КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 19-73-20194

НазваниеМультихромофорные флуоресцентные зонды для биологических систем

РуководительПахомов Алексей Александрович, Кандидат химических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт элементоорганических соединений им. А.Н.Несмеянова Российской академии наук, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2019 г. - 2022 г. 

Конкурс№31 - Конкурс 2019 года по мероприятию «Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными.

Объект инфраструктуры ЦКП ИБХ.

Область знания, основной код классификатора 03 - Химия и науки о материалах, 03-701 - Структура и свойства органических и гибридных функциональных материалов

Ключевые словафлуоресценция, хромофор, дендримеры, флуоресцентные зонды, микроскопия, агрегация

Код ГРНТИ31.23.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Флуоресцентные соединения применяются в широком наборе отраслей: от химии материалов, фотовольтаики, лазеров и полимеров до биосенсоров и изучения живых систем. Флуоресцентные метки позволяют «сделать видимыми» многие внутриклеточные процессы. Настоящий проект посвящен синтезу и применению новых флуоресцентных красителей с высокой яркостью. Несмотря на то, что флуоресцентные методы являются одними из самых чувствительных, проблема увеличения яркости и фотостабильности флуоресцентных меток стоит довольно остро. Под яркостью обычно понимают произведение экстинкции соединения на его квантовый выход. Для повышения яркости флуоресцентных красителей планируется объединить в одной молекуле несколько флуорофоров, при этом пропорционально количеству хромофоров увеличивается и экстинкция соединения. Однако, высокая локальная концентрация флуорофоров может приводить к их агрегации и, как следствие, к падению квантового выхода в результате агрегационного тушения. Ранее нами было показано, что на основе некоторых производных BODIPY принципиально возможно получить мультихромофорные соединения с высоким квантовым выходом. Основной проблемой использования хромофоров семейства BODIPY является их гидрофобность из-за которой в полярных растворителях, в особенности в воде, они агрегируют и тушатся. В рамках настоящего проекта планируется синтезировать ряд водорастворимых производных BODIPY и на их основе сделать мультихромофорные красители, растворимые в воде и не подверженные самотушению. Применимость мультихромофорных красителей планируется проверить на пептидных сенсорах физиологически значимых протеаз, в моделях детекции целевой ДНК с помощью ДНК-гибридизации, а также в экспериментах по детекции целевых белков в клетках млекопитающих с помощью флуоресцентно меченных антител и лигандов поверхностных рецепторов.

Ожидаемые результаты
В результате выполнения работы планируется получить флуоресцентные зонды с высокой яркостью за счет объединения в одном соединении нескольких флуорофоров. При этом ожидается, что при повышении экстинкции квантовый выход будет падать незначительно за счет минимизации взаимодействий между хромофорами. Синтезированные соединения планируется проверить на применимость в пептидных биосенсорах физиологически значимых протеаз, на ДНК-зондах и для флуоресцентного мечения антител и лигандов поверхностных клеточных рецепторов. С использованием новых мультихромофорных соединеий в дальнейшем можно будет получить высокочувствительные зонды для детекции целевой ДНК методом ПЦР в реальном времени. С помощью олигонуклеотидов, модифицированных яркими флуоресцентными красителями можно детектировать менее представленную целевую ДНК на том же количестве циклов ПЦР. Возможно повышение чувствительности флуоресцентных вариантов иммуноферментного анализа как одностадийного (без применения вторичных антител), так и двухстадийного. Флуоресцентные конъюгаты с лигандами к онкомаркерам можно использовать для высокочувствительной детекции опухолевых очагов.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2019 году
В ходе выполнения первого этапа были синтезированы соединения BODIPY, флуоресцирующие в зеленом спектральном диапазоне (GFBDP), и содержащие метилкарбоксильный, деценовый, хлорный, карбоксильный и азидный функциональные заместители в мезо- положении. Были получены водорастворимые дисульфо- анионные и бис-диметиламино- катионные производные GFBDP. Для изучения фотофизических процессов, происходящих в мультихромофорных конъюгатах на основе GFBDP, были синтезированы олиго мезо-децен-GFBDP производные на основе силоксановых матриц. Синтезированы моно-, бис- и трис-стирильные производные BODIPY, флуоресцирующие в красном спектральном диапазоне. Получены также их бис- и трис-флуорофорные производные. Осуществлен синтез тушителя флуоресценции BHQ-1. Проанализированы оптические свойства полученных соединений в различных растворителях.

