КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер 22-74-10115

НазваниеТранскриптом единичных опухолевых клеток как инструмент для выявления тканевой принадлежности опухолей невыявленной первичной локализации

РуководительМифтахова Регина Рифкатовна, кандидат наук (признаваемый в РФ PhD)

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет", Республика Татарстан (Татарстан)

Период выполнения при поддержке РНФ 07.2022 - 06.2025 

Конкурс№71 - Конкурс 2022 года «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными.

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-205 - Клеточная биология, цитология, гистология

Ключевые словаТранскриптом единичных клеток, секвенирование, онкология, таргетная терапия, опухоли невыявленной первичной локализации

Код ГРНТИ34.15.00

 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Опухоль невыявленной первичной локализации (ОНПЛ, код МКБ 10: С76-80) представляет собой метастатический очаг, выявленный до обнаружения первичной опухоли. Несмотря на то, что с ОНПЛ связано менее 5% всех случаев онкологических заболеваний, в структуре смертности ОНПЛ занимают 4 место. Выживаемость пациентов составляет в среднем 9-12 месяцев с момента постановки диагноза, пятилетняя выживаемость не превышает 15%. Высокая смертность обусловлена сложностью подбора эффективной терапии ввиду отсутствия данных о первичной природе опухоли. Согласно статистическим данным, при выявлении первичного очага в 30% случаев им оказываются легкие, в 20% - поджелудочная железа, третью и последующие позиции занимают прямой и толстый кишечник, почки и молочная железа. В 20-30% случаев первичный очаг не удается обнаружить даже при аутопсии. В клинические рекомендации входит широкий список анализов, рекомендованных при работе с ОНПЛ, но иммуногистохимические исследования были и остаются золотым стандартом, позволяющим постулировать предполагаемое первичное происхождение. Значительное развитие методов молекулярной биологии, снижение стоимости геномных исследований позволяют рассматривать методы «омиксных» исследований как наиболее эффективный вариант развития диагностических решений в ОНПЛ. Кроме того, использование геномных и транскриптомных технологий позволит приблизиться к решению фундаментального вопроса выявления молекулярных механизмов, определяющих ранее «преждевременное», с точки зрения существующих постулат, метастатическое распространение опухоли. Результаты РНК-секвенирования единичных клеток (scRNA-seq) в опухолях человека позволили получить новое данные о гетерогенности опухоли, выявить новые субпопуляции опухолевых клеток, оказавшихся ключевыми в развитии механизмов метастазирования опухоли, развития терапевтической резистентности и модуляции характеристик опухолевого роста. В представленном проекте мы предлагаем использовать возможности РНК-секвенирования единичных клеток для создания аналитической платформы для выявления тканевой принадлежности опухолей невыявленной первичной локализации.

Ожидаемые результаты
Неэффективность существующих на сегодняшний день подходов к диагностике и лечению ОНПЛ обуславливает низкую выживаемость пациентов. Внедрение в клиническую практику современных молекулярно-биологических методов позволяет существенно повысить успех мероприятий, направленных на профилактику, прогнозирование, диагностику и терапию онкологических заболеваний. Было предложено несколько алгоритмов, позволяющих с различной эффективностью предсказать сайт локализации первичной опухоли, на основании сравнительного анализа экспрессии генов в метастазах ОНПЛ и референсных образцах опухолей различной этиологии. Мы предлагаем использование технологии транскриптомного анализа единичных клеток для создания алгоритма, позволяющего определить первичный очаг опухоли на основании данных об экспресии генов в циркулирующих опухолевых клетках или метастазах опухоли. Технология позволяет дифференцировано оценивать транскриптом отдельных клеток, что делает возможным выявление минорных популяций и использование их молекулярного профиля для диагностики и поиска терапевтических мишеней опухолей невыявленной первичной локализации.

 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Опухоли невыявленной первичной локализации (ОНПЛ) представляют собой метастатический очаг, выявленный до обнаружения первичной опухоли. Несмотря на то, что с ОНПЛ связано менее 5% всех случаев онкологических заболеваний, в структуре смертности ОНПЛ занимают 4 место. Согласно классическим исследованиям на основании аутопсии пациентов с ОНПЛ, в структуре первичных очагов лидирующие позиции занимают рак легкого, поджелудочной железы и печени. Более новые данные, полученные при молекулярно-генетической характеристике ОНПЛ указывают на то, что до 15% опухолей развиваются из циркулирующих клеток рака молочной железы. В процессе реализации первого года проекта «Транскриптом единичных опухолевых клеток как инструмент для выявления тканевой принадлежности опухолей невыявленной первичной локализации» нами были проанализированы транскриптомные профили клеток трех пациентов с раком молочной железы (РМЖ), одного пациента с почечно-клеточным раком (ПКР) и одного с раком яичника (РЯ). На основании данных РНК-секвенирования единичных клеток были выявлены транскрипты, характерные для опухолевой ткани, референсной здоровой ткани и циркулирующих опухолевых клеток (ЦОК) пациентов. Было обнаружено, что ЦОК, сохраняя ряд тканеспецифичных РНК маркеров, значительно меняют паттерн транскрипции. Была показана высокая гомология транскрипционного профиля ЦОК у пациентов с одинаковым гистологическим типом опухоли. Наши результаты указывают на то, что результаты РНК-профилирования ЦОК могут быть использованы для идентификации первичного очага ОНПЛ.

 

Публикации

1. Золотых М.А., Билялов А.И., Нестерова А.И., Гимранов А.М., Филина Ю.В., Ризванов А.А., Мифтахова Р.Р. Рак молочной железы: генетические факторы персонального риска Современная онкология, - (год публикации - 2023)