КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 18-44-06201
НазваниеВлияние изменения климата на адаптированных к холоду эндемиков озера Байкал
Руководитель Бедулина Дарья Сергеевна, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Иркутский государственный университет" , Иркутская обл
Конкурс №26 - Конкурс 2018 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (Helmholtz)
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-107 - Экология биосистем
Ключевые слова Байкал, изменение климата, амфиподы, биологические инвазии, эндемики, холодовая адаптация, эко-протеомика
Код ГРНТИ34.35.15
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Целью проекта является исследование влияния глобального изменения климата на эндемичных амфипод озера Байкал с использованием наиболее современных методов молекулярного анализа в экологических исследованиях (эко-протеогеномики нового поколения, методов системной биологии). Основной гипотезой проекта является наличие уникального адаптивного преимущества у байкальских эндемичных амфипод, заключающегося в поддержании высокой физиологической активности при низких температурах (0 - 4 °С), и препятствующего вселению чужеродной фауны. Однако это преимущество может быть потеряно при дальнейшем повышении температуры в ходе глобального изменения климата. Если температура воды озера продолжит повышаться, это может существенно отразиться на жизненных циклах холодолюбивых байкальских эндемиков и привести к дестабилизации бентосных экосистем и вселению чужеродных видов. Для проверки предлагаемой гипотезы, в ходе проекта мы проведем комплексное сравнительное аутэкологическое исследование, направленное на оценку механизмов холодовой акклимации с применением как самых передовых постгеномных методов экофизиологических исследований – эко-протеогеномики с использованием новейших подходов (высокопроизводительная хроматомасс-cпектрометрия, использование изобарного мечения) и системного анализа. Будут применены методы эколого-эволюционной оценки структуры и функции генома и транскриптома при развитии адаптаций и анализа экспрессии генов. Также melen применены и классические методы молекулярной биологии биохимии и физиологии у ключевых видов байкальских литоральных амфипод и потенциального вида-вселенца Gammarus lacustris. При помощи перечисленных методов будут определены нижние температурные пороги перехода исследуемых видов в состояние оцепенения, выявлены стратегии холодовой адаптации и аклимации у изучаемых видов, определены белковые механизмы, отвечающие за высокую физиологическую активность при низких температурах. Межпопуляционные вариации адаптивных стратегий будут прослежены на нескольких уровнях биологической организации для оценки скорости развития. Результаты исследования будут иметь огромную фундаментальную и прикладную значимость в изучении эволюционного развития адаптации у гидробионтов
и позволят предсказать допустимые пределы изменений факторов окружающей среды для фауны озера Байкал. Это необходимо для корректного прогнозирования состояния этой уникальной экосистемы в ближайшем будущем.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1. Гурков А.Н., Борвинская Е.В., Щапова Е.П., Меглинский И.В., Тимофеев М.А. Application of microencapsulated fluorescent probe SNARF-1 for pH monitoring in circulatory system of fishes and crustaceans in vivo e-Book of Abstracts of the 3rd School on Advanced Fluorescence Imaging Methods (ADFLIM), P. 12 (год публикации - 2018)
2. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible key to the uniqueness of Lake Baikal endemic amphipods European Large Lakes Symposium – IAGLR (International Association of Great Lakes Research) “Big lakes small world”, P. 102-103 (год публикации - 2018)
3. Дроздова П., Мадьярова Е., Димова М., Верещагина К., Гурков А., Адельшин Р., Тимофеев М. The diversity of microsporidian parasites infecting the Holarctic amphipod Gammarus lacustris Sars, 1863 from the Lake Baikal region is dominated by the genus Dictyocoela Parasitology Research (год публикации - 2019)
4. Дроздова П., Бедулина Д., Мадьярова Е., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П., Люкенбах Т., Тимофеев М. A novel type of inducible heat shock protein (Hsp) 70 transcripts found in Baikal endemic amphipods PLOS Genetics (год публикации - 2019)
5. Бедулина Д.С., Карнаухов Д.Ю., Гурков А.Н., Тимофеев М.А. Changes in communities of amphipods in the upper littoral zone of Lake Baikal Journal of Great Lakes Research (год публикации - 2019)
6.
Гурков А., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Фернандез Касас И., Михаэль Х., Дроздова П., Назарова А., Говорухина Е., Тимофеев М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т.
Indication of ongoing amphipod speciation in Lake Baikal by genetic structures within endemic species
BMC Evolutionary Biology, V. 19, No article 138, doi:10.1186/s12862-019-1470-8 (год публикации - 2019)
10.1186/s12862-019-1470-8
7.
Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Шрейбер Ш., Аксенов-Грибанов Д., Гурков А., Шатилина Ж., Верещагина К., Лубяга Ю., Мадьярова Е., Отто К., Джулинг Ф., Буш В., Якоб Л., Люкассен М., ... Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф.
Comparison between transcriptomic responses to short-term stress exposures of a common Holarctic and endemic Lake Baikal amphipods
BMC Genomics, V. 20, Is. 1. P. 1-14. article number 712 (год публикации - 2019)
10.1186/s12864-019-6024-3
8.
Кочнева А., Дроздова П., Борвинская Е.
The first transcriptomic resource for the flatworm Triaenophorus nodulosus (Cestoda: Bothriocephalidea), a common parasite of holarctic freshwater fish
Marine Genomics (год публикации - 2020)
10.1016/j.margen.2019.100702
9.
Шатилина Ж., Дроздова П., Бедулина Д., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Отто К., Джулинг Ф., Аулхорн З., Буш В., Лубяга Ю., Кондратьева Е., Побежимова Т., Якоб Л., ... Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.
Transcriptome-level effects of the model organic pollutant phenanthrene and its solvent acetone in three amphipod species
Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics, V. 33, article number 100630 (год публикации - 2020)
10.1016/j.cbd.2019.100630
10. Щапова Е.П., Назарова А.А., Гурков А.Н., Дмитриев И.А. Имплантируемые полиэлектролитные микросенсоры как инструмент для прижизненной динамической диагностики физиологического состояния ракообразных и оценка их влияния на организм Международный научный форум “Ломоносов” 2019, Москва Россия, 8-12 апреля 2019, С. 1-2. (год публикации - 2019)
11. Дроздова П.Б., Бедулина Д.С., Мадьярова Е.В., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А. The Diversity Of Heat Shock Protein (Hsp) 70 Transcripts In Lake Baikal Endemic Amphipods Тезисы докладов VII съезда ВОГиС, 18–22 июня 2019 г., Санкт-Петербург, С. 208 (год публикации - 2019)
12. Дроздова П.Б. Детальная характеристика генома Eulimnogammarus verrucosus Сборник материалов научного семинара стипендиатов программ «Михаил Ломоносов» и «Иммануил Кант» 2018-2019 года №15 (2019) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD), № 15, С. 75-80. (год публикации - 2019)
13. Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д.С., Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф. Transcriptional profiles and differential exposure in response to abiotic stressors in endemic Lake Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to that in a common Holarctic species Gammarus lacustris Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019., C. 36 (год публикации - 2019)
14. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Мутин А.Д., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible advantage of Lake Baikal endemic amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to a potential invader Gammarus lacustri Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019, P. 73 (год публикации - 2019)
15. Верещагина К.П. Поиск и выделение антифризных белков, обладающих криопротекторными свойствами, у представителей экстремофильной эндемичной фауны амфипод оз. Байкал III Международная научная конференция «Наука будущего» и IV Всероссийский форум «Наука будущего – наука молодых», 14-17 мая 2019, Сочи (год публикации - 2019)
16.
Лубяга Ю.А., Трифонова М.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., Мадьярова Е.В., Аксенов-Грибанов Д.В., Курашов Е.А., Верещагина К.П., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А.
Invader amphipods Gmelinoides fasciatus (Stebbing, 1899) inhabiting distant waterbodies demonstrate differences in tolerance and energy metabolism under elevated temperatures
Journal of Great Lakes Research, V. 46, P. 899-909 (год публикации - 2020)
10.1016/j.jglr.2020.05.011
17. Широкова Ю.А., Хомич А.С., Мадьярова Е.В., Ларина О.А., Мутин А.Д., Саранчина А.Е., Шатилина Ж.М. Reaction of energetic metabolism and antioxidant enzymes to hypoxia and reoxygenation in deep water amphipods Ommatogammarus carneolus melanophthalmus from Lake Baikal Journal of Stress Physiology and Biochemistry, Vol. 16, N 1. P. 21-30. (год публикации - 2020)
18.
Озерски Т., Наков Т., Хэмптон С.И., Роденхаус Н.Л., Щапов К., Ву К.Х., Райт К., Пислегина Е.В., Изместьева Л.Р., Зилов Е.А., Тимофеев М.А., Мур М.В.
