Аннотация результатов, полученных в 2020 году
Входе первого этапа проекта проведены все запланированные работы и достигнуты ожидаемые результаты, основные из которых представлены ниже. Собрана уникальная коллекция образцов биологического материала. Российские участники проекта собирали клоакальные мазки и другие образцы от птиц в местах гнездования диких птиц в Сибири и на Дальнем Востоке. При исследовании 836 проб, собранных от диких птиц в осенний период, после культивирования в РКЭ было выделено 105 (12,6%) гемагглютинирующих вируса: 5 – на территории Здвинского района Новосибирской области, 4 – на территории Омской области, 55 – на территории Республики Саха (Якутия), 26 – в Амурской области, 15 – в Сахалинской области. Из них генетический материал вируса гриппа А был обнаружен в 30 образцах, что составило 3,6%. Уровень выделения вируса гриппа в разных регионах варьировал от 2,4% в Сахалинской области до 4,9% в Республике Саха (Якутия). 60% (18/30) изолятов вируса гриппа А было выделено от птиц вида Чирок-свистунок (Anas crecca). Подготовлена база данных с информацией о собранных образцах от диких птиц на территории Сибири и Дальнего Востока. По результатам этапа сформирована Коллекция изолятов и охарактеризованных штаммов вирусов гриппа и парамиксовирусов; коллекция образцов в виде РНК/кДНК выделенных изолятов вирусов (отдельная коллекция для актуальных вариантов вируса гриппа – требование японских партнеров). Оптимизированы праймеры и зонды для дальнейшей работы. Проведена работа по отработке, оптимизации первичной диагностики ряда вирусных таксонов – Paramyxoviridae, Orthopneumovirus, Metapneumovirus, Avian metapneumovirus, гамма- и дельтакоронавирусы диких птиц, новый утиный парвовирус (NDPV), вирус утиного гепатита А (DHAV), утиный Тембусу вирус (DTMUV), аденовирус диких птиц (FAdV) и вирус утиного энтерита (DEV)). Данная работа проведена на оригинальных образцах, полученных в ходе проекта. Основным результатом первого этапа проекта и выгодой от сотрудничества с японскими партнерами является международное расследование масштабной эпизоотии высокопатогенного вируса H5N8 в Евразии. В результате исследования случаев гибели домашней птицы осенью 2020 г. было выделено и охарактеризовано 9 штаммов вируса гриппа птиц. Согласно способности вирусов поражать внутренние органы (печень, мозг), а также исходя из структуры сайта расщепления гемагглютинина (PLREKRRKR|G – многоосновный), IVPI-теста и филогенетического анализа по сегментам генома HA и NA, все 9 штаммов являются высокопатогенными вариантами вируса гриппа H5N8. Согласно филогенетическому исследованию в 2020 году на территории Евразии было обнаружено 3 основных генетических варианта высокопатогенного вируса гриппа птиц: 1) Весной 2020 года на территории Европы (Германия, Польша, Чехия, Венгрия) были выявлены высокопатогенные вирусы гриппа субтипа H5N8 клады 2.3.4.4 (генетическая группа В) линии Gs/Gd. Эти вирусы, по структуре большинства сегментов генома, филогенетически родственны более ранним вариантам, выделенным на территории Африки (Зимбабве, ЮАР, Нигерия). 2) Осенью 2020 года на территории России, Казахстана и ряда стран Европы (Нидерланды, Германия, Дания) были обнаружены высокопатогенные вирусы гриппа генетической группы В клады 2.3.4.4 линии Gs/Gd субтипов H5N8 и H5N5. Эти вирусы генетически родственны более ранним штаммам, выделенным в 2017-2019 г. в Египте и в мае 2020 в Ираке. 3) Осенью 2020 года в Нидерландах были выявлены высокопатогенные вирусы гриппа птиц субтипа H5N1, которые по структуре НА относятся к генетической группе В клады 2.3.4.4 линии Gs/Gd и родственны вирусам из п.2. (выявлены осенью 2020), однако по сегментам генома, кодирующим внутренние белки (РВ2, РВ1, РА, NP и NS), генетически схожи с низкопатогенными вариантами вируса (т.