КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 19-45-06302

НазваниеМагнитные бионаноматериалы для неинвазивного мониторинга и управления стволовыми клетками in vivo с помощью МРТ и магнитной гипертермии

РуководительАбакумов Максим Артемович, Кандидат химических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова" Министерства здравоохранения Российской Федерации, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2019 г. - 2021 г. 

Конкурс№34 - Конкурс 2019 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (Helmholtz).

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины, 05-405 - Регенеративная медицина

Ключевые словаинкапсулин, магнитные наночастицы оксида железа, стволовые клетки, генетически кодированные репортерные системы, магнитно-резонансная томография, магнитная гипертермия

Код ГРНТИ34.57.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Терапия стволовыми клетками представляет собой новый перспективный метод лечения метаболических, нейродегенеративных, аутоиммунных заболеваний и травматических повреждений центральной нервной системы. Однако, при использовании стволовых клеток возникает необходимость контроля за используемыми клетками во избежание их нежелательной дифференциации, миграции или пролиферации клеток. В случае использования синтетического контраста для неинвазивного отслеживания стволовых клеток, введенных пациенту, возникает сложность с долгосрочным контролем за клетками в связи с тем, что интенсивность сигнала уменьшается по мере деления клеток. Напротив, при использовании генетически закодированного контрастного агента он передается дочерним стволовым клеткам при их делении, что позволяет получать информацию о клеточной идентичности, жизнеспособности и функции клеток. В данной работе будут впервые использованы материалы на основе инкапсулина для неинвазивного контроля за стволовыми клетками. Генетически кодированные инкапсулины представляют собой самоорганизующиеся белковые оболочки, которые могут секвестировать внутриклеточное железо посредством образования магнитных наночастиц. Благодаря присутствию магнитных наночастиц оксидов железа в составе инкапсулинов, возможно слежение за стволовыми клетками методом магнитно-резонансной томографии, а также управление жизнедеятельностью стволовых клеток после терапии методом магнитной гипертермии во избежание их протуморогенного действия. В работе будут подобраны оптимальные наноматериалы, образующие оксид железа, для генетической экспрессии в стволовых клетках, путем адаптации конструкций белков среди большого семейства инкапсулинов и тщательной характеристики их структурных и магнитных свойств. Магнитомаркированные с помощью инкапсулинов стволовые клетки затем будут доставлены в мозг моделей грызунов и визуализированы с помощью магнитно-резонансной томографии высокого разрешения для выбора наиболее эффективной генетически кодированной репортерной системы. Таким образом, в результате совместной исследовательской программы РНИМУ и HMGU (Helmholtz Zentrum München) будет разработан новый класс генетически закодированных магнитных наноматериалов, которые будут иметь прямую ценность для in vivo мониторинга нового класса клеточных терапий.