Hot and sick? Impacts of warming and oomycete parasite on dominant zooplankter of Lake Baikal
Limnology and Oceanography, Номер статьи 11550 (год публикации - 2020)
10.1002/lno.11550
19.
Бедулина Д.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., вон Берген М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А., Кальхоф С.
Proteomics reveals sex-specific heat shock response of Baikal amphipod Eulimnogammarus cyaneus
Science of The Total Environment, номер статьи 143008 (год публикации - 2020)
10.1016/j.scitotenv.2020.143008
20. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М. А. Влияние длительной акклимации при пониженных температурах на физиологические параметры байкальских эндемичных и голарктических амфипод БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020., С. 302 (год публикации - 2020)
21. Ржечицкий Я.А., Гурков А.Н., Ларина О.А., Емшанова В.А., Шатилина Ж.М.,Тимофеев М.А. Изменения биохимических и физиологических параметров у байкальских эндемичных и голарктических амфипод при воздействии гипероксических условий БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020, С. 306 (год публикации - 2020)
22. Верещагина К.П. Сравнительное исследование экспрессия генов неспецифического стресс-ответа и энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях повышения температуры Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2020» [Электронный ресурс] / Отв.ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов, Е.А. Антипов. – Электрон. текстовые дан. (1500 Мб.) – М.: МАКС Пресс, 2020., С. 1 (год публикации - 2020)
23. Щапова Е.П., Верещагина К.П., Тимофеев М.А., Люкассен М. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях длительной акклимации к температурам, отличным от предпочитаемых Сборник материалов по результатов исследовательских стажировок в рамках программ “Михаил Ломоносов” и “Иммануил Кант” 2019-2020 года. № 16 (2020) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD). - М.: ФЛИНТА, 2020., С. 206-208 (год публикации - 2020)
24.
Назарова А.А., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Мутин А.Д., Тимофеев М.А.
First steps to obtaining primary cell cultures of different tissues of endemic Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 805-806 (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-805
25.
Широкова Ю.А., Мадьярова Е.В., Шатилина Ж.М., Шматов Ф.М., Тимофеев М.А.
Reaction of inducible hsp70 form on different environmental conditions in Ommatogammarus flavus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 816-817. (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-816
26. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М.А. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях постепенного повышения температуры Гены & Клетки, Т. XV, № 3, приложение (VII МОЛОДЁЖНАЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦИЯ По молекулярной и клеточной биологии). – 2020: Сб. тез. / Институт цитологии РАН. – Санкт-Петербург: изд., 12-15 октября 2020. С. 143. (год публикации - 2020)
27. Мадьярова Е.В., Широкова Ю.А., Лубяга Ю.А., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А. Биохимический профиль двух байкальских эндемичных эврибатных видов амфипод рода Ommatogammarus Физиолого-биохимические и молекулярно-генетические механизмы адаптаций гидробионтов: тезисы докладов Второй Всероссийской конференции с международным участием [Борок, 24–28 октября 2020 г.] / Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина РАН, С. 33 (год публикации - 2020)
28. Саранчина А.Е., Бедулина Д.С. Протеомный стресс-ответ различных частей тела эндемичных байкальских амфипод Eulimnogammarus verrucosus на воздействие абиотических стрессовых факторов VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 549-550 (год публикации - 2020)
29. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Л. Якоб, Бедулина Д. С., М. Лукассен, Тимофеев М. А. Влияние постепенного повышения температуры на экспрессию генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 509-510 (год публикации - 2020)
30. Мадьярова Е.В., Дроздова П.Б., Димова М.Д., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Адельшин Р.В., Тимофеев М.А. Генетическое разнообразие микроспоридий голарктического вида амфипод Gammarus lacustris из водоемов Байкальского региона VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 489-490. (год публикации - 2020)
31. Гаттер Т., вон Лёнейсен С., Дроздова П., Хартманн Т., Штадлер П.Ф. Economic Genome Assembly from Low Coverage Illumina and Nanopore Data Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), V. 172. Article No 10, P. 10:1-10:22 (год публикации - 2020)
32. Озерова Ю., Дроздова П., Бедулина Д., Липаева П. Metatranscriptome analysis of an endemic Lake Baikal amphipod microbiome Bioinformatics: from Algorithms to Applications 2020 (BIATA 2020). July 27–28, 2020. Saint Petersburg., Постер (год публикации - 2020)
Публикации
1. Гурков А.Н., Борвинская Е.В., Щапова Е.П., Меглинский И.В., Тимофеев М.А. Application of microencapsulated fluorescent probe SNARF-1 for pH monitoring in circulatory system of fishes and crustaceans in vivo e-Book of Abstracts of the 3rd School on Advanced Fluorescence Imaging Methods (ADFLIM), P. 12 (год публикации - 2018)
2. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible key to the uniqueness of Lake Baikal endemic amphipods European Large Lakes Symposium – IAGLR (International Association of Great Lakes Research) “Big lakes small world”, P. 102-103 (год публикации - 2018)
3. Дроздова П., Мадьярова Е., Димова М., Верещагина К., Гурков А., Адельшин Р., Тимофеев М. The diversity of microsporidian parasites infecting the Holarctic amphipod Gammarus lacustris Sars, 1863 from the Lake Baikal region is dominated by the genus Dictyocoela Parasitology Research (год публикации - 2019)
4. Дроздова П., Бедулина Д., Мадьярова Е., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П., Люкенбах Т., Тимофеев М. A novel type of inducible heat shock protein (Hsp) 70 transcripts found in Baikal endemic amphipods PLOS Genetics (год публикации - 2019)
5. Бедулина Д.С., Карнаухов Д.Ю., Гурков А.Н., Тимофеев М.А. Changes in communities of amphipods in the upper littoral zone of Lake Baikal Journal of Great Lakes Research (год публикации - 2019)
6.
