КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 22-14-00213

НазваниеВысокочувствительное количественное определение активности ферментов методом гигантского комбинационного рассеяния света

РуководительКурочкин Илья Николаевич, Доктор химических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2022 г. - 2024 г. 

Конкурс№68 - Конкурс 2022 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-209 - Биотехнология (в том числе бионанотехнология)

Ключевые словабиосенсоры, биоаналитические системы, нанобиотехнология, наноплазмоника, ГКР, получение наночастиц, белок-полиэлектролитные комплексы

Код ГРНТИ62.41.00


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА) широко применяется в клинической диагностике для количественного определения различных биомолекул. В качестве системы усиления он содержит ферментативную метку, превращающую добавляемый субстрат в регистрируемый продукт. Одним из лимитирующих факторов чувствительности ИФА является система регистрации продукта ферментативной реакции. На сегодняшний момент наиболее часто используются спектрофотометрическая, флуоресцентная и хемилюминесцентная системы. Типичные пределы обнаружения продукта для этих методов составляют около 10^(-7) М, что соответствует около 1 пМ по интересующему антигену. Спектроскопия гигантского комбинационного рассеяния (ГКР), активно развивающаяся в последние 10 лет, позволяет регистрировать низкомолекулярные аналиты с типичными пределами обнаружения 10^(-8) – 10^(-9) М даже при использовании недорогих портативных приборов. Это означает возможность улучшения пределов обнаружения целевых антигенов на 1-2 порядка (т.е. до 0.01-0.1 пМ) по сравнению с существующими ИФА-наборами. Дополнительными достоинствами метода ГКР являются мультиплексность (возможность одновременного обнаружения нескольких аналитов) и малый требуемый объем образца, порядка десятков мкл. Все перечисленные факторы делают ГКР чрезвычайно перспективной системой регистрации для портативных устройств персонифицированной медицины. На пути практической реализации ГКР-ИФА на настоящий момент существует серьезный научно-исследовательский пробел. Аналогично уже используемым методам регистрации, для ГКР требуется провести исследования по поиску оптимальных троек фермент-субстрат-продукт для применения в ИФА. В литературе описаны несколько попыток подобных исследований, однако большинство из них использовало прямолинейный подход с регистрацией спектрофотометрических продуктов методом ГКР. В настоящем проекте предлагается использовать рациональный подход для решения описанной задачи. Ключевыми моментами данного подхода являются: (а) использование в качестве фермента одной из широко используемых ферментативных меток (пероксидаза из корней хрена, щелочная фосфатаза, β-галактозидаза); (б) поиск реакций, катализируемых данными ферментами, обеспечивающих значительные различия в химических структурах субстрата и продукта, что, в свою очередь, приведет к значимым различиям в спектрах ГКР этих соединений и возможности регистрации малых количеств продукта на фоне высоких концентраций субстрата. Таким образом, на первой стадии проекта планируется провести скрининг следующих перспективных ферментативных реакций: образование феназинов из о-фенилендиаминовых производных (по это реакции уже существует экспериментальный задел), неканоническая реакция нитрования ароматических соединений под действием пероксидазы, образование красителей с участием гидразона Бесторна, не опробованные на данный момент для ГКР реакции гидролиза фосфорных эфиров и β-гликозидов нитрофенолов. Для наиболее перспективных кандидатов на второй стадии планируется провести оптимизацию методики ГКР-регистрации ферментативной активности, а также провести исследования по использованию внутреннего стандарта для повышения воспроизводимости. На финальной стадии планируется продемонстрировать возможности разработанных методик на примере ИФА модельного аналита.