Ожидаемые результаты
В ходе выполнения работы будут впервые будут получены и исследованы магнитные наночастицы в составе инкапсулинов - белковых компартментов, синтез которых будет закодирован на генетическом уровне в мезенхимальных стволовых клетках человека. Данные генетические конструкции будут использованы для неинвазивной диагностики стволовых клеток методом МРТ, а также дистанционного управления их жизнедеятельностью методом магнитной гипертермии in vitro и in vivo на лабораторных животных. Коллективом Гельмгольц Центра Мюнхена (Helmholtz Zentrum Munchen, HMGU) будет проведена генетическая и синтетическая оптимизация вариантов инкапсулина для достижения для высокой релаксивности в МРТ и генерации тепла в магнитной гипертермии. Для этого партнером HMGU будут получены биоинженерные варианты инкапсулина, содержащего магнитные наночастицы. В качестве модели для оптимизации образования оксида железа в клеточных культурах будет использован так называемый магнитоинкапсулин - заполенный железом инкапсулин, полученный in vitro в “идеальных” условиях для формирования магнетита Fe3O4. Коллективом Российского Национального Исследовательского Медицинского Университета им. Н.И. Пирогова (РНИМУ) будет проведена полная биофизическая характеризация свойств инкапсулинов с точки зрения состава магнитного материала, его размера и морфологии, статических магнитных свойств, релаксирующей способности инкапсулинов (Т2-релаксивности) в МРТ, а также теплогенерирующей способности инкапсулинов (удельной мощности потерь SLP) в магнитной гипертермии. Партнером HMGU будут разработаны оптимальные вирусные конструкции на основе лентивирусов, кодирующие инкапсулины, используя кассеты с экспрессией нескольких генов. Будут разработаны не только варианты инкапсулинов, содержащие частицы оксида железа, но и также экспрессирующие люциферазу и/ или красные флуоресцентные белки. После этого в культуре клеток будет оптимизирован уровень экспрессии инкапсулинов, определяющий предел их детектирования. Партнером РНИМУ будет проведена экспрессия инкапсулинов в мезенхимальных стволовых клетках, а также количественно оценена Т2-релаксивность и исследовано влияние экспрессии репортеров на жизнеспособность и пролиферацию клеток. С использованием МРТ высокого разрешения и оптической томографии (IVIS) будет проведена визуализация генетически модифицированных инкапсулинами стволовых клеток. Методом интравитальной микроскопии будет оценена возможность наведения (homing) стволовых клеток и их диффузии через внеклеточный матрикс. Отдельно будет изучена способность переменного магнитного поля влиять на пролиферацию клеток в широком диапазоне амплитуды и частот (10-200 мТл, 0,05-300 кГц). Таким образом, в ходе выполнения проекта будет создана система для неинвазивной диагностики эффективности доставки стволовых клеток, а также системы удаленного управления их жизнедеятельностью. В будущем это позволит решить одну из критических задач в регенеративной медицине инсульта, инфаркта и травматических повреждений ЦНС с использованием стволовых клеток.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2019 году
В ходе первого года выполнения совместного проекта российской стороной от немецкого партнера были получены векторные конструкции, кодирующие бактериальный белок инкапсулин. Анализ клеток HEK 293, трансфецированных данными плазмидами показал наличие наночастиц в цитоплазме клеток, а также наличие повышенного уровня железа. Более того, методом ПЭМ с энергодисперсионным анализом удалось показать наличие атомов железа в областях, соотвествующим наночастицам. Проведенные исследования магнитных свойств показали наличие ферримагнитной компоненты в клетках, что свидетельствует о наличии упорядоченной фазы. Также МРТ исследования показали, что стволовые клетки, несущие ген инкапсулина способны контрастировать МРТ изображения в Т2 взвешенном режиме, за счет сокращения времени Т2 релаксации, а значит, потенциально, могут быть визуализированы неинвазивно в организме с помощью МРТ. Была проведена работа по выделению и харакетристике мезенхимальных стволовых клеток. Показано, что профиль экспрессии клеточных маркеров, используемых в работе клеток соответствует профилю экспрессии клеточных маркеров мезенхимальных стволовых клеток. Также показана возможность дифференцировки полученных клеток в адипоциты и остеокласты. Совокупность полученных данные позволяет однозначно отнести используемые клетки к мезенхимальным стволовым клеткам. Далее нами были реализованы два подхода по получению клеточных линий стволовых клеток, экспрессирующих инкапсулины: 1) транзиентная котрансфекция плазмидами; 2) лентивирусная трансдукция. Первый подход был успешно осуществлен, однако эффективность трансдукции была очень низкой вне зависимости от параметров и не превышала 1%. Тем не менее на полученных клетках удалось визуализировать наличие флуоресцентно меченных инкапсулинов и задетектировать изменение времени Т2 релаксации. Для реализации второго подхода был произведен редизайн представленных плазмид, что встроить их в генетическую конструкцию вируса. Отдельно была проведена трансфекция стволовых клеток лентивирусами, содержащими зеленый и красный флуоресцентные белки, что позволит визуализировать клетки после введения в организм животных.

 

Публикации


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
В ходе работ в 2020 году были проведены работы по характеристике железосодержащих наночастиц, синтезируемых внутри инкакпсулинов. Разработаны и собраны лентивирусные конструкции для получения клеточныхлиний мыши и человека стабильно экспрессирующие инкапсулины и белок переносчик железа. Показана эксперсиия генов инкапсулинов в стволовых клеткахчеловека и мыши. Основные результаты проекта за 2020 год: 1. С помощью методов электронной микроскопии и дифракции электронов было обнаружено, что железосодержащие наночастицы, образующиеся в инкапсулинах после инкубирования трансфецированных клеток с солью Мора, характеризуются аморфной структурой и обладают размерами 30+/-4 нм в случае наночастиц Qt инкапсулинов и 27+/-3 нм в случае Mx. Элементный рентгеноспектральный анализ позволил картировать сигналы различных атомов в исследованных образцах наночастиц инкапсулинов. Так, наночастицы состояли в основном из атомов железа, кислорода и фосфора. 2. Характер изменения намагниченности последних позволил сделать вывод о ферримагнитной природе наночастиц и свойственном им явлении гистерезиса. Намагниченность насыщения оказалась равной 7 emu/g, коэрцитивная сила - 10 мТ, а температура блокировки - около 200К. Значения r2 и r2* релаксивности, определенные с помощью метода МРТ, составили 8,5 мм-1с-1 и 101,2 мм-1с-1 соответственно, что в 10 раз превышает значения релаксивности для ферритина. 3. Показано, что стволовые клетки человека и мыши после трансдукции лентивирусными векторами, несущими ген инкапсулина и белка переносчика железа, не погибают при инкубации с солью Мора вплоть до концентрации 5 мМ 4. Методами окраски по Перлсу и просвечивающей электронной микроскопии получены изображения инкапсулинов,экспрессируемых в стволовых клетках человека и мыши. Показано, что инкапсулины локализаются преимущественно в цитоплазме и клеточном ядре

