КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 20-79-00332

НазваниеМатематические модели и инструментальные средства анализа свойств физиологических жидкостей

РуководительКорнаева Елена Петровна, Кандидат физико-математических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Орловский государственный университет имени И.С. Тургенева", Орловская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 07.2020 - 06.2022 

Конкурс№49 - Конкурс 2020 года «Проведение инициативных исследований молодыми учеными» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными.

Область знания, основной код классификатора 09 - Инженерные науки, 09-105 - Газо- и гидродинамика технических и природных систем

Ключевые словаФизиологическая жидкость, реология, гемореология, вычислительная гидродинамика, машинное обучение, классификация, выявление аномалий, управление

Код ГРНТИ30.17.23


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Научная проблема совершенствования методологии и инструментальных средств измерения реологических свойств физиологических жидкостей связана с проблемами более высокого уровня. Решение поставленной проблемы входит в комплекс мероприятий по совершенствованию процедур диагностики и лечения заболеваний, наличие которых можно определить по изменению свойств физиологических жидкостей, прежде всего, крови. Согласно информации, опубликованной за последние годы в авторитетных изданиях, ряд независимых исследований указывает на то, что вязкопластичные свойства клеток являются индикатором их болезненного состояния, включая рак, ламинопатию, некоторые инфекционные заболевания, старение. Показано, что изменения вязкоупругости взаимосвязаны с регуляцией иммунных реакций. Значимость и актуальность проблемы раннего выявления подобных болезней не вызывает сомнений. Актуальность повышения точности реологических исследований также вполне очевидна. Основу научной новизны исследований составит новый метод реологических испытаний физиологических жидкостей с нелинейными упругими и вязкими свойствами, обеспечивающий создание во всей области движения жидкости условий однородности полей давлений, температур, а также условий однородности полей деформаций и скоростей деформаций на твердой границе области движения. В качестве инструментальных средств будут разработаны: экспериментальная установка с компактным устройством инерционного и (или) виброинерционного типа для исследования вязких и упругих свойств жидкостей, а также современное программное обеспечение обработки данных измерений на основе машинного обучения для построения регрессионных моделей исследуемых свойств, обнаружения сложных явлений и эффектов, классификации результатов измерений. Последующие после выполнения проекта направления развития темы исследований могут связаны с разработкой медицинского устройства портативного класса «исследований по месту лечения» (от англ. point-of-care testing) согласно рекомендациям ГОСТ Р ИСО 22870-2009, с проведением комплекса физических экспериментов и разработкой системы автоматизированной диагностики состояния клеток физиологических жидкостей.

Ожидаемые результаты
В результате выполнения проекта планируется получение следующих основных результатов. Концептуальные положения и уточненные математические модели инерционного и виброинерционного движения неньютоновских жидкостей в тороидальном канале составят основу нового метода реологических испытаний физиологических жидкостей. Концептуальные положения будут разработаны на основе анализа безразмерных уравнений и будут представлены в виде интервальных оценок значений безразмерных величин для достижения требуемых условий однородности полей термомеханических величин. Основу математических моделей составят уравнения движения сплошных сред с учетом нестационарности и действия инерционных сил. Создание однородных полей позволяет уменьшить количество гипотез метода реологических испытаний. В том числе, при условии наличия инструментальной возможности измерять поля перемещений или скоростей жидкости в поперечном сечении канала, полностью устраняется необходимость задания наперед конкретной параметрической модели жидкости, что создаст достаточные основания для точного исследования жидкостей, реологические модели которых не соответствуют ранее известным. Метод реологических испытаний жидкостей в замкнутом тороидальном канале является собственной разработкой и не имеет отечественных и зарубежных аналогов. Вычислительные модели течений для расчета вязких и упругих характеристик жидкостей по результатам измерений физических величин составят основу программ обработки результатов измерений. Планируется применение детерминированного подхода, основанного на математических моделях движения неньютоновских жидкостей, а также стохастического, основанного на известных моделях искусственных нейронных сетей, предназначенных для решения задач аппроксимации, классификации и кластеризации данных измерений. Программы будут разработаны в среде инженерного программирования, совместимой с физическими устройствами измерений и управления. Программы станут частью программного комплекса собственной разработки, который будет защищен авторскими правами. Мехатронная установка для исследования реологических свойств физиологических жидкостей с высокоскоростной высокоточной информационно-измерительной системой и системой управления, программами обработки данных измерений и удобным интерфейсом станет собственной разработкой, не имеющей отечественных и зарубежных аналогов, прежде всего, по причине новизны метода реологических испытаний. Ожидается, что разработанная установка создаст достаточные основания для последующей разработки портативного медицинского устройства измерения реологических свойств физиологических жидкостей класса «исследований по месту лечения» (ГОСТ Р ИСО 22870-2009). Ожидается, что результаты исследования упругих и вязких свойств физиологических жидкостей, возникающих при этом эффектов и явлений, в частности, теоретически установленного ранее эффекта пристеночного течения при вибрационном движении тора, явления коагуляции и эффектов влияния лекарственных воздействий на свойства крови, позволят получить новые достоверные знания, которые будут представлять интерес для мировой научной общественности и будут достойны публикации в ведущих международных изданиях, а также будут положены в основу дальнейших комплексных исследований по решению проблемы снижения потерь от социально значимых болезней. Развитие тематики проекта планируется при сотрудничестве с НИИ фармакологии и регенеративной медицины им. Е.Д. Гольдберга (г. Томск), а также со следующими отечественными центрами коллективного пользования: 1) центр коллективного пользования ИМАШ РАН «Наукоёмкие технологии создания машин будущего»; 2) центральная научно-исследовательская лаборатория Красноярского государственного медицинского университета; 3) центр коллективного пользования «Современные оптические системы» Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины» (г. Новосибирск); 4) коллекция биоматериалов популяции Новосибирска 14-70 лет и биоматериалов мужчин с коронарным атеросклерозом при ФГБНУ Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины (г. Новосибирск).


