КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 22-16-00165
НазваниеИзучение геномных характеристик и факторов, обеспечивающих протективный потенциал и остаточную вирулентность штаммов микроорганизмов, применяемых в качестве ветеринарных вакцин
Руководитель Федорова Валентина Анатольевна, Доктор медицинских наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Саратовский государственный университет генетики, биотехнологии и инженерии имени Н.И. Вавилова" , Саратовская обл
Конкурс №68 - Конкурс 2022 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки; 06-203 - Ветеринария
Ключевые слова ветеринарные вакцины, сельскохозяйственные животные, инфекционные заболевания сельскохозяйственных животных, секвенирование, протективный иммунитет, протективные антигены, остаточная вирулентность
Код ГРНТИ68.41.00, 68.41.05, 68.41.35
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Вакцинопрофилактика занимает одно из ведущих мест среди мер по противодействию распространения заразных, в том числе, особо опасных инфекций животных. Согласно официальной позиции Продовольственной и сельскохозяйственной организации Объединенных Наций (ФАО) (https://www.fao.org/), применение ветеринарных вакцин обеспечивает надежную защиту здоровья не только животных, но и людей. В первую очередь, это связывают с высоким потенциалом вакцинных препаратов, позволяющим предотвращать или значительно затруднять передачу инфекций, общих для человека и животных, от больных и/или инфицированных сельскохозяйственных (СХЖ), диких и домашних животных, непосредственно людям. Не менее важным результатом успешного применения ветеринарных профилактических препаратов является снижение заболеваемости продуктивных животных и птиц целым рядом инфекционных болезней, вплоть до их полного искоренения. Современным примером высокой эффективности ветеринарных вакцин может служить ликвидация на планете такой опасной инфекции как чума крупного рогатого скота (КРС), чего удалось достичь совсем недавно - в 2011 году. Очевидно, что помимо сохранения здоровья животных, применение ветеринарных вакцин в реальном секторе сельского хозяйства способствует повышению продуктивности животноводства и росту поголовья не только в нашей стране, но и за рубежом. Поэтому основной стратегией ФАО в настоящее время является обеспечение фермеров качественными ветеринарными вакцинами, в том числе на основе использования современных иммунобио- и геномных технологий с целью совершенствования имеющихся и/или создания более эффективных безопасных профилактических ветеринарных препаратов нового поколения, пригодных для борьбы с заразными инфекциями, общими для животных и человека.
Российская Федерация располагает ветеринарными вакцинами против большинства заразных, в том числе, опасных болезней животных. Однако практически все эти препараты были разработаны по технологиям 19 века, причем большая часть - еще в середине прошлого столетия, и представляют собой живые или убитые штаммы микроорганизмов, аттенуированные путем многократных пассажей in vitro на твердых или жидких питательных средах (для бактериальных штаммов) либо клеточных линиях (вирусы). Следует отметить, что для большинства данных вакцин молекулярные механизмы аттенуации возбудителя остаются не изученными, а генетические паспорта штаммов-продуцентов не описаны. В то же время, в мировой практике имеются случаи не только недостаточной идентификации микроорганизма, используемого в качестве вакцинного [Lamien CE et al., 2011; Tulman ER et al., 2001; Tuppurainen ES et al., 2014; Omoga D et al., 2016; Haegeman et al., 2021], но даже применения полновирулентного штамма для иммунизации СХЖ вследствие отсутствия понимания механизмов аттенуации штамма-прародителя и контроля генома полученных дериватов [Longbottom D et al., 2018]. Вместе с тем, применение живых цельно-клеточных вакцин (ЖЦКВ) равно как и убитых цельно-клеточных вакцин (УЦКВ) в настоящее время ограничивается и Всемирной Организацией здравоохранения (ВОЗ) и ФАО во всем мире по целому ряду причин, наиболее значимыми из которых являются высокий потенциальный риск применения таких вакцин для здоровья животных и персонала ввиду частых поствакцинальных осложнений вплоть до реверсии живых вакцинных штаммов в вирулентную форму, снижение качества продуктов животноводства и трудностей дифференциации вакцинального и инфекционного процессов в случаях возникновения вспышки инфекции у вакцинированного поголовья.
