КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 18-13-00044

НазваниеСинтез аналогов природных противоопухолевых веществ из компонентов эфирных масел петрушки и укропа.

РуководительСеменов Виктор Владимирович, Доктор химических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт органической химии им. Н.Д. Зелинского Российской академии наук, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2018 г. - 2020 г.  , продлен на 2021 - 2022. Карточка проекта продления (ссылка)

Конкурс№28 - Конкурс 2018 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 03 - Химия и науки о материалах, 03-103 - Синтез, строение и свойства природных и физиологически активных веществ; медицинская химия и прогнозирование различных видов биоактивности

Ключевые словатубулин, микротрубочки, цитостатики, зародыши морского ежа, комбретастатин, рак, биотехнология, петрушка, укроп, апиол, диллапиол, миристицин

Код ГРНТИ31.23.00 34.15.51


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Поиск новых химических соединений, замедляющих динамику полимеризации микротрубочек, является одним из актуальных направлений в разработке противоопухолевых препаратов. Одной из клеточных мишеней для таких лекарственных средств является белок тубулин и его биологический полимер - микротрубочки. Многие природные соединения-цитостатики и их полусинтетические и синтетические аналоги, которые специфически связываются с микротрубочками и нарушают деление клеток, содержат полиметоксифенильный фрагмент. Некоторые из этих веществ используются в химиотерапии рака, но они имеют существенный недостаток - низкую селективность. Важным достоинством предлагаемых нами соединений является то, что для их синтеза можно использовать метаболиты семян петрушки и укропа (апиол, диллапиол, аллилтетраметоксибензол, миристицин и элемицин), которые можно выделить в больших количествах с помощью относительно недорогой жидкостной технологией СО2-экстракции с последующей высокоэффективной ректификацией. Новизна предлагаемого исследования состоит в разработке более совершенных селективных методов превращения аллилполиакоксибензолов в новые аналоги природных полиалкоксицитостатиков. В связи с этим задачей настоящего проекта является разработка эффективного целенаправленного синтеза аналогов природных дестабилизаторов микротрубочек (ингибиторов полимеризации тубулина) с полиалкоксифенильными фрагментами, связанными пиразольными и изоксазольными фрагментами, с использованием в качестве сырья эфирных масел семян петрушки и укропа. Селективность реакций впервые будет исследована в ряду аллилполиалкоксибензолов, у которых бензольное кольцо и аллильный фрагмент сопоставимы по реакционной способности к действию электрофильных агентов. Эти методы позволят получить новые химические соединения, сопоставимые или более эффективные по биологической активности в сравнении с противоопухолевыми препаратами, используемыми в клинике в настоящее время. Впервые будет исследована взаимосвязь “структура-активность” в ряду разных структурных классов таких соединений, путем изучения их эффектов в in vivo модели зародышей морского ежа и in vitro модели на основе опухолевых и здоровых клеток человека. Селективность наиболее активных соединений будет изучена путем независимой сравнительной оценки их цитостатического эффекта на широкой панели опухолевых клеток человека (60 линий) в национальном институте рака США (Бетезда).