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
Первый этап выполнения проекта посвящен разработке теоретических основ реологических испытаний физиологических жидкостей. Для достижения поставленной цели были выполнены следующие работы и получены следующие результаты. Уточнены концептуальные модели нестационарного (инерционного и виброинерционного) движения неньютоновских жидкостей с реологическими свойствами, близкими к свойствам крови, в прямолинейном и тороидальном каналах круглой формы. Определены условия, при которых с достаточной точностью во всей тороидальной области течения жидкости с нелинейными свойствами выполняются условия однородности полей давлений, температур, а также условий однородности полей деформаций и скоростей деформаций на поверхности тора. Создание перечисленных условий однородности позволяет уменьшить количество гипотез и разработать альтернативные способы реологических испытаний, отличающиеся сложностью реализации и количеством дополнительных допущений. Определены размеры тора разрабатываемой установки для проведения реологических испытаний физиологических жидкостей: радиус тора R=95 мм, радиус капилляра r=1 мм. Таким образом, объем пробы физиологической жидкости составляет менее 2 мл. Разработаны математические и численные модели течения физиологических жидкостей в торе, а также соответствующая программа расчета инерционного и виброинерционного течения. Разработанные модели и программа были протестированы, результата расчета хорошо согласуются с результатами решения асимптотических задач. По результатам численных экспериментов и рассмотрению вариантов инерционного или виброинерционного движения жидкости принято решение в пользу инерционного. Проведен совместный с НТЦ «Биомедицинская фотоника» эксперимент по исследованию течения раствора интралипида различной концентрации в тонком прямолинейном капилляре под действием перепада давлений с наперед заданными величинами расхода жидкости. Были применены различные способы получения спекл-контрастных изображений, в том числе пространственный, временной и усредненный по времени пространственный спекл-контраст. Данные спекл-контрастной визуализации течений были обработаны методами машинного обучения с применением композиции решающих деревьев, полносвязных и глубоких сверточных искусственных нейронных сетей. Точность определения расхода жидкости с использованием искусственных нейронных сетей и деревьев принятия решений превысила точность экспертов на 6-9 %. Также была решена задача аппроксимации профиля скорости течения жидкости в капилляре. Предложена концепция способа измерения вязкости, основанного на определении компонент касательных напряжений и скорости сдвиговой деформации на поверхности тора посредством аппроксимации профиля скорости и объемного расхода жидкости по данным лазерной спекл-контрастной визуализации течения, а также приближенного решения нестационарного уравнения движения неньютоновской жидкости. Согласно результатам вычислительных и физических экспериментов для принятой конфигурации тора инерционное течение продолжается около 0.5 с при начальной частоте вращения тора около 200 об/мин. Разработана компактная экспериментальная установка для исследования реологических свойств физиологических жидкостей, прежде всего крови. Установка включает шаговый двигатель для разгона и торможения диска с тором, заполненным испытуемой жидкостью. В процессе измерений лазер освещает трубку с жидкостью, отраженный свет попадает на объектив и в КМОП камеру. Затем данные передаются на контроллер и микрокомпьютер. Микрокомпьютер предназначен для обработки данных измерений, в том числе с применением искусственных нейронных сетей, и расчета величины вязкости. Предварительные результаты экспериментов согласуются с концепцией способа измерения вязкости. Габаритные размеры установки составили 260х195х295 (длина х ширина х высота) мм, объем испытуемой пробы не превышает 2 мл.

