КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер 17-14-01189

НазваниеИзучение роли длинных некодирующих РНК в формировании протеома растительной клетки

РуководительФесенко Игорь Александрович, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ

2017 г. - 2019 г.

, продлен на 2020 - 2021. Карточка проекта продления (ссылка)

Конкурс№18 - Конкурс 2017 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-207 - Системная биология; биоинформатика

Ключевые словадлиные некодирующие РНК, протеом, пептиды, тандемные повторы, масс спектрометрия, мох Physcomitrella patens

Код ГРНТИ34.15.00

СтатусУспешно завершен

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Современные технологии транскриптомного и протеомного профилирования изменили наше представление о структуре и функционировании генома, а также формировании протеома эукариот. Одним из сенсационных открытий последнего времени в области геномики является то, что транскрипция генома эукариот выходит далеко за рамки белок-кодирующих генов. Так, результаты пилотного проекта ENCODE (ENCODE Project Consortium, Nature, 2012) свидетельствуют о том, что 80% генома человека транскрибируется, в то время как только 2% генома были ранее аннотированы как белок-кодирующие гены. Исследования, проведённые на модельных объектах показывают, что транскрипционный ландшафт эукариотических клеток сложен и гетерогенен, а основную его часть составляют РНК, не кодирующие белки. Один из типов некодирующих РНК - длинные некодирующие РНК (длнкРНК), длиной более 200 н. и не содержащие открытых рамок считывания (ORF), представляют особый интерес. У человека, к настоящему времени, показана роль длнкРНК в разнообразных биологических процессах, таких как регуляция транскрипции и трансляции, пост-транскрипционные и пост-трансляционные модификации, импринтинг, канцерогенез, образование гетерохроматина, функционирование центромеры и теломеры (Geisler and Coller, Nature reviews Molecular cell biology, 2013; Bhat et al., Non-coding RNA Research, 2016). В последние годы с использованием методов высокопроизводительного секвенирования были идентифицированы десятки тысячи длнкРНК растений (Xuan et al., 2015; Gallart et al., 2015). Однако, из этого длинного списка длнкРНК, функциональная роль и механизм действия был исследован только для небольшого числа примеров (Li et at., 2015). Например, регуляция локуса FLOWERING LOCUS C (FLC) арабидопсиса, участвующего в яровизации, регулируется двумя длнкРНК – COOLAIR и COLDAIR (Heo et al, Science 2011). Остаются без ясного ответа вопросы о роли длнкРНК растений в кодировании регуляторных пептидов, функционировании центромеры и формировании гетерохроматина, регуляции экспрессии генов у растений. Показано, что длнкРНК могут содержать короткие рамки считывания (sORFs, <300 н.) и кодировать биологически активные пептиды (Smith et al., Cell report, 2014). Например, pri пептиды, кодируемых sORFs, расположенными на длнкРНК tarsal less/polished rice/mittle-pattes, участвуют в контроле морфогенеза у родов Drosophila и Tribolium. При этом данные рибосомного профилирования и доказательства давления отбора на аминокислотном уровне на sORFs длнкРНК свидетельствуют о том, что число пептидов, транслируемых в клетке с длнкРНК может быть значительным (Ji et al., eLife, 2015). Скудные знания о таких пептидах обусловлены как низкой представленностью пептидов