Генетическое разнообразие маркеров антибиотикорезистентности и факторов патогенности инфекций репродуктивного тракта

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 17-75-20039

НазваниеГенетическое разнообразие маркеров антибиотикорезистентности и факторов патогенности инфекций репродуктивного тракта

Руководитель Шаскольский Борис Леонидович, Кандидат химических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук , г Москва

Конкурс №24 - Конкурс 2017 года по мероприятию «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-109 - Клиническая лабораторная диагностика и нанотехнологии в медицине

Ключевые слова Устойчивость к антибиотикам, возбудители инфекций репродуктивного тракта, детерминанты резистентности, факторы патогенности, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma sp., адгезины, CEACAM гаплотипы, генетическое разноообразие

Код ГРНТИ76.00.00

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Проект направлен на исследование молекулярных механизмов формирования лекарственной устойчивости возбудителей инфекций репродуктивного тракта (ИРТ), инвентаризацию и систематизацию данных о детерминантах патогенности, патогенезе ИРТ и гаплотипах факторов восприимчивости человека к ИРТ. Будут выявлены корреляции между генетическими профилями адгезинов ИРТ, человеческих гаплотипов рецепторов адгезинов и особенностями патогенеза. Планируется изучение генетического разнообразия ИРТ с последующей разработкой молекулярных многопараметрических методов с целью выявления факторов патогенности и детерминант резистентности к широкому спектру антимикробных препаратов (АМП). Актуальность проекта определяется возрастающими рисками, связанными с распространением резистентных к терапии форм возбудителей ИРТ. Согласно оценкам ВОЗ, ежегодно миллионы людей заболевают инфекциями, передаваемыми половым путем. Особенные опасения вызывает возбудитель гонореи. К настоящему времени обнаружены штаммы гонореи, устойчивые к основным препаратам, используемым для лечения: β-лактамным препаратам (включая цефалоспорины 3-го поколения), фторхинолонам, макролидам, тетрациклинам, аминоциклитам. Необходимо комплексное исследование как механизмов патогенеза и устойчивости к АМП у этиологических агентов этих заболеваний, так и факторов восприимчивости к ним у человека. В ходе выполнения проекта будет впервые осуществлено определение генетических детерминант устойчивости к АМП и факторов патогенности наиболее опасных представителей ИРТ, таких как Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma sp., Ureaplasma sp., Treponema pallidum, на фоне генетического разнообразия системы «патоген-хозяин». При изучении механизмов антибиотикорезистентности будут исследованы фенотипические и генетические аспекты устойчивости к актуальным для каждого микроорганизма антимикробным препаратам: β-лактамам, макролидам, линкозамидам, стрептограмину и кетолидам (МЛСК), фторхинолонам, тетрациклинам, аминогликозидам. Исследование факторов патогенности ИРТ будет включать биоинформационный анализ с последующим таргетным секвенированием генов адгезинов и факторов, регулирующих их антигенное разнообразие. Изучение гаплотипического разнообразия генов рецепторов адгезинов будет включать анализ анамнеза пациентов, биоинформационный анализ и последующее таргетное секвенирование соответствующих генов. Новым является подход, учитывающий не только фенотипические и генетические характеристики этиологического агента ИРТ, но гаплотип человека. Будет также проведено изучение генетического разнообразия российской популяции N. gonorrhoeae, в результате которого будут выявлены тенденции в распространении генетических детерминант устойчивости и факторов патогенности N. gonorrhoeae на территории РФ за последние 10 лет. Обнаружение новых детерминант устойчивости и данные о разнообразии популяции N. gonorrhoeae будут новым вкладом в копилку данных о генетических изменениях патогенов под давлением АМП. Для решения поставленных задач будут использованы современные микробиологические методы, таргентное секвенирование выбранных участков геномов, а также полногеномное секвенирование для наиболее важных клинических изолятов, биоинформационный анализ. Для N. gonorrhoeae как объекта, представляющего наибольшую клиническую проблему, по результатам анализа полиморфизмов, ассоциированных с антибиотикорезистентностью, будет проведена оценка вклада новых обнаруженных полиморфизмов в фенотипическую устойчивость методами обратной генетики. Задачи проекта включают также создание молекулярного многопараметрического метода генетического скрининга ИРТ на основе биологических микрочипов, разработку и испытания Наборов реагентов для диагностики in vitro и подачу документов на их регистрацию в Федеральную службу по надзору в сфере здравоохранения (Росздравнадзор) в качестве медицинских изделий. В результате проекта будут получены новые фундаментальные данные о современных генетических механизмах антибиотикорезистентности, патогенности и изменчивости возбудителей ИРТ, а также причинах их формирования, что в перспективе позволит усовершенствовать методы лабораторной диагностики. Полученные результаты обеспечат рациональное применение антибактериальных препаратов и переход к персонализированной медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Грядунов Д. А., Шаскольский Б. Л., Наседкина Т. В., Рубина А. Ю., Заседателев А. С. Технология гидрогелевых биочипов ИМБ РАН: 30 лет спустя Acta Naturae, т. 10, № 4 (39), с. 30-44 (год публикации - 2018)
10.32607/20758251-2018-10-4-4-18