е. являются реассортантами). Из 9 исследованных штаммов 6 (A/Goose/Russia_Novosibirsk region/1-12/2020, A/Goose/Russia_Omsk region/55-1/2020, A/chicken/Kazakhstan/Kn-3/2020, A/chicken/Kazakhstan/Kn-6/2020, A/chicken/Russia_Novosibirsk region/1910-1/2020 и A/chicken/Russia_Novosibirsk region/1910-2/2020) по всем 8 сегментам генома более чем на 99% генетически родственны штаммам высокопатогенного вируса гриппа субтипа H5N8 генетической группы В клады 2.3.4.4 линии Gs/Gd, обнаруженным осенью 2020 г. в РФ, Казахстане и нескольких странах Европы (Нидерланды, Дания, Германия). Остальные 3 штамма (A/chicken/Russia_Novosibirsk region/3-1/2020, A/chicken/Russia_Novosibirsk region/3-15/2020 и A/chicken/Russia_Novosibirsk region/3-29/2020) по сегментам генома NA, PB2, PB1, PA и NP являются реассортантами с низкопатогенными вариантами вируса гриппа и, при этом, по сегментам PB2, PB1, PA и NP подобны штаммам H5N1 выделенным осенью в Нидерландах. При этом, исходя из филогенетического анализа по сегментам HA, MP и NS все исследованные штаммы имеют общее происхождение: вероятно, в ходе весенней миграции перелетных птиц высокопатогенные вирусы гриппа были занесены из Африки (обнаружены в Европе весной) и из Египта (обнаружены осенью). Часть вирусов, занесенных из Египта, после нескольких месяцев циркуляции на территории Евразии в результате генетического дрейфа (накопление точечных мутаций) осталась по всем сегментам схожа с высокопатогенными вариантами. Другие же вирусы из Египта, вероятно, на территории Сибири, подверглись реассортации по сегментам PB2, PB1, PA и NP с низкопатогенными вариантами, циркулирующими в популяциях диких птиц с образованием новых высокопатогенных вирусов. После чего реассортанты из Сибири были занесены в Европу (Нидерланды), где в результате очередной реассортации произошла замена сегментов NA и NS на европейские низкопатогенные варианты. Таким образом, показано, что именно в Сибири в 2019-2020 гг. произошло возникновение нового генетического варианта высокопатогенного вируса гриппа субтипа H5N8 в результате реассортации исходного высокопатогенного вируса с низкопатогенными, и соответственно, приобретения сегмента NA, характерного для низкопатогенных вариантов вируса. Среди всех субтипов вируса гриппа, циркулирующих в популяциях диких птиц наиболее распространенным является H3N8. Таким образом, генетическое разнообразие вирусов этого субтипа максимально отражает распространение патогена (в том числе и других субтипов) во время миграций диких перелетных птиц. В рамках исследования генетического разнообразия и филогенетических связей вирусов гриппа птиц, содержащих геномный сегмент НА субтипа Н3 и сегмент NA субтипа N8 был выполнен филогенетический анализ на основе соответствующих нуклеотидных последовательностей, полученных в результате выполнения работ по проекту, а также представленных в международной базе данных GISAID. В результате филогенетического исследования сегментов Н3 и N8 вирусов гриппа птиц, выделенных в азиатской части РФ, нами показана генетическая гетерогенность пула исследованных вирусов, в том числе, выделенных в одном регионе, что указывает на заносы патогенна с различных направлений и создает условия для обмена сегментами генома и возникновения новых генетических вариантов вирусов. Показано наличие трех паттернов распространения генетического материала вируса гриппа: локальная циркуляция в азиатском регионе, межконтинентальный перенос на Дальнем Востоке и Аляске, долговременная персистенция в популяциях перелетных птиц и распространение по всей территории Евразии. Выявлены реассортантные варианты вируса, в том числе высокопатогенный вирус гриппа субтипа H5N8, для которого установлено происхождение сегмента NA от низкопатогенных вариантов вируса гриппа, циркулировавших на территории Сибири. Эти результаты непосредственно связаны с тематикой и задачами проекта и позволят эффективно реализовать финальную часть проекта. Дополнительно, японским коллективом продолжены фундаментальные и прикладные работы по другим вирусам. В ходе работ по изучению вируса гриппа A, японской стороной был исследован вирус 1 