длнкРНК в клетках, так и возможным коротким периодом их жизни. Именно поэтому протеомные и пептидомные подходы представляют особый интерес для исследователей в изучении функции длнкРНК. В последние годы, был обнаружен еще один тип длнкРНК, который в том числе влияет и на протеом клетки. ДлнкРНК, содержащая повтор SINEB2, оказалась способна регулировать трансляцию гена UCHL1 (Carrieri et al., 2013). Более ранние исследования свидетельствуют, что длнкРНК, содержащие тандемные и другие средне-и высококопийные повторы генома (п-длнкРНК), способны также влиять и на множество других процессов в клетке (Mariner P. D. et al., Molecular cell, 2008; Gong and Maquat, Nature, 2011; Ling H. et al., Oncogene, 2015; Bersani F, et al. Proc Natl Acad Sci USA, 2015; Tanne A. et al., Proc Natl Acad Sci USA, 2015; Azzalin and Lingner, Trends in cell biology, 2015). В недавнем исследовании показано, что мРНК, содержащие фрагменты геномных повторов, могут являться мишенью для длнкРНК, несущих такие же повторы (Hu et al., Nature Structural & Molecular Biology, 2016). Эти исследования отрывают новые механизмы глобального изменения транскриптома и протеома через п-нкРНК, а следовательно и новые возможности для использования п-нкРНК в практических целях Данный проект будет сфокусирован на двух группах длнкРНК растений, участвующих в формировании протеома клеток: (1) длнкРНК, кодирующие пептиды (пеп-нкРНК) и (2) п-нкРНК, содержащие средне- и высококопийные повторы генома. В качестве объекта исследования будет использовано модельное растение системной биологии - мох, Physcomitrella patens. Он обладает рядом явных преимуществ для функциональных исследований генов, среди которых: 1) простота культивирования в лабораторных условиях, небольшое количество типов клеток; 2) полностью секвенированный, собранный и аннотированный геном размером 500 млн.п.н., доступны данные по эпигенетическим модификациям гистонов и ДНК (Widiez et al., The Plant Journal, 2014). 3) высокая эффективность генетических манипуляций при получении сверхэкспрессии и нокаутов отдельных генов и их сочетаний; 4) быстрая регенерация целых растений из отдельных клеток; 5) оптимизированные протоколы для масс-спектрометрического анализа белков и пептидов (Fesenko et al., 2015, 2016). Впервые, будет проведена глобальная идентифиция пеп-нкРНК растений (на примере мха) и кодируемых ими пептидов. Впервые будет проведён сравнительный геномный и транскриптомный анализ п-нкРНК растений (на примере данных мха, риса, кукурузы и арабидопсиса). Впервые для растений будут получены данные по взаимодействию пеп-нкРНК и п-нкРНК с протеин-кодирующими мРНК. Анализ пептидома позволит идентифицировать пептиды, транслирующиеся с длнкРНК, а созданные мутантные линии мха позволят приблизиться к пониманию их функции. В рамках проекта будут идентифицированы пеп-нкРНК и п-нк РНК, которые участвуют в стрессовых ответах растения мха и влияют на онтогенез. Эти данные будут получены путём создания нокаутных и сверхэкспрессирующих длнкРНК линий мха и оценке их влияний на прохождение различных этапов онтогенеза и ответных реакций на определённые условия выращивания. Идентифицированные длнкРНК, полученные сведения о функциях некоторых длнкРНК и разработанная методологическая платформа на основе клеток модельного объекта - мха, P. patens, послужат важной основой для дальнейшего изучения длнкРНК растений.