 

Публикации

1. Корнаева Е.П., Корнаев А.В., Стебаков И.Н., Попов С.Г., Ставцев Д.Д., Дремин В.В. Концепция мехатронной установки для исследования реологических свойств физиологических жидкостей Фундаментальные и прикладные проблемы техники и технологии, Фундаментальные и прикладные проблемы техники и технологии. - 2021. - №1. - С. 83-95 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.33979/2073-7408-2021-345-1-83-95

2. Корнаева Е.П., Попов С.Г., Стебаков И.Н., Дремин В.В., Ставцев Д.Д. Экспериментальная установка для исследования реологических свойств физиологических жидкостей Фундаментальные и прикладные проблемы техники и технологии, №3 (347), С. 131-138 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.33979/2073-7408-2021-347-3-131-138

3. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Ставцев Д.Д., Дремин В.В., Корнаев А.В. Композиция моделей классификации для распознавания скорости течения жидкостей в капиллярах Известия Юго-Западного государственного университета, Том 25, №2, С. 93-106 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.21869/2223-1560-2021-25-2-93-106

4. Стебаков И.Н., Корнаева Е.П., Ставцев Д.Д., Потапова Е.В., Дремин В.В. Laser speckle contrast imaging and machine learning in application to physiological fluids flow rate recognition Vibroengineering PROCEDIA, Vol. 38, 2021, p. 50-55 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.21595/vp.2021.22013

5. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Корнаев А.В., Ставцев Д.Д., Дрёмин В.В. Tribology and video capillaroscopy methods in application to study flows in blood vessels Proceedings of the 10th International Conference on Tribology, 10th International Conference on Tribology - BALKANTRIB '20: Proceedings of 10th International Conference. - Serbia. - 2021 - Pp. 177-178 (год публикации - 2021)

6. Корнаев А.В., Ставцев Д.Д., Корнаева Е.П., Волков М.В. Программа аппроксимации скорости течения крови на основе данных видеокапилляроскопии -, программы для ЭВМ 2021618101 РФ. № 2021617055; заяв. 04.05.21, опубл. 24.05.2021, Бюл. №6. - 1с (год публикации - )

7. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Дрёмин В.В. Программа распознавания скорости течения физиологических жидкостей в капиллярах на основе данных лазерной спекл-контрастной визуализации -, программы для ЭВМ 2021617651 РФ. № 2021616889; заяв. 04.05.21, опубл. 18.05.2021, Бюл. №5. - 1с. (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Заключительный этап проекта посвящен разработке и тестированию способа и устройства реологических испытаний физиологических жидкостей с интеллектуальной системой принятия решений, а также созданию достаточных оснований для последующего проведения обширных экспериментальных исследований и разработки системы автоматизированной диагностики состояния клеток физиологических жидкостей. Основная идея предлагаемого способа заключается в определении кинематических характеристик инерционного течения неньютоновской жидкости в тороидальном канале с помощью системы технического зрения и расчете вязкости как функции скорости сдвига путем численного решения дифференциального уравнения движения жидкости. Отличительной особенностью способа является обеспечение условий однородности полей тензоров скоростей деформаций и напряжений на внутренней поверхности канала, а также однородности поля температур на поверхности и внутри канала. Концептуально способ измерения вязкости включает следующие этапы: 1) в тор под давлением закачивается испытуемая жидкость; 2) тор разгоняется до заданной постоянной частоты вращения, при этом после стабилизации скорости, вязкая жидкость в торе начинает двигаться как квазитвердое тело; 3) тор резко останавливается, а жидкость в нем продолжает совершать инерционное движение в течение некоторого времени, по истечении которого движение жидкости прекращается; 4) за время инерционного движения жидкости производятся измерения кинематических величин этого движения; 5) зная значения измеренных кинематических величин в каждый момент времени в виде дискретных функций, заданных во временном интервале движения жидкости, и подставляя их в уравнение движения неньютоновской жидкости (уравнение Навье-Стокса), определяется дискретная функция вязкости испытуемой жидкости в известных диапазонах кинематических величин при данном давлении и температуре. Уточнение способа на данном этапе было связано с определением дополнительных условий проведения измерений на инерционном вискозиметре. В результате вычислительного эксперимента для разных жидкостей (цельная кровь, интралипид и раствор интралипида с глицерином) было установлено, что время инерционного течения жидкости не зависит от начальной частоты разгона тора, а определяется свойствами испытуемой жидкости и составляет не более 1с. В дальнейшем математическая модель течения неньютоновской жидкости в торе в виде упрощенного уравнения Навье-Стокса была численно решена относительно неизвестной кинематической вязкости в предположении, что кинематические характеристики течения могут быть измерены в результате эксперимента. В результате кинематическая вязкость вычисляется как дискретная функция через значения скорости сдвига на поверхности течения и расхода. Измерение последних выполняется с помощью системы компьютерного зрения вискозиметра. Система компьютерного зрения основана на применении сверточной нейронной сети на базе архитектуры ResNet18 для обработки спекл-контрастных изображений. Для обучения сети был проведен дополнительный эксперимент. По результатам этого эксперимента была установлена значимая корреляционная связь между значениями спекл-контрастов изображений течения жидкости и перечисленными кинематическими характеристиками течения. В результате полученная размеченная выборка вида {изображение; скорость сдвига; расход} использовалась для обучения и тестирования сети. Таким образом, сеть позволяет получать значения кинематических характеристик течения неньютоновских жидкостей по изображениям течения в фиксированные моменты времени. Далее эти значения используются для расчета кинематической вязкости испытуемой жидкости, используя приближенное решение уравнения Навье-Стокса относительно кинематической вязкости. Основой гидромеханической части инерционного вискозиметра является замкнутый торообразный прозрачный капилляр, фиксируемый в пазе жесткого вращающегося диска. Диск приводится во вращение шаговым двигателем. В обновленном корпусе установки были предусмотрены варианты освещения сбоку и снизу относительно направления объектива камеры. Это мероприятие позволило повысить качество изображений и точность распознавания. Измерительная часть установки, помимо компонентов оптики и электроники, включает программный комплекс с модулями управления приводом, управления камерой и освещением, передачи данных измерений на мини-компьютер и записи на носитель, а также модуль интеллектуальной обработки изображений для определения вязкости в режиме реального времени. В ходе исследования были проведены вычислительные и физические эксперименты. Промежуточный физический эксперимент связан с обучением системы технического зрения распознавать скорость сдвига жидкости на внутренней стенке прозрачного капилляра и расход жидкости. Для получения размеченных данных обучающей выборки была использована модельная неньютоновская жидкость: раствор интралипида с глицерином заданной концентрации. В дальнейшем есть возможность расширения обучающей выборки и дообучения модели по принципам непрерывного и трансферного обучения (от англ. continual learning, transfer learning). Исследуемая жидкость прокачивалась через длинную прозрачную разомкнутую трубку, часть которой была размещена в пазе диска вискозиметра таким образом, чтобы процесс течение в трубке фиксировался системой технического зрения вискозиметра. Значение расхода регулировалось с помощью инфузионного насоса. Значения расхода задавались с учетом необходимых значений скоростей сдвига. Выполнение этого эксперимента необходимо только для предварительного обучения нейронной сети системы компьютерного зрения и для выполнения непосредственных измерений вязкости на новом вискозиметре не требуется. Основной физический эксперимент был связан с формированием базы данных реологических свойств и тестированием разработанного инерционного вискозиметра. В качестве тестируемых жидкостей использовались растворы интралипида с гицерином различной концентрации. Исследования проводились с использованием ротационного вискозиметра Brookfield DV-III с адаптером типа Ultra LV для исследования жидкостей малой вязкости, а также с использованием разработанного инерционного вискозиметра. Установлено, что максимальная точность измерений на новом инерционном вискозиметре достигается на скоростях сдвига больше 20 1/с, однако погрешность измерений на скоростях сдвига до 20 1/с составляет не более 2%. Дополнительный вычислительный эксперимент был связан с адаптацией разработанных методик исследования течений физиологических жидкостей и (или) их аналогов в капиллярах на естественные гидродинамические системы. Было проведено исследование динамики течения крови в капиллярах микроциркуляционной системы человека методом in-vivo. Для этого были использованы данные проведенного ранее эксперимента, выполненного совместно сотрудниками ОГУ имени Тургенева (Орел) и Университета ИТМО (Санкт-Петербург) по определению скорости движения эритроцитов в капиллярах на поверхности ногтевого ложа методом анализа траекторий точек изображений с наибольшей интенсивностью цвета. Эти данные позволили сформировать датасет для обучения 3 последовательно расположенных искусственных нейронных сетей: сегментации изображений, извлечения признаков и анализа последовательностей изображений. Первые 2 сети (UNet и ResNet18) необходимы для предварительной обработки кадров и их преобразования в последовательность векторов признаков, третья сеть (типа LSTM) анализирует последовательность (включает от нескольких до нескольких десятков кадров, преобразованных в векторы признаков) и предсказывает значение средней скорости (расхода) жидкости в капилляре ногтевого ложа человека. Результаты тестирования системы распознавания показали высокую точность распознавания средней скорости движения эритроцитов в капиллярах ногтевого ложа и создали достаточные основания для развития еще одного направления проекта, связанного с исследованиями течений крови методом in-vivo.