 

Публикации

1. Наленч, И.А., Щетинин, И.В., Скориков, А.С., Могильников, П.С., Фарле, М., Савченко, А.Г., Мажуга, А.Г., Абакумов, М.А., Видвальд, У. Unravelling the nucleation, growth, and faceting of magnetite-gold nanohybrids Journal of Materials Chemistry B, 8, 3886 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1039/C9TB02721A

2. Габашвили, А.Н.,, Чмелюк, Н.С., Ефремова, М.В., Малиновская, Ю.А., Семкина, А.С., Абакумов, М.А. Encapsulins—bacterial protein nanocompartments: Structure, properties, and application Biomolecules, 10(6), 966 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.3390/biom10060966


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Проведена визуализация наночастиц внутри инкапсулинов в стволовых клетках, несущих ген инкапсулинов Mx и Qt. Средний диаметр этих структур составляет 32±4 нм для инкапсулинов, образующихся в hAD-MSCs-Qt, и 21±2 нм для инкапсулинов, образующихся в hAD-MSCs-Mx. Также показано, что экспрессия инкапсулинов снижает время Т2 релаксации клеток. Время релаксации T2 для hAD-MSCs-Mx после 24 ч инкубации с 2 мМ солью Мора составило 234 ± 18 мс, а для hAD-MSCs-Qt 115 ± 12 мс, время релаксации T2 интактных МСК после инкубации с 2 мМ солью Мора составило 545 ± 29 мс. Была проведена оценка накопления железа в клетках. Полученные микрофотографии показывают, что окраска hAD-MSCs-Qt более выражена по сравнению с hAD-MSCs-Mx: депозиты железа, окрашенные Прусским синим, регистрируются практически во всех клетках. В контрольных клетках подобная окраска не наблюдается. Полученные клетки hAD-MSCs-Qt были введены крысам стереотаксически и интраартериально, и в обоих случаях удалось обнаружить места накопления стволовых клеток методом МРТ. На МРТ изображениях мозга, полученных в режиме SWI через 30 минут после стереотаксического введения hAD-MSCs-Qt , четко различимы гиподенсивные области. Данные области по своей локализации соответствуют областям накопления депозитов железа, детектируемых при окраске срезов мозга Прусским синим, а также областям локализации флуоресцентного сигнала GFP и RFP в клетках. Было установлено, что через 7 дней после стереотаксического введения hAD-MSCs-Qt и hAD-MSCs-RFP МР сигнал, получаемый от наночастиц в инкапсулинах hAD-MSCs-Qt, по-прежнему сохранялся, в то время как на МРТ изображении, полученном после введения hAD-MSCs-RFP виден только небольшой сигнал, по всей видимости обусловленный железом эритроцитов из поврежденного капилляра. На изображениях, полученных методом конфокальной микроскопии, визуализируются hAD-MSCs-RFP с ярким флуоресцентным сигналом, однако, депозиты железа методом окраски по Перлсу, по-прежнему, не выявляются. В противоположность этому, после введения hAD-MSCs-Qt области накопления железа четко визуализируются, по своей локализации полностью соответствуют распределению МР сигнала и флуоресцентного сигнала. В случае интраартериального введения на МРТ изображениях сигнал от наночастиц инкапсулинов в hAD-MSCs-Qt точечно визуализируется и диффузно распределен в паренхиме мозга. Наличие hAD-MSCs-Qt хоть и может быть визуализировано с помощью МРТ, однако единичные гиподенсивные пиксели могут быть и артефактами изображения или локальными сосудами, несущими венозную кровь, насыщенную дезоксигемоглобином. Для подтверждения наличия именно стволовых клеток с областей, соответствующих гиподенсивным очагам, были получены срезы и проведена конфокальная микроскопия. На микрофотографии области среза можно наблюдать сигнал в канале, соответствующем флуоресценции RFP, содержащегося в стволовых клетках, а также можно отметить, что часть стволовых клеток локализована в просвете сосудов, которые были дополнительно окрашены первичными антителами против RECA-1. Кроме того, методом лентивирусной трансдукции была дополнительно получена клеточная линия карциномы молочной железы мыши 4T1-Qt со стабильной экспрессией генов, кодирующих вышеописанную инкапсулиновую систему QtEncFLAG-QtIMEF и трансмембранный переносчик бивалентных металлов Zip14. Было показано, что динамика роста опухолей из интактных и трансгенных клеток статистически достоверно не отличались между собой. Через 19 дней после имплантации клеток мышам системно вводили субстрат двухвалентного железа для достижения лучшего накопления железа в инкапсулинах. Было показано наличие хорошо различимых гиподенсивных областей в опухолях, смоделированных из трансгенных клеток, через 24 ч после введения препарата двухвалентного железа. До системного введения мышам препарата двухвалентного железа гиподенсивных областей на МРТ изображении опухоли, смоделированной из трансгенных клеток, не наблюдалось. Таким образом, можно заключить, что клетки линии 4T1-Qt не иммуногены и успешно приживаются с образованием подкожных опухолей, а наличие трансгенных последовательностей не влияет на рост клеток in vivo.