Ожидаемые результаты
На первом этапе проекта, с использованием данных транскрипционного профилирования, полученных нами и другими группами ранее (NCBI, CanatataDB), в транскриптоме мха будут идентифицированы новые длнкРНК. Пополнение баз данных некодирующих РНК растений новыми последовательностями полиаденилированных и не полиаденилированных длнкРНК необходимо для системного изучения их функций в клетке. Для оценки потенциальной роли длнкРНК в онтогенезе мха будут выявлены длнкРНК с различиями в экспрессии в протонеме, протопластах и гаметофорах мха. Для ответа на вопрос о трансляции длнкРНК, будут идентифицированы все открытые рамки считывания длнкРНК, которые в дальнейшем будут использованы для анализа масс-спектрометрических данных. Эти данные послужат основой для идентификации пептидов, транслирующихся с длнкРНК. Впервые, с использованием данных геномного секвенирования будет проведен детальный анализ и аннотация средне- и высококопийных повторов (репитом) в геноме мха, и идентифицированы нуклеотидные последовательности основных типов повторов, установлена их копийность и организация в геноме мха. Благодаря аннотированному репитому и идентифицированным длнкРНК, будут выявлены транскрипты, содержащие повторяющуюся ДНК. Это позволит ответить на вопрос о том, какие семейства повторяющейся ДНК представлены в транскриптоме и как они организованы в рамках транскрипта. Это будет первая работа, выполненная на виде, столь эволюционно удалённом от сосудистых растений, и поэтому результаты будут представлять большой интерес для понимания значения повторяющейся ДНК в эволюции растений. Также, будут проанализированы, полученные нами ранее, данные транскрипционного профилирования не полиаденилированных транскриптов РНК, выделенных из протонемы и протопластов мха и выявлены транскрипты, содержащие повторяющуюся ДНК. На втором этапе, с использованием масс-спектрометрического анализа будут проанализированы пулы эндогенных пептидов, выделенных из гаметофоров и протонемы мха, подвергнутых действию абиотических стрессовых факторов – холод, засуха, низкая температура. Будут идентифицированы пептиды, кодируемые открытыми рамками считывания длнкРНК по данным масс-спектрометрического анализа. Данные результаты важны для ответа на вопрос о кодирующем потенциале и о функциях длнкРНК. Будут отобраны пептиды, кодируемые короткими рамками, которые на следующем этапе будут использованы для оценки их роли в развитии растения с помощью анализа мутантных линий со сверхэкспрессией и нокаута. С использованием цитогенетического анализа будет установлена локализация тандемных и диспергированных повторов на хромосомах мха. На третьем этапе, для оценки представленности пептидов, кодируемых короткими открытыми рамками считывания длнкРНК, будут получены и проанализированы сверхэкспрессирующие или нокаутные мутантные линии мха по отдельным пептидам, кодируемым короткими рамками. На сегодняшний день для растительной клетки получено мало данных о длнкРНК, которые содержат повторяющиеся и мобильные элементы. На этом этапе нами будет оценена экспрессия п-длнкРНК (содержащих повторяющиеся элементы) в клетках, на разных этапах онтогенеза и в условиях стресса. Что позволит судить о спецефичности транскрипции генов п-длнкРНК. Далее будут созданы нокаутные мутантные линии мха по генам наиболее интересных п-длнкРНК и будут получены данные по влиянию п-длнкРНК на онтогенез мха в нормальных и стрессовых условиях. Один из механизмов влияния п-длнкРНК на клетку, показанных для клеток человека, заключается во взаимодействие с другими РНК, несущими схожие повторяюшиеся последовательности, и изменения их сплайсинга или трансляции. Чтобы выявить такие механизмы регуляции у растений, нами будут предсказаны взаимодействия между п-длнкРНК и протеин кодирующими РНК. В результате, будут построены модели функционирования длнкРНК у растений.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Проект “Изучение роли длинных некодирующих РНК в формировании протеома растительной клетки” посвящен функциональному анализу длинных некодирующих РНК (длнкРНК) участвующих в формировании протеома клеток растений. Задачами первого этапа выполнения проекта были идентификация новых полиаденилированных и неполиаденилированных длнкРНК, характеристика репитома (совокупность всех повторов генома) и оптимизация и применение методологической платформы для молекулярно-цитогенетических исследований хромосом на модельном объекте - мох P.patens. Для идентификации как полиаденилированных, так и неполиаденелированных длнкРНК, нами было проведено секвенирование (на секвенаторе HiSeq) тотальной РНК, выделенной из трех типов клеток клеток мха. Нами были идентифицированы 6838 новых полиаденилированных длнкРНК и 330 новых длнкРНК, относящихся к не полиаденилированным транскриптам. Полученные результаты позволили сформировать базу данных последовательностей длнкРНК этих двух типов, которые присутствуют в клетках мха. Для ответа на вопрос о возможной роли длнкРНК в формировании протеома и пептидома клетки, был проведен поиск коротких открытых рамок считывания (sORFs) и найдено в геноме и транскриптоме мха 70095 sORFs с высоким пептид- кодирующим потенциалом, из которых 5745 sORFs были локализованы на длнкРНК. Для идентификации всех возможных повторов генома мха была проведена аннотация репитома (совокупность всех повторяющихся элементов генома). Согласно результатам анализа, значительную часть генома (до 30%) занимают Ty3/Gypsy ретротранспозоны. Проведена подробная аннотация высококопийных потворов. Был разработан подход (пакет программ), который позволил найти 19 тандемных повторов генома мха c длиной мономера от 27 до 217 п.н.. Найдены два высококопийных тандемных повтора, CL13 и CL33, имеющих 81000 и 60000 копий на геном, соответственно. Для лучшего понимания возможной функции повторов в геноме необходимо знать их локализацию на хромосомах. Хромосомы P.patens до этого не были использованы для молекулярно-цитогенетических исследований. Нами впервые были получены препараты митотических (на стадии метафазы и анафазы) и мейотических (пахитена) хромосом P.patens и визуализирована с помощью флуоресцентного микроскопа их структура. Впервые были проведены успешные эксперименты по флуоресцентной in situ гибридизации с пробами на 45S рДНК, теломеру и выделенные тандемный повтор на хромосомах мха и показана их хромосомная локализация. Нами впервые найден хромосом специфичный тандемный повтор мха IKT1 и с помощью оптимизированных методик приготовления препаратов и FISH впервые визуализированы теломеры хромосом мха. На данном этапе проекта были решены все поставленные задачи и получены важные результаты в виде оптимизированных методов молекулярной цитогенетики, пакетов программ для аннотации репитома, наборов последовательностей полиаденилированных и не полиаденилированных длнкРНК, а также аннотированного репитома и идентифицированных тандемных повторов для выполнения последующих этапов проекта.