Гурков А., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Фернандез Касас И., Михаэль Х., Дроздова П., Назарова А., Говорухина Е., Тимофеев М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т.
Indication of ongoing amphipod speciation in Lake Baikal by genetic structures within endemic species
BMC Evolutionary Biology, V. 19, No article 138, doi:10.1186/s12862-019-1470-8 (год публикации - 2019)
10.1186/s12862-019-1470-8
7.
Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Шрейбер Ш., Аксенов-Грибанов Д., Гурков А., Шатилина Ж., Верещагина К., Лубяга Ю., Мадьярова Е., Отто К., Джулинг Ф., Буш В., Якоб Л., Люкассен М., ... Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф.
Comparison between transcriptomic responses to short-term stress exposures of a common Holarctic and endemic Lake Baikal amphipods
BMC Genomics, V. 20, Is. 1. P. 1-14. article number 712 (год публикации - 2019)
10.1186/s12864-019-6024-3
8.
Кочнева А., Дроздова П., Борвинская Е.
The first transcriptomic resource for the flatworm Triaenophorus nodulosus (Cestoda: Bothriocephalidea), a common parasite of holarctic freshwater fish
Marine Genomics (год публикации - 2020)
10.1016/j.margen.2019.100702
9.
Шатилина Ж., Дроздова П., Бедулина Д., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Отто К., Джулинг Ф., Аулхорн З., Буш В., Лубяга Ю., Кондратьева Е., Побежимова Т., Якоб Л., ... Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.
Transcriptome-level effects of the model organic pollutant phenanthrene and its solvent acetone in three amphipod species
Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics, V. 33, article number 100630 (год публикации - 2020)
10.1016/j.cbd.2019.100630
10. Щапова Е.П., Назарова А.А., Гурков А.Н., Дмитриев И.А. Имплантируемые полиэлектролитные микросенсоры как инструмент для прижизненной динамической диагностики физиологического состояния ракообразных и оценка их влияния на организм Международный научный форум “Ломоносов” 2019, Москва Россия, 8-12 апреля 2019, С. 1-2. (год публикации - 2019)
11. Дроздова П.Б., Бедулина Д.С., Мадьярова Е.В., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А. The Diversity Of Heat Shock Protein (Hsp) 70 Transcripts In Lake Baikal Endemic Amphipods Тезисы докладов VII съезда ВОГиС, 18–22 июня 2019 г., Санкт-Петербург, С. 208 (год публикации - 2019)
12. Дроздова П.Б. Детальная характеристика генома Eulimnogammarus verrucosus Сборник материалов научного семинара стипендиатов программ «Михаил Ломоносов» и «Иммануил Кант» 2018-2019 года №15 (2019) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD), № 15, С. 75-80. (год публикации - 2019)
13. Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д.С., Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф. Transcriptional profiles and differential exposure in response to abiotic stressors in endemic Lake Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to that in a common Holarctic species Gammarus lacustris Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019., C. 36 (год публикации - 2019)
14. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Мутин А.Д., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible advantage of Lake Baikal endemic amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to a potential invader Gammarus lacustri Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019, P. 73 (год публикации - 2019)
15. Верещагина К.П. Поиск и выделение антифризных белков, обладающих криопротекторными свойствами, у представителей экстремофильной эндемичной фауны амфипод оз. Байкал III Международная научная конференция «Наука будущего» и IV Всероссийский форум «Наука будущего – наука молодых», 14-17 мая 2019, Сочи (год публикации - 2019)
16.
