Аннотация результатов, полученных в 2020 году
Ключевую роль в формировании структуры хромосом играют специальные архитектурные элементы – инсуляторы, или пограничные элементы. Эти элементы формируют топологические домены путем парных взаимодействий, причем этот механизм является высококонсервативным в эволюции. Первоначально инсуляторы были найдены у дрозофилы. Большая часть свойств этих элементов была выяснена именно на этом модельном объекте. Однако, многие функциональные свойства этих элементов требуют дальнейших исследований. Экспериментальные платформы, которые мы предлагаем использовать в этом проекте, позволят нам решить ряд важных вопросов. Первая экспериментальная платформа – две границы локуса eve, homie и nhomie. Нами были получены мутантные формы данных границ, лишенные сайтов связывания ряда белковых факторов (LBC, BTL, GAF, Nup98). Для некоторых мутаций показана утрата способности спариваться с эндогенным инсулятором, что указывает на потенциальную роль этих факторов в функционировании данных инсуляторов. Вторая платформа для изучения дальних взаимодействий – р53-зависимый энхансер (р53RE) и его гены-мишени. р53RE локализуется рядом с локусом reaper и активирует как близлежащие гены, так и ген Xrp1, находящийся на расстоянии несколько млн.п.н. р53RE локализуется рядом с сайтами связывания белков хроматина CTCF, GAF, Clamp. Мы получили делецию данной области, а также мутантные формы этого локуса, лишенные части сайтов связывания. Функциональный анализ полученных мутантов и изучение спаривания мутантного энхансера с геном Xrp1 позволят выяснить структурно-функциональную роль архитектурных белков хроматина в работе энхансера.

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Ключевую роль в формировании структуры хромосом играют специальные архитектурные элементы – инсуляторы, или пограничные элементы. Эти элементы формируют топологические домены путем парных взаимодействий, причем этот механизм является высококонсервативным в эволюции. Первоначально инсуляторы были найдены у дрозофилы. Большая часть свойств этих элементов была выяснена именно на этом модельном объекте. Однако, многие функциональные свойства этих элементов требуют дальнейших исследований. Экспериментальные платформы, которые мы предлагаем использовать в этом проекте, позволят нам решить ряд важных вопросов. Первая экспериментальная платформа – две границы локуса eve, homie и nhomie. Нами были получены мутантные формы данных границ, лишенные сайтов связывания ряда белковых факторов. Для некоторых мутаций показана утрата способности спариваться с эндогенным инсулятором, что указывает на потенциальную роль этих факторов в функционировании данных инсуляторов. Мы проводим детальное картирование связывания различных белковых факторов внутри этих границ для выяснения молекулярных механизмов их функционирования. Вторая платформа для изучения дальних взаимодействий – р53-зависимый энхансер (р53RE) 75C6 и его гены-мишени. р53RE 75C6 локализуется рядом с локусом reaper и активирует как близлежащие гены, так и ген xrp1, находящийся на расстоянии несколько млн.п.н. р53RE локализуется рядом с сайтами связывания белков хроматина CTCF, GAF, Clamp. Мы получили делецию и мутантные формы данной области. Делеция приводит к нарушению активации генов-мишеней и формирования контактов регуляторной области и гена-мишени xrp1. Мы проводим картирование сайтов внутри области р53RE и гена xrp1 для выяснения молекулярных механизмов, обеспечивающих функционирования данного энхансера.

Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Ключевую роль в формировании структуры хромосом играют специальные архитектурные элементы – инсуляторы, или пограничные элементы. Эти элементы формируют топологические домены путем парных взаимодействий, причем этот механизм является высококонсервативным в эволюции. Первоначально инсуляторы были найдены у дрозофилы. Большая часть свойств этих элементов была выяснена именно на этом модельном объекте. Однако, многие функциональные свойства этих элементов требуют дальнейших исследований. Экспериментальные платформы, которые мы предлагаем использовать в этом проекте, позволят нам решить ряд важных вопросов. Первая экспериментальная платформа – две границы локуса eve, homie и nhomie. Нами были получены линии, несущие репортеры GFP и lacZ, разделенные границей homie в разной ориентации. Репортеры были встроены в локус, лежащий на 142 тпн выше гена eve. Мы показали, что копия homie в трансгене способна спариваться с эндогенным инсулятором homie, причем ориентация этого элемента является ключевой для активности репортеров. Инсулятор формирует специфическую топологию хроматина, которая определяет сближение регуляторных элементов генома и активацию репортеров по определенному паттерну. Вторая платформа для изучения дальних взаимодействий – р53-зависимый энхансер (р53RE) 75C6 и его гены-мишени. р53RE 75C6 локализуется рядом с локусом reaper и активирует как близлежащие гены, так и ген xrp1, находящийся на расстоянии несколько млн.п.н. р53RE локализуется рядом с сайтами связывания белков хроматина CTCF, GAF, Clamp. Мы получили делецию и мутантные формы данной области. Удаление областей, лежащих рядом с энхансером p53RE, нарушает его сближение с геном-мишенью Xrp1 в ядре. Таким образом, функционирование данного энхансера требует наличия близлежащих сайтов связывания архитектурных белков.