Очевидно, что применение отечественных ветеринарных вакцин в свое время позволило остановить распространение ряда инфекционных заболеваний животных, таких как бешенство, сибирская язва, чума верблюдов и др. После нескольких повторяющихся вспышек ЗУД КРС на территории нашей страны в 2015-2020 гг., использование отечественных гетерологичных вакцин обеспечило значительное снижении заболеваемости поголовья КРС в РФ данной инфекцией. Однако, несмотря на определенную эффективность, применение для данного типа вакцин живых вирусов оспы овец и коз, относящихся, согласно Перечню заразных, в том числе особо опасных, болезней животных, по которым могут устанавливаться ограничительные мероприятия (карантин) (Приказ Минсельхоза РФ от 19 декабря 2011 г. N 476 с изменениями и дополнениями от: 20 июля 2016 г., 30 января, 15 февраля 2017 г., 25 сентября 2020 г., далее - Перечень заразных болезней животных), к особо опасным заболеваниям животных, рассматривается Евросоюзом как неприемлемый вариант иммунизации СХЖ, что существенно снижает экспортный потенциал животноводческой продукции из неблагополучных хозяйств РФ. В свою очередь иммунизация гомологичными вакцинами против ЗУД КРС, широко используемыми за рубежом, приводит к появлению и быстрому распространению вирулентных рекомбинантных вариантов, несущих фрагменты генома вакцинных и полевых штаммов вируса [Sprygin A et al. 2018; 2020], и, по-видимому, обладающих большей вирулентностью, чем полевые изоляты [Kononova et al., 2020]. Очевидно, что вакцины на основе рекомбинантных протективных белков имеют потенциал стать безопасной и эффективной альтернативой для эрадикации возбудителей особо опасных инфекций животных, таких как ЗУД, оспа овец и коз, а также ряда других инфекций СХЖ.
Вместе с тем, реализация Доктрины продовольственной безопасности Российской Федерации (Указ Президента РФ от 21 января 2020 г. N 20 "Об утверждении Доктрины продовольственной безопасности Российской Федерации") равно как и Федерального проекта «Экспорт продукции АПК» в рамках Национального проекта «Международная кооперация и экспорт» (http://government.ru/info/35564/) с целью продвижении продукции отечественного животноводства на внешние рынки предусматривает выполнение ряда международных требований. Так, для обеспечения безопасности экспортируемых подконтрольных товаров, необходима, с одной стороны, сертификация со стороны Международного эпизоотического бюро (МЭБ), подтверждающая статусы РФ в качестве страны/зоны/компартмента, свободной от ряда инфекционных болезней животных. С другой стороны, предопределяет применение для массовой вакцинации продуктивных животных и птиц профилактических препаратов, соответствующих международным стандартам безопасности и гуманного обращения с поголовьем, в том числе, предусматривающем сокращение поствакцинальных осложнений и рисков инфицирования компонентами живых или убитых ветеринарных вакцин. Современные геномные и постгеномные технологии в сочетании с методами молекулярной иммунологии, микробиологии, геномики, биоинформатики и биостатистики позволяют качественным образом реализовать вышеуказанные задачи. Поэтому, несомненно, актуальным является генетическая паспортизация штаммов микроорганизмов, используемых в качестве отечественных ветеринарных вакцин для СХЖ. Подобная детальная генетическая характеристика штаммов-продуцентов необходима для совершенствования отраслевых стандартных образцов отечественных иммунобиологических средств специфической профилактики и повышения их конкурентноспособности на внутреннем и международном рынке. В первую очередь это касается профилактических препаратов против заразных, в том числе, опасных болезней животных (Перечень заразных болезней животных). Очевидно, что проведение таких исследований должно включать как сравнительное исследование указанных штаммов с нуклеотидными последовательностями диких вирулентных штаммов, циркулирующих в настоящее время, а также изолированных ранее в рамках ретроспективного анализа для понимания клональной эволюции микроорганизмов, в том числе, с применением современных методов когерентной оптики, биоинформатики и биостатистики, так и выявление генов, ответственных за экспрессию продуктов, так или иначе связанных с «остаточной вирулентностью» вакцинных штаммов. Не менее важным этапом является сравнительный геномный анализ отечественных вакцинных штаммов с вариантами, используемыми для зарубежных ветеринарных вакцин против соответствующих инфекций СХЖ, а также штаммов, используемых отдельными производителями отечественных ветеринарных вакцин. Последующая аннотация и идентификация иммунореактивных антигенов равно как и других важных факторов, с применением иммуноинформатики и других современных инструментов позволит определить конкретные пути к модернизации отечественных ветеринарных вакцин и, в перспективе, созданию современных безопасных высокоэффективных отечественных вакцин нового поколения, в том числе, ориентированных на профилактику нескольких инфекционных заболеваний СХЖ.
В рамках настоящего проекта впервые ставится задача комплексного исследования генетической организации отечественных штаммов, применяемых в качестве ветеринарных вакцин и востребованных на рынке ветеринарных препаратов. Особым преимуществом заявки является выполнение исследования на базе ФГБНУ ФИЦВиМ, обладающим собственными производственными мощностями и ресурсами, Государственной коллекцией микроорганизмов, а также значительным опытом в производстве ветеринарных диагностикумов и вакцин, в том числе в рамках выполнения государственного заказа.