H7N3 (HE30-), который является реассортантом зоонозных высокопатогенных штаммов H7N9 [18]. Филогенетический анализ полного генома вируса показал, что вирус происходит от 3 разных источников: сегменты HA, NP, MP, PA, PB1, NS происходят непосредственно от H7N9, в то время как NA и PB2 сегменты родственны разным штаммам, не связанным с зоонозными штаммами H7N9. Было показано, что вирус летален для кур, но не является летальным для домашних уток, однако, в отличие от зоонозных штаммов H7N9, оказался способным к репликации и распространению у уток. Было выдвинуто предположение, что в связи с приобретением новых свойств, вирус способен закрепиться в популяциях диких птиц и переноситься на далекие расстояния. Ранее нами было выявлено существенное разнообразие птичьих авулавирусов (AAvV-1, AAvV-4, AAvV-6), циркулирующих в популяциях диких птиц в России. Изучение разнообразия и биологических свойств этих вирусов потенциально может вести к использованию вирусов для создания рекомбинантных вакцин для сельскохозяйственной птицы. Примером являются работы японской стороны по созданию рекомбинантной вакцины на основе авулавируса AAvV-10 против высокопатогенного вируса гриппа птиц. Одним из преимуществ такой вакцины является отсутствие антител к AAvV-10 у кур, а также отсутствие специфичности антител против вируса болезни Ньюкасла (AAvV-1) к вводимой рекомбинантной вакцине. Японской стороной была создана и, в ходе недавних работ, усовершенствована вакцина на основе rAAvV-10. Вариант вакцины с повышенной экспрессией белка HA позволил добиться 100% защиты от высокопатогенного вируса гриппа птиц у кур в экспериментах in vivo. Основные значимые результаты отражены в совместных статьях подготовленных для журналов EcoHealth (Q1, Impact Factor 2.47) и Emerging Infectious Diseases (Q1, Impact Factor 7.42). В целом, получены все запланированные результаты, которые могут быть эффективно применены для улучшения мер по борьбе с высокопатогенным гриппом птиц в России и Японии и, в целом, в Тихоокеанском регионе путем создания системы мониторинга, а также усовершенствования методов профилактики и диагностики. Результаты первого этапа являются заделом для успешной реализации проекта в целом; будут способствовать развитию российско-японской интеграции в создании новых технологий и стратегии по борьбе с высокопатогенным птичьим гриппом.

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
За второй год выполнения проекта получены следующие основные результаты: аналитический обзор по проблематике проекта, вошедший в состав статей и отчета; пополнена база данных с информацией о собранных образцах от диких птиц на территории Сибири и Дальнего Востока; пополнена коллекция образцов в виде РНК/кДНК выделенных изолятов вирусов (отдельная коллекция для актуальных вариантов вируса гриппа – требование японских партнеров); коллекция штаммов вируса гриппа А (в том числе для отправки в Японию, условие японской стороны); важнейшим результатом является коллекция образцов респираторного тракта на виромные исследования, поиск новых вирусов, запланированный далее результаты изучения молекулярно-биологических свойств и филогенетического анализа выделенных штаммов вируса гриппа А структура синтетических олигонуклеотидов праймеров для целевой амплификации и получения первичных структур генов вновь выделяемых вариантов вируса гриппа птиц; дельта и гаммакоронавирусов первичные структуры генов штаммов вирусов; первые результаты анализа реассортантных и рекомбинантных вариантов вируса, расследование вспышки нового вируса птичьего гриппа H5N8 (2020-2021) и H5N1-2021 (см ниже) база данных возможных генетических детерминант видоспецифичности вирус гриппа А; база данных идентификационных номеров в базе данных GenBank структур генов выделенных штаммов вирусов гриппа А; Всего в 2021 во время экспедиций в осенний период было собрано 1159 образцов. При этом в регионах Западной и Восточной Сибири, а также Дальнего Востока наибольшее