КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 19-75-10097
НазваниеКомпьютерный анализ взаимодействия с организмом человека вируса иммунодефицита с учетом применяемой терапии ВИЧ/СПИД
Руководитель Тарасова Ольга Александровна, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича" , г Москва
Конкурс №41 - Конкурс 2019 года «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными
Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-304 - Информационные технологии в здравоохранении
Ключевые слова ВИЧ/СПИД, персонализированная медицина, взаимодействие патоген-организм человека, биоинформатика, хемоинформатика, большие данные, virus-host interactions, host-pathogen interactions, data mining, text mining, companion diagnostics, оптимизация терапии ВИЧ/СПИД
Код ГРНТИ76.03.41
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Вирус иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1), вызывающий синдром приобретённого иммунодефицита человека (СПИД), является причиной гибели более 35 миллионов человек. По данным ВОЗ, в России свыше 1,3 млн ВИЧ-инфицированных, в мире - более 36 млн. Заболевание ВИЧ/СПИД обусловливает необходимость назначения нескольких препаратов одновременно, как для непосредственной блокады развития вируса, так и с целью профилактики/терапии сопутствующих инфекционных и неинфекционных заболеваний. Установлено, что жизнедеятельность вируса осуществляется с активным использованием молекулярного аппарата клеток человека. Применяемые для лечения и профилактики ВИЧ/СПИД препараты также воздействуют на клетки человека. Поэтому исследование молекулярных механизмов развития ВИЧ в клетках человека, в особенности с учётом проводимой терапии ВИЧ/СПИД, является актуальной задачей. Большинство проводимых в настоящее время исследований нацелены на поиск новых молекулярных механизмов ингибирования размножения ВИЧ и развития СПИД, при этом изменения функционирования молекулярного аппарата клетки в случае одновременного приёма нескольких препаратов недостаточно изучены.
Проект направлен на изучение взаимодействия между ВИЧ-1 и организмом человека с учётом проводимой терапии ВИЧ/СПИД. Полученные в результате выполнения проекта новые знания могут быть использованы для поиска более безопасных и эффективных средств терапии и оптимизации схем лечения, а также для профилактики ВИЧ/СПИД. В рамках проекта мы разработаем подход к интеграции и аннотированию экспериментальных данных о взаимодействиях между макромолекулами клетки-хозяина и ВИЧ-1, и влиянии на эти процессы препаратов, применяемых для лечения ВИЧ/СПИД. Будет реализован метод автоматизированного извлечения новой информации о таких взаимодействиях из текстов научных публикаций, что позволит постоянно актуализировать созданную базу знаний. Нами будут разработаны оригинальные дескрипторы представления текстовой информации, что позволит прогнозировать семантические взаимосвязи в анализируемых фрагментах текста. Будет построена сетевая модель взаимодействия между белками ВИЧ-1 и организмом человека с учётом применяемой антиретровирусной терапии на основе разработанного нами метода дихотомического моделирования, который позволяет оценивать последствия блокады/активации применяемыми препаратами отдельных узлов сети или их комбинаций. Мы выявим новые взаимосвязи между белками человека при воздействии на них вирусом и лекарством, которые будут применены в качестве дескрипторов для построения моделей оценки эффективности терапии ВИЧ/СПИД и ассоциированных заболеваний. В результате реализации проекта нами будет создана база знаний о взаимодействии белков человека с вирусными белками и с препаратами для лечения ВИЧ/СПИД, на основе которой будет создан свободно доступный в Интернете специализированный веб-ресурс. В дальнейшем разработанный метод может быть применен к анализу данных о взаимодействии других инфекционных агентов с клетками человека с целью разработки более безопасных и эффективных терапевтических подходов.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