Впервые будут изучены сравнительные генетические характеристики производственных штаммов микроорганизмов против заразного узелкового дерматита КРС (ЗУД КРС), оспы овец и коз, энзоотического аборта овец (ЭАО), хламидиоза, листериоза и сальмонеллеза. Полученные данные могут служить основой для совершенствования отраслевых стандартных образцов отечественных ветеринарных вакцин с возможностью отслеживания и сохранения качества штаммов-продуцентов на молекулярном уровне, что, помимо фундаментальных знаний о механизмах аттенуации и протективных факторах релевантных микроорганизмов, безусловно повысит конкурентоспособность отечественных иммунобиологических препаратов на внутреннем и международном рынке. Сравнительных анализ с доступными релевантными геномами микроорганизмов, используемыми за рубежом в качестве ветеринарных вакцин, впервые позволит выявить ключевые молекулярные таргеты, перспективные для совершенствования существующих отечественных препаратов и повышения их эффективности. Применение филогенетического и кластерного анализа будет иметь особую значимость для прояснения эволюционных связей штаммов, используемых в качестве отечественных ветеринарных вакцин, со штаммами гомологичных микроорганизмов, обнаруженных у диких, домашних и сельскохозяйственных животных и птиц, а также людей в хозяйствах, фермах, включая личные подсобные хозяйства (ЛПХ), охотхозяйства и зверофермы, а также промышленных предприятиях разных стран мира.
Применение иммуноинформатики и биостатистики создаст условия для идентификации конкретных молекулярных мишеней, отвечающих за протективные и антигенные свойства и токсичность вакцинных штаммов, а также аллергизацию животных, что крайне важно для конструирования ветеринарных вакцин нового поколения – высокоэффективных и безопасных для СХЖ как современной инновационной альтернативы ЖЦКВ и УЦКВ. Отдельное внимание будет уделено фундаментальным аспектам разработки дуплексных и мультиплексных ветеринарных вакцин, не имеющих аналогов в мировой ветеринарной практике. Предполагается также провести исследования по поиску оригинальных маркеров иммунного ответа, позволяющих оценить иммуногенность для отдельных групп СХЖ кандидатных вакцинных штаммов и конкретных антигенов, обладающих высоким протективным потенциалом. Для этого будут использованы современные методов молекулярной иммунологии в сочетании с методами молекулярного моделирования и предиктивного анализа. Научный приоритет для отечественной и мировой вакцинологии будут иметь сведения о специфических иммунологических маркерах, позволяющих различать у животных ответ на введение ветеринарной вакцины или инфицирование соответствующим патогеном, что важно с точки зрения необходимости введения ограничительных или карантинных мероприятий при массовой иммунизации поголовья.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. ИЗУЧЕНИЕ ИММУНОГЕННЫХ СВОЙСТВ ИНАКТИВИРОВАННОГО ШТАММА С. PSITTACI АМК-16 НА БЕЛЫХ АУТБРЕДНЫХ МЫШАХ ЭФФЕКТИВНЫЙ МЕНЕДЖМЕНТ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ: стратегии инноваций, Сб. материалов III международной научно-практической конференции «Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций», 29-30 сентября 2022 г., СГМУ им. В.И. Разумовского, Саратов, 2022. – С. 207-210. (год публикации - 2022)
2.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, номер 3 (год публикации - 2023)
DOI:10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
3.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, № 3, с. 18-24. (год публикации - 2023)
10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
4.
Федорова В.А., Зайцев С.С., Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Салтыков Ю.В., Хижнякова М.А., Евстифеев В.В., Ларионова О.С.
Whole genome sequencing characteristics of Chlamydia psittaci caprine AMK-16 strain, a promising killed whole cell veterinary vaccine candidate against chlamydia infection.
PLOS One, PLoS One. 2023 Oct 30;18(10):e0293612. (год публикации - 2023)
10.1371/journal.pone.0293612
5.
Зимняков Д.А., Алонова М.В., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Федорова В.А.
Polarization- and chaos-game-based fingerprinting of molecu- 2 lar targets of Listeria monocytogenes vaccine and fully-viru- 3 lent strains
Current Issues in Molecular Biology, 45(12):10056-10078 (год публикации - 2023)
10.3390/cimb45120628
6.
Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Predictive analysis of T-cell immuno-reactive epitopes involved in the interaction of Listeria monocytogenes with bovine MHC class I molecules
FEBS Open Bio, FEBS Open Bio, 2023. - Volume 13, Supplement 2, P. 163. (год публикации - 2023)
10.1002/2211-5463.13646
7. Кичемазова Н.В., Зайцев С.С., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. Анализ распространенности основных клональных линий Listeria monocytogenes на территории Российской Федерации в 1947-2023 гг. Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. – Москва, 2023. – С. 101. (год публикации - 2023)
8. Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. In silico анализ влияния вариабельности гена hly на формирование T-клеточных эпитопов листерилизина О – кандидата в субъединичные вакцины против листериоза Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. Москва, 2023. – с. 320 - 321. (год публикации - 2023)
9. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Евстифеев В.В., Ларионова О.С., Федорова В.А. Immune response induced by the inactivated Chlamydia psittaci strain in mouse model UMS Series. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges?, UMS Series 2023. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges? 30 March – 1 April 2023, Belgrad, Serbia. – P.104 (год публикации - 2023)
10.
