КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 20-14-00201
НазваниеИзучение молекулярных механизмов дальних взаимодействий в геноме Drosophila
Руководитель Шидловский Юлий Валерьевич, Доктор биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии гена Российской академии наук , г Москва
Конкурс №45 - Конкурс 2020 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-208 - Молекулярная биология
Ключевые слова Структура хроматина, границы хроматина, инсуляторы, even-skipped, p53, рак, ТАД, энхансер, регуляция гена
Код ГРНТИ34.15.23
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Ключевую роль в формировании структуры хромосом играют специальные архитектурные элементы – инсуляторы, или пограничные элементы. Эти элементы формируют топологические домены путем парных взаимодействий, причем этот механизм является высококонсервативным в эволюции. Первоначально инсуляторы были найдены у дрозофилы. Большая часть свойств этих элементов была выяснена именно на этом модельном объекте. Однако, по-прежнему, еще многие функциональные свойства этих элементов требуют дальнейших исследований. Экспериментальные платформы, которые мы предлагаем использовать в этом проекте, позволят нам решить ряд важных вопросов.
Мы планируем использовать две экспериментальные платформы для выяснения того, как границы спариваются друг с другом и каким образом это спаривание влияет на регуляцию активности генов. Первая экспериментальная платформа – две границы локуса eve, homie и nhomie. Нами были получены важные предварительные результаты: найдены минимальные области, формирующие дальние взаимодействия, и в ядерном экстракте были детектированы нескольких факторов, играющих важную роль в функционировании этих инсуляторов. Мы планируем идентифицировать указанные факторы и охарактеризовать их. Полученные данные позволят нам выяснить молекулярные основы специфичности спаривания инсуляторов. Вторая платформа для изучения дальних взаимодействий – р53-зависимый энхансер (р53RE) и его гены-мишени. р53RE локализуется рядом с локусом reaper и активирует ряд генов (hid, grim and skl) в этом локусе. Помимо этих генов, p53RE контролирует экспрессию гена Xrp1, находящегося на расстоянии несколько млн.п.н. р53RE содержит элементы для формирования таких дальних взаимодействий. Эксперименты по хроматин-иммунопреципитации показывают, что, предположительно, в составе р53RE находятся несколько пограничных элементов. Мы идентифицируем их и выясним механизм их действия с помощью генетических и биохимических методов.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
О.В. Былино, А.Н. Ибрагимов, Ю.В. Шидловский
Evolution of Regulated Transcription
Cells, 9(7):1675 (год публикации - 2020)
10.3390/cells9071675
2.
А.Н. Ибрагимов, О.В. Былино, Ю.В. Шидловский
Molecular Basis of the Function of Transcriptional Enhancers
Cells, 9(7):1620 (год публикации - 2020)
10.3390/cells9071620
Публикации
1.
Шидловский Ю.В., Былино О.В., Шапошников А.В., Качаев З.М., Лебедева Л.А., Колесник В.В., Амендола Д., Де Симоне Дж., Формикола Н., Шедл П., Филомена А.Д., Джиордано Э.
Subunits of the PBAP Chromatin Remodeler Are Capable of Mediating Enhancer-Driven Transcription in Drosophila
International Journal of Molecular Sciences, 22, 2856 (год публикации - 2021)
10.3390/ijms22062856
2.
Былино О.В., Ибрагимов А.Н., Праведникова А.Э., Шидловский Ю.В.
Investigation of the Basic Steps in the Chromosome Conformation Capture Procedure
Frontiers in Genetics, 12:733937 (год публикации - 2021)
10.3389/fgene.2021.733937
Публикации
1.
Былино О.В., Ибрагимов А.Н., Диджилио Ф.А., Джиордано Э., Шидловский Ю.В.
Application of the 3C Method to Study the Developmental Genes in Drosophila Larvae
Frontiers in Genetics, 13:734208 (год публикации - 2022)
10.3389/fgene.2022.734208
2.
ИБРАГИМОВ А.Н., БЫЛИНО О.В., КЫРЧАНОВА О.В., ШИДЛОВСКИЙ Ю.В., WHITE R., SCHEDL P., ГЕОРГИЕВ П.Г.
ВАРИАБЕЛЬНЫЙ САЙТ CTCF ИЗ ИНТРОНА ГЕНА UBX DROSOPHILA MELANOGASTER ЯВЛЯЕТСЯ ИЗБЫТОЧНЫМ И НЕ ИМЕЕТ ИНСУЛЯТОРНОЙ АКТИВНОСТИ
ДОКЛАДЫ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК. НАУКИ О ЖИЗНИ, 505(1): 318-321 (год публикации - 2022)
10.1134/S1607672922040044
3.
Динас П., Нинту Э., Влиора М., Праведникова А.Э., Сакелариу А., ..., Качаев З.М., Керчев В.В., Ларина С.Н., ..., Шидловский Ю.В., Джордж Г., Флорис А.Д.
Prevalence of uncoupling protein one genetic polymorphisms and their relationship with cardiovascular and metabolic health
PLoS One, 17(4):e0266386 (год публикации - 2022)
10.1371/journal.pone.0266386