количество образцов было получено от птиц отряда Гусеобразные. При исследовании 845 проб, собранных от диких птиц в осенний период, после культивирования в РКЭ было выделено 93 (11,0%) гемагглютинирующих вируса. Из них генетический материал вируса гриппа А был обнаружен в 36 образцах, что составило 4,3%. Уровень выделения вируса гриппа в разных регионах варьировал от 1,4% в Сахалинской области до 10,8% в Омской области. Уровень выделения пармиксовирусов птиц составил 4,6% (39/845), 2,2% (19/845) изолятов не были пока идентифицированы . Остальные образцы, собранные в Новосибирской области (Карасукский район), Сахалинской области и Республике Бурятия, подготовлены для выделения изолятов в РКЭ; сформирована коллекция образцов. Получено 100 полногеномных последовательностей новых штаммов вируса гриппа и парамиксовируса 2021. Исходя из данных диагностики, становится очевидной доминирующая циркуляция высокопатогенного вируса гриппа субтипа H5N1 в популяциях дикой птицы и вспышки среди домашней птицы во второй половине 2021 года на территории России. Это проиходило в отличие от того же периода 2020 года, когда нами был выявлен субтип H5N8, который позже распространился в Западную часть Евразии и был выявлен в весенний период 2021 года [Sobolev [et al.]]. На основе анализа попарных дистанций нуклеотидных последовательностей можно выделить несколько групп среди исследуемых штаммов. Построены филогенетические диаграммы. Исследуемые штаммы содержат отличия в аминокислотах по 7 позициям. Более того аминокислотную замену N154D связывают с повышением связывания и трансмиссии в связи с потерей сайта N-гликозилирования [Herfst [и др.], 2012, с. 1]. Такую замену содержат штаммы H5N1, полученные от перепелов в Челябинске и штаммы, выделенные от диких уток в Омске и Новосибирска. Другую аминокислотную замену - T188I, приводящую к повышению связывания с α(2-6) гликанами, содержат штаммы, выделенные от малой поганки в Тыве [Yang [и др.], 2007]. Пролин в сайте 123 и аланин в сайте 133, характерный для всех исследуемых штаммов, также связывают с повышением сродства к α(2-6) рецепторам [Yang [и др.], 2007, с. 5; Yamada [et al.], 2006, p. 1]. Многоосновный сайт расщепления гемаглютинина указывает на высокопатогенные свойства всех исследуемых штаммов. Сайты Q222 и G224 указывают на специфичность к рецепторам птичьего типа. Все исследуемые штаммы принадлежат кладе 2.3.4.4b субтипа H5. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей сегмента HA субтипа H5 показал, что циркулировавшие на территории России в 2021 году изоляты принадлежат трем субкладам, согласно нуклеотидным последовательностям гемагглютинина H5. К субкладе связанной со штаммами из Европы периода осень 2020 – весна 2021 принадлежит единственный изолят H5N8, полученный в мае 2021 года от птицы, отловленной на территории Новосибирской области. Исходя из филогенетического дерева видно, что с данным изолятом тесно связан штамм H5N1, обнаруженный позже в Японии в ноябре 2021 года. К другой субкладе, объединяющей штаммы вирусов гриппа H5N8, обнаруженные в тот же период 2020-2021 года в Азии, относятся изоляты, полученные от малой поганки в Республике Тыва. Стоит отметить, что общего предка с данной кладой имеет субклада, объединяющая штаммы, обнаруженные позже в июне в Китае (H5N6) и в ноябре в Японии (H5N8) у домашней птицы. Таким образом, можно сделать предположение, что реассортантные варианты, имеющие в структуре генома сегменты низкопатогенных вирусов гриппа птиц могут иметь эволюционное преимущество для циркуляции в популяции диких птиц. Возможно, это связано со снижением репликативной способности вируса, снижением вирусной нагрузки, и как следствие, с увеличением вероятности совершения перелета для инфицированной таким вариантом птицы, что в свою очередь способствует распространению вируса на дальние расстояния. Однако, для проверки гипотезы требуется дальнейший сбор и анализ данных, фиксация симптомов при мониторинге диких