Лубяга Ю.А., Трифонова М.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., Мадьярова Е.В., Аксенов-Грибанов Д.В., Курашов Е.А., Верещагина К.П., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А.
Invader amphipods Gmelinoides fasciatus (Stebbing, 1899) inhabiting distant waterbodies demonstrate differences in tolerance and energy metabolism under elevated temperatures
Journal of Great Lakes Research, V. 46, P. 899-909 (год публикации - 2020)
10.1016/j.jglr.2020.05.011
17. Широкова Ю.А., Хомич А.С., Мадьярова Е.В., Ларина О.А., Мутин А.Д., Саранчина А.Е., Шатилина Ж.М. Reaction of energetic metabolism and antioxidant enzymes to hypoxia and reoxygenation in deep water amphipods Ommatogammarus carneolus melanophthalmus from Lake Baikal Journal of Stress Physiology and Biochemistry, Vol. 16, N 1. P. 21-30. (год публикации - 2020)
18.
Озерски Т., Наков Т., Хэмптон С.И., Роденхаус Н.Л., Щапов К., Ву К.Х., Райт К., Пислегина Е.В., Изместьева Л.Р., Зилов Е.А., Тимофеев М.А., Мур М.В.
Hot and sick? Impacts of warming and oomycete parasite on dominant zooplankter of Lake Baikal
Limnology and Oceanography, Номер статьи 11550 (год публикации - 2020)
10.1002/lno.11550
19.
Бедулина Д.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., вон Берген М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А., Кальхоф С.
Proteomics reveals sex-specific heat shock response of Baikal amphipod Eulimnogammarus cyaneus
Science of The Total Environment, номер статьи 143008 (год публикации - 2020)
10.1016/j.scitotenv.2020.143008
20. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М. А. Влияние длительной акклимации при пониженных температурах на физиологические параметры байкальских эндемичных и голарктических амфипод БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020., С. 302 (год публикации - 2020)
21. Ржечицкий Я.А., Гурков А.Н., Ларина О.А., Емшанова В.А., Шатилина Ж.М.,Тимофеев М.А. Изменения биохимических и физиологических параметров у байкальских эндемичных и голарктических амфипод при воздействии гипероксических условий БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020, С. 306 (год публикации - 2020)
22. Верещагина К.П. Сравнительное исследование экспрессия генов неспецифического стресс-ответа и энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях повышения температуры Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2020» [Электронный ресурс] / Отв.ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов, Е.А. Антипов. – Электрон. текстовые дан. (1500 Мб.) – М.: МАКС Пресс, 2020., С. 1 (год публикации - 2020)
23. Щапова Е.П., Верещагина К.П., Тимофеев М.А., Люкассен М. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях длительной акклимации к температурам, отличным от предпочитаемых Сборник материалов по результатов исследовательских стажировок в рамках программ “Михаил Ломоносов” и “Иммануил Кант” 2019-2020 года. № 16 (2020) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD). - М.: ФЛИНТА, 2020., С. 206-208 (год публикации - 2020)
24.
Назарова А.А., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Мутин А.Д., Тимофеев М.А.
First steps to obtaining primary cell cultures of different tissues of endemic Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 805-806 (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-805
25.
Широкова Ю.А., Мадьярова Е.В., Шатилина Ж.М., Шматов Ф.М., Тимофеев М.А.
