КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 19-19-00626

НазваниеРазработка высокоскоростного сканирующего ион-проводящего микроскопа для изучения динамических процессов мембран живых клеток

РуководительКорчев Юрий Евгеньевич, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Национальный исследовательский технологический университет "МИСИС", г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2019 г. - 2021 г. 

Конкурс№35 - Конкурс 2019 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 09 - Инженерные науки, 09-704 - Микро- и наноэлектромеханические устройства

Ключевые словаСканирующая ион-проводящая микроскопия, нанокапилляр, высокоскоростная сканирующая зондовая микроскопия, визуализация живых клеток, актюатор, ниобата лития

Код ГРНТИ59.00.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Изучение структуры и состава живой клетки и то, как составляющие ее молекулы функционируют вместе, дает наглядное понимание сложных процессов, происходящих в сложных живых биологических системах. Это требует технологий, которые позволят проводить неинвазивные исследования клетки в режиме реального времени, в условиях, имитирующих физиологические, при которых клетка сохраняет все свои функции. Сканирование поверхности клетки в режиме реального времени требует довольно высокой скорости, чтобы запечатлеть динамические процессы. Система детекции должна быть достаточно чувствительной для получения изображений высокого разрешения даже для развитой поверхности, какими в большинстве случаев являются клеточные структуры. Кроме того, диапазон сканирования должен варьироваться в широких пределах и в идеальном случае позволять одновременно наблюдать динамические процессы, происходящие в мембране или вблизи нее на уровне сотен нанометров, а также следить за надмолекулярными процессами, происходящими на поверхности клетки в диапазоне десяти нанометров. Самая важная проблема при сканировании живой клетки – это обеспечение оптимальных физиологических условий. Это гарантирует то, что клетки не только остаются живыми, но и не нарушается их метаболизм, в результате чего можно наблюдать процессы жизнедеятельности без искажений. Основная проблема, мешающая увеличению скорости неинвазивного сканирования это ограничения скорости функционирования системы обратной связи. Очень сложно получить такую высокую скорость, потому что в контур обратной связи включено множество компонентов, время отклика которых достаточно велико. Существует несколько факторов, ограничивающих скорость обратной связи: первый – механические свойства системы, второй – пропускная способность усилителя тока и время измерения величины ионного тока. В режиме реального времени технически очень сложно определить величину ионного тока при большом отношении полезного сигнала к шуму. Третий фактор – механический отклик пьезоактуатора, который двигает нанокапилляр над образцом в вертикальном направлении. Временная задержка, вызванная этим актуатором, определяется фазовой задержкой на частоте возбуждения, которая является функцией добротности и резонансной частоты Z-сканера. Четвертый фактор – время установки зонда в режиме непрерывного сканирования: когда зонд теряет контакт с образцом, например в области крутого выступа на поверхности образца, требуется время, пока зонд снова не приблизится на нужное расстояние и не восстановится система обратной связи. Время приближения зависит от условий эксперимента и свойств образца, например, таких как величина ионного тока вдалеке от поверхности, величина уставки (соотношение ионного тока в объеме и у поверхности) и высота образца. Эти факторы сильно влияют на качество изображения, точность сканирования. Данные факторы играют особую роль при небольшой уставке, которая является обязательным условием при неразрушающем сканировании образца. В настоящем проекте будут невелированы перечисленные факторы, лимитирующие скорость сканирования. Будет создан полнофункциональный опытный образец высокоскоростного ион-проводящего микроскопа, позволяющий визуализировать биологические процессы в реальном времени (видео подобное изображение).

