Аннотация результатов, полученных в 2019 году
Значение доместикации лошади и ее роль в истории человечества сложно переоценить. Именно с этого вида началась осознанная селекционная работа, итогом которой стало создание более 300 пород в мире. Несмотря на изменение ключевой роли в качестве тягловой и военной силы, сегодня коневодство остается многосторонней отраслью не только сельского хозяйства, но и спорта высоких достижений, экономически значимого сегмента ипподромной призовой индустрии, помогает в освоении недоступных другим видам сельскохозяйственных животных территорий. Именно для лошадей впервые применена, постоянно совершенствуется и действует система племенного учета. Первая племенная книга чистокровной верховой породы была издана в 1793 году и включала генеалогические сведения о лошадях с 1660 года. В России племенную книгу этой породы начали вести в 1836 году, в 1839 году вышел в свет первый том племенной книги орловской рысистой породы, немногим позже другие породы лошадей были переведены на эту стройную систему учета, позволяющую прослеживать происхождение животных. Именно это, наряду с жестким селекционным отбором, является причиной того, что племенные лошади стали идеальной моделью для поиска возникновения и новых мутаций у конкретных животных и их распространения. Изучение генетики лошадей начато в 40-е годы XX века, в основном - с целью подтверждения генеалогических сведений. Но, несмотря на развитие этого направления, вопрос о достоверности происхождения племенных лошадей является весьма актуальным, в первую очередь - в области ретроспективного анализа. Для этого уже недостаточно традиционно применяющихся методов, основанных на микросателлитном анализе. Несколько иная ситуация складывается с уникальным генофондом аборигенных пород. Методы генетического контроля в этой группе пород стали применяться сравнительно недавно, а учитывая значительно большую численность поголовья по сравнению с заводскими породами и табунную технологию содержания процесс выстраивания генеалогических и филогенетических связей значительно осложняется. При этом на протяжении долгого времени для этой группы спонтанно или организованно проводилось межпородное скрещивание с заводскими лошадьми. Играет немалую роль и необходимость взятия проб биоматериала не просто у "лошадей на территории", большая часть которых представлена межпородыми помесями разных поколений, а у животных, чья породная принадлежность подтверждена бонитировкой экстерьерных и приспособительных качеств. Огромное значение для восстановления географии и истории доместикации, а в дальнейшем - для правильного построения филогенетического древа имеет изучение древней ДНК. Статус лошади как животного, постоянно сопровождавшего человека в жизни и после смерти, дает уникальную возможность получения материала из захоронений. Анализ древней ДНК лошадей позволяет оценить эволюционные процессы в породах, взаимовлияние генетического материала, восполнить знания об истории культур и их взаимодействии. Россия обладает наибольшим числом сохранившихся аборигенных пород и популяций лошадей. Несмотря на это, исследований, направленных на изучение исторической дивергенции, породообразования и возможностей эффективного управления селекционным процессом на геномном уровне ранее не проводилось. Поголовье достаточно хорошо охарактеризовано с использованием STR-маркеров, однако применяемые панели адаптированы к решению задачи по проведению генетической идентификации и контроля происхождения и значительно нивелируют породные особенности. Имеющиеся данные о SNP-полиморфизме очень фрагментарны и не позволяют масштабно решить поставленные задачи. Проект направлен на комплексное изучение с использованием полногеномного и таргетного SNP-анализа тщательно составленных выборок заводских и аборигенных пород. В 2019 году проведен сбор биоматериала, получена крупнейшая коллекция древней ДНК, включающая образцы от 60 лошадей, максимальный возраст которых - 40 тысяч лет. Выборка проб современного поголовья включает 7,6 тыс. голов пробонитированных лошадей с подтвержденной породной принадлежностью. Собран банк результатов тестирования этого поголовья по STR-маркерам. Проведено определение гаплотипов Y-хромосомы у более 100 жеребцов 10 пород, гаплотипов митохондриальной ДНК - у 90 лошадей чистокровной верховой и 41- вятской пород, SNP-маркеров имеющего огромное селекционное значение гена миостатина - у лошадей аборигенных пород. Полученные данные позволяют судить о возможности детекции "чистых" от влияния генетического материала заводских пород популяций, позволяют эффективно проводить ретроспективный анализ генеалогии лошадей. Однако, применные методы допускают возникновение ошибок при построении ветвей филогенетического древа из-за ряда причин. Поэтому одной из выполненных в 2019 году задач являлась разработка тест-систем для NGS-секвенирования. После проработки референсных значений проведен дизайн и апробация трех пар праймеров, позволяющих эффективно проводить полногеномное исследование митохондриальной ДНК, что позволяет приступить к проведению NGS для получения. Отработаны методики, позволяющие не только получить новые уникальные данные о геномной структуре пород лошадей Российской Федерации, но и достоверно сравнить результаты с исследованиями пород лошадей Европы и Азии.

Аннотация результатов, полученных в 2020 году
Впервые проведено полногеномное исследование для 6 отечественных аборигенных пород (кабардинская, вятская, забайкальская, якутская,, обладающих уникальными приспособительными качествами и 2 заводских пород, жестко селекционируемых по разнонаправленным признакам. Получены данные о состоянии генетической структуры пород. Изучены филогенетические отношения между породами, определены предковые группы, участвовавшие в формировании породной структуры, оценено влияние заводских пород-улучшателей на микроэволюцию местных пород. Результаты исследований соотнесены с имеющимися в свободном доступе результатами полногеномного анализа зарубежных популяций и пород лошадей. Намечены пути выявления комплексов, характеризующих выраженность селекционируемых признаков у пород с разными направлениями использования. Определена высокая эффективность использования полученных результатов для определения принадлежности к конкретной породе. Создана база данных гаплотипов митохондриальной ДНК и Y-хромосомы для проведения ретроспективного анализа происхождения и уточнения племенных записей в системе централизованного племенного учета в коневодстве. В качестве дополнительных маркеров использованы таргетные SNP, характеризующие выраженность селекционируемых признаков.

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Продолжено изучение геномной структуры отечественных пород и популяций лошадей для формирования системы управления ресурсами коневодства с помощью геномных технологий. Выявлена древнейшая генетическая основа, объединяющая группы пород степного и северного лесного происхождения, характеристики наиболее древних культурных пород, определены характер и степень взаимного влияния пород, индивидуальных генетических характеристик животных, позволяющих четко идентифицировать породную принадлежность. Определены изменения геномной структуры при направленной селекции при создании новых селекционных достижений. Проводится работа по составлению перечня комплексов генов, влияющих на выраженность селекционирумых признаков в группах пород разного направления использования.

Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Впервые проведен геномный анализ 30 отечественных пород и популяций лошадей, создан крупнейший банк древней ДНК, крупная референтная база данных, определены филогенетические связи, характеризующие историческое развитие местных и заводских пород Российской Федерации. Разработаны рекомендации по использованию маркирования селекционируемых признаков и их комплексов с учетом породной принадлежности. Изучены аспекты породообразования в ходе создания новых селекционных форм. Предложены методы применения геномной оценки при работе с малочисленными породами, создании селекционных программ совершенствования пород, стратегия управления генетическими ресурсами коневодства. Применение предложенных методов позволит значительно повысить темпы селекции и станет основой для работ по геномному редактированию и массовому тиражированию ценных генотипов.