Ожидаемые результаты
В результате выполнения проекта будут разработаны более совершенные методы превращения аллилполиакоксибензолов в новые аналоги природных полиалкоксицитостатиков. На основе легкодоступного и безопасного для человека отечественного растительного сырья (семян петрушки и укропа) будут синтезированы аналоги природных ингибиторов полимеризации тубулина. Будет определена цитоcтатическая активность и селективность данных соединений путем сравнения эффектов in vitro на 60 линиях опухолевых клеток человека, а также in vivo эффекты на модели зародышей морского ежа. Полученные результаты позволят получить доказательства сравнимой или более высокой антипролиферативной/антимитотической и антитубулиновой активности по отношению к аналогичным эффектам применяемым в клинике противоопухолевых препаратов. При наличии избирательной цитотоксичности по отношению к раковым клеткам такие молекулы могут быть новыми перспективными лекарственными кандидатами для химиотерапии онкологических заболеваний. Усовершенствованная технология СО2-экстракции метаболитов из доступного сырья для синтеза аналогов природных ингибиторов полимеризации тубулина будет иметь невысокую стоимость. Все это позволит значительно снизить себестоимость перспективных противоопухолевых препаратов, действующих по принципу изменения динамики полимеризации микротрубочек. Полученные данные по эффективности и безопасности разработанных новых соединений будут являться фундаментальной основой для разработки других лекарственных препаратов, связанных с механизмом полимеризации микротрубочек. По материалам проведенных исследований предполагается опубликовать серию научных статей в журналах по медицинской химии и химии природных соединений.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2018 году
Cинтезирован ряд новых аналогов комбретастатина, включая дибензиламины, диарилпиразолы, -изоксазолы и -пирролы, с помощью новых и модифицированных методов для оценки их антимитотической и антитубулиновой активности с использованием in vivo метода на зародышах морского ежа и in vitro – на раковых клетках человека. Проведено систематические исследование связи структуры с активностью этих соединений. Было обнаружено, что пиразолы и - изоксазолы являются наиболее сильными антимитотиками среди всех тестируемых соединениях - они вызывающих нарушение деления клеток зародышей морского ежа в интервале 0,25 – 10 нмоль•л–1. Эти молекулы проявили сравнимую цитотоксичность и на раковых клетках человека. Исследования связи структуры с активностью показали, что соединения, содержащие 3,4,5-триметоксифенильный заместитель в кольце А и 4-метоксифенильный - в кольце В, проявляют наивысшую активность. 3-Гидроксигруппа в кольце B необходима для антипролиферативной активности в ряду диарилизоксазола, тогда как для эффективности диарилпиразолов она не нужна. Изоксазолы с 3,4,5-триметоксизамещенным кольцом А и 3-гидрокси-4-метоксизамещенным кольцом В были более активными, чем соответствующие пиразолы. Среди азолов, замещенных таким же набором других арильных фармакофоров, 3,4-диарилпиразолы и 4,5-диарилизоксазолы проявляют аналогичный сильный антимитотический и антитубулиновый эффект, у 3,4-диарилизоксазолов эффект снижается. Далее слендуют 4,5-диарилпирролы и дибензиламины, которые проявляют наименьшую активность. Введение аминогруппы в гетероциклическое ядро уменьшало антимитотический и антитубулиновый эффект в серии пиразолов и в меньшей степени 4,5-диарилизоксазолов, тогда как активность соответствующих 3,4-диарилизоксазолов увеличивается. По двум структурам уже получены результаты цитотоксичности на клеточных линиях человека, причем идентичные как в Институте рака США, так и в Онкологическом научно-исследовательскоом Институте им. П.А. Герцена, представленые в виде кривых «доза-эффект», на основании которых рассчитаны концентраци, при которых происходитугнетение роста клеток на 50% ( IC50). В результате проведенных исследований эти структуры выбраны для рассмотрения Биологиченской экспертной комиссией Института рака США с целью дальнейших исследований. Члены коллектива 22.09.2018 участвовали в телепередаче НТВ в программе «Еда живая и мертвая», где затрагивалась тема использования петрушки для борьбы с раком. https://www.ntv.ru/peredacha/Eda_jivaya_i_mertvaya/m52780/o513720/video/

 

Публикации

1. Игнатов А.В., Варакутин А. Е., Соловьева И.Н., Карманова И.Б., Козлов И.А., Семенова М.Н., Семенов В.В. Эффективное гидрирование бензальдоксимов и оснований Шиффа на высокопористых керамических блочных палладиевых катализаторах Известия Академии наук. Серия химическая,, № 8, стр. 1394-1400 (год публикации - 2018) https://doi.org/10.1007/s11172-018-2230-4

2. Семенова М.Н., Демчук Д.В., Цыганов Д.В., Чернышева Н.Б., Самет А.В., Сильянова Е.А., Кислый В.П., Максименко А.С., Варакутин А.Е., Конюшкин Л.Д., Райхштат М.М., Киселев А.С., Семенов В.В. The sea urchin embryo model as a reliable in vivo phenotypic screen to characterize selective antimitotic molecules. Comparative evaluation of combretapyrazoles, -isoxazoles, -1,2,3-triazoles, and -pyrroles as tubulin binding agents ACS Combinatorial Science, v. 20 (12), p. 700-721 (год публикации - 2018) https://doi.org/10.1021/acscombsci.8b00113

3. Сильянова Е.А., Самет А.В., Семенов В.В. Эффективный синтез 3,4-диарилпиррол-2-карбоксилатов – ключевых фрагментов природных антимитотиков Известия Академии наук. Серия химическая, 2018, № 12, стр.2316-2319 (год публикации - 2018)