Ожидаемые результаты
Целью выполнения проекта является разработка и изготовление опытного образца высокоскоростного сканирующего ион-проводящего микроскопа (СИПМ). Существует большое количество важных биологических проблем, которые могут быть рассмотрены при помощи технологии сканирования живых клеток, например, динамические процессы и локализация молекул, динамика клеточной мембраны, эндо/экзоцитоз, проникновение вирусов, миграция протеинов и проводимость сигналов. Большинство этих процессов включает в себя динамическую реструктуризацию клеточной мембраны и поэтому требуют сканирующие системы, которые способны следить за динамикой поверхности клетки в высоком разрешении с одновременными функциональными измерениями Разработанный в рамках проекта высокоскоростной СИПМ найдет применения в научных организациях Российской Федерации, работающих на стыке нано и биотехнологий. Уникальные возможности высокоскоростного СИПМ найдут применения в биологии, медицине, материаловедении и т.д. В связи с уникальностью научно-исследовательских работ, сложностью инженерно-конструкторских решений в готовом изделии, результатам настоящего проекта будет дана надежная правовая защита, которая позволит гарантировать приоритет российских исследователей в столь актуальной области. Приоритет российской науки над общемировой позволит в дальнейшем осуществлять промышленное производство, в том числе на экспорт, именно силами российских производителей, что однозначно повлечет за собой развитие точного приборостроения и связанных с ним отраслей в масштабах РФ. Кроме того, появление отечественной технологии, лежащей на стыке нанотехнологий и живых систем, приведет к развитию исследований и росту общего технологического уровня именно на территории РФ, даст толчок к появлению целого ряда импортозамещающей продукции российского производства, т.е. произойдет сокращение технологического разрыва, в том числе и в смежных областях. Рассмотрим наиболее наглядные примеры использования результатов данного проекта, позволяющие оценить коммерческую перспективность высокоскоростного СИПМ. Большинство биологический процессов, происходящих на цитоплазматической мембране живых клеток, носят динамический характер. На сегодняшний день не существует других методов, позволяющих визуализировать данные процессы с нанометровым разрешением. Предложенный в данном проекте метод высокоскоростной сканирующей ион-проводящей микроскопии позволит получать изображение с разрешением 100*100 пикселей за 100мс. Разрабатываемый высокоскоростной СИПМ позволит решить ряд фундаментальных и прикладных задач биологии таких как, динамические процессы и локализация молекул, динамика клеточной мембраны, эндо/экзоцитоз, проникновение вирусов, миграция протеинов и проводимость сигналов. Большинство этих процессов включает в себя динамическую реструктуризацию клеточной мембраны, и поэтому требуют сканирующие системы, которые способны следить за динамикой поверхности клетки в высоком разрешении с одновременными функциональными измерениями. В отличие от известных методов атомно-силовой микроскопии, СИПМ позволяет значительно упростить изучения мягких материалов, таких как гели, живые клетки, полимеры и др. за счет неинвазивного сканирования топографии. Таким образом, результаты данного проекта будут востребованы научно-исследовательским учреждениями и крупными фармацевтическими и сельскохозяйственными корпорациями, ведущими собственные медико-биологические и биоинженерные разработки как в Российской Федерации так и за ее пределами.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2019 году
В ходе первого этапа проекта был разработан макет высокоскоростного сканирующего ион-проводящего микроскопа. Для этого выполнялось множество задач. Был изготовлен экспериментальный образец прецизионного актюатора на основе бидоменного ниобата лития. Было разработано программное обеспечение, которое за счет реализации протокола двойного шага позволяет осуществлять погашения резонанса. За счет того, что резонансные характеристики образца и зонда в сканирующей ион-проводящей микроскопии практически неизменны, то можно точно определить период резонансных характеристик манипуляторов с нагрузками.Также были спроектированы и изготовлены выносной, электронный и механический модули для усиления тока с высокой пропускной способностью тока, а также с малой массой и расположенным в непосредственной близости с измерительным капилляром-зондом. Было разработано программное обеспечение для реализации протокола высокоскоростного сканирования СИПМ, которое позволяет значительно увеличить скорость сканирования. Были разработаны тестовые биологические системы для валидации высокоскоростной системы СИПМ. Были изложены методики изучения различных биологических процессов в клетках эпителиальных и нервных тканях, в частности динамических процессов микроворсинок эпителиальных тканей, процесса проникновения наночастиц через цитоплазматическую мембрану человеческих эпителиальных клеток, изменения реорганизующегося конуса роста аксона нейронных клеток.

 

Публикации

1. Гаранина А.С., Науменко В.А., Никитин А.А., Муровали Е., Петухова А.Ю., Климюк С.В., Наленч Ю.А., Илясов А.Р., Водопьянов С.С., Ерофеев А.С., Горелкин П.В., Ангелакерис М., Савченко А.Г., Видвальд У., Мажуга А.Г., Абакумов М.А. Temperature-controlled magnetic nanoparticles hyperthermia inhibits primary tumor growth and metastases dissemination Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine, Volume 25, April 2020, 102171 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1016/j.nano.2020.102171