 

Публикации


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
На данном этапе выполнения проекта из водорастворимых производных BODIPY, полученных на предыдущем этапе в форме сложных эфиров, были получены соответствующие карбоновые кислоты. Были получены водорастворимые бис-сульфобетаиновое и бис-триметиламмониевое производные BODIPY. Было получено малимидное производное BHQ-1 для дальнейшей конъюгации с аминокислотными остатками цистеинов в составе пептидов и белков. Была предпринята попытка получения конъюгатов пептидов с BHQ-1 на С-конце пептида и несколькими водорастворимыми красителями на N-конце. Также предпринята попытка получения олигонуклеотидов, меченных на 5’-конце несколькими водорастворимыми красителями. Показана неприменимость к используемым в настоящем проекте системам стандартных подходов для конъюгации биомолекул с NHS-эфирами красителей в водной среде. Изучен потенциал применимости белков в качестве основы для получения мультихромофорных зондов. Проведены первичные эксперименты по двухфотонному возбуждению красных флуоресцентных производных BODIPY. Синтезированы и очищены мультихромофорные конъюгаты BODIPY на силоксановом ядре, детально изучены их фотофизические свойства.

 

Публикации

1. Пахомов А.А., Пастухова А.А., Тишкин Г. В., Мартынов В.И. Превращения хромофора при созревании хромобелка из Actinia equina Биоорганическая химия / Russian Journal of Bioorganic Chemistry, - (год публикации - 2021)

2. Пахомов А.А., Фролова А.Ю., Табакмахер В.М., Чугунов А.О., Ефремов Р.Г., Мартынов В.И. Impact of external amino acids on fluorescent protein chromophore biosynthesis revealed by molecular dynamics and mutagenesis studies Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, Volume 206, May 2020, 111853 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1016/j.jphotobiol.2020.111853

3. Фролова А.Ю., Пахомов А.А., Мартынов В.И. Физико-химические свойства фотоконвертируемого флуоресцентного белка из Montastraea cavernosa Биоорганическая химия / Russian Journal of Bioorganic Chemistry, - (год публикации - 2021)


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
В отчетном году были оптимизированы методики получения водорастворимых производных сульфо-BODIPY. Отработаны методики его конъюгации с биомолекулами. Оптимизированы методики получения малеимидных производных тушителей флуоресценции серии BHQ. Синтезирована серия зеленого, оранжевого и красного производных BODIPY для необратимого мечения эукариотических клеток по мембранным структурам. Также на данном этапе был синтезирован бихромофорный сенсор синглетного кислорода на основе BODIPY и дифенилантрацена, проанализированы его сенсорные свойства. Получены и проанализированы фотофизические характеристики мультихромофорных красителей на основе BODIPY, синтезированных на предыдущих этапах. Получены данные по двухфотонному возбуждению серии олигомерных красных производных BODIPY. Осуществлено запланированное мечение синтезированным водорастворимым производным BODIPY адресных белков. Эффективность связывания полученных конъюгатов с целевыми клеточными рецепторами протестирована методами конфокальной флуоресцентной микроскопии и проточной цитометрии. Получены конъюгаты пептидов и белков, содержащие с одной стороны от сайта расщепления модельной протеазы несколько хромофоров, а с другой тушитель флуоресценции. Проанализировано изменение свойства полученных конъюгатов в присутствии модельной протеазы. Получены олигонуклеотиды, меченые несколькими флуорофорами на 5’-конце. Показано, что такие олигонуклеотиды по сравнению со стандартными олиигонуклеотидами имели высокую яркость и могут использоваться для повышения чувствительности гибридизационных методов детекции целевой ДНК.

 

Публикации

1. Грященко А.С., Пахомов А.А., Рябова А.В., Романишкин И.Д., Максимов Е.Г., Орса А.Н., Серова О.В., Можаев А.А., Максимова М.А., Мартынов В.И., Петренко А.Г., Деев И.Е. FLIM-Based Intracellular and Extracellular pH Measurements Using Genetically Encoded pH Sensor Biosensors, V. 11, N. 9, P. 340 (год публикации - 2021) https://doi.org/2-s2.0-85116740701

2. Мартынов В. И., Пахомов А. А. BODIPY derivatives as fluorescent reporters of molecular activities in living cells Russian Chemical Reviews, V. 90, N. 10, PP. 1213-1262. (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1070/RCR4985