Сергей Зайцев, Мария Хижнякова, Юрий Салтыков, Виталий Евстифеев, Фидаил Хусаинов, Светлана Иванова, Дарья Морозова, Сергей Яковлев, Ольга Ларионова, Валентина Федорова
Complete Genome Sequence of Chlamydia psittaci АМК-16, Isolated from a Small Ruminant in the Middle Volga Region, Russia
Microbiology Resource Announcements, 13(5):e0054323 (год публикации - 2024)
10.1128/mra.00543-23
11.
Валентина А. Федорова, Сергей С. Зайцев, Мария А. Хижнякова, Максим С. Лаврухин, Дарья Г. Оглодина, Юрий В. Салтыков и Ольга С. Ларионова
Data Descriptor: Complete genome of Listeria monocytogenes AUF, used as a live listeriosis veterinary vaccine
Scientific Data, 11(1):643 (год публикации - 2024)
10.1038/s41597-024-03440-8
12. Зайцев С. С. , Кичемазова Н. В. , Салтыков Ю. В., Оглодина Д. Г., Ларионова О. С. , Федорова В. А. Анализ маркеров вирулентности и антибиотикорезистентности штамма Listeria monocytogenes АУФ Биосистемы: организация, поведение, управление, С. 135 (год публикации - 2024)
13.
Валентина ФЕДОРОВА, Юрий САЛТЫКОВ, Виталий ЕВСТИФЕЕВ, Фидаил ХУСАИНОВ, Светлана ИВАНОВА, Дарья МОРОЗОВА, Сергей ЯКОВЛЕВ, Ольга ЛАРИОНОВА
Russian Vaccines against Chlamydia Infection in Livestock
Acta Veterinaria Eurasia, 50: 230-241 (год публикации - 2024)
10.5152/actavet.2024.23049
14. Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Урядова Г.Т., Оглодина Д.Г., Ларионова О.С., Федорова В.А. Изучение гуморального иммунного ответа на рекомбинантный листериолизин - потенциальный компонент рекомбинантных моновалентных ветеринарных листериозных вакцин Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 289 (год публикации - 2024)
15. Федорова В.А. Молекулярно-генетические технологии для совершенствования вакцинопрофилактики листериоза сельскохозяйственных животных Биотехнологии в России - создавая здоровое будущее: наука и практика (год публикации - 2024)
16. Лаврухин М.С., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Ларионова О.С., Федорова В.А. Comparative analysis of bovine T-cell epitopes of the GPCR protein predicted in silico for vaccine and fully virulent Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) strain 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
17.
Кичемазова Н.В., Чупинина В.А., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Вакцинопрофилактика сальмонеллеза в Российской Федерации
Ветеринария, № 11, С. 11-16 (год публикации - 2024)
10.30896/0042-4846.2024.27.11.11-16
18. Федорова В.А. Перспективы создания эффективной безопасной вакцины нового поколения против сальмонеллеза свиней БИОТЕХНОЛОГИЯ: НАУЧНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И СВЯЗЬ С ПРОИЗВОДСТВОМ (год публикации - 2024)
19. Ляпина А. М., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С., Салтыков Ю. В., Зайцев С. С., Федорова В. А. Evaluation of the humoral immune response in cattle induced by a heterologous vaccine against lumpy skin disease in the Saratov region, Russian Federation Transboundary and Emerging Diseases (год публикации - 2025)
20. Кичемазова Н., Зайцев С., Салтыков Ю., Ларионова О., Забережный Д., Федорова В. MLST Evidence of Two Different Sequence Types for Listeria Monocytogenes Strains Used for The Commercial Veterinary Vaccine Against Listeriosis Zoonoses (год публикации - 2025)
21. Зайцев С. С., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С. , Оглодина Д. Г. , Ларионова О. С., Федорова В. А. Биоинформатический анализ полиморфизма генов интерналинов inlA и inlB штамма Listeria monocytogenes АУФ Сборник тезисов Международного Конгресса «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300‑летию российской науки и высшей школы». Саратов, 14–19 июня 2024 года , С. 451 (год публикации - 2024)
22.
Лаврухин М., Кичемазова Н., Оглодина Д., Ларионова О., Зайцев С., Федорова В.