2. Кубасов И.В., Кислюк А.М., Турутин А.В., Малинкович М.Д., Пархоменко Ю.Н. Бидоменные сегнетоэлектрические кристаллы: свойства и перспективы применения Известия высших учебных заведений. Материалы электронной техники., - (год публикации - 2019)

3. Плескова С.Н., Крылов Р.Н., Бобык С.З., Боряков А.В., Горелкин П.В., Ерофеев А.С. Conditioning adhesive contacts between the neutrophils and the endotheliocytes by S. aureus Journal of Magnetic Resonance, - (год публикации - 2019)

4. Такаши Я., Чжоу Ю., Миямото Т., Хигаши Х.,Нака-мичи Н., Такеда Ю., Като Ю., Корчев Ю.Е., Фукума Т. High-speed SICM for the Visualization of Nanoscale Dynamic Structural Changes in Hippocampal Neurons ANALYTICAL CHEMISTRY, Anal. Chem. 2020, 92, 2, 2159-2167 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1021/acs.analchem.9b04775

5. Пархоменко Ю.Н., Малинкович М. Д., Кубасов И.В., Темиров А. А., Турутин А.В., Кислюк А.М.,Полисан А.А. Трехкоординатное устройство позиционирования -, - (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
В ходе выполнения проекта на втором году были достигнуты следующие научные результаты: 1) Был разработан полнофункциональный опытный образец высокоскоростного СИПМ; 2) Разработан опытный образец механического модуля высокоскоростного СИПМ; 3) Разработано программное обеспечение для управления высокоскоростным СИПМ 4) Разработаны тестовые биологические системы для валидации разработанного опытного образца высокоскоростной системы СИПМ; 5) Опытный образец электронного модуля высокоскоростного СИПМ; 6) Протокол изучения проникновения вируса в клеточную мембрану с помощью опытного образца высокоскоростной системы СИПМ. На прошлом этапе по результатам 2019 года было перевыполнение плана по публикациям. Все заявленные статьи вышли в соответствующих журналах. По итогам второго этапа было подготовлено 3 публикации в изданиях индексируемых Web of Science или Scopus. По результатам двух лет план по публикациям был 6 статей, фактически показатель равен 8. В 2020 году планировалась подготовка одного РИД, в рамках этого индикатора была подана одна заявка на полезную модель.

 

Публикации

1. Кубасов И.В., Кислюк А.М., Турутин А.В.,Темиров А.А., Ксенич С., Иалинкович М.Д., Пархоменко Ю.Н. Use of Ferroelectric Single-crystal Bimorphs for Precise Positioning in Scanning Probe Microscope Microscopy and Microanalysis, 26 (Suppl 2), 2020 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1017/S1431927620023417

2. Савин Н.А., Колмогоров В.С., Тимошенко Р.В., Клячко Н.Л., Пархоменко Ю.Н., Салихов С.В.,Мажуга А.Г., Ерофеев А.С., Горелкин П.В. ПРИМЕНЕНИЕ НАНОТЕХНОЛОГИЙ В ИЗУЧЕНИИ СТРУКТУРЫ ДРОЖЖЕЙ CANDIDA Российские нанотехнологии, - (год публикации - 2020)

3. Горелкин П.В., Ерофеев А.С., Колмогоров В.С., Ефремов Ю., Новак П., Шевчук А., Мажуга А.Г., Корчев Ю.Е. Scanning Ion Conductance Microscopy (SICM) for Low-stress Directly Examining of Cellular Mechanics Microscopy and Microanalysis, Microsc. Microanal. 26 (Suppl 2), 2020 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1017/S1431927620019972