 

Публикации

1. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Корнаев А.В., Дрёмин В.В., Попов С.Г., Винокуров А.Ю. A method to measure non-Newtonian fluids viscosity using inertial viscometer with a computer vision system International Journal of Mechanical Sciences, Vol. 242. – P. 1 - 17. id 107967 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1016/j.ijmecsci.2022.107967

2. Корнаев А.В., Дрёмин В.В., Корнаева Е.П., Волков М.В. Application of deep convolutional and long short-term memory neural networks to red blood cells motion detection and velocity approximation Computational Biophysics and Nanobiophotonics. Proc. of SPIE, Vol. 12194, id 121940C (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1117/12.2626040

3. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Корнаев А.В., Дремин В.В. Моделирование течения неньютоновских жидкостей в тороидальном канале инерционного вискозиметра с системой технического зрения Известия Юго-Западного государственного университета, - (год публикации - 2022)

4. Стебаков И.Н., Корнаева Е.П., Попов С.Г., Корнаев А.В. Мехатронная установка для исследования реологических свойств физиологических жидкостей Материалы IV Международной научно-практической конференции «Перспективы отраслевого взаимодействия в комплексной реабилитации», 2022. – C.119-125 (год публикации - 2022)

5. Стебаков И.Н., Корнаева Е.П., Потапова Е.В, Дремин В.В. Application of shallow and deep convolutional neural networks to recognize the average flow rate of physiological fluids in a capillary Computational Biophysics and Nanobiophotonics. Proc. of SPIE, Vol. 12194, id 121940D. (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1117/12.2626125

6. Корнаева Е.П., Корнаев А.В., Стебаков И.Н., Дрёмин В.В. Инерционный способ измерения вязкости неньютоновских жидкостей -, исх. №6236 от 28.04.22 (год публикации - )

7. Корнаева Е.П., Стебаков И.Н., Дрёмин В.В. Программа распознавания скорости течения физиологических жидкостей в капиллярах на основе данных лазерной спекл-контрастной визуализации-2 -, 2022616835 (год публикации - )


Возможность практического использования результатов
Результаты выполнения проекта создают достаточные основания для разработки медицинского устройства портативного класса «исследований по месту лечения» (от англ. point-of-care testing) согласно ГОСТ Р ИСО 22870-2009 с автоматизированной системой измерения вязкости и диагностики состояния клеток физиологических жидкостей. Для этого необходимо проведение дополнительных исследований в тесном сотрудничестве с медицинской организацией, связанных со сбором данных и формированием датасета для обучения системы диагностики. Необходимый срок проведения дополнительных НИОКР для разработки прототипов продукции составляет от 6 до 24 месяцев. Затем необходимо пройти процедуры, связанные с сертификацией. Срок проведения требует уточнения.