Mathematical modeling of the promising composition of the next generation safe epitope vaccine against porcine salmonellosis
Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: Четырнадцатая
международная мультиконференция , С. 2111-2112 (год публикации - 2024)
10.18699/bgrs2024-12.2-10
23. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Оглодина Д.Г., Урядова Г.Т., Ларионова О.С., Федорова В.А. Humoral responses elicited by the attenuated vaccine Listeria monocytogenes strain auf and its parental strain ‘a’ in mice 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
24. Федорова В.А., Лаврухин М.С., Оглодина Д.А., Ларионова О.С. Живая листериозная вакцина: анализ протективных эпитопов методом in silico Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 109 (год публикации - 2024)
25. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. Изучение иммуногенных свойств инактивированного штамма C. psittaci АМК-16 на белых аутбредных мышах Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций: III Международная научно-практическая конференция, С. 207-210 (год публикации - 2022)
Публикации
1. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. ИЗУЧЕНИЕ ИММУНОГЕННЫХ СВОЙСТВ ИНАКТИВИРОВАННОГО ШТАММА С. PSITTACI АМК-16 НА БЕЛЫХ АУТБРЕДНЫХ МЫШАХ ЭФФЕКТИВНЫЙ МЕНЕДЖМЕНТ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ: стратегии инноваций, Сб. материалов III международной научно-практической конференции «Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций», 29-30 сентября 2022 г., СГМУ им. В.И. Разумовского, Саратов, 2022. – С. 207-210. (год публикации - 2022)
2.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, номер 3 (год публикации - 2023)
DOI:10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
3.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, № 3, с. 18-24. (год публикации - 2023)
10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
4.
Федорова В.А., Зайцев С.С., Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Салтыков Ю.В., Хижнякова М.А., Евстифеев В.В., Ларионова О.С.
Whole genome sequencing characteristics of Chlamydia psittaci caprine AMK-16 strain, a promising killed whole cell veterinary vaccine candidate against chlamydia infection.
PLOS One, PLoS One. 2023 Oct 30;18(10):e0293612. (год публикации - 2023)
10.1371/journal.pone.0293612
5.
Зимняков Д.А., Алонова М.В., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Федорова В.А.
Polarization- and chaos-game-based fingerprinting of molecu- 2 lar targets of Listeria monocytogenes vaccine and fully-viru- 3 lent strains
Current Issues in Molecular Biology, 45(12):10056-10078 (год публикации - 2023)
10.3390/cimb45120628
6.
Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Predictive analysis of T-cell immuno-reactive epitopes involved in the interaction of Listeria monocytogenes with bovine MHC class I molecules
FEBS Open Bio, FEBS Open Bio, 2023. - Volume 13, Supplement 2, P. 163. (год публикации - 2023)
10.1002/2211-5463.13646
7. Кичемазова Н.В., Зайцев С.С., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. Анализ распространенности основных клональных линий Listeria monocytogenes на территории Российской Федерации в 1947-2023 гг. Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. – Москва, 2023. – С. 101. (год публикации - 2023)
8. Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. In silico анализ влияния вариабельности гена hly на формирование T-клеточных эпитопов листерилизина О – кандидата в субъединичные вакцины против листериоза Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. Москва, 2023. – с. 320 - 321. (год публикации - 2023)
9. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Евстифеев В.В., Ларионова О.С., Федорова В.А. Immune response induced by the inactivated Chlamydia psittaci strain in mouse model UMS Series. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges?, UMS Series 2023. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges? 30 March – 1 April 2023, Belgrad, Serbia. – P.104 (год публикации - 2023)
10.
Сергей Зайцев, Мария Хижнякова, Юрий Салтыков, Виталий Евстифеев, Фидаил Хусаинов, Светлана Иванова, Дарья Морозова, Сергей Яковлев, Ольга Ларионова, Валентина Федорова
Complete Genome Sequence of Chlamydia psittaci АМК-16, Isolated from a Small Ruminant in the Middle Volga Region, Russia
Microbiology Resource Announcements, 13(5):e0054323 (год публикации - 2024)
10.1128/mra.00543-23
11.
Валентина А. Федорова, Сергей С. Зайцев, Мария А. Хижнякова, Максим С. Лаврухин, Дарья Г. Оглодина, Юрий В. Салтыков и Ольга С. Ларионова
Data Descriptor: Complete genome of Listeria monocytogenes AUF, used as a live listeriosis veterinary vaccine
Scientific Data, 11(1):643 (год публикации - 2024)
10.1038/s41597-024-03440-8
12. Зайцев С. С. , Кичемазова Н. В. , Салтыков Ю. В., Оглодина Д. Г., Ларионова О. С. , Федорова В. А. Анализ маркеров вирулентности и антибиотикорезистентности штамма Listeria monocytogenes АУФ Биосистемы: организация, поведение, управление, С. 135 (год публикации - 2024)
13.
