=113.130 (2-октен). Планируются дополнительное исследование предикторов тяжелых респираторных нарушений у пациенток с ЛАМ. Вышеуказанные промежуточные результаты были доложены на международных отечественных научных мероприятиях в виде постерных и устных докладов.

 

Публикации

1. Мустафина М.Х., Красовский С.А., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Силантьев А.С., Суворов А.Ю., Копылов Ф.Ю. Effect of inhaled salbutamol on breath signatures in adult patientswith cystic fibrosis using real-time proton mass spectrometry Journal of cystic fibrosis. Elsevier B.V., Poster Sessions | Pulmonology/Inflammation/ImmunologyVolume 23, Supplement 1S109 (год публикации - 2024)
10.1016/S1569-1993(24)00436-3

2. Мустафина М.Х.,Силантьев А.С.,Красовский С.А., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Суворов А.Ю., Гогниева Д.Г., Абдуллаев М.Г., Бектимирова А.А., Быкова А.А., Дергачева В.А., Бетелин В.Б., Копылов Ф.Ю. Exhaled breath analysis in adult patients with cystic fibrosis by real-time proton mass spectrometry Clinica chimica acta. Elsevier B.V., Clinica Chimica Acta Volume 560, 15 June 2024, Page 119733 (год публикации - 2024)
10.1016/j.cca.2024.119733

3. Мустафина М.Х., Силантьев А.С., Красовский С.А., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Суворов А.Ю., Гогниева Д.Г., Абдуллаев М.Г., Суворова О.А., Шмидт А.Е., Гаджиахмедова А.Н., Быкова А.А., Авдеев С.Н., Бетелин В.Б., Сыркин А.Л., Копылов Ф.Ю. Identification of exhaled metabolites correlated with respiratory function and clinical features in adult patients with cystic fibrosis by real-time proton mass spectrometry Biomolecules. Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), Biomolecules 2024, 14(9), 1189 (год публикации - 2024)
10.3390/biom14091189

4. Мустафина М.Х., Красовский С.А., Силантьев А.С., Суворов А.Ю., Копылов Ф.Ю. Влияние ингаляционного сальбутамола на спектр выдыхаемого воздуха у взрослых пациентов с муковисцидозом "Вестник современной клинической медицины". Издательство «Современная клиническая медицина», Том 17, выпуск 6, стр. 49–55. (год публикации - 2024)
10.20969/VSKM.2024.17(6).49-55

5. Мустафина М.Х., Красовский С.А., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Силантьев С.А., Суворов А.Ю., Копылов Ф.Ю. Volatile organic compound breath signatures in mild and severe phenotypes of cystic fibrosis by real-time proton mass spectrometry Journal of cystic fibrosis. Elsevier B.V., Poster Sessions | Pulmonology/Inflammation/ImmunologyVolume 23, Supplement 1S109 (год публикации - 2024)
10.1016/S1569-1993(24)00437-5


Аннотация результатов, полученных в 2025 году
За отчетный период выполнены следующие работы: 1. Завершен набор данных летучих органических соединений (ЛОС) с помощью протонной времяпролетной масс-спектрометрии, а также стандартных обследований пациентов с бронхиальной астмой (БА) (160 пациентов) и хронической обструктивной болезнью легких (ХОБЛ) (128 пациентов) (выполнено лабораторно-инструментальное обследование, исследование функции внешнего дыхания (спирометрия с бронходилатационным тестом). Продолжен набор данных образцов выдыхаемого воздуха и стандартного обследования пациентов с интерстициальными заболеваниями легких (в базу данных включены результаты обследований 134 пациентов). 2. Были собраны и проанализированы данные стандартных лабораторно-инструментальных обследований 160 пациентов с БА и 128 пациентов с ХОБЛ, а также 254 сопоставимых по возрасту и полу здоровых добровольцев. Стандартизован отбор проб выдыхаемого воздуха в режиме реального времени методом времяпролетной протонной масс-спектрометрии при маневре спокойного дыхания и при трёхкратном форсированном маневре у пациентов с БА и ХОБЛ. Были выявлены достоверные различия ЛОС как предикторов заболеваний при анализе выдыхаемого воздуха методом протонной масс-спектрометрии у пациентов с БА и ХОБЛ при сравнении с группой здоровых добровольцев по методу градиентного бустинга XGBoost (p<0,001). Продолжен анализ выдыхаемого воздуха у пациентов с интерстициальными заболеваниями легких, полученных с помощью времяпролетной протонной масс-спектрометрии. 3. Выявлены специфичные ЛОС как предикторы для БА: m/z = 79.054, m/z = 95.054 (фенол), m/z = 44.991 (вероятно, ацетальдегид) и не идентифицированные ЛОСы - m/z = 71.055 и m/z = 53.037. А также выявлено специфичные ЛОС как предиктор для ХОБЛ: m/z = 118,071 (индол), остальные ЛОС-предикторы оказались схожими с профилем при БА. 4. Проведено сравнение спектров ЛОС у пациентов с муковисцидозом (МВ), лимфангиолейомиоматозом (ЛАМ), бронхиальной астмой (БА) и ХОБЛ. Выявлено специфическое системное снижение ряда ЛОС (таких как, m/z =95.05 (фенол) и m/z=96.06 и m/z=118.07(индол) при МВ, повышение маркёров окислительного стресса и воспаления, вероятно, обусловленное курением у пациентов с ХОБЛ, промежуточный и менее выраженный характер метаболических сдвигов при БА и ЛАМ, а также существенные различия в топологии метаболических сетей, отражающие перераспределение ключевых узлов между группами. 5. Полученные результаты представлены в научных статьях, а также в виде постерных докладов на 48-й Европейской конференции по муковисцидозу (Милан, Италия, 4-7 июня 2025 года); в виде устных докладов на XXXV Национальном конгрессе по болезням органов дыхания с международным участием (Москва, 14-17 октября 2025 года); IV Всероссийской научно-практической конференции, посвященной 140-летию со дня рождения Н.Н. Аничкова «Инструментальная диагностика в руках клинициста (Санкт-Петербург, 14-15 февраля 2025 года), а также на XII Конгрессе «Инновационные технологии в респираторной медицине» (Астана, Казахстан, 17-19 апреля 2025 года).