Публикации

1. Фесенко И.А., Киров И.В., Филиппова А.А. ВЛИЯНИЕ НЕКОДИРУЮЩЕЙ ЧАСТИ ГЕНОМА НА ПЛАСТИЧНОСТЬ ПРОТЕОМА ЭУКАРИОТИЧЕСКОЙ КЛЕТКИ Биоорганическая химия, - (год публикации - 2018)

2. Фесенко И.А., Киров И.В., Князев А.Н., Азаркина Р.А., Мамаева А.С.,Иванов В.Т., Говорун В.М. Короткие открытые рамки считывания у растений: эволюция и анализ пептид-кодирующего потенциала Acta Naturae, Acta Naturae спецвыпуск (год публикации - 2017)

Аннотация результатов, полученных в 2018 году
В рамках проекта было проведено комплексное исследование, направленное на установление связей между длинными некодирующими РНК, репитомом (набор всех повторяющихся элементов клетки) и протеомом/пептидомом растительной клетки. Для этого была разработана программа pyTanFinder (Kirov et al. 2018), для поиска тандемных повторов во фрагментированных геномных данных (https://github.com/Kirovez/pyTanFinder) и был проведён комплексный анализ сателитома (набор тандемно-организованных повторов) мха. Нами впервые для данного модельного объекта была проведена FISH (флюоресцентная гибридизация in situ) на хромосомах и ядрах P.patens, которая позволила отобрать 5 высоко-копийных тандемных повторов. Один из повторов, PpNATR76, локализован в IGS регионе 45S рДНК. Следующей основной точкой на данном этапе была идентификация длинных некодирующих РНК (длнкРНК) и поиск РНК, содержащих геномные повторы (repRNAs). Нами было детектировано 1732 repRNAs. Показано, что наибольшее влияние на транскриптом клетки оказывают Ty3/Gypsy семейство ретротранспозонов, а сами repRNAs включают в себя последовательности LTR, а также широкий спектр последовательностей белковых доменов, из них наиболее часто встречающимися являются интегразы. Таким образом, мы впервые для растений провели всестороннюю оценку влияния репитома на транскриптом и показали существование сотен repRNAs в клетке растений. Одна из repRNAs (длнкРНК PpNATR76, её транскрипция была подтверждена qRT-PCR) содержит геномный тандемный повтор, локализованный в IGS регионе 45S рДНК. PpNATR76 длнкРНК имеет высокое сходство по геномной, эпигеномной и нуклеотидной организации с подобными длнкРНК млекопитающих. Биологическая активность этой длнкРНК будет проверена на следующем этапе проекта. Для более глубокого понимания взаимосвязи между длнкРНК и repRNAs и протеомом клетки было проведено два типа исследований. Во-первых, была построена сеть взаимодействий между длнкРНК и РНК, содержащими повторы, и белок кодирующими мРНК P.patens и найдено 135 случаев комплементарного (в том числе не только канонического) взаимодействия. Полученные данные были сопоставлены с полученными результатами по ко-экспрессии генов и позволили идентифицировать длнкРНК, которые, возможно, функционируют через прямое взаимодействие с белок-кодирующими мРНК, выполняя регуляторную роль в клетки на уровне протеома. Во-вторых, нами был проведён анализ кодирующего потенциала длнкРНК и идентификация коротких открытых рамок считывания с высоким кодирующим потенциалом (lncRNA-sORFs). Было предсказано 5745 коротких открытых рамок считывания (< 300 п.н.). Чтобы экспериментально подтвердить существование в клетке пептидов, кодируемых предсказанными lncRNA-sORFs, мы провели интенсивные масс-спектрометрический анализ пула эндогенных пептидов клеток мха. При этом, для выделения фракции пептидов были использованы растения мха, выращенные как в нормальных условиях, так и под действием стрессовых факторов (гормоны, имитирующие абиотический (салициловая кислота) и биотический стресс (метилжасмонат)). Были найдены доказательства трансляции lncRNA-sORFs. Сформирован список lncRNA-sORFs и их пептидов для дальнейшего функционального анализа. Таким образом, проведённые исследования действительно показывают существование взаимосвязи между длинными некодирующими РНК, репитомом и протеомом/пептидомом растительной клетки. Полученные результаты существенно расширяют базу транслирующихся lncRNA-sORFs растений и потенциальных биоактивных пептидов. На следующем этапе будет экспериментально проверено, используя мутантные линии, биологическая активность пептидов от lncRNA-sORFs и некоторых repRNAs, включая PpNATR76 длнкРНК.