Валентина ФЕДОРОВА, Юрий САЛТЫКОВ, Виталий ЕВСТИФЕЕВ, Фидаил ХУСАИНОВ, Светлана ИВАНОВА, Дарья МОРОЗОВА, Сергей ЯКОВЛЕВ, Ольга ЛАРИОНОВА
Russian Vaccines against Chlamydia Infection in Livestock
Acta Veterinaria Eurasia, 50: 230-241 (год публикации - 2024)
10.5152/actavet.2024.23049
14. Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Урядова Г.Т., Оглодина Д.Г., Ларионова О.С., Федорова В.А. Изучение гуморального иммунного ответа на рекомбинантный листериолизин - потенциальный компонент рекомбинантных моновалентных ветеринарных листериозных вакцин Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 289 (год публикации - 2024)
15. Федорова В.А. Молекулярно-генетические технологии для совершенствования вакцинопрофилактики листериоза сельскохозяйственных животных Биотехнологии в России - создавая здоровое будущее: наука и практика (год публикации - 2024)
16. Лаврухин М.С., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Ларионова О.С., Федорова В.А. Comparative analysis of bovine T-cell epitopes of the GPCR protein predicted in silico for vaccine and fully virulent Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) strain 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
17.
Кичемазова Н.В., Чупинина В.А., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Вакцинопрофилактика сальмонеллеза в Российской Федерации
Ветеринария, № 11, С. 11-16 (год публикации - 2024)
10.30896/0042-4846.2024.27.11.11-16
18. Федорова В.А. Перспективы создания эффективной безопасной вакцины нового поколения против сальмонеллеза свиней БИОТЕХНОЛОГИЯ: НАУЧНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И СВЯЗЬ С ПРОИЗВОДСТВОМ (год публикации - 2024)
19. Ляпина А. М., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С., Салтыков Ю. В., Зайцев С. С., Федорова В. А. Evaluation of the humoral immune response in cattle induced by a heterologous vaccine against lumpy skin disease in the Saratov region, Russian Federation Transboundary and Emerging Diseases (год публикации - 2025)
20. Кичемазова Н., Зайцев С., Салтыков Ю., Ларионова О., Забережный Д., Федорова В. MLST Evidence of Two Different Sequence Types for Listeria Monocytogenes Strains Used for The Commercial Veterinary Vaccine Against Listeriosis Zoonoses (год публикации - 2025)
21. Зайцев С. С., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С. , Оглодина Д. Г. , Ларионова О. С., Федорова В. А. Биоинформатический анализ полиморфизма генов интерналинов inlA и inlB штамма Listeria monocytogenes АУФ Сборник тезисов Международного Конгресса «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300‑летию российской науки и высшей школы». Саратов, 14–19 июня 2024 года , С. 451 (год публикации - 2024)
22.
Лаврухин М., Кичемазова Н., Оглодина Д., Ларионова О., Зайцев С., Федорова В.
Mathematical modeling of the promising composition of the next generation safe epitope vaccine against porcine salmonellosis
Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: Четырнадцатая
международная мультиконференция , С. 2111-2112 (год публикации - 2024)
10.18699/bgrs2024-12.2-10
23. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Оглодина Д.Г., Урядова Г.Т., Ларионова О.С., Федорова В.А. Humoral responses elicited by the attenuated vaccine Listeria monocytogenes strain auf and its parental strain ‘a’ in mice 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
24. Федорова В.А., Лаврухин М.С., Оглодина Д.А., Ларионова О.С. Живая листериозная вакцина: анализ протективных эпитопов методом in silico Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 109 (год публикации - 2024)
25. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. Изучение иммуногенных свойств инактивированного штамма C. psittaci АМК-16 на белых аутбредных мышах Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций: III Международная научно-практическая конференция, С. 207-210 (год публикации - 2022)
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В рамках выполнения исследований, предусмотренных планом работ по проекту на третий год, основное внимание было уделено комплексному исследованию штаммов-продуцентов отечественных ветеринарных вакцин против сальмонеллеза СХЖ и ЗУД КРС. С этой целью были проведены сравнительные исследования соответствующих расшифрованных геномных последовательностей с ближайшими гомологами, в том числе, штаммов, применяемых в качестве вакцинных за рубежом, а также референтных вирулентных полевых изолятов. Согласно полученным данным, установлена принадлежность второго штамма-продуцента сальмонеллезной вакцины к ST68, к которому также относится штамм, применяемый в качестве живой вакцины против сальмонеллеза свиней, изученный в рамках предыдущего этапа выполнения проекта. Отличительной особенностью второго штамма оказалось отсутствие в геноме криптической плазмиды, найденной у первого штамма, а также наличие в хромосоме псевдогенов. Для продуцентов ветеринарных вакцин против сальмонеллеза СХЖ и ЗУД КРС определены гены «вирулентности», ключевые гены, продукты которых вовлечены в индукцию адаптивного или аберрантного иммунного ответа, обеспечивающего поствакцинальные осложнения у иммунизированных животных, составлены композиции отдельных антигенных компонентов на уровне индивидуальных эпитопов, перспективных для конструирования моно- и поливидовых универсальных вакцин нового поколения против соответствующих инфекционных болезней СХЖ. По результатам отдельных экспериментов выявлены иммунореактивные антигены вакцинных штаммов против сальмонеллеза и листериоза СХЖ, а также ЗУД КРС, индуцирующие выработку специфических антител в организме биомоделей и продуктивных животных. Показана большая эффективность использования конкретных биомолекул в качестве биомаркеров иммунного ответа на вакцинацию в сравнении с коммерческими зарубежными иммунотестами. С помощью методов математического моделирования, проведено сопоставление нуклеотидных последовательностей гена GPCR каприпоксвирусов, обладающего высокой диагностической значимостью для молекулярной диагностики каприпоксвирусов. Показаны преимущества бинарных изображений, в которых, вместо «буквенной» записи, генетическая информация представлена в виде рисунка или картинки, что позволяет проводить визуализацию межвидовой дискриминации и дифференциацию вакцинных и полевых штаммов и указывает на перспективу указанного подхода для конструирования современных оригинальных высокоточных диагностикумов, в том числе, как альтернативу зарубежным тестам.