Reaction of inducible hsp70 form on different environmental conditions in Ommatogammarus flavus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 816-817. (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-816
26. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М.А. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях постепенного повышения температуры Гены & Клетки, Т. XV, № 3, приложение (VII МОЛОДЁЖНАЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦИЯ По молекулярной и клеточной биологии). – 2020: Сб. тез. / Институт цитологии РАН. – Санкт-Петербург: изд., 12-15 октября 2020. С. 143. (год публикации - 2020)
27. Мадьярова Е.В., Широкова Ю.А., Лубяга Ю.А., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А. Биохимический профиль двух байкальских эндемичных эврибатных видов амфипод рода Ommatogammarus Физиолого-биохимические и молекулярно-генетические механизмы адаптаций гидробионтов: тезисы докладов Второй Всероссийской конференции с международным участием [Борок, 24–28 октября 2020 г.] / Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина РАН, С. 33 (год публикации - 2020)
28. Саранчина А.Е., Бедулина Д.С. Протеомный стресс-ответ различных частей тела эндемичных байкальских амфипод Eulimnogammarus verrucosus на воздействие абиотических стрессовых факторов VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 549-550 (год публикации - 2020)
29. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Л. Якоб, Бедулина Д. С., М. Лукассен, Тимофеев М. А. Влияние постепенного повышения температуры на экспрессию генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 509-510 (год публикации - 2020)
30. Мадьярова Е.В., Дроздова П.Б., Димова М.Д., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Адельшин Р.В., Тимофеев М.А. Генетическое разнообразие микроспоридий голарктического вида амфипод Gammarus lacustris из водоемов Байкальского региона VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 489-490. (год публикации - 2020)
31. Гаттер Т., вон Лёнейсен С., Дроздова П., Хартманн Т., Штадлер П.Ф. Economic Genome Assembly from Low Coverage Illumina and Nanopore Data Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), V. 172. Article No 10, P. 10:1-10:22 (год публикации - 2020)
32. Озерова Ю., Дроздова П., Бедулина Д., Липаева П. Metatranscriptome analysis of an endemic Lake Baikal amphipod microbiome Bioinformatics: from Algorithms to Applications 2020 (BIATA 2020). July 27–28, 2020. Saint Petersburg., Постер (год публикации - 2020)
Публикации
1. Гурков А.Н., Борвинская Е.В., Щапова Е.П., Меглинский И.В., Тимофеев М.А. Application of microencapsulated fluorescent probe SNARF-1 for pH monitoring in circulatory system of fishes and crustaceans in vivo e-Book of Abstracts of the 3rd School on Advanced Fluorescence Imaging Methods (ADFLIM), P. 12 (год публикации - 2018)
2. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible key to the uniqueness of Lake Baikal endemic amphipods European Large Lakes Symposium – IAGLR (International Association of Great Lakes Research) “Big lakes small world”, P. 102-103 (год публикации - 2018)
3. Дроздова П., Мадьярова Е., Димова М., Верещагина К., Гурков А., Адельшин Р., Тимофеев М. The diversity of microsporidian parasites infecting the Holarctic amphipod Gammarus lacustris Sars, 1863 from the Lake Baikal region is dominated by the genus Dictyocoela Parasitology Research (год публикации - 2019)
4. Дроздова П., Бедулина Д., Мадьярова Е., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П., Люкенбах Т., Тимофеев М. A novel type of inducible heat shock protein (Hsp) 70 transcripts found in Baikal endemic amphipods PLOS Genetics (год публикации - 2019)
5. Бедулина Д.С., Карнаухов Д.Ю., Гурков А.Н., Тимофеев М.А. Changes in communities of amphipods in the upper littoral zone of Lake Baikal Journal of Great Lakes Research (год публикации - 2019)
6.
Гурков А., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Фернандез Касас И., Михаэль Х., Дроздова П., Назарова А., Говорухина Е., Тимофеев М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т.
Indication of ongoing amphipod speciation in Lake Baikal by genetic structures within endemic species
BMC Evolutionary Biology, V. 19, No article 138, doi:10.1186/s12862-019-1470-8 (год публикации - 2019)
10.1186/s12862-019-1470-8
7.
Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д., Шрейбер Ш., Аксенов-Грибанов Д., Гурков А., Шатилина Ж., Верещагина К., Лубяга Ю., Мадьярова Е., Отто К., Джулинг Ф., Буш В., Якоб Л., Люкассен М., ... Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф.
Comparison between transcriptomic responses to short-term stress exposures of a common Holarctic and endemic Lake Baikal amphipods
BMC Genomics, V. 20, Is. 1. P. 1-14. article number 712 (год публикации - 2019)
10.1186/s12864-019-6024-3
8.
Кочнева А., Дроздова П., Борвинская Е.
The first transcriptomic resource for the flatworm Triaenophorus nodulosus (Cestoda: Bothriocephalidea), a common parasite of holarctic freshwater fish
Marine Genomics (год публикации - 2020)
10.1016/j.margen.2019.100702
9.
Шатилина Ж., Дроздова П., Бедулина Д., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Отто К., Джулинг Ф., Аулхорн З., Буш В., Лубяга Ю., Кондратьева Е., Побежимова Т., Якоб Л., ... Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.