Публикации

1. А.Н. Князев, И.В. Киров, А.С. Мамаева, Д.Д. Харлампиева, В.Г. Згода, В.Н. Лазарев, В.М. Говорун, И.А. Фесенко Поиск функциональных коротких открытых рамок считывания растений на примере модельного объекта Physcomitrella patens Гены и клетки, - (год публикации - 2018)

2. Киров И, Гилёк М, Князев А, Фесенко И Pilot satellitome analysis of the model plant, Physcomitrella patens, revealed a transcribed and high-copy IGS related tandem repeat Comparative Cytogenetics, Ilya Kirov, Marina Gilyok, Andrey Knyazev, Igor Fesenko (2018) Pilot satellitome analysis of the model plant, Physcomitrella patens, revealed a transcribed and high-copy IGS related tandem repeat, Comparative Cytogenetics, 12(4): 493-513 (год публикации - 2018)

3. Фесенко и др. Phytohormone treatment induces generation of cryptic peptides with antimicrobial activity in the Moss Physcomitrella patens BMC Plant Biology, - (год публикации - 2018)

4. Фесенко И, Киров И, Князев А, Мамева А, Иванов В, Говорун В Small open reading frames of plants: trends in evolution and peptide coding capacity FEBS OPEN BIO, - (год публикации - 2018)

5. Киров И, Гилёк М, Князев А, Фесенко И Do repetitive elements diversify plant proteome and peptidome? Abstract book of International plant epigenetics symposium, - (год публикации - 2018)

6. Ляпина И.С., Князев А.Н. ЭФФЕКТИВНОЕ CRISPR-CAS9 РЕДАКТИРОВАНИЕ КОРОТКИХ РАМОК СЧИТЫВАНИЯ НА МОДЕЛЬНОМ ОБЪЕКТЕ PHYSCOMITRELLA PATENS Сборник тезисов, Ляпина И.С., Князев А.Н. (2018) ЭФФЕКТИВНОЕ CRISPR-CAS9 РЕДАКТИРОВАНИЕ КОРОТКИХ РАМОК СЧИТЫВАНИЯ НА МОДЕЛЬНОМ ОБЪЕКТЕ PHYSCOMITRELLA PATENS, сборник тезисов (год публикации - 2018)

7. Мамаева А, Князев А, Киров И, Азаркина Р, Иванов В, Говорун В, Фесенко И A peptide PSEP1 encoded by small open reading frame regulates protonema growth in the moss Physcomitrella patens Abstract book, - (год публикации - 2018)

8. Фесенко И, Киров И, Князев А, Азаркина Р, Мамаева А, Иванов В, Говорун В Distinct types of small open reading frames in plants: trends in evolution and peptide coding capacity Abstract book, - (год публикации - 2018)