Ожидаемые результаты
Результатом выполнения проекта будет создание новых методов высокочувствительной ГКР-регистрации активности ферментов-меток в ИФА (пероксидаза или щелочная фосфатаза или бета-галактозидаза) с пределом обнаружения не хуже 1 пмоль/л фермента и объемом образца порядка нескольких десятков мкл. Научная и практическая значимость решения данной проблемы связана с созданием фактически новой биоаналитической платформы на базе спектроскопии гигантского комбинационного рассеяния для целей высокочувствительной молекулярной диагностики. Это позволит существенно расширить спектр анализируемых биологических жидкостей (капиллярная кровь, моча, слеза, пот), сделать диагностику неинвазивной или минимально инвазивной и приблизиться к решению персонифицированной медицинской диагностики.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Твердофазный ИФА с колориметрической регистрацией является одним из наиболее часто используемых вариантов ИФА. В ходе анализа на твердой поверхности последовательно собирается «сэндвич» из антител захвата, анализируемого антигена и конъюгата вторых антител с ферментной меткой, чаще всего пероксидазой хрена. Далее в ходе ферментативной реакции из бесцветного субстрата нарабатывается окрашенный продукт, и его оптическое поглощение является мерой концентрации анализируемого антигена. Одним из факторов, ограничивающих чувствительность ИФА, является возможности системы регистрации. Для клинических применений задача снижения пределов обнаружения систем регистрации в ИФА является актуальной на многие годы вперед, поскольку возможность определения более низких концентраций антигенов (маркеров) значительно расширяет их спектр. Гигантское комбинационное рассеяние (ГКР) – это эффект усиления колебательного спектра молекулы, находящейся вблизи наноструктурированных металлических поверхностей, т.н. ГКР-субстратов. Спектроскопия ГКР в последние 15 лет широко применяется в качестве высокочувствительной системы регистрации для различных аналитических методик. На первом году выполнения проекта разработан прототип системы детектирования пероксидазной метки на основе ГКР. В ней используется реакция ферментативного окисления о-фенилендиамина до 2,3-диаминофеназина и золи серебряных наночастиц в качестве ГКР-субстрата. Достигнутый предел обнаружения пероксидазы (0.03-0.05 пмоль/л) улучшен по сравнению со спектрофотометрией: на 2 порядка по сравнению с системой с тем же субстратом и в 3-5 раз по сравнению с колориметрической системой с коммерческой стабилизированной однокомпонентной субстратной смесью на основе 3,3',5,5'-тетраметилбензидина. Дополнительным преимуществом ГКР регистрации является малый требуемый объем образца, типично составляющий 20 мкл.

 

Публикации

1. Евтушенко Е.Г., Гаврилина Е. С., Гусарова Д.Ю., Васильева А.Д., Юрина Л.В., Курочкин И.Н. Применение гидроксиламиновых золей наночастиц серебра для получения референсных спектров гигантского комбинационного рассеяния Квантовая электроника, - (год публикации - 2023)

2. Евтушенко Е.Г., Гаврилина Е.С., Гусарова Д.Ю., Васильева А.Д., Юрина Л.В., Курочкин И.Н. Разработка высокочувствительной системы регистрации активности пероксидазы с использованием спектроскопии гигантского комбинационного рассеяния ИБХФ РАН, XXII Ежегодная молодежная конференция c международным участием ИБХФ РАН-ВУЗы "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", - (год публикации - 2022)

3. Курочкин И.Н. Молекулярно-диагностические платформы на основе сверхвысокочувствительных методов биосенсорики Сборник докладов "5-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием «МедХим-Россия»", 1. Волгоград, 16-19 мая 2022г., Волгоградский медицинский университет, Сборник докладов "5-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием «МедХим-Россия»", 1. Волгоград, 16-19 мая 2022г. (год публикации - 2022)


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
Ключевой задачей первого года выполнения проекта была принципиальная демонстрация возможности высокочувствительной регистрации активности пероксидазы с использованием ГКР, для чего методом проб, ошибок и оптимизаций были найдены условия ГКР измерения 2,3-диаминофеназина (ДАФ) на фоне значительно превосходящих количеств непрореагировавшего субстрата, о-фенилендиамина (оФД). Было показано, что ключевым фактором чувствительности ГКР регистрации является pH. На втором году проводились работы по углубленному изучению процессов и закономерностей в этой системе. Было показано, что чувствительность снижается при pH <3 за счет перехода регистрируемой протонированной формы ДАФ в дважды протонированную. При pH > 3.5 наблюдается конкуренция между оФД и ДАФ за связывание с поверхностью серебра. Это происходит по причине прочного связывания нейтральной формы оФД с поверхностью серебра за счет образования, по меньшей мере, одной ковалентной донорно-акцепторной связи N-Ag. Таким образом, эмпирически найденный на первом году pH = 3 является оптимальным для ГКР регистрации, и данный оптимум единственный. И хотя данный цикл работ не привел к дополнительному улучшению системы, он предоставил прочный химический и физико-химический базис для эмпирически найденного ранее прототипа аналитической системы. Помимо фундаментальных исследований стадии ГКР регистрации, проводились плановые работы по оптимизации стадии ферментативной реакции в данной системе. Было показано, что переход от используемого ранее фосфатного буфера с pH = 6 к цитратному буферу с pH = 4 или 5 позволяет вдвое повысить скорость ферментативной реакции, одновременно снизив скорость мешающего фонового окисления оФД. Вторым большим направлением проекта на втором году являлся скрининг других пар продукт-фермент на предмет возможности их высокочувствительной регистрации методом ГКР. Для 2- и 4-нитрофенолов, продуктов ферментативных реакций гидролиза фосфорных эфиров и бета-галактозидов под действием ферментов щелочной фосфатазы и бета-галактозидазы соответственно, была показана невозможность их прямой ГКР регистрации с использованием серебряных наночастиц, стабилизированных хлоридом. Показана принципиальная возможность ГКР детектирования 4-нитрофенола в виде фенолята путем перезарядки поверхности частиц при помощи полиэтиленимина. Однако рабочий диапазон (от 0.1 мМ и выше), полученный при первичном скрининге, на 4-5 порядков выше требуемой чувствительности. Для 2- и 4-нитроанилинов, продуктов неканонической реакции нитрования, катализируемой пероксидазой в присутствии нитрита, было показано, что их прямая ГКР регистрация в кислой среде невозможна, в щелочной среде при концентрациях порядка 0.1-1 мМ регистрируются спектры ГКР продуктов их фотохимических превращений под действием лазера спектрометра КР, что также невозможно использовать для разработки аналитической методики. Также была изучена возможность использования трех структурных аналогов оФД (2,3-диаминопиридина, 3-нитро-1,2-фенилендиамина и 2,3-диаминотолуола) в качестве субстратов пероксидазы для ее спектрофотометрического и ГКР измерения. Принципиально было показано, что все три соединения являются субстратами пероксидазной реакции. Толуольное производное по многим параметрам (спектры поглощения и ГКР субстрата и продукта, эффективная константа Михаэлиса) является прямым аналогом оФД. Однако дальнейшее использование этих соединений в проекте является нецелесообразным. Для 2,3-диаминотолуола и особенно 2,3-диаминопиридина - по причине низкой чистоты коммерчески доступных препаратов, для 3-нитро-1,2-фенилендиамина – ввиду низкой растворимости в нейтральных средах.