водоплавающих птиц, а также анализ данных о нуклеотидных последовательностях из открытых источников. Проведен комплексный анализ филогенетических связей сегментов геномов новых штаммов вируса гриппа других субтипов (по причине большого объема филогенетические дендрограммы не приведены; в архиве и базе данных лаборатории). Построена схема, отображающая географию распространения штаммов вируса гриппа птиц, по первичной структуре сегментов генома филогенетически схожих с изолятами вируса, выделенными от диких водоплавающих птиц на Дальнем Востоке РФ ранее. Основные выводы из этого важного раздела работ в проекте следующие: 1) Пул вирусов гриппа, циркулировавших в популяциях диких перелетных птиц Дальнего Востока РФ (Приморье и Сахалин), характеризуется значительным генетическим разнообразием: представлен 10 субтипами (H1N1, H3N8, H4N6, H5N3, H6N1, H6N2, H6N6, H9N2, H11N9 и H12N2), содержит реассортантные варианты (между основными генетическими линиями, между вирусами диких и домашних птиц, а также двойной реассортант). 2) Филогенетические связи большинства сегментов исследованных штаммов указывают на то, что схожие варианты вируса гриппа птиц ожидаемо преимущественно циркулируют на Дальнем Востоке Евразии (от Японии до Монголии). Однако сходство отдельных сегментов ряда штаммов с генетическими вариантами вируса, выделенными в Новосибирской области, Дагестане, Дании, Бельгии, Германии, Египте и Бангладеш, указывает на распространение генетического материала вируса гриппа птиц относительно Дальнего Востока как в меридиональном, так и в широтном направлениях. 3) Среди диких перелетных птиц на Дальнем Востоке РФ выявлена циркуляция вирусов гриппа субтипа H6N6 и H6N2, геномы которых полностью или частично подобны генетическим вариантам вируса, локально циркулирующим в популяциях домашней птицы на территории Китая.. 4) Выявлены множественные случаи реассортации дальневосточных вариантов вируса гриппа, принадлежащих Евразийской генетической линии, с вариантами вируса Северо-Американской генетической линии, циркулировавшими в Канаде и США. 5) Выявлен случай двойной реассортации: штамм A/mallard/Russia_Primorje/101T/2020 субтипа H6N2 содержит сегмент НА, характерный для китайских штаммов вируса гриппа домашней птицы, а также сегмент МР Северо-Американской генетической линии, при том, что все прочие сегменты генома принадлежат Евразийской генетической линии и характерны для вирусов гриппа диких водоплавающих птиц, циркулирующих на Дальнем Востоке. 6) Обилие субтипов и паттерны распределения штаммов по филогенетическим группам в зависимости от анализируемого сегмента генома, а также выявление случаев реассортации и трансмиссии между домашними и дикими птицами указывают процессы появления все новых вариантов вируса, в т.ч. высокопатогенных. Основные результаты блока «Виромные исследования» позволяют сделать заключение о целесообразности продолжения работ. При этом необходимо усовершенствование протокола обогащения пробы вирус-подобными частицами с добавлением шагов центрифужной фильтрации с другим размером пор и обработки проб нуклеазами, а также дополнительная отработка протокола секвенирования РНК вирома. Основным результатом этапа явилось идентификация новых вирусов Avian rotavirus-like и Avian metapneumovirus-like в образцах от диких перелетных птиц. Получены фрагменты последовательности генома, ведутся работы по расшифровке полного генома. В дальнейшем геномы этих новых вирусов будут аннотированы и описаны. Таким образом, получены все запланированные результаты, которые могут быть эффективно применены для улучшения мер по борьбе с высокопатогенным гриппом птиц в России и Японии и, в целом, в Тихоокеанском регионе путем создания системы мониторинга, а также усовершенствования методов профилактики и диагностики. Результаты второго этапа являются заделом для успешной реализации проекта в целом. Опубликованы совместные статьи, результаты представлены на международных конференциях.

