Полиплоидная организация геномов и эволюция осетровых (Acipenseridae)

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 18-44-04007

НазваниеПолиплоидная организация геномов и эволюция осетровых (Acipenseridae)

Руководитель Трифонов Владимир Александрович, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной и клеточной биологии Сибирского отделения Российской академии наук , Новосибирская обл

Конкурс №17 - Конкурс 2017 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (DFG)

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-201 - Структурная, функциональная и эволюционная геномика

Ключевые слова осетр, геномика, экспрессия генов, определение пола, паралоги, эволюция генома позвоночных

Код ГРНТИ34.23.00

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
В ходе эволюции геномов позвоночных произошло несколько событий полной дупликации генома (ПДГ). В то время как у большинства таксонов животных редиплоидизация привела к функционально диплоидным современным геномам, у некоторых видов рыб и амфибий такие процессы все еще имеют место, что делает их удобными моделями для исследования эволюционных последствий полиплоидизации. Осетры являются особой группой исключительно полиплоидных рыб, где процессы ПДГ все еще регистрируются в разных линиях. Филогенетически осетрообразные являются внешней группой для костистых рыб, и ранее в ходе анализа геномных данных было показано, что эта группа обладает уникальными биологическими характеристиками, включающими бентосную специализацию, позднее половое созревание, долгую продолжительность жизни, медленную молекулярную эволюцию, эмбриональное развитие, сходное с амфибиями, способность к межвидовой гибридизации и формированию фертильных гибридов и прочие. Кроме того, многие важные биологические вопросы остаются нерешенными. Поскольку большинство видов осетровых являются исчезающими, решение некоторых из этих вопросов имеют не только фундаментальный характер, но необходимо для сохранения видов.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Побединцева М.А., Макунин А.И., Кичигин И.Г., Кулемзина А.И., Сердюкова Н.А., Романенко С.А., Воробьева Н.В., Интересова Е.А., Корентович М.А., Зайцев В.Ф., Мищенко А.В., Заделенов В.А., Юрченко А.А., Щербаков Д.Ю., Графодатский А.С., Трифонов В.А. Population genetic structure and phylogeography of sterlet (Acipenser ruthenus, Acipenseridae) in the Ob and Yenisei river basins Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis (год публикации - 2018)
10.1080/24701394.2018.1467409

2. Гусельников С.В., Баранов К.О., Наякшин А.М., Мечетина Л.В., Чикаев Н.А., Макунин А.И., Кулемзин С.В., Андреюшкова Д.А., Шток М., Вюрц С., Гесснер Дж., Воррен В.С., Шартл М., Трифонов В.А., Таранин А.В. Diversity of immunoglobulin light chain genes in non-teleost ray-finned fish uncovers IgL subdivision into five ancient isotypes Frontiers in Immunology, 9: 1079 (год публикации - 2018)
10.3389/fimmu.2018.01079

3. Комиссаров А., Виж С., Юрченко А., Трифонов В., Тевасагаям Н., Сажу Дж., Шридатта П.С.Р., Пурушотаман К., Графодатский А., Орбан Л., Кузнецова И. B Chromosomes of the Asian Seabass ( Lates calcarifer) Contribute to Genome Variations at the Level of Individuals and Populations Genes, 9 (10), 464 (год публикации - 2018)
10.3390/genes9100464

4. Побединцева М.А., Макунин А.И., Кичигин И.Г. , Кулемзина А.И. , Сердюкова Н.А. , Романенко С.А., Воробьева Н.В. , Интересова Е.А., Корентович М.А. , Зайцев В.Ф., Мищенко А.В. , Заделенов В.А., Юрченко А.А., Щербаков Д.Ю., Графодатский А.С., Трифонов В.А. Популяционная генетика осетровых Сибири Материалы Международной конференции "Хромосома 2018", Страницы: 156-157 (год публикации - 2018)

5. Трифонов В.А., Андреюшкова Д.А., Романенко С.А., Побединцева М.А., Прокопов Д.Ю., Билтуева Л.С., Беклемишева В.Р., Дружкова А.С., Макунин А.И., Графодатский А.С. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes Материалы Международной конференции "Хромосома 2018" (год публикации - 2018)

6. Гусельников С., Баранов К., Чикаев Н., Наякшин А., Кулемзин С., Макунин А., Трифонов В., Таранин А. Mining of non-teleost fish transcriptomes and genomes uncovers the evolutionary history of immunoglobulin light chains Abstracts of The Eleventh International Conference BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY (BGRS\SB-2018) (год публикации - 2018)
10.18699/BGRSSB-2018-021

7. Побединцева М.А. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги Тезисы международного молодежного научного форума «Ломоносов -2018» (год публикации - 2018)

8. Прокопов Д.Ю., Билтуева Л.С., Трифонов В.А. ИДЕНТИФИКАЦИЯ И АННОТАЦИЯ ПОВТОРЯЮЩЕЙСЯ ДНК В ГЕНОМЕ СТЕРЛЯДИ (ACIPENSER RUTHENUS) Тезисы докладов VIII Международной школы молодых ученых по молекулярной генетике «Генетическая организация и молекулярные механизмы функционирования живых систем» (год публикации - 2018)