4. Пархоменко Ю.Н., Малинкович М. Д., Кубасов И.В., Темиров А. А., Турутин А.В., Кислюк А.М.,Полисан А.А. Датчик электрического потенциала на основе низкоразмерных структур с полевым эффектом -, - (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
В ходе третьего этапа проекта была проведена окончательная доработка высокоскоростной системы СИПМ, было значительно уменьшено время осуществления одного «прыжка» в режиме «hopping», а также сокращена задержка перемещения пьезоактюаторов по осям X и Y. Была доработана методика изучения процесса проникновения вируса в клеточную мембрану с помощью разработанной высокоскоростной системы СИПМ. Доработанный метод высокоскоростной сканирующей ион-проводящей микроскопии позволяет проводить исследования биопленок и их взаимодействия с бактериофагами в динамике. Данное приложение может быть использовано не только в изучении процессов походящих на поверхности биоплёнок для углубления теоретических представлений, но и в доклинических разработках противомикробных медикаментозных средств. Была успешно выполнена доработка методики изучения динамических процессов микроворсинок эпителиальных тканей с помощью разработанной высокоскоростной системы СИПМ. Продемонстрирована возможность применения разработанной высокоскоростной системы СИПМ для визуализации микроворсинок на мембране на примере живой единичной клетки HT-1080 с высоким разрешением в динамическом режимедоработана методика изучения динамических процессов микроворсинок эпителиальных тканей с помощью разработанной высокоскоростной системы СИПМ; Была доработана методика изучения изменениями реорганизующегося конуса роста аксона нейронных клеток с помощью разработанной высокоскоростной системы СИПМ;Была доработана методика изучения процесса проникновения наночастиц через цитоплазматическую мембрану человеческих эпителиальных клеток с помощью разработанной высокоскоростной системы СИПМ. Полученные результаты подтверждают возможность применения доработанной высокоскоростной системы сканирующей ион-проводящей микроскопии дополненной конфокальной микроскопией в исследовании процесса проникновения наночастиц через цитоплазматическую мембрану человеческих эпителиальных клеток.

 

Публикации

1. Бичурин М., Петров Р., Соколов О., Леонтьев В., Куц В., Киселев Д.А., Ванг Я. Magnetoelectric Magnetic Field Sensors: A Review Sensors, 21(18), 6232 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.3390/s21186232

2. Кубасов И.В., Кислюк А.М., Турутин А.В., Малинкович М.Д., Пархоменко Ю.Н. Bidomain Ferroelectric Crystals: Properties and Prospects of Application Russian Microelectronics, Vol. 50, No. 8, pp. 1–46 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1134/S1063739721080035

3. Савин Н.А., Колмогоров В.С., Тимошенко Р.В., Клячко Н.Л., Пархоменко Ю.Н., Салихов С.В,, Мажуга А.Г., Ерофеев А.С,, Горелкин П.В. Application of Nanotechnologies in Studying Yeast Structure in Candida Nanobiotechnology Reports, Том 16, Выпуск 4, Страницы 450 - 472 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1134/S263516762104011X

4. Колмогоров В.С., Савин Н.А,, Яковлев А.П., Ванеев А.Н., Лаврушкина С.В., Ерофеев А.С., Горелкин П.В., Клячко Н.Л., Киреев И.И., Мажуга А.Г., Эдвардс К., Новак П., Корчев Ю.Е. Simultaneous cytoskeletal stiffness mapping and confocal imaging of living cells by scanning ionconductance microscopy EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS, Том 50 Выпуск SUPPL 1 Страница 135-135 Приложение1 Специальный выпуск SI Аннотация к встрече P-148 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1007/s00249-021-01558-w

5. Савин Н.А., Колмогоров В.С., Яковлев А.П., Тимошенко Р.В., Горелкин П.В., Ерофеев А.С., Корчев Ю.Е. Antimicrobial Activity of Antifungal Drugs on Candida Parapsilosis Studied by Scanning Ionconductance Microscopy (SICM) BIOPHYSICAL JOURNAL, Том 120 Выпуск 3 Страница 361A-361A Приложение 1 Аннотация к встрече 1741-Pos (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1016/j.bpj.2020.11.2229


Возможность практического использования результатов
Результаты проекта смогут найти применение в научных организациях Российской Федерации, работающих на стыке нано и биотехнологий. Уникальные возможности высокоскоростного СИПМ найдут применения в биологии, медицине, материаловедении и т.д. Приоритет российской науки над общемировой позволит в дальнейшем осуществлять промышленное производство, в том числе на экспорт, именно силами российских производителей, что однозначно повлечет за собой развитие точного приборостроения и связанных с ним отраслей в масштабах РФ. Кроме того, появление отечественной технологии, лежащей на стыке нанотехнологий и живых систем, приведет к развитию исследований и росту общего технологического уровня именно на территории РФ, даст толчок к появлению целого ряда импортозамещающей продукции российского производства, т.е. произойдет сокращение технологического разрыва, в том числе и в смежных областях. Таким образом, результаты данного проекта будут востребованы научно-исследовательским учреждениями и крупными фармацевтическими и сельскохозяйственными корпорациями, ведущими собственные медико-биологические и биоинженерные разработки как в Российской Федерации так и за ее пределами.