КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 18-75-10070
НазваниеАнализ циркулирующих нуклеиновых кислот у пациентов c EGFR-, KRAS- и BRAF-ассоциированными опухолями: новые подходы
Руководитель Янус Григорий Аркадьевич, Кандидат медицинских наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации , г Санкт-Петербург
Конкурс №30 - Конкурс 2018 года по мероприятию «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными
Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-401 - Молекулярная и клеточная медицина
Ключевые слова «Жидкая биопсия», аденокарцинома, соматическая мутация, циркулирующая опухолевая ДНК, микроРНК, аллель-специфическая ПЦР, цифровая капельная ПЦР
Код ГРНТИ76.29.49
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Популярным направлением биомедицинских исследований является разработка различных подходов к т.н. «жидкой биопсии». Суть данной процедуры сводится к детекции и мониторингу опухоль-специфических маркеров (единичных трансформированных клеток, белков, нуклеиновых кислот) в различных жидкостях организма (крови, моче, плевральной жидкости и т.д.). Значительные усилия направлены на то, чтобы перевести в неинвазивный формат наиболее востребованные мутационные тесты, в частности, анализ генов EGFR, KRAS, BRAF и т.д. Тем не менее, несмотря на чрезвычайную привлекательность и перспективность, «жидкая биопсия» пока не может рутинно применяться в исследовательской и диагностической деятельности, т.к. не обладает достаточной чувствительностью и специфичностью.
В рамках данного проекта мы планируем разработать подход, направленный на улучшение операционных характеристик «жидкой биопсии» в отношении карцином легкого, толстой кишки и меланом, содержащих клинически значимые мутации (EGFR: ex19del и L858R; KRAS: нуклеотидные замены в кодонах 12 и 13; BRAF: V600E). Основная идея проекта заключается в том, что вместо единичного мутационного теста в отношении упомянутых выше генов будет использоваться несколько потенциально взаимозаменяемых молекулярных маркеров: мы предлагаем включить в тест-панель микроРНК, экспрессия которых характерна именно для опухолей с перечисленными мутациями. Наш подход заметно отличается от работ, которые публикуются в настоящее время: подавляющее большинство исследователей концентрируют все усилия только на улучшении чувствительности и специфичности самого мутационного теста, оставляя за пределами внимания альтернативные подходы.
Другой, достаточно новой стороной нашего проекта, является изучение различных технических и «физиологических» аспектов «жидкой биопсии». Наблюдается ли воспроизводимость результатов в серийных образцах плазмы, полученных от одного и того же пациента несколько раз, в течение нескольких дней? Влияет ли время суток, в которое производится забор крови, на концентрацию циркулирующих нуклеиновых кислот? Насколько влияет интервал между забором крови и её процессингом на чувствительность «жидкой биопсии»? Насколько улучшаются результаты при использовании относительно новых, прецизионных разновидностей ПЦР, в частности цифровой капельной ПЦР (droplet digital PCR)?
Планируется: 1) сформировать парные коллекции опухолевого материала и образцов плазмы от онкологических пациентов, опухоли которых имеют мутации в генах EGFR, KRAS или BRAF; 2) изучить влияние технических и «физиологических» аспектов забора крови на чувствительность и специфичность «жидкой биопсии»; 3) выбрать оптимальный ПЦР-метод для детекции микроколичеств мутированных генов и специфических микроРНК; 4) сформировать тест-панель, состоящую из наиболее информативных мутационных и микроРНК маркеров; 5) апробировать эту панель на расширенных выборках онкологических пациентов и здоровых контролей.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