9. Прокопов Д.Ю., Макунин А.И., Билтуева Л.С., Комиссаров А.С., Сарачаков А.Е., Графодатский А.С., Трифонов В.А. Identification and annotation of repetitive DNA in the genome of sterlet (Acipenser ruthenus) Bioinformatics: from algorithms to applications. Conference proceedings. St Petersburg 16-19 July 2018 (год публикации - 2018)

10. Прокопов Д.Ю. Разнообразие и эволюция повторённой ДНК в геноме стерляди (Acipense ruthenus) Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2019» , М: МАКС Пресс (год публикации - 2019)

11. Прокопов Д.Ю., Билтуева Л.С., Трифонов В.А. In Silico And In Situ Analysis Of The Repetitive Component In Sterlet Genome UAB "Reklamos forma", Panevėžys, P. 155 (год публикации - 2019)

12. Побединцева М., Макунин А., Кичигин И., Сердюкова Н., Интересова Е., Заделенов В., Юрченко А., Графодатский А., Трифонов В. Population Genetics Of Acipenseridae In Siberian Rivers Abstract book of the 3RD International Conference „Smart Bio“ 02-04 May 2019 KAUNAS LITHUANIA, UAB "Reklamos forma", Panevėžys, P. 200 (год публикации - 2019)

13. Трифонов В.А. ПАРАЛЛЕЛИЗМ И КОНВЕРГЕНЦИЯ В ЭВОЛЮЦИИ ПОЛОВЫХ ХРОМОСОМ ПОЗВОНОЧНЫХ Сборник тезисов Международного Конгресса «VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы» (18-22 июня 2019 г., Санкт-Петербург, Россия), Стр 201 (год публикации - 2019)

14. Трифонов В.А. Origin And Evolution of Vertebrate Sex Chromosomes Abstracts of the 6th Congress of the Serbian Genetic Society Vrnjačka Banja, Serbia October 13-17. 2019, p.18 (год публикации - 2019)

15. Билтуева Л.С., Прокопов Д.Ю., Романенко С.А., Шартл М., Трифонов В.А. Chromosomal organization and physical mapping of Siberian sturgeon genome (Acipenser baerii) Abstracts of the International mini-conference “Chromosomes and Mitosis” Novosibirsk, Russia November 21, 2019, P. 24 (год публикации - 2019)

16. Ду К., ... Прокопов Д., Макунин А., Кичигин И., Шмидт Ц., Фишер П., Куул Х., Вюрц С., Гесснер Й., Клоас В., Кабау Ц., Иампиетро Ц., Парринелло Х., Томлинсон Ц., Журно Л., Постлетваит Й., Брааш И., Трифонов В., Уоррен В.Ц., Майер А., Гуйгуен Я., Шартл М. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization Nature Ecology and Evolution, Том 4, стр. 841–852 (год публикации - 2020)
10.1038/s41559-020-1166-x

17. Куул Х., ... Прокопов Д., Бестин А., Бонпунт Е., Дебеф Б., Хаффрэй П, Морвезен Р., Патрице П., Суциу Р., Диркс Р., Вюрц С., Клоас В., Шартл М., Сток М. A 180 My-old female-specific genome region in sturgeon reveals the oldest known vertebrate sex determining system with undifferentiated sex chromosomes Phil. Trans. R. Soc. B. (год публикации - 2020)

18. Билтуева Л.С., Прокопов Д.Ю., Романенко С.А., Интересова Е.А., Шартл М., Трифонов В.А. Chromosome Distribution of Highly Conserved Tandemly Arranged Repetitive DNAs in the Siberian Sturgeon (Acipenser baerii) Genes, 11(11), 1375 (год публикации - 2020)
10.3390/genes11111375

19. Бишани А., Прокопов Д.Ю., Романенко С.А., Молодцева А.С., Перельман П.Л., Интересова Е.А., Беклемишева В.Р., Графодатский А.С., Трифонов В.А. Evolution of tandemly arranged repetitive DNAs in three species of Cyprinoidei with different ploidy levels Cytogenetics adn Genome Research (год публикации - 2021)

20. Фофанов М., Шеглова Т., Трифонов В., Шартл М. Bioinformatic methods applied to the analysis of the genes retained after the whole genome duplication events in the sterlet genome (Acipenser ruthenus) IEEE, Номер статьи 9214587, Pages 53-56 (год публикации - 2020)
10.1109/CSGB51356.2020.9214587

21. Давлетшина Г., Кливер С., Прокопов Д., Интересова E., Трифонов В. Application of ITS1 and ITS2 for population genetic studies of sturgeons (Acipenseridae) BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) The Twelfth International Multiconference Abstracts, стр. 209 (год публикации - 2020)
10.18699/BGRS/SB-2020-133

22. Фофанов М.В., Прокопов Д.Ю., Куул Х., Шартл М., Трифонов В.А. Evolution of microRNA biogenesis genes in the sterlet (Acipenser ruthenus) and other polyploid vertebrates International Journal of Molecular Sciences (год публикации - 2020)

23. Хёне К., Прокопов Д., Куул Х., Ду К., Клопп К., Вюрц С., Трифонов В., Штёк М. The immune system of sturgeons and paddlefish (Acipenseriformes): a review with new data from a chromosome‐scale sturgeon genome Reviews in Aquaculture (год публикации - 2021)
10.1111/raq.12542

Публикации