4. - программа «Еда живая и мертвая» Участие в телепередаче НТВ, 22.09.2018 (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2019 году
На заводе компании Караван отработана наша улучшенная технология CO2-экстракции семян петрушки и укропа, в результате чего из 2.5 тонн семян получено 100 литров эфирных масел. Из них на установке высокоэффективной ректификации в ИОХ выделено около 40 кг четырех целевых аллилполиалкоксибензолов. Aллилполиалкоксибензолы могут вносить вклад в общий антиоксидантный потенциал эфирных масел растений и предотвращать свободно-радикальные процессы окисления, вызывающие образование раковых опухолей. Антиоксидантные и мембранопротекторные свойства полученных аллилполиоксибензолов и их аналогов с разным числом алкокси/метокси групп в ароматическом кольце, а также их способность улавливать свободные радикалы оценены с использованием ряда in vitro моделей, включая DPPH- тест, ингибирование накопления продуктов перекисного окисления липидов, ингибирование H2O2-индуцированного гемолиза и окисление оксигемоглобина. Разработана методика синтеза природного нозоапиола исходя из апиола, выделяемого из семян петрушки. Наиболее активным оказался гидроксиапиол, содержащий ОН-группу в бензольном кольце. Пентаалкокси-замещённый нозоапиол продемонстрировал антиоксидантную активность на гомогенатах мозга мышей, тогда как на мышиных эритроцитах он показал выраженную прооксидантную активность. Путем гидроборирования аллилбензолов синтезированы 1-трифенилфосфонио-3-тетраалкоксифенилпропаны. Полученные структуры, особенно с метилендиоксифрагментом , по результатам исследования на 60 линиях раковых клеток человека в Институте рака США (Бесезда) проявляют высокую цитотоксичность (10-6 моль/л) на раковых клетках Лейкемии, Меланомы, Молочной железы, Яичников, Толстой кишки). В условиях реакции Бартона-Зарда синтезирован ряд 3,4-диарилпиррол-2-карбоксилатов c гидрокси- и метокси-группами в Ar фрагментах – аналогов природных цитотоксичных ламелларинов и родственных им соединений, выделяемых из морских организмов. Получен природный ламелларин Q, строение которого впервые удалось подтвердить методом РСА Синтезировано более 50 новых противоопухолевых молекул с полиалкоксибензольными фрагментами в классах пирролов, пиразолов, изоксазолов. Часть этих молекул, исследовавшихся в тесте на зародышах морского ежа, оказалась ингибиторами полимеризации тубулина (аналоги комбретастатина A4). Другая часть молекул с карбоксамидными группами является аналогами ингибиторов белка теплового шока HSP90 и будет проходить испытания. Для улучшения растворимости в воде осуществлена модификация структур комбретапиразолов путем введения аминогрупп в бензольное кольцо, которые за счет протонирования давали растворимые гидрохлориды. Путем введения фосфонатных и карбоксильных групп, способных к диссоциации и за счет этого улучшающих растворимость, получены соответствующие пять производных пиразола, пиррола и 3,4-диарилизоксазола. Важно, что по результатам тестирования на зародышах морских ежей, у большинства этих структур практически пропала способность ингибировать полимеризацию тубулина. Однако большинство структур, по данным тестирования in vitro в Институте рака США, сохранили способность угнетать деление раковых клеток в наномольных концентрациях , по-видимому, по другому механизму и были отобраны для углубленных исследований. Результаты биологических испытаний (125 молекул) на зародышах морских ежей опубликованы на сайте лаборатории www.zelinsky.ru, где осуществлен поиск по структурному фрагменту молекулы.

 

Публикации

1. Личицкий Б.В., Комогорцев А.Н., Дудинов А.Н., Краюшкин М.М, Ходот Е.А., Самет А.В., Конюшкин Л.Д., Сильянова Е.А., Карпов А.С., Gorses D., Radimerski T., Семенова М.Н., Киселев А.С., Семенов В.В. Benzimidazolyl-pyrazolo[3,4-b]pyridinones - selective inhibitors of MOLT-4 leukemia cell growth and sea urchin embryo spiculogenesis: Target quest ACS Comb. Sci., - (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1021/acscombsci.9b00135

2. Макcименко А.С., Кислый В.П., Чернышева Н.Б., Стреленко Ю.А., Зубавичус Я.В., Хрусталев В.Н. Семенова М.Н., Семенов В.В. Effective synthesis of 3,4-diaryl-isoxazole-5-carboxamides and their antiproliferative properties. Eur.J.Org.Chem., v.2019, Issue 26, p.4260- 4270. (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1002/ejoc.201900643