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
В 2022 году, согласно установленному плану, были продолжены работы по получения водорастворимых и фотосенсибилизирующих производных BODIPY, а также мультихромофорных зондов для флуоресцентной визуализации процессов в живых системах. Были изучены свойства мультихромофорных соединений на основе зеленых и красных флуоресцентных производных BODIPY, синтезированных ранее. Для теоретического обоснования их фотофизических свойств проведено моделирование с использованием методов теории функционала плотности (DFT). Октахромофорный краситель проявлял ярковыраженное изменение оптических свойств в ответ на изменение параметров среды, и в этом году была показана принципиальная возможность его использования для мониторинга параметров мембраны живых клеток при помощи микроскопии с определением времен жизни флуоресценции (FLIM). Продемонстрирована применимость серии оранжево-красных стирильных производных вместе с зеленым флуоресцентным предшественником для необратимо мечения живых клеток в задачах флуоресцентной микроскопии и проточной цитофлуориметрии. Показано, что дистирильные производные BODIPY можно использовать в качестве фототрансформируемых меток. Детально изучены фотофизические свойства водорастворимых сульфированных производных BODIPY. Показана применимость этих соединений в качестве белковых меток и для микроскопических задач, в том числе и FLIM. Детально охарактеризован сенсор синглетного кислорода на основе диады 9,10-дифенилантрацен (DPA) – BODIPY. Получены промежуточные соединения для получения водорастворимого варианта DPA-BODIPY. Продолжена синтетическая работа по получению водорвстворимых производных BODIPY с аммониевыми и сульфобетаиновыми заместителями, а также биоконъюгируемых фотосенсибилизаторов. Получены в том числе и красные водорастворимые производные BODIPY для биовизуализации и фотосенсибилизационных применений. На клеточных моделях показано, что фотосенсибилизаторы, в том числе и адресные, на основе BODIPY проявляют исключительно высокую активность в сравнении с другими органическими и белковыми фотосенсибилизаторами.

 

Публикации

1. Пахомов A.A., Ефремова А.В., Кононевич Ю.Н., Ионов Д.С., Максимова М.А., Володин А.Д., Корлюков А.А., Дубинец Н.О., Мартынов В.И., Иванов А.А., Музафаров А.М. NIR-I Fluorescent Probes Based on Distyryl-BODIPYs with Two-Photon Excitation in NIR-II Window ChemPhotoChem, V. 7 (2023), P. e202200324 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1002/cptc.202200324

2. Ефимова А.С., Устимова М.А., Максимова М.А., Фролова А.Ю., Мартынов В.И., Деев С.М., Пахомов А.А., Федоров Ю.В., Федорова О.А. Synthesis, optical characteristics of 4-styrylpyridinium dyes and their conjugates with an antibody Mendeleev Communications, - (год публикации - 2023)

3. Мамаева А.А., Мартынов В.И., Деев С.М., Пахомов А.А. Comparison of colorimetric and fluorometric chemosensors for protein concentration determination and approaches for estimation of their limits of detection Chemosensors, - (год публикации - 2022)

4. Пахомов A.A., Белова А.С., Хчоян А.Г., Кононевич Ю.Н., Ионов Д.С., Максимова М.А., Фролова А.Ю., Алфимов М.В., Мартынов В.И., Музафаров А.М. Ratiometric singlet oxygen sensor based on BODIPY-DPA dyad Molecules, - (год публикации - 2022)

5. Пахомов A.A., Ефремова А.В., Максимова М.А., Кононевич Ю.Н., Ионов Д.С., Дубинец Н.О., Мартынов В.И., Музафаров А.М., Алфимов М.В. Спектральные свойства функциональных дистирильных производных BODIPY Химия высоких энергий / High Energy Chemistry, - (год публикации - 2023)

6. Пахомов А.А., Ким Э.Е., Кононевич Ю.Н., Ионов Д.С., Максимова М.А., Хальченя В.Б., Максимов Е.Г., Анисимов А.А., Щеголихина О.И., Мартынов В.И., Музафаров А.М. Modulation of the photophysical properties of multi-BODIPY-siloxane conjugates by varying the number of fluorophores Dyes and Pigments, Volume 203, 110371 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2022.110371

7. Фролова А.Ю., Пахомов А.А., Какуев Д.Л., Сунгурова А.С., Деев С.М., Мартынов В.И. Cancer cells targeting with genetically engineered constructs based on a pH-dependent membrane insertion peptide and fluorescent protein Biochemical and Biophysical Research Communications, Volume 612, Pages 141-146 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2022.04.112


Возможность практического использования результатов
Синтезированные в ходе выполнения проекта флуоресцентные соединения могут в дальнейшем использоваться другими исследователями для визуализации процессов в живых клетках. Некоторые синтезированные нами соединения являются высокоэффективными фотосенсибилизаторами и могут рассматриваться как потенциальные фотосенсибилизаторы (в том числе и адресные) для фотодинамической терапии.