Публикации
1. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. ИЗУЧЕНИЕ ИММУНОГЕННЫХ СВОЙСТВ ИНАКТИВИРОВАННОГО ШТАММА С. PSITTACI АМК-16 НА БЕЛЫХ АУТБРЕДНЫХ МЫШАХ ЭФФЕКТИВНЫЙ МЕНЕДЖМЕНТ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ: стратегии инноваций, Сб. материалов III международной научно-практической конференции «Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций», 29-30 сентября 2022 г., СГМУ им. В.И. Разумовского, Саратов, 2022. – С. 207-210. (год публикации - 2022)
2.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, номер 3 (год публикации - 2023)
DOI:10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
3.
Кичемазова Н.В., Хижнякова М.А., Ляпина А.М., Колосова А.А., Федорова В.А.
ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА ЛИСТЕРИОЗА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ
Ветеринария, № 3, с. 18-24. (год публикации - 2023)
10.30896/0042-4846.2023.26.3.18-24
4.
Федорова В.А., Зайцев С.С., Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Салтыков Ю.В., Хижнякова М.А., Евстифеев В.В., Ларионова О.С.
Whole genome sequencing characteristics of Chlamydia psittaci caprine AMK-16 strain, a promising killed whole cell veterinary vaccine candidate against chlamydia infection.
PLOS One, PLoS One. 2023 Oct 30;18(10):e0293612. (год публикации - 2023)
10.1371/journal.pone.0293612
5.
Зимняков Д.А., Алонова М.В., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Федорова В.А.
Polarization- and chaos-game-based fingerprinting of molecu- 2 lar targets of Listeria monocytogenes vaccine and fully-viru- 3 lent strains
Current Issues in Molecular Biology, 45(12):10056-10078 (год публикации - 2023)
10.3390/cimb45120628
6.
Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Predictive analysis of T-cell immuno-reactive epitopes involved in the interaction of Listeria monocytogenes with bovine MHC class I molecules
FEBS Open Bio, FEBS Open Bio, 2023. - Volume 13, Supplement 2, P. 163. (год публикации - 2023)
10.1002/2211-5463.13646
7. Кичемазова Н.В., Зайцев С.С., Лаврухин М.С., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. Анализ распространенности основных клональных линий Listeria monocytogenes на территории Российской Федерации в 1947-2023 гг. Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. – Москва, 2023. – С. 101. (год публикации - 2023)
8. Лаврухин М.С., Оглодина Д.Г., Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. In silico анализ влияния вариабельности гена hly на формирование T-клеточных эпитопов листерилизина О – кандидата в субъединичные вакцины против листериоза Молекулярная диагностика, Молекулярная диагностика. Сборник трудов международной конференции. Москва, 2023. – с. 320 - 321. (год публикации - 2023)
9. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Евстифеев В.В., Ларионова О.С., Федорова В.А. Immune response induced by the inactivated Chlamydia psittaci strain in mouse model UMS Series. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges?, UMS Series 2023. Emerging infectious diseases: Are we ready for new evolutionary challenges? 30 March – 1 April 2023, Belgrad, Serbia. – P.104 (год публикации - 2023)
10.
Сергей Зайцев, Мария Хижнякова, Юрий Салтыков, Виталий Евстифеев, Фидаил Хусаинов, Светлана Иванова, Дарья Морозова, Сергей Яковлев, Ольга Ларионова, Валентина Федорова
Complete Genome Sequence of Chlamydia psittaci АМК-16, Isolated from a Small Ruminant in the Middle Volga Region, Russia
Microbiology Resource Announcements, 13(5):e0054323 (год публикации - 2024)
10.1128/mra.00543-23
11.