Transcriptome-level effects of the model organic pollutant phenanthrene and its solvent acetone in three amphipod species
Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics, V. 33, article number 100630 (год публикации - 2020)
10.1016/j.cbd.2019.100630
10. Щапова Е.П., Назарова А.А., Гурков А.Н., Дмитриев И.А. Имплантируемые полиэлектролитные микросенсоры как инструмент для прижизненной динамической диагностики физиологического состояния ракообразных и оценка их влияния на организм Международный научный форум “Ломоносов” 2019, Москва Россия, 8-12 апреля 2019, С. 1-2. (год публикации - 2019)
11. Дроздова П.Б., Бедулина Д.С., Мадьярова Е.В., Риварола-Дуарте Л., Шрейбер Ш., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А. The Diversity Of Heat Shock Protein (Hsp) 70 Transcripts In Lake Baikal Endemic Amphipods Тезисы докладов VII съезда ВОГиС, 18–22 июня 2019 г., Санкт-Петербург, С. 208 (год публикации - 2019)
12. Дроздова П.Б. Детальная характеристика генома Eulimnogammarus verrucosus Сборник материалов научного семинара стипендиатов программ «Михаил Ломоносов» и «Иммануил Кант» 2018-2019 года №15 (2019) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD), № 15, С. 75-80. (год публикации - 2019)
13. Дроздова П., Риварола-Дуарте Л., Бедулина Д.С., Люкенбах Т., Тимофеев М., Штадлер П.Ф. Transcriptional profiles and differential exposure in response to abiotic stressors in endemic Lake Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to that in a common Holarctic species Gammarus lacustris Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019., C. 36 (год публикации - 2019)
14. Верещагина К.П., Кондратьева Е.С., Мутин А.Д., Аксенов-Грибанов Д.В., Мадьярова Е.В., Тимофеев М.А. Adaptation to cold as a possible advantage of Lake Baikal endemic amphipods Eulimnogammarus verrucosus and E. cyaneus compared to a potential invader Gammarus lacustri Book of abstracts. 18th International Colloquium on Amphipoda (ICA). Dijon (France), 26-30 August 2019, P. 73 (год публикации - 2019)
15. Верещагина К.П. Поиск и выделение антифризных белков, обладающих криопротекторными свойствами, у представителей экстремофильной эндемичной фауны амфипод оз. Байкал III Международная научная конференция «Наука будущего» и IV Всероссийский форум «Наука будущего – наука молодых», 14-17 мая 2019, Сочи (год публикации - 2019)
16.
Лубяга Ю.А., Трифонова М.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., Мадьярова Е.В., Аксенов-Грибанов Д.В., Курашов Е.А., Верещагина К.П., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А.
Invader amphipods Gmelinoides fasciatus (Stebbing, 1899) inhabiting distant waterbodies demonstrate differences in tolerance and energy metabolism under elevated temperatures
Journal of Great Lakes Research, V. 46, P. 899-909 (год публикации - 2020)
10.1016/j.jglr.2020.05.011
17. Широкова Ю.А., Хомич А.С., Мадьярова Е.В., Ларина О.А., Мутин А.Д., Саранчина А.Е., Шатилина Ж.М. Reaction of energetic metabolism and antioxidant enzymes to hypoxia and reoxygenation in deep water amphipods Ommatogammarus carneolus melanophthalmus from Lake Baikal Journal of Stress Physiology and Biochemistry, Vol. 16, N 1. P. 21-30. (год публикации - 2020)
18.
Озерски Т., Наков Т., Хэмптон С.И., Роденхаус Н.Л., Щапов К., Ву К.Х., Райт К., Пислегина Е.В., Изместьева Л.Р., Зилов Е.А., Тимофеев М.А., Мур М.В.
Hot and sick? Impacts of warming and oomycete parasite on dominant zooplankter of Lake Baikal
Limnology and Oceanography, Номер статьи 11550 (год публикации - 2020)
10.1002/lno.11550
19.
Бедулина Д.С., Дроздова П.Б., Гурков А.Н., вон Берген М., Штадлер П.Ф., Люкенбах Т., Тимофеев М.А., Кальхоф С.