 

Публикации

1. Мустафина М.Х., Силантьев А.С., Суворов А.Ю., Черняк А.В., Суворова О.А., Шмидт А.Е., Гордеева А.А., Вергун М.А., Гогниева Д.Г., Авдеев С.Н., Бетелин В.Б., Копылов Ф.Ю. Integrated Exhaled VOC and Clinical Biomarker Profiling for Predicting Bronchodilator Responsiveness in Asthma and COPD Patients. Diagnostics, Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), Basel, Switzerland, Diagnostics 2025, 15(21), 2738. (год публикации - 2025)
10.3390/diagnostics15212738

2. Марзуг Б.А., Чомахидзе П.Ш., Гогниева Д.Г., Гагарина Н.В., Силантьев А.С., Суворов А.Ю., Фоминых Е.В., Мустафина М.Х., Ершова Н.А., Гаджиахмедова А.Н., Копылов Ф.Ю. Machine Learning Model Discriminate Ischemic Heart Disease Using Breathome Analysis Biomedicines, Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), Basel, Switzerland, Biomedicines 2024, 12(12), 2814 (год публикации - 2024)
10.3390/biomedicines12122814

3. Мустафина М.Х., Красовский С.А., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Силантьев А.С., Суворов А.Ю., Копылов Ф.Ю. Online breath analysis with PTR-TOF-MS for metabolic signatures in adults with cystic fibrosis Journal of Cystic Fibrosis, Elsevier B.V., Netherlands, Journal of Cystic Fibrosis, Volume 24, S161 (год публикации - 2025)
10.1016/j.jcf.2025.03.1183

4. Мустафина М.Х., Силантьев А.С., Макарова М.А., Суворов А.Ю., Черняк А.В., Науменко Ж.К., Пахомов П.В., Першина Е.С., Суворова О.А., Шмидт А.Е., Гордеева А.А., Вергун М.А., Баханкова О., Гогниева Д.Г., Быкова А.А., Белевский А.С., Авдеев С.Н., Бетелин В.Б., Копылов Ф.Ю. Exhaled Breath Analysis in Lymphangioleiomyomatosis by Real-Time Proton Mass Spectrometry International Journal of Molecular Sciences, Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), Basel, Switzerland, Int. J. Mol. Sci. 2025, 26(13), 6005 (год публикации - 2025)
10.3390/ijms26136005

5. Черняк А.В., Мустафина М.Х., Макарова М.А., Пахомов П.В., Першина Е.С., Горбунков С.Д., Копылов Ф.Ю. Корреляционные связи между структурными и функциональными изменениями дыхательной системы у больных с лимфангиолейомиоматозом. "Вестник современной клинической медицины", Казань, Россия., Вестник современной клинической медицины. – 2025. – Т. 18, вып. 3. – С. 87–97. (год публикации - 2025)
10.20969/VSKM.2025.18(3).87-97

6. Черняк А.В., Мустафина М.Х., Красовский С.А., Науменко Ж.К., Нистор С.Ю., Горбунков С.Д., Копылов Ф.Ю. Сравнение результатов спирометрии у взрослых пациентов с муковисцидозом при использовании различных референсных значений. Журнал "Пульмонология", Москва., Пульмонология. 2025; 35 (3): 340–349. (год публикации - 2025)
10.18093/0869-0189-2025-35-3-340-349