3. Самет А.В., Шевченко О.Г., Русак В.В., Чартов Э.М., Мышлявцев А.Б., Русанов Д.А., Семенова М.Н., Семенов В.В. Antioxidant Activity of Natural Allylpolyalkoxybenzene Plant Essential Oil Constituents Journal of Natural Products, v.82, p.1451–1458 (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.8b00878

4. Цыганов Д.В., Самет А.В., Дороватовский П.В., Хрусталев В.Н., Семенов В.В. Arylglyoxal oximes as putative C-nucleophiles in eliminative nucleophilic substitution process Mendeleev Communications, vol. 29, Issue 3, p. 296-298 (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1016/j.mencom.2019.05.018

5. Цыганов Д.В., Семенова М.Н., Конюшкин Л.Д., Ушкаров В.И., Райхштат М.М., Семенов В.В. A convenient synthesis of cis-restricted combretastatin analogues with pyrazole and isoxazole cores. Mendeleev Communications, vol.29, issue 2, p.163-165 (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1016/j.mencom.2019.03.015


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
В результате скринирования биоактивности метоксизамещенных изомеров о-диарилазолов - производных пирролов, пиразолов и изоксазолов - неожиданно оказалось, что в ряду изоксазолов для проявления высокой противоопухолевой и антитубулиновой активности не обязательно наличие 3,4,5-триметоксифенильного фрагмента, который до сих пор считался необходимым фармакофором практически для всех известных высокоактивных антитубулиновых веществ, связывающихся с колхициновым сайтом. Для понимания такого эффекта были проведены докинг-исследования. Методом молекулярного моделирования показано, что причина высокой активности связана с уникальным примером координации изоксазольного гетероцикла в колхициновом сайте связывания тубулина с участием молекул воды. С целью сопоставления экспериментальных и расчетных данных связывания о-диарилизоксазолов синтезированы простейшие 4 изомера с фенильным и 4-метоксифенильным заместителями в изоксазольном кольце.Действительно, в соответствии с предсказаниями наиболее активными ингибиторами полимеризации тубулина оказались 3-фенил-4-(4-метоксифенил)- и 5-фенил-4-(4-метоксифенил)изоксазолы, действующие в наномолярных концентрациях (IC50 = 5 и 2 нМ, соответственно). Тестирование на 60 клеточных линиях в Национальном Институте Рака (США), выявило их высокую специфичность в отношении клеток меланомы (клеточная линия MDA-MB-435, GI50=26 нM). Особое внимание было уделено синтезу арилнитрометанов (АНМ) и нитростильбенов – ключевых синтетических предшественников целевых о-диарилазолов. Проведено сравнительное исследование различных способов получения АНМ. Для АНМ с акцепторными заместителями в бензольном кольце оптимальным оказалось окисление соответствующих весьма доступных бензальдоксимов производными перборной кислоты (выходы АНМ 40-70%). Для АНМ с донорными заместителями в бензольном кольце наилучшие результаты даёт взаимодействие бензилгалидов с AgNO2 в инертном растворителе. Таким образом, в результате оптимизации методов получения, могут быть получены АНМ как с донорными (три- и тетра-алкокси замещенные, выходы 30%), так и с акцепторными заместителями (выходы 60-70%) в бензольном цикле. При получении нитростильбенов наиболее эффективным оказалось использование реакции N-метил- и N-бутилазометинов соответствующих бензальдегидов с АНМ в присутствии уксусной кислоты – нитростильбены образуются при комнатной температуре с выходами от умеренных до высоких (50-90%), при этом достигается полная конверсия АНМ. При использовании N-метильных азометинов выходы, как правило, на 10-15% выше, чем с N-бутильными аналогами. Разработан новый подход к синтезу полиалкокси и полигидроксизамещённых пирролокумаринов как структурного ядра ламелларинов и нингалинов – природных соединений, выделяемых из морских организмов и обладающих высокой противоопухолевой активностью и способностью преодолевать множественную лекарственную устойчивость. Ключевым элементом этого подхода является селективное О-деметилирование 3-(орто-метоксифенил)пиррол-2-карбоксилатов, полученных по реакции Бартона-Зарда из соответствующих нитростильбенов и изоциануксусного эфира в модифицированных нами ранее условиях. Показано, что при использовании 1 экв. BBr3 деметилированию подвергается исключительно орто-метоксигруппа арильного заместителя в положении 3 пиррола, а прочие присутствующие в молекуле алкокси группы – не затрагиваются. Полученные при этом 3-(орто-гидроксифенил)пиррол-2-карбоксилаты под действием основания легко и с высокими выходами циклизуются в целевые полиалкокси-замещённых пирролокумарины. В то же время, использование в реакции избытка BBr3 приводит к полному деметилированию всех метокси-групп и образованию полигидроксизамещённых пирролокумаринов. Преимущество данного подхода состоит в том, что используются в качестве исходных доступные о-метоксибензальдегиды, и это позволяет избежать отдельных синтетических стадий постановки/снятия защитных групп, Предложен также оригинальный подход к метил-замещённым пирролокумаринам с использованием в качестве ключевых интермедиатов псевдонитрозитов – продуктов присоединения N2O3 к легко доступным природным пропенилбензолам. В ходе реакции Бартона-Зарда псевдонитрозиты выступают в качестве своего рода «замаскированных» нитроалкенов – они при действии основания отщепляют HNO, образуя in situ соответствующие нитроалкены (нитропропенилбензолы), которые далее, реагируя с изоциануксусным эфиром, превращаются в 4-метил-3-арилпиррол-2-карбоксилаты. При наличии орто-метоксигруппы в Ar заместителе, эти пиррол-2-карбоксилаты легко дают целевые пирролокумарины путём селективного деметилирования действием 1 экв. BBr3 с последующей лактонизацией. Полученные соединения в настоящее время проходят испытания на противоопухолевую активность. Результаты исследований переданы в Онкологический научно-исследовательский Институт им. П.А. Герцена.

