Поиск и аннотация геномных регионов, обеспечивающих особенности фенотипической изменчивости и адаптации свиней

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 19-16-00109

НазваниеПоиск и аннотация геномных регионов, обеспечивающих особенности фенотипической изменчивости и адаптации свиней

Руководитель Костюнина Ольга Васильевна, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный исследовательский центр животноводства - ВИЖ имени академика Л.К. Эрнста" , Московская обл

Конкурс №35 - Конкурс 2019 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки; 06-204 - Животноводство

Ключевые слова кабан, свиньи, локальные породы, отпечатки отбора, адаптационные качества, селекционные признаки, гены-кандидаты, молекулярно-генетические механизмы

Код ГРНТИ68.39.35

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Понимание того, как отбор (естественный, либо искусственный) формирует генетические различия в популяциях сельскохозяйственных животных, имеет фундаментальное значение для эффективного развития животноводства. Отбор вызывает определенные изменения на геномном уровне, которые могут быть использованы для идентификации локусов, подвергнутых селекции, а также причинных мутаций и генов, связанных с изменением биологических процессов, обеспечивающих особенности фенотипической изменчивости. Особый научный интерес представляет идентификация геномным регионов, подверженных естественному или искусственному отбору (называемых «отпечатками отбора», signatures of selection) на основе полногеномного сканирования с помощью чипов высокой плотности. До XX века производство свиней в России происходило в относительно небольших масштабах. Наибольшую активность свиноводство приобрело в конце девятнадцатого века, так в 1980 году в Советском Союзе были зарегистрированы двадцать две местные породы, которые играли важную роль в производстве свинины и экономическом развитии. Несмотря на то, что эти породы основаны на импортном генетическом материале, целенаправленная селекционная работа, сфокусированная на решении определенных задач, диктуемых тем временем, привела к развитию пород с уникальными характеристиками. В связи с распадом СССР и последующими значительными социально-экономическими изменениями, отечественные породы стали практически неконкурентоспособными по сравнению с европейскими коммерческими породами. Это привело к тому, что многие из этих пород, хорошо адаптированные к местному климату, устойчивые к болезням и обладающие высокими качественными показателями мяса, были заменены международными коммерческими породами с более высокой производительностью. Однако на сегодняшний день крайне остро стоит вопрос о создании конкурентоспособных на мировом рынке отечественных племенных ресурсов. Для решения этой задачи ценную информацию можно получить на основе полногеномных исследований отечественных локальных пород свиней и идентификации «отпечатков отбора», используя материал свиней отечественных пород, частично сохранившихся на сегодняшний день, а также образцы из уникальных коллекций биоматериала ФГБНУ ФНЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста и черепов, собранных в музее РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева. В связи с этим целью настоящего проекта является идентификация «отпечатков отбора», ответственных или связанных c проявлением хозяйственно-полезных признаков и адаптационных качеств свиней на основе полногеномных исследований дикого поголовья (европейский и азиатский кабан), свиней домашних пород европейского происхождения до глобальной интенсификации свиноводства (конец 20-ого века), локальных отечественных пород (созданных в конце 20-ого века на территории СССР) и современных коммерческих пород. Анализ исследуемых геномных последовательностей позволит идентифицировать целевые локусы и гены, ответственные или связанные c проявлением хозяйственно-полезных признаков и адаптационных качеств, а также прояснить молекулярно-генетические механизмы фенотипического разнообразия. Полученные результаты будут использованы для повышения эффективности управления генетическими ресурсами для производства продуктов животноводства и способствовать быстрому реагированию на текущие и будущие потребности, связанные с изменением климатических условий или появлением новых патогенов, а также диктуемые спросом, обусловленным особыми предпочтениями и сложившимися тенденциями в различных социально-экономических условиях.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Гетманцева Л.В., Траспов А.А., Бакоев Н.Ф., Прытков Ю.А., Бакоев С.Ю., Петрикеева Л.В., Костюнина О.В. Поиск «отпечатков отбора» у домашних свиней и дикого кабана Сельскохозяйственная биология, том 55, № 2, с. 243-256 (год публикации - 2020)
10.15389/agrobiology.2020.2.243rus

2. Гетманцева Л.В., Траспов А.А., Бакоев Н.Ф., Прытков Ю.А., Бакоев С.Ю., Петрикеева Л.В., Костюнина О.В. Identification of «selection signatures» in pigs and wild boars (review) Sel'skokhozyaistvennaya Biologiya [Agricultural Biology], Vol. 55, № 2, p. 243-256. (год публикации - 2020)
10.15389/agrobiology.2020.2.243eng

3. Гетманцева Л.В., Бакоев С.Ю., Костюнина О.В., Траспов А.А., Прытков Ю.А., Бакоев Н.Ф. Detection of selection signatures in Civil and Large White pig breeds Journal of Animal Science, Vol. 98, Issue Supplement_4, November 2020, P. 464–465 (год публикации - 2020)
10.1093/jas/skaa278.808

4. Костюнина О.В., Гетманцева Л.В., Абдельманова А., Петрикеева Л., Зиновьева Н.А. Genetic differentiation of modern and historical samples of the Russian Large White pigs Journal of Animal Science, Vol. 98, Issue Supplement_4, November 2020, P. 466 (год публикации - 2020)
10.1093/jas/skaa278.811

5. Бакоев С.Ю., Колосав А.Ю., Бакоев Ф.С., Костюнина О.В., Бакоев Н.Ф., Романец Т., Кошкина О.А., Гетманцева Л.В. Analysis of Homozygous-by-Descent (HBD) Segments for Purebred and Crossbred Pigs in Russia Life (Basel), Life 2021, 11(8), 861 (год публикации - 2021)
10.3390/life11080861

6. Бакоев С.Ю., Гетманцева Л.В., Костюнина О.В., Бакоев Н.Ф., Прытков Ю.А., Усатов А., Татаринова Т.В. Genome-wide analysis of genetic diversity and artificial selection in Large White pigs in Russia PeerJ, PeerJ 9:e11595 (год публикации - 2021)
10.7717/peerj.11595

7. Костюнина О.В., Траспов А.А., Экономов А.В., Гетманцева Л.В., Бакоев Н.Ф., Прытков Ю.А., Домский И.А. Genome-wide search for selection signatures in European wild boar Journal of Animal Science, Volume 99, Issue Supplement_3, November 2021, Page 498 (год публикации - 2021)

Публикации