Аннотация результатов, полученных в 2022 году
В ПРИЛОЖЕНИИ К ТЕКСТУ ОТЧЕТА НАХОДИТСЯ РАЗДЕЛ «МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ», 23 РИСУНКА, 16 ТАБЛИЦ И СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ НА 43 ИСТОЧНИКА. Все запланированные в отчетном 2022 году научные результаты достигнуты. Основные результаты отражены в совместных статьях и представлены ниже. Всего в 2022 во время экспедиций в осенний период было собрано 1280 образцов, было выделено 125 изолятов, положительных в РГА. Таким образом, в среднем процент выделения гемагглютинирующих вирусов составил 9,8%. При этом в регионах Западной и Восточной Сибири, а также Дальнего Востока наибольшее количество образцов было получено от птиц отряда Гусеобразные. Из 698 проанализированных образцов, собранных осенью на юге Западной Сибири, было выделено 63/698 (9,0%) гемагглютинирующих изолята: 35/698 (5,0%) изолятов вируса гриппа, 14/698 (2,0%) изолятов парамиксовирусов птиц, в 2/698 (0,3%) образцах выявлена ко-инфекция гриппа и парамиксовируса, 12/698 (1,7%) образцов не удалось идентифицировать с помощью ПЦР. Проведен анализ генетического разнообразия на основе полногеномных сиквенсов. Проведено РАССЛЕДОВАНИЕ ЭПИЗООТИИ ВЫСОКОПАТОГЕННОГО ГРИППА H5N1. Весной 2022 г. на острове Жемчужный в Каспийском море была зафиксирована массовая гибель диких перелетных птиц. В результате проведенного исследования в пробах биологического материала был выявлен вирус гриппа A/H5N1. Исходя из наличия многоосновного сайта расщепления гемагглютинина (PLREKRRKR|G) и результатов IVPI-теста (IVPI= 2,92) обнаруженные генетические варианты вируса являются высокопатогенными. Согласно BLAST-анализу и филогенетическому анализу генетические варианты вируса гриппа, вызвавшие вспышку заболевания среди диких птиц на ос. Жемчужный, близкородственны вариантам вирусы, обнаруженным в начале 2022 г. в Израиле и в Румынии. Сегменты PB2, PB1, PA, NP и NA до 2021 г. были характерны для низкопатогенных вариантов вируса гриппа различных субтипов, но в 2021 г. они были выявлены в составе высокопатогенных штаммов субтипа H5N1. Исследована циркуляция гамма- и дельтакоронавирусов птиц. Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности фрагмента РНК-зависимой РНК-полимеразы показал, что все выявленные коронавирусы относятся к роду Gammacoronavirus. При этом показано широкое внутриродовое разнообразие. Таким образом, коронавирусы широко представлены у птиц в исследованных регионах. При этом были обнаружены только представители рода Gammacoronavirus, что может быть частично связано с ограничениями метода. Однако и в других исследованиях было показано, что представители Deltacoronavirus реже встречаются у птиц отряда Anseriformes [Wille, Holmes, 2020]. Дальнейшие исследования, направленные на изучение коронавирусов у птиц с получением данных о полном геноме и биологических свойствах, позволят уточнить знания о разнообразии, динамике распространения и спектре хозяев коронавирусов, выявляемых в популяциях диких птиц. Основные уникальные результаты блока «Виромные исследования» позволили выявить новые неописанные вирусы. Основным результатом на первом этапе совместных исследований явилась идентификация новых вирусов Avian rotavirus-like и Avian metapneumovirus-like в образцах от диких перелетных птиц. Получены фрагменты последовательности генома, ведутся работы по расшифровке полного генома. Также, более 97% РНК-вирусного богатства савки принадлежало порядку Picornavirales, основная масса подобных по результатам BLAST-анализа вирусов которого была отнесена к неклассифицированным представителям Picornavirales . Внутри порядка представлено разнообразие семейств Picornaviridae, Dicistroviridae. В целом, кишечный РНК-виром савки характеризуется малым разнообразием на уровне семейств. В то же время, порядок Picornavirales представлен широким разнообразием вирусов, которые, вероятно, ассоциированы с питанием и средой обитания птиц. Кишечный виром кряквы представлен