Proteomics reveals sex-specific heat shock response of Baikal amphipod Eulimnogammarus cyaneus
Science of The Total Environment, номер статьи 143008 (год публикации - 2020)
10.1016/j.scitotenv.2020.143008
20. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М. А. Влияние длительной акклимации при пониженных температурах на физиологические параметры байкальских эндемичных и голарктических амфипод БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020., С. 302 (год публикации - 2020)
21. Ржечицкий Я.А., Гурков А.Н., Ларина О.А., Емшанова В.А., Шатилина Ж.М.,Тимофеев М.А. Изменения биохимических и физиологических параметров у байкальских эндемичных и голарктических амфипод при воздействии гипероксических условий БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА: 24-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых. 2020, Пущино. Сборник тезисов, 2020, С. 306 (год публикации - 2020)
22. Верещагина К.П. Сравнительное исследование экспрессия генов неспецифического стресс-ответа и энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях повышения температуры Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2020» [Электронный ресурс] / Отв.ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов, Е.А. Антипов. – Электрон. текстовые дан. (1500 Мб.) – М.: МАКС Пресс, 2020., С. 1 (год публикации - 2020)
23. Щапова Е.П., Верещагина К.П., Тимофеев М.А., Люкассен М. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях длительной акклимации к температурам, отличным от предпочитаемых Сборник материалов по результатов исследовательских стажировок в рамках программ “Михаил Ломоносов” и “Иммануил Кант” 2019-2020 года. № 16 (2020) : сборник статей / Германская служба академических обменов (DAAD). - М.: ФЛИНТА, 2020., С. 206-208 (год публикации - 2020)
24.
Назарова А.А., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Мутин А.Д., Тимофеев М.А.
First steps to obtaining primary cell cultures of different tissues of endemic Baikal amphipods Eulimnogammarus verrucosus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 805-806 (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-805
25.
Широкова Ю.А., Мадьярова Е.В., Шатилина Ж.М., Шматов Ф.М., Тимофеев М.А.
Reaction of inducible hsp70 form on different environmental conditions in Ommatogammarus flavus
Limnology and Freshwater Biology. SI “The VII-th Vereshchagin Baikal Conference”, No 4. P. 816-817. (год публикации - 2020)
10.31951/2658-3518-2020-A-4-816
26. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Гурков А. Н., Тимофеев М.А. Экспрессия генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод в условиях постепенного повышения температуры Гены & Клетки, Т. XV, № 3, приложение (VII МОЛОДЁЖНАЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦИЯ По молекулярной и клеточной биологии). – 2020: Сб. тез. / Институт цитологии РАН. – Санкт-Петербург: изд., 12-15 октября 2020. С. 143. (год публикации - 2020)
27. Мадьярова Е.В., Широкова Ю.А., Лубяга Ю.А., Шатилина Ж.М., Тимофеев М.А. Биохимический профиль двух байкальских эндемичных эврибатных видов амфипод рода Ommatogammarus Физиолого-биохимические и молекулярно-генетические механизмы адаптаций гидробионтов: тезисы докладов Второй Всероссийской конференции с международным участием [Борок, 24–28 октября 2020 г.] / Институт биологии внутренних вод им. И. Д. Папанина РАН, С. 33 (год публикации - 2020)
28. Саранчина А.Е., Бедулина Д.С. Протеомный стресс-ответ различных частей тела эндемичных байкальских амфипод Eulimnogammarus verrucosus на воздействие абиотических стрессовых факторов VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 549-550 (год публикации - 2020)
29. Мутин А. Д., Верещагина К. П., Л. Якоб, Бедулина Д. С., М. Лукассен, Тимофеев М. А. Влияние постепенного повышения температуры на экспрессию генов энергетического метаболизма байкальских эндемичных и голарктических амфипод VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 509-510 (год публикации - 2020)
30. Мадьярова Е.В., Дроздова П.Б., Димова М.Д., Гурков А.Н., Верещагина К.П., Адельшин Р.В., Тимофеев М.А. Генетическое разнообразие микроспоридий голарктического вида амфипод Gammarus lacustris из водоемов Байкальского региона VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2020:cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово», Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2020. С. 489-490. (год публикации - 2020)
31. Гаттер Т., вон Лёнейсен С., Дроздова П., Хартманн Т., Штадлер П.Ф. Economic Genome Assembly from Low Coverage Illumina and Nanopore Data Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), V. 172. Article No 10, P. 10:1-10:22 (год публикации - 2020)
32. Озерова Ю., Дроздова П., Бедулина Д., Липаева П. Metatranscriptome analysis of an endemic Lake Baikal amphipod microbiome Bioinformatics: from Algorithms to Applications 2020 (BIATA 2020). July 27–28, 2020. Saint Petersburg., Постер (год публикации - 2020)