 

Публикации

1. Е. Г. Евтушенко, Е. С. Гаврилина, Д. Ю. Гусарова, А.Д. Васильева, Л.В. Юрина, И.Н. Курочкин Application of hydroxylamine sols of silver nanoparticles to obtain reference SERS spectra Bulletin of the Lebedev Physics Institute, № S5,v.50, p.S547-S551 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.3103/S1068335623170037

2. Евтушенко Е.Г., Гаврилина Е.С., Гусарова Д.Ю., Васильева А.Д., Юрина Л.В., Курочкин И.Н. Применение гидроксиламиновых золей наночастиц серебра для получения референсных спектров гигантского комбинационного рассеяния Квантовая электроника, №1, т.53, с. 25-28 (год публикации - 2023)

3. И. Н. Курочкин, А. Д. Васильева, Е. Г. Евтушенко, А.В. Еременко, Д.В. Пергушов, Л.В. Сиголаева Enzymes in the development of physico-chemical methods for biomedical research Moscow University Chemistry Bulletin, no.4, v.78, p. 201-219 (год публикации - 2023)

4. И. Н. Курочкин, А. Д. Васильева, Е. Г. Евтушенко, А.В. Еременко, Д.В. Пергушов, Л.В. Сиголаева Ферменты в развитии физико-химических методов для биомедицинских исследований Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, Квантовая электроника, №4, т.64, с.353-376 (год публикации - 2023)

5. Курочкин И.Н., Еременко А.В., Васильева А.Д., Сиголаева Л.В., Евтушенко Е.Г. Спектроскопия гигантского комбинационного рассеяния в развитии биоаналитических методов Фотон-экспресс, №190, т.6, с.113-114 (год публикации - 2023)

6. Евтушенко Е.Г., Гаврилина Е.С., Васильева А.Д., Юрина Л.В., Курочкин И.Н. Физико-химические аспекты измерения активности пероксидазы с использованием спектроскопии гигантского комбинационного рассеяния 13-ая Международная научная конференция БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ (БИОКАТАЛИЗ - 2023), Сборник, устные доклады, с.71, г. Суздаль, Россия | Июнь, 25-29 2023. (год публикации - 2023)

7. Курочкин И.Н., Еременко А.В., Васильева А.Д., Сиголаева Л.В., Евтушенко Е.Г. Спектроскопия гигантского комбинационного рассеяния в развитии биоаналитических методов Всероссийская Диановская конференция по волоконной оптике (ВКВО-2023), Материалы, устные доклады, с.113, г. Пермь, 3 по 6 октября 2023 г. (год публикации - 2023)

8. Курочкин И.Н., Еременко А.В., Васильева А.Д., Сиголаева Л.В., Евтушенко Е.Г. Спектроскопия гигантского комбинационного рассеяния в развитии биоаналитических методов 13-ая Международная научная конференция БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ (БИОКАТАЛИЗ - 2023), Сборник, пленарные доклады, с.23, г. Суздаль, Россия | Июнь, 25-29 2023. (год публикации - 2023)