большим разнообразием вирусов. Так, наибольшее богатство в данном пуле имеют ротавирусы. Филогенетический анализ указывает на 4 группы ротавирусов, обнаруженных у кряквы в ходе исследования. Кроме того, был выявлен фрагмент длиной 624 нуклеотида, отнесенный к семейству Astroviridae. Филогенетический анализ указал на общего предка с последовательностью астровируса, выявленного у домашних уток в Китае в 2021 году, вызывавшего подагру. Фрагмент Megrivirus A кластеризуется с вирусами, полученными от птиц отряда Anseriformes. Многие из вирусов выявлены впервые в популяциях птиц в России. Были выявлены вирусы, филогенетически близкие к вирусам, инфицирующим домашних птиц. Для ротавирусов ранее было показано явление межвидовой реассортации, что может приводить к возникновению новых вариантов, восприимчивых к новому спектру хозяев [Tamim и др., 2019, с. 4]. Выявление существенного разнообразия вирусов указывает на проблему малой исследованности птиц, как естественного резервуара для многих вирусов. Это подчеркивает фундаментальное значение дальнейших исследований вирусного разнообразия с применением метагеномных подходов. В дальнейшем геномы полученных нами новых вирусов будут аннотированы и детально описаны Разработаны рекомендации ПО УНИФИКАЦИИ НОМЕНКЛАТУРЫ парамиксовирусов. В 2018 году, на основании нового критерия деления на виды (длина ветви филогенетического дерева аминокислотных последовательностей вирусной РНК-зависимой-РНК-полимеразы), было решено создать отдельное подсемейство Avulavirinae и выделить в нём три рода: Orthoavulavirus (9 видов), Paraavulavirus (2 видов) и Metaavulavirus (11 видов). После изменений 2018 г. видовое название парамиксовирусов отражает принадлежность к роду и порядковый номер, присвоенный в соответствии с историей обнаружения. Например: «Avian paraavulavirus 4». Однако ни ICTV, ни научное сообщество не предлагали рекомендаций к аббревиатурам и названиям геномных последовательностей. Мы сформировали следующие рекомендации, в том числе для ICTV: 1. В качестве решения проблемы аббревиатуры парамиксовирусов птиц и названий штаммов мы предлагаем написание научной статьи с предложением унифицировать аббревиатуры для всех вариантов и видов вирусов подсемейства Avulavirinae. В качестве обоснования проблемы будут проиллюстрированы минусы существующего многообразия названий (как описано выше). 2. Накопившиеся в литературе результаты исследований парамиксовирусов птиц, а также данные, полученные в ходе текущего проекта, подчёркивают необходимость в пересмотре критериев ICTV для деления на виды. Недавние исследования показали недостаточность использования расстояния от узла до вершины ветви больше 0,03 в филогенетическом дереве аминокислотных последовательностей вирусной полимеразы для выделения новых видов (Young, 2022; Dimitrov, 2019). Для этого предлагаем рассмотреть данный вопрос в публикации вместе с унификацией аббревиатуры. В качестве обоснования считаем необходимым показать изменения в кластеризации генетических групп APVM-4 и APMV-6 при анализе последовательностей последнего года (Hisanaga, 2021; Young, 2022; Liu, 2022) и наших последовательностей. На данный момент времени (05.12.2022) большая часть полногеномных нуклеотидных последовательностей APVM-4 и APMV-6 в базе данных GenBank была получена нашим коллективом. Различное географическое происхождение и многообразие генетических линий, выделенных нами штаммов, поможет закрыть пробел в предполагаемом распространении вирусов мигрирующими птицами (на данный момент в базах данных крайне мало последовательностей из России). Таким образом, получены все запланированные результаты, которые могут быть эффективно применены для улучшения мер по борьбе с вирусными угрозами в России и Японии и, в целом, в Тихоокеанском регионе путем создания системы мониторинга, а также усовершенствования методов профилактики и диагностики. Результаты проекта являются заделом для успешной реализации будущего международного сотрудничества в целом.