КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 20-14-00328
НазваниеИзменение мультиома опухолевой линии клеток печени при генном нокауте
Руководитель Пономаренко Елена Александровна, Доктор биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича" , г Москва
Конкурс №45 - Конкурс 2020 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-202 - Протеомика; структура и функции белков
Ключевые слова транскриптомика, протеомика, метаболомика, опухолевая линия клеток печени, генное редактирование, нокаут гена, CRISPR/Cas9, секвенирование, масс-спектрометрия, интерактомика, системная биология
Код ГРНТИ76.03.31
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Развитие технологий молекулярного анализа в сторону высокопроизводительного секвенирования, протеомного и метаболомного анализа позволило получить множество данных, расширив представление о возможностях реализации генома. В частных случаях это уже позволило создать как биомаркеры, так и лекарства. Тем не менее, на сегодняшний день остается много «пробелов», не позволяющих описать полные пути экспрессии и трансляции генов, их взаимосвязи и функции. Иллюстративным примером необходимости полной карты реализации генетической информации является область онкологических заболеваний. Опухоли одной локализации и морфологии могут кардинально различаться молекулярно в силу нарушений в клеточных процессах. Множество путей развития даже одного типа рака представляет собой критическую проблему, с которой сталкиваются не только исследователи, но и врачи. Подбор терапии в каждом случае должен учитывать путь патологического процесса, метастатический потенциал клеток, их агрессивность и чувствительность к терапии.
Отсутствие полной расшифровки генома (т.е. путей реализации генома в фенотип) является не только фундаментальной, но и прикладной проблемой. Развитие медицины невозможно без целостного представления о функционировании организма, органов и тканей, клеток, т.е., без детального описания взаимосвязей генов, кодируемых им продуктов и протекающих процессов. Таким образом, разработка биомаркеров, выявление мишеней действия лекарств, а также побочных эффектов использования данных лекарств непосредственно связаны с увеличением знаний в области системной биологии. После секвенирования генома, технология нокаута отдельных генов (подавления экспрессии) стала одной из основных при изучении функций генов в различных биологических процессах как in vivo, так и in vitro. В области функциональной протеомики нокаут применяют для изучения роли некоторых генов в различных ситуациях, что позволяет получить детальное понимание биологических процессов и механизмов заболеваний. В перспективе нокаут рассматривают в качестве возможного терапевтического средства, блокирующего отдельные гены при различных патологических состояниях, таких как раковые, нейродегенеративные и сердечно-сосудистые заболевания.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Краснов Г., Шкригунов Т., Радько С., Птицын К., Шаповалова В., Тимошнко О., Хмелева С., Курбатов Л., Киселева Я., Ильгисонис Е., Киселева О., Вахрушев И., Цветкова А., Буромский И., Маркин С., Арчаков А., Лисица А., Пономаренко Е.
Human Chr18 transcriptome dataset combined from the Illumina HiSeq, ONT MinION, and qPCR data
Data in Brief, 12, 36, 107130 (год публикации - 2021)
10.1016/j.dib.2021.107130
2.
Пятницкий М.А., Арзуманян В.А., Радько С.П., Птицын К.Г., Вахрушев И.В., Поверенная Е.В. и Пономаренко Е.А.
Oxford Nanopore MinION Direct RNA-Seq for Systems Biology
Biology, 10(11):1131 (год публикации - 2021)
10.3390/biology10111131
3.
Арзуманян В.А., Киселева О.И., Поверенная Е.В.
The Curious Case of the HepG2 Cell Line: 40 Years of Expertise
International Journal of Molecular Science, 22(23), 13135 (год публикации - 2021)
10.3390/ijms222313135
4.
Дейниченко К.А., Краснов Г.С., Радько С.П., Птицын К.Г., Шаповалова В.В.,
HUMAN CHR18: “STAKHANOVITE” GENES, MISSING AND UPE1 PROTEINS IN LIVER TISSUE AND HEPG2 CELLS
Biomedical Chemistry: Research and Methods, 4(1), e00144 (год публикации - 2021)
10.18097/BMCRM00144
Публикации
1.
О.И. Киселева, И.Ю. Курбатов, В.А. Арзуманян, Е.В. Ильгисонис, И.В. Вахрешев, А.Ю. Лупатов, Е.А. Пономаренко и Е.В. Поверенная
Exploring Dynamic Metabolome of the HepG2 Cell Line: Rise and Fall
Cells MDPI, 10; 11(22):3548 (год публикации - 2022)
10.3390/cells11223548
2. Поверенная Е.В., Киселева О.И., Арзуманян В.А., Пятницкий М.А., Вахрушев И.В., Пономаренко Е.А. Несинонимичные однонуклеотидные замены и инделы: вклад в молекулярный постгеномный портрет клеточной линии HEPG2 Успехи современной биологии (год публикации - 2023)
3.
Поверенная Е.В., Пятницкий М.А., Долгалев Г.В., Арзуманян В.А., Киселева О.И., Курбатов И.Ю., Курбатов Л.К., Вахрушев И.В., Ромашин Д.Д., Ким Я.С., Пономаренко Е.А
Exploiting Multi-Omics Profiling and Systems Biology to Investigate Functions of TOMM34
Biology, 12(2):198 (год публикации - 2023)
10.3390/biology12020198