 

Публикации

1. В.С.Стройлов, И.В.Свитанько, А.С.Максименко, В.П.Кислый, М.Н.Семенова, В.В.Семенов Computational modeling and target synthesis of monomethoxy-substituted o-diphenylisoxazoles with unexpectedly high antimitotic microtubule destabilizing activity Bioorganic Medicinal Chemistry Letters, - (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2020.127608

2. Русанов Д. A., Мышлявцев A. Б., Сильянова E. A., Самет А. В., Семёнов В. В. Pseudonitrosites as masked nitroalkenes in the Barton–Zard pyrrole synthesis Mendeleev Communications, v. 30 (4), p. 485–486 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1016/j.mencom.2020.07.026

3. Сильянова E. A., Самет A. В., Саламандра Л. K., Хрусталёв В. Н., Семёнов В. В. Formation of 3,4-Diarylpyrrole- and Pyrrolocoumarin Core of Natural Marine Products via Barton-Zard Reaction and Selective O-demethylation European Journal of Organic Chemistry, p. 2093-2100 (год публикации - 2020) https://doi.org/10.1002/ejoc.202000099

4. А.С.Максименко, В.П.Кислый, В.С.Стройлов, И.В.Свитанько, М.Н.Семенова, В.В.Семенов Target synthesis of diarylisoxazoles as tubulin polymerization inhibitors EFMC-ISMC & EFMC-YMCS Virtual poster session. Powered by EFMC Young Scientists, Virtual event. p.108, poster 095 (год публикации - 2020)

5. Максименко А.С., Кислый В.П., Буйкин П.А., Семенов В.В Оптимизация препаративных способов получения арилнитрометанов Сборник тезисов Всероссийской научной конференции Марковниковские чтения: органическая химия от Марковникова до наших дней", Красновидово 17-20 января 2020 г, 17-20 января 2020 г, стр.67 (год публикации - 2020)

6. Русанов Д A., Сильянова E. A., Самет А. В., Семёнов В. В. Новые синтетические подходы к 3,4-диарилпиррольному ядру ламелларинов Сборник тезисов докладов Шестой Междисциплинарной конференции «Молекулярные и Биологические аспекты Химии, Фармацевтики и Фармакологии», Нижний Новгород, 27-30 сентября 2020 г., с. 91 (год публикации - 2020)

7. Самет А.В., Русанов Д.А., Сильянова Е.А., Семенов В.В. Псевдонитрозиты как скрытые нитроалкены в реакции Бартона-Зарда Сборник тезисов Всероссийской научной конференции "Марковниковские чтения: органическая химия от Марковникова до наших дней", Красновидово 17-20 января 2020 г., с. 150 (год публикации - 2020)

8. Сильянова Е.А., Самет А.В., Саламандра Л.К., Семенов В.В. Синтез 3,4-диарилпирролов и пирролокумаринов – структурного ядра природных соединений с помощью реакции Бартона-Зарда и селективного О-деметилирования Сборник тезисов Всероссийской научной конференции "Марковниковские чтения: органическая химия от Марковникова до наших дней", Красновидово 17-20 января 2020 г., с. 83 (год публикации - 2020)


Возможность практического использования результатов
не указано