КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

---

Номер проекта 22-24-01076

НазваниеСравнительная геномика: анализ эволюционных изменений синтенных блоков хромосом (отряды Хищных и Китопарнокопытных) на основе карт Hi-C

Руководитель Воробьева Надежда Валентиновна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной и клеточной биологии Сибирского отделения Российской академии наук , Новосибирская обл

Конкурс №64 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-105 - Эволюционная биология

Ключевые слова сборка геномов, Hi-C, хромосомные перестройки, млекопитающие, эволюция, генетика сохранения видов, цитогенетика, структура хромосом, эволюция кариотипов

Код ГРНТИ34.23.23

---

 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

---

Аннотация
Сравнительная геномика является мощным и многоплановым инструментом для исследования эволюции геномов млекопитающих, включая геном человека. Недавно появились обширные возможности для проведения сравнительного анализа на уровне полных геномов. Особенно важным стало появление геномных сборок до уровня хромосом. Такой прорыв во многом обеспечен применением метода захвата конформации хромосом Hi-C для создания сборок геномов до уровня хромосом. Метод оказался настолько эффективным, что уже собраны до уровня хромосом геномы почти 200 видов млекопитающих. На настоящий момент анализ геномов с точки зрения эволюционных хромосомных перестроек является чрезвычайно актуальным и был осуществлен лишь в единичных работах. В настоящем проекте мы планируем использовать имеющиеся контактные карты Hi-C для попарных сравнений геномов с целью выявления и анализа эволюционных хромосомных перестроек. Сравнительный анализ будет проводиться на примере двух отрядов млекопитающих, в которых эволюционные преобразованиях хромосом хорошо исследованы методом хромосомного пейнтинга - отряды Хищных и Китопарнокопытных. Запланировано получение контактных карт Hi-C для ряда видов из этих двух отрядов. В настоящем проекте будут разработаны подходы для интеграции данных сравнительного анализа геномов по имеющимся данным хромосомного пейнтинга, с использованием новейших контактных карт Hi-C и полногеномных последовательностей. Такой сравнительный анализ позволит точно описать межхромосомные и, возможно, внутрихромосомные эволюционные перестройки, выявить районы консервативных синтений, идентифицировать точки разрывов хромосом и рассчитать темпы эволюционных хромосомных перестроек для отдельных таксонов. Места эволюционных разрывов хромосом при таком подходе будут описаны геномными координатами, что позволит в последующих исследованиях изучать их более детально. Разрабатываемый в проекте подход в дальнейшем позволит быстро и эффективно проводить поиск эволюционных хромосомных перестроек и мест разрывов хромосом в любых ветвях древа млекопитающих открывая путь к пониманию механизмов крупных геномных преобразований на уровне хромосом, которые в настоящий момент остаются непонятыми, и создания современных моделей для тестирования механизмов хромосомных перестроек.

---

 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

---