 

Публикации

1. Анна Н. Габашвили, Степан С. Водопьянов, Нелли С. Чмелюк, Виктория А. Саркисова, Константин А. Федотов, Мария В. Ефремова, Максим А. Абакумов Encapsulin based self‐assembling iron‐containing protein nanoparticles for stem cells mri visualization International Journal of Molecular Sciences, Том 22, Выпуск 22,Ноябрь 2021, Номер статьи 12275 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.3390/ijms222212275

2. Мария В. Ефремова, Сильвиу-Василе Бодя, Феликс Зигмунд, Алевтина Семкина, Джил Г. Вестмейер, Максим А. Абакумов Genetically encoded self-assembling iron oxide nanoparticles as a possible platform for cancer-cell tracking Pharmaceutics, Том 13, Выпуск 3, Март 2021, Номер статьи 397 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.3390/pharmaceutics13030397

3. Федотов К., Ефремова М., Габашвили А., Семкина А., Зигмунд Ф., Саркисова В., Петтингер С., Вестмейер Г., Абакумов М. Towards multiscale tracking of stem cells with genetically encoded encapsulin nanocompartments FEBS OPEN BIO, ТОм 11,стр.273 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13205

4. Ефремова М, Бодеа С, Зигмунд Ф, Семкина А, Вестмейер Г, Абакумов М New possibilities for cancel cell tracking using genetically encoded encapsulin proteins FEBS OPEN BIO, Том 11, стр 274 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13205


Возможность практического использования результатов
Как изначально планировалось в начале проекта результатом проекта должна была стать технология прижизненной визуализации стволовых клеток в живых организмов с помощью МРТ. На сегодняшний день большинство подходов к мониторингу распределения клеток после системного или локального введения основан на использовании либо флуоресцентных белков репортеров, либо экзогенных меток (радионуклиды или магнитные наночастицы). Оба подхода не лишены недостатков. В первом подходе лимитирующим фактором является крайне низкая проницаемость тканей организма для фотонов света, что не позволяет масштабировать такой метод диагностики на крупные живые объекты, например человека. Использование второго подхода не лимитировано глубиной залегания сигнала, однако неизбежно его интенсивность неизбежно затухает со временем из-за радиоактивного распада в случае радионуклидных меток, либо в случае растворения и разбавления наночастиц в процессе метаболизма и деления клеток. Предложенный нами подход лишен обоих недостатков. Нами было показана принципиальная возможность детекции стволовых клеток, несущих в своем составе инкапсулины, которые депонируют железо, увеличивая Т2 релаксивность стволовых клеток настолько что становится возможным их визуализация в головном мозге не только при локальном введении, но даже при введении в системный кровоток. Кроме того данная технология является легко транслируемой и на иные клетки. Учитывая стремительный рост интереса к клеточным препаратам внедрение данного подхода позволит повысить эффективность контроля за распределением и миграцией клеток в случае проведения терапии, что позволит сократить время на доклинические и клинические исследования клеточных препаратов и оценку долгосрочных эффектов. Дальнейшая работа может направлена, как в область прикладных исследований связанных с получением других клеточных линий, так и в сторону фундаментальных исследований, связанных с оптимизацией используемой технологии, а в частности увеличением степени загрузки инкапсулинов и повышению чувствительности.