Валентина А. Федорова, Сергей С. Зайцев, Мария А. Хижнякова, Максим С. Лаврухин, Дарья Г. Оглодина, Юрий В. Салтыков и Ольга С. Ларионова
Data Descriptor: Complete genome of Listeria monocytogenes AUF, used as a live listeriosis veterinary vaccine
Scientific Data, 11(1):643 (год публикации - 2024)
10.1038/s41597-024-03440-8
12. Зайцев С. С. , Кичемазова Н. В. , Салтыков Ю. В., Оглодина Д. Г., Ларионова О. С. , Федорова В. А. Анализ маркеров вирулентности и антибиотикорезистентности штамма Listeria monocytogenes АУФ Биосистемы: организация, поведение, управление, С. 135 (год публикации - 2024)
13.
Валентина ФЕДОРОВА, Юрий САЛТЫКОВ, Виталий ЕВСТИФЕЕВ, Фидаил ХУСАИНОВ, Светлана ИВАНОВА, Дарья МОРОЗОВА, Сергей ЯКОВЛЕВ, Ольга ЛАРИОНОВА
Russian Vaccines against Chlamydia Infection in Livestock
Acta Veterinaria Eurasia, 50: 230-241 (год публикации - 2024)
10.5152/actavet.2024.23049
14. Кичемазова Н.В., Ляпина А.М., Урядова Г.Т., Оглодина Д.Г., Ларионова О.С., Федорова В.А. Изучение гуморального иммунного ответа на рекомбинантный листериолизин - потенциальный компонент рекомбинантных моновалентных ветеринарных листериозных вакцин Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 289 (год публикации - 2024)
15. Федорова В.А. Молекулярно-генетические технологии для совершенствования вакцинопрофилактики листериоза сельскохозяйственных животных Биотехнологии в России - создавая здоровое будущее: наука и практика (год публикации - 2024)
16. Лаврухин М.С., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Ларионова О.С., Федорова В.А. Comparative analysis of bovine T-cell epitopes of the GPCR protein predicted in silico for vaccine and fully virulent Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) strain 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
17.
Кичемазова Н.В., Чупинина В.А., Ларионова О.С., Федорова В.А.
Вакцинопрофилактика сальмонеллеза в Российской Федерации
Ветеринария, № 11, С. 11-16 (год публикации - 2024)
10.30896/0042-4846.2024.27.11.11-16
18. Федорова В.А. Перспективы создания эффективной безопасной вакцины нового поколения против сальмонеллеза свиней БИОТЕХНОЛОГИЯ: НАУЧНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И СВЯЗЬ С ПРОИЗВОДСТВОМ (год публикации - 2024)
19. Ляпина А. М., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С., Салтыков Ю. В., Зайцев С. С., Федорова В. А. Evaluation of the humoral immune response in cattle induced by a heterologous vaccine against lumpy skin disease in the Saratov region, Russian Federation Transboundary and Emerging Diseases (год публикации - 2025)
20. Кичемазова Н., Зайцев С., Салтыков Ю., Ларионова О., Забережный Д., Федорова В. MLST Evidence of Two Different Sequence Types for Listeria Monocytogenes Strains Used for The Commercial Veterinary Vaccine Against Listeriosis Zoonoses (год публикации - 2025)
21. Зайцев С. С., Кичемазова Н. В., Лаврухин М. С. , Оглодина Д. Г. , Ларионова О. С., Федорова В. А. Биоинформатический анализ полиморфизма генов интерналинов inlA и inlB штамма Listeria monocytogenes АУФ Сборник тезисов Международного Конгресса «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300‑летию российской науки и высшей школы». Саратов, 14–19 июня 2024 года , С. 451 (год публикации - 2024)
22.
Лаврухин М., Кичемазова Н., Оглодина Д., Ларионова О., Зайцев С., Федорова В.
Mathematical modeling of the promising composition of the next generation safe epitope vaccine against porcine salmonellosis
Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: Четырнадцатая
международная мультиконференция , С. 2111-2112 (год публикации - 2024)
10.18699/bgrs2024-12.2-10
23. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Оглодина Д.Г., Урядова Г.Т., Ларионова О.С., Федорова В.А. Humoral responses elicited by the attenuated vaccine Listeria monocytogenes strain auf and its parental strain ‘a’ in mice 2024 ISV ANNUAL CONGRESS (год публикации - 2024)
24. Федорова В.А., Лаврухин М.С., Оглодина Д.А., Ларионова О.С. Живая листериозная вакцина: анализ протективных эпитопов методом in silico Биохимия человека: материалы всероссийской конференция с международ ным участием, С. 109 (год публикации - 2024)
25. Ляпина А.М., Кичемазова Н.В., Колосова А.А., Евстифеев В.В., Федорова В.А. Изучение иммуногенных свойств инактивированного штамма C. psittaci АМК-16 на белых аутбредных мышах Эффективный менеджмент здравоохранения: стратегии инноваций: III Международная научно-практическая конференция, С. 207-210 (год публикации - 2022)