Эпигенетический ландшафт в анеуплоидных эмбрионах человека

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 19-74-10026

НазваниеЭпигенетический ландшафт в анеуплоидных эмбрионах человека

Руководитель Васильев Станислав Анатольевич, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук" , Томская обл

Конкурс №41 - Конкурс 2019 года «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-210 - Молекулярная генетика

Ключевые слова эпигенетический ландшафт, метилирование ДНК, анеуплоидия, бластоцисты, спонтанные абортусы, эмбриональная гибель, экстраэмбриональные ткани, RRBS

Код ГРНТИ34.15.23

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Анеуплоидия является главной причиной ранней эмбриональной гибели у человека до имплантации на стадии бластоцисты, так и в первом триместре беременности. В наших предварительных работах было обнаружено, что у спонтанных абортусов с мозаичной (но не полной) формой анеуплоидии по различным хромосомам повышен индекс метилирования ретротранспозона LINE-1, занимающего около 20% всего генома человека (Васильев и др. 2015). Мозаицизм в клетках эмбриона возникает преимущественно во время дробления зиготы. Для того же периода в норме характерно резкое гипометилирование всего генома, в том числе ретротранспозона LINE-1, транскрипты которого выполняют роль скэффолда для обеспечения правильной укладки хроматина. Возможно, что недостаточное гипометилирование генома на этапе дробления приводит к изменению конформации прицентромерного хроматина, нарушениям сегрегации хромосом и возникновению мозаичной формы анеуплоидии. Наконец, неизученными остаются различия влияния мейотически и митотически возникшей анеуплоидии на эпигенетический ландшафт в клетках на стадии бластоцисты. Поэтому, в настоящем исследовании будет проведен анализ широкогеномного профиля метилирования ДНК в клетках эмбрионов человека с мозаичной и полной формами анеуплоидии и нормальным кариотипом на стадии бластоцисты и в первом триместре беременности. Это позволит улучшить понимание механизмов обеспечения стабильности генома на ранних стадиях эмбрионального развития человека и выявить их возможный вклад в эмбриональную гибель у человека.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Толмачева Е.Н., Васильев С.А., Лебедев И.Н. Aneuploidy and DNA methylation as mirrored features of early human embryo development Genes, Vol. 11(9), 1084 (год публикации - 2020)
10.3390/genes11091084

2. Васильев С.А., Толмачева Е.Н., Васильева О.Ю., Марков А.В., Жигалина Д.И., Затула Л.А., Ли В.А., Сердюкова Е.С., Саженова Е.А., Никитина Т.В., Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. LINE-1 retrotransposon methylation in trophoblast of first trimester miscarriages with aneuploidy Journal of Assisted Reproduction and Genetics, published online (год публикации - 2020)
10.1007/s10815-020-02003-1

3. Сердюкова Е.С., Васильева О.Ю., Марков А.В., Васильев С.А. Метилирование промоторов генов в цитотрофобласте у спонтанных абортусов: взаимосвязь с анеуплоидией Гены и клетки, Т. 15, № S3. С. 148. (год публикации - 2020)

4. Васильев С.А., Толмачева Е.Н., Васильева О.Ю., Никитина Т.В., Саженова Е.А., Марков А.В., Сердюкова Е.С., Лебедев И.Н. Повышенный уровень метилирования промоторов генов в трофобласте спонтанных абортусов с трисомией 16 Медицинская генетика, Т. 19, № 12. С. 71-72. (год публикации - 2020)

5. Сердюкова Е.С., Васильева О.Ю., Жигалина Д.И. Взаимосвязь между индексом метилирования промоторов генов и трисомией 16 у спонтанных абортусов Перспективы развития фундаментальных наук. Сборник научных трудов XVII Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых. Томск, 21–24 апреля 2020 года., С. 76-78. (год публикации - 2020)

6. Сердюкова Е.С., Васильева О.Ю., Марков А.В., Васильев С.А. Нарушение метилирования промоторов генов у абортусов первого триместра беременности с числовыми хромосомными нарушениями Актуальные вопросы фундаментальной и клинической медицины. Сборник материалов конгресса молодых ученых. Томск, 19–20 ноября 2020 года., С. 62-65. (год публикации - 2020)

7. Толмачева Е.Н., Никитина Т.В., Сердюкова Е.С., Васильев С.А., Жигалина Д.И., Васильева О.Ю., Марков А.В., Лебедев И.Н. Differentially methylation of ANKRD53 and GATA3 genes in human miscarriages with trisomy 16 Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. Novosibirsk, 06–10 July 2020., P. 125. (год публикации - 2020)

8. Васильев С.А., Толмачева Е.Н., Васильева О.Ю., Марков А.В., Жигалина Д.И., Затула Л., Ли В., Лыткина Е., Деменева В., Саженова Е.А., Никитина Т.В., Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. Aneuploidy is associated with increased methylation of different LINE 1 retrotransposon families in placenta of first trimester miscarriages E.C.A. Newsletters, Vol. 48, P. 13-14. (год публикации - 2021)

9. Деменева В.В. Толмачева Е.Н., Васильева О.Ю., Жигалина Д.И., Саженова Е.А., Никитина Т.В., Ермолина Е.А., Фонова Е.А., Лебедев И.Н., Васильев С.А. Оценка уровня метилирования подсемейств ретротранспозона LINE-1: L1HS и L1PA2 в плаценте первого триместра беременности Научное издание «Медико-генетического научного центра имени академика Н.П.Бочкова», Шестая международная научно-практическая конференция "NGS в медицинской генетике – MGNGS'22". Москва, 27—29 апреля 2022 г. С. 29-30 (год публикации - 2022)

10. Васильев С.А., Толмачева Е.Н., Васильева О.Ю., Никитина Т.В., Саженова Е.А., Марков А.В., Сердюкова Е.С., Деменева В.В., Лебедев И.Н. Increased methylation of genes responsible for fetal-maternal interaction in chorionic villi of miscarriages with trisomy 16 European Journal of Human Genetics, Vol. 30. P. 450-451 (год публикации - 2022)
10.1038/s41431-021-01026-1

11. Васильев С.А., Марков А.В., Васильева О.Ю., Толмачева Е.Н., Затула Л.А., Шарыш Д.В., Жигалина Д.И., Деменева В.В., Лебедев И.Н. Method of targeted bisulfite massive parallel sequencing of the human LINE-1 retrotransposon promoter MethodsX, Volume 8, 2021, 101445 (год публикации - 2021)
10.1016/j.mex.2021.101445

12. Толмачева Е.Н., Васильев С.А., Никитина Т.В., Лыткина Е.С., Саженова Е.А., Жигалина Д.И., Васильева О.Ю., Марков А.В., Деменева В.В., Таширева Л.А., Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. Identification of differentially methylated genes in first-trimester placentas with trisomy of chromosome 16 Scientific Reports, Vol. 12, 1166 (год публикации - 2022)

Публикации