2. Шаскольский Б.Л., Дементьева Е.И., Лейнсоо А.Т., Петрова Н.П., Честков А.В., Кубанов А.А., Дерябин Д.Г., Грядунов Д.А. Tetracycline resistance of Neisseria gonorrhoeae in Russia, 2015-2017 Infection, Genetics and Evolution, v. 63, p. 236-242 (год публикации - 2018)
10.1016/j.meegid.2018.06.003

3. Кубанов А.А., Соломка В.С, Плахова К.И., Честков А.В., Петрова Н.П., Шаскольский Б.Л., Дементьева Е.И.,Лейнсоо А.Т., Грядунов Д.А., Дерябин Д.Г. Summary and Trends of the Russian Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme, 2005-2016 Journal of Clinical Microbiology (год публикации - 2019)
10.1128/JCM.02024-18

4. Дементьева Е.И., Шаскольский Б.Л., Лейнсоо А.Т., Грядунов Д.А.,Петрова Н.П., Честков А.В., Кубанов А.А., Дерябин Д.Г. Биологический микрочип для анализа устойчивости к тетрациклину клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae в Российской Федерации Инфекция и иммунитет (год публикации - 2019)

5. Шаскольский Б.Л., Дементьева Е.И., Кандинов И.Д., Филиппова М.А, Петрова Н.П., Плахова К.Ю, Честков А.Ю., Кубанов А.А, Дерябин Д.Г., Грядунов Д.А. Resistance of Neisseria gonorrhoeae isolates to beta-lactam antibiotics (benzylpenicillin and ceftriaxone) in Russia, 2015–2017 PLoS ONE, 14(7) e0220339 (год публикации - 2019)
10.1371/journal.pone.0220339

6. Рунина А. В., Шпилевая М. В., Филиппова М. А., Катунин Г. Л., Кубанов А. А. Применение иммуночипа с панелью из 12 диагностических антигенов T. pallidum для изучения динамики профиля иммуноглобулинов классов igg и igm в сыворотке крови больных сифилисом до и после терапии Клиническая лабораторная диагностика, 64(9) 546 - 552 (год публикации - 2019)
10.18821/0869-2084-2019-64-9-546-552

7. Б.Л. Шаскольский, Е.И. Дементьева, И.Д. Кандинов, А.В. Честков, А.А. Кубанов, Д.Г. Дерябин, Д.А. Грядунов Genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence types in Russia and Europe International Journal of Infectious Diseases, 93 pp.1-8 (год публикации - 2020)
10.1016/j.ijid.2020.01.020

8. Б. Л. Шаскольский, И. Д. Кандинов, А. В. Честков, В. С. Соломка, А. А. Кубанов, Д. Г. Дерябин, Д. А. Грядунов, Е. И. Дементьева Сравнительный филогенетический анализ клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae России, стран Евросоюза и Японии Вестник РГМУ, 1, стр. 5-13 (год публикации - 2020)
10.24075/brsmu.2020.009

9. Кубанов А.А., Барышков К.В., Честков А.В., Шаскольский Б.Л., Грядунов Д.А., Дерябин Д.Г ГЕНОТИПИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ПОПУЛЯЦИИ Neisseria gonorrhoeae В АРХАНГЕЛЬСКЕ (РОССИЯ): МЕХАНИЗМЫ ФОРМИРОВАНИЯ И СВЯЗЬ С УСТОЙЧИВОСТЬЮ К АНТИМИКРОБНЫМ ПРЕПАРАТАМ молекулярная генетика, микробиология и вирусология (год публикации - 2018)

Публикации