КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 23-23-00485
НазваниеИсследование эволюции электронных состояний с вакансиями внутренних уровней в гидратированных биомолекулах
Руководитель Скитневская Анна Дмитриевна, Кандидат химических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Иркутский государственный университет" , Иркутская обл
Конкурс №78 - Конкурс 2022 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 03 - Химия и науки о материалах; 03-504 - Электронно-возбужденные системы, фотохимия, радиационная химия, спиновая химия
Ключевые слова ионизированные состояния; двукратно ионизированные состояния; спектр внутривалентной ионизации; Оже процессы; межмолекулярный кулоновский распад (ICD); распад обусловленный переносом протона; гидратированные биомолекулы; перенос энергии; радиационное повреждение биосистем; защита от радиации; потенциал двукратной ионизации; пропагаторные методы; приближение алгебраического диаграммного построения (ADC); методы связанных кластеров; метод полного конфигурационного взаимодействия.
Код ГРНТИ31.15.15
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Проект направлен на решение фундаментальной проблемы изучения процессов переноса энергии, реорганизации электронных оболочек и перестройки молекулярной структуры в системах, моделирующих биомолекулы в водном окружении после их внутривалентной ионизации. В рамках проекта планируется рассмотреть различные механизмы распада высоковозбужденных состояний систем с внутривалентыми вакансиями, в первую очередь, нуклеиновых оснований с учетом водного окружения, а также азотсодержащих гетероциклов в водном окружении. Механизмы и предпочтительность тех или иных каналов релаксации возбужденных состояний зависят от природы системы, ее размера, глубины расположения вакансий, окружения и других факторов.
Показано, что в биомолекулах при образовании внутривалентных вакансий избыточной энергии может оказаться достаточно для испускания дополнительного электрона с образованием вторичных вакансий [1], в такой ситуации процессы излучения, внутренней конверсии или рассеяния в среде будут второстепенную роль. Принципиальным критерием возможности выброса системой второго электрона является превышение энергией распадающегося однократно ионизированного состояния потенциала двукратной ионизации. Локальный сценарий отрыва электрона (вторая вакансия образуется на той же молекуле или фрагменте что и первая) соответствует классическому Оже-распаду.
В слабосвязанных системах, к которым относятся биомолекулы, связанные водородными связями с водным окружением, больший интерес представляют становящиеся здесь возможными нелокальные процессы утилизации энергии с участием нескольких фрагментов. К подобным нелокальным механизмам распада возбужденных состояний катион-радикалов относится межмолекулярный кулоновский распад (Intermolecular Coulombic Decay, ICD). Первоначально предсказанный теоретически в 1997 году ICD [2], который активно изучаться экспериментальными и расчетными методами, и в настоящее время хорошо известно, что он имеет общий характер и реализуется во многих системах. Несколько менее эффективный, но также значимый нелокальный канал эволюции – распад, обусловленный переносом электрона (Electron-Transfer-Mediated Decay, ETMD) [1]. Изучение эволюции систем с внутривалентными вакансиями представляет серьезный вызов как теории, так и эксперименту. Одним из показательных экспериментально-теоретических исследований последнего времени в данной области является работа с участием заявителей проекта [3], в которой было установлено, что ICD является предпочтительным каналом эволюции при ионизации воды, находящейся в непосредственной близости от молекулы тетрагидрофурана, моделирующей остаток дезоксирибозы в структуре ДНК. Согласно результатам другого важного экспериментального исследования последнего времени [4], ICD является источником большого количество медленных электронов, регистрируемых при облучении жидкой воды и ответственных во многих случаях за радиационное повреждение биосистем.
Ввиду очевидной значимости ICD и других нелокальных процессов эволюции состояний с вакансиями внутренних уровней в системах биомолекула-окружение в рамках данного проекта планируется рассмотреть ряд все еще остающихся открытыми вопросов, к числу которых относятся следующие. Может ли канал ICD-распада быть ведущим при эволюции состояний в системе из двух биомолекул, например, в паре нуклеиновых оснований? Как вероятность ICD-распада зависит от миграции протонов водородных связей между соседними фрагментами? Каков механизм распада состояний с внутренними вакансиями в системах с π-сопряжением и π-стекингом? Все эти вопросы можно рассматривать как ключевые, если речь идет о радиационном повреждении биосистем, в особенности ДНК.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Трофимов А. Б., Якимова Э. К., Громов Е. В., Скитневская А. Д.
ТЕОРЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ЭЛЕКТРОННОГО СТРОЕНИЯ И СПЕКТРА ИОНИЗАЦИИ γ-ПИРОНА
Журнал органической химии, 59, 10, 1363-1374 (год публикации - 2023)
10.31857/S0514749223100075
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В течение второго года реализации проекта продолжалось проведение расчетов спектров однократной и двукратной ионизации димеров и комплексов гидратированных гетероциклических молекул, а также нуклеиновых оснований. Расчеты проводились с использованием высокоуровневых квантовохимических подходов – пропагаторных схем алгебраического диаграммного построения (ADC) второго и третьего порядка и метода уравнений движения для связанных кластеров (EOM-CC) на уровне модели CCSD. Также была продолжена методическая работа по изучению ошибок используемых в проекте схем расчета спектров однократной и двукратной ионизации, правильное понимание которых чрезвычайно важно при проведении исследований по тематике проекта. Более конкретно были проведены нижеследующие исследования.
1. В рамках методической части изучение точности схем DIP-ADC(2) и EOM-DIP-CCSD было расширено на класс анионных систем с закрытой оболочкой, а также продолжен анализ точности схем IP-ADC(3) и IP-EOM-CCSD по отношению к сателлитным состояниям в спектрах однократной ионизации.
а) На примере ряда тестовых анионных систем CN–, OH–, NH2–, NO2– оценены ошибки методов DIP-ADC(2) и EOM-DIP-CCSD относительно данных метода полного конфигурационного взаимодействия (FCI). Для основных состояний типа 2h средняя абсолютная ошибка ADC(2) составляет 0.90 эВ, а EOM-DIP-CCSD 0.67 эВ. Средняя ошибка со знаком методов ADC(2) и EOM-DIP-CCSD имеет примерно тот же порядок, но разную направленность. Гораздо более значительные ошибки получены для сателлитных состояний типа 3h-1p, при этом ошибка метода CCSD выше, чем ADC почти втрое, оба метода завышают энергии относительно FCI.
б) Исследования ошибок схем IP-ADC(3) и IP-EOM-CCSD в описании сателлитных состояний в спектрах однократной ионизации проведено на примере недавно полученного экспериментально спектра ионизации 6,6-диметил-фульвена [M. H. Palmer et. al, Chem. Phys. Lett. 2022, 796, 139558]. Во внутривалентной области спектра, рассчитанного в рамках IP-ADC(3), в хорошем согласии с экспериментальными данными предсказываются множественные сателлитные переходы, тогда как в спектре, полученном по методу IP-EOM-CCSD, сателлитные переходы в данной области практически не предсказываются, что указывает на имеющиеся принципиальные трудности с корректным описанием сателлитных состояний в данном методе.
2. С привлечением метода связанных кластеров на уровне приближения EOM-DIP-CCSD рассмотрено влияние на спектр дикатионных состояний числа молекул воды и их ориентации в комплексах урацила (U) U-nH2O, n = 1 – 4. Показано, что наименьшие энергии ICD-состояний обеспечиваются при координации воды по положениям, наиболее характерным для урацила в составе РНК. Энергия состояний с вакансиями на разных молекулах понижается с увеличением числа молекул воды от 1 до 3 и далее не изменяется. При этом количество дикатионных состояний ICD-типа возрастает с увеличением числа молекул окружения, что указывает на важную роль нелокальных распадов в растворе. Аналогичный вывод получен для ди- и тетра-гидратированных комплексов имидазола. В системе димер урацила - одна молекула воды энергии низших ICD состояний с образованием одной вакансии на урациле и одной на воде близки к полученным для систем U-nH2O. При этом наименьшие энергии имеют дикатионные состояния с вакансиями, распределёнными между двумя молекулами урацила.
3. Исследованы процессы ICD в димерах гетероциклов с различными типами межмолекулярных взаимодействий.
а) Для ряда ароматических димеров, представляющих собой различные комбинации молекул бензола, пиридина и пиримидина, проведено экспериментально-теоретическое исследование ICD-процессов, индуцированных электронным ударом, которое включало трехмерную одномоментную визуализацию электронно-ионного импульса продуктов распада и неэмпирические расчеты, выполненные в рамках проекта. Эксперимент проводился нашими коллегами из КНР. Исследованы ICD в димерах гетероциклов с различными типами связывания, такими как: водородная связь, C-H-π-координация и π-стеккинг. Показано, что процесс ICD может быть использован для идентификации наличия комплексов с перечисленными типами взаимной ориентации молекул и относительной предпочтительности различных ориентаций в газовой фазе. Полученные результаты демонстрируют, что изучение распада по механизму ICD предоставляет чувствительный инструмент для исследования структуры слабосвязанных молекулярных систем.
б) Рассчитаны спектры двукратной ионизации в димерах нуклеиновых оснований тимин- аденин. Рассмотрены комплексы с двумя типами взаимодействий – водородное связывание и π-стеккинг. Наименьшие энергии двукратной ионизации получены для ориентаций, которые реализуются в ДНК, при этом энергия ICD для водородносвязанных димеров несколько меньше чем для стэкинг-связанных. Энергия образования ICD-состояний значительно ниже чем Оже-состояний. Таким образом, наличие соседнего фрагмента биомолекулы открывает возможность протекания процесса автоионизации системы при более низких энергиях через нелокальный ICD распад.
4. По результатам проекта представлены устные доклады на 2 научных конференциях.
1. Приглашенный доклад: «Intermolecular Coulombic decay – an ultrafast intermolecular energy transfer mechanism. The case of biologically relevant systems» на международной школе-конференции «современные проблемы химической физики и теоретической химии», 1 - 5 июля 2024 г., Клязьма, Московская область.
Презентация доступна по ссылке: https://lk.challenges2024.ru/n.php?n=5#current
2. Устный доклад: «Intermolecular Coulombic decay of inner-valence vacancies in biologically relevant systems. Theory meets experiment» на Международной конференции «Спектроскопия многих частиц в атомах, молекулах, кластерах и поверхностях» (MPS2024) с 23 по 27 апреля 2024 г., Шанхай, Китай.
https://conferences.koushare.com/mps2024/custom/1365
Публикации
1.
Гришкова В.М., Крицкий О.Р., Трофимов А.Б., Скитневская А.Д.
Теоретическое исследование влияния межмолекулярных взаимодействий на спектр двукратно ионизированных состояний в системах урацил – nH2O (n = 1- 4)
Журнала структурной химии, ЖСХ, т.66, №2, 2025, 140030 (год публикации - 2025)
10.26902/JSC_id140030
2.
Трофимов А. Б., Скитневская А. Д., Белоголова А. М., Якимова Э. К., Громов Е. В.
A Study of the Ionization Spectrum of 6,6-Dimethylfulvene Using Algebraic-Diagrammatic Construction and Coupled Cluster Methods
RUSSIAN JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, 98 (5), 878–885 (год публикации - 2024)
10.1134/S0036024424050297
3.
Чжоу Дж., Цзя С., Сюэ Х., Скитневская А.Д., Ван Э., Ван Х., Хао Х., Цзэн Ц., Кулефф А.И., Дорн А., Рен, Х.
Revealing the Role of N Heteroatoms in Noncovalent Aromatic Interactions by Ultrafast Intermolecular Coulombic Decay
The Journal of Physical Chemistry Letters, 15 (5), 1529–1538 (год публикации - 2024)
10.1021/acs.jpclett.3c02979
Возможность практического использования результатов
Полученные результаты дополняют ведущиеся исполнителями проекта разработки квантовохимических программ и, таким образом, вносят вклад в развитие отечественного программного обеспечения (ПО) для квантовохимических расчетов. Использование такого рода ПО на сегодняшний день является неотъемлемой составляющей мировых практик по разработке новых материалов и химических соединений с заданными свойствами в различных областях промышленности и науки. Тем не менее, имеет место острый дефицит отечественных программных продуктов такого типа. В РФ в основном используются импортные программы, большая часть из которых на сегодняшний день не доступны для покупки российскими организациями.