Аннотация результатов, полученных в 2019 году
В последние годы было обнаружено, что большое количество РНК, не кодирующих белки, транскрибируются в эукариотических клетках. Предполагается, что часть этих молекул - длинные некодирующие РНК (длнкРНК), содержат короткие рамки считывания, способные кодировать функциональные пептиды (sORF-encoded peptides, SEPs). Хотя было показано, что функционально охарактеризованные SEPs играют фундаментальную роль в некоторых физиологических процессах, короткие рамки исключаются при аннотации геномов и протеомов. Учитывая сложность идентификации транслирующихся, функциональных коротких рамок, мы мало знаем об их происхождении, эволюции и регуляции в геноме. В рамках проекта, в 2019 году проведено комплексное исследование, посвященное выявлению функций пептидов, кодируемых длиными некодирующими РНК. Для этого, была создана коллекция из нескольких десятков мутантных линий мха P.patens со сверхэкспрессией и нокаутом четырех коротких рамкам считывания, лежащим на длинных некодирующих РНК, трансляция которых была подтверждена с помощью. масс-спектрометрического анализа. Для введения точечных мутаций, сдвигающих рамку считывания в кодирующей последовательности использовали технологию CRISPR/Cas9. Поскольку стабильная сверхэкспрессия пептидов может приводить к нарушению в развитии растений и летальности, для создания мутантных линий использовали генетические конструкции как с конститутивным, так и с индуцибельным промоторами. Для одного из пептидов оказалось невозможным получение линий со стабильной сверэкспрессией, а при индукции происходила быстрая гибель клеток. Это позволяет предположить, что в клетке экспрессия некоторых пептидов от коротких рамок считывания строго контролируется. Таким образом, использование различных генетических конструкций для регулируемой экспрессии пептидов, кодируемых короткими рамками оказалось необходимым условием их их изучения. Для исследования фенотипических изменений у линий со сверхэкспрессией/нокаутом отобранных пептидов, анализировали рост полученных мутантных растений мха на твёрдой агаризованной среде. Спектр фенотипических изменений в мутантных линиях указал на важную роль этого типа пептидов/микробелков в регуляции роста и развития растений. Например, сверхэкспрессия пептида PSEP1 приводит к быстрому росту растений, тогда как нокаутная линия по этому пептиду характеризовалась небольшим и транзиентным замедлением роста, а также замедлением скорости старения. Полученные данные позволили нам предположить, что отсутствие чувствительности к абсцизовой кислоте у растений со сверхэкспрессией PSEP1 окажет влияние на устойчивость таких мутантов к стрессовым условиям. Нокаут пептида PSEP25 также приводил к снижению скорости роста и изменению ветвления протонемы, причём линии мха с эстрадиол-индуцируемой сверхэкспрессией этого пептида также росли медленнее, чем растения дикого типа. Интересно, что любые изменения в экспрессии PSEP25 (как сверхэкспрессия, так и нокаут) стимулировали дифференциацию протонемы мха в листостебельные структуры - гаметофоры. Для всестороннего изучения процессов, происходящих на биохимическом уровне при нокауте или сверхэкспрессии пептидов, мы провели протеомный анализ мутантов с использованием меток iTRAQ для квантификации. Наиболее выраженные отличия на протеомном уровне мы наблюдали у линий со сверхэкспрессией (116 меняющихся белков) и нокаутом (76 меняющихся белков) по пептиду PSEP1. Такие данные согласуются с результатами фенотипического анализа, в ходе которого эти же мутантные линии проявляли наибольшие отличия от дикого типа.

Публикации

1. Фесенко И.А., Азаркина Р.А., Киров И.В., Князев А.Н., Филиппова А.А., Графская Е., Лазарев В.Н., Згода В.Г., Бутенко И., БУкато О., Ляпина И.С., Назаренко Д., Еланский С., Мамаева А.С., Говорун В.М. Phytohormone treatment induces generation of cryptic peptides with antimicrobial activity in the Moss Physcomitrella patens BMC Plant Biology, BMC Plant Biology volume 19, Article number: 9 (2019) (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1186/s12870-018-1611-z

2. Фесенко И.А., Киров И.В., Князев А.Н., Хазигалеева Р.А., Лазарев В.Н., Харлампиева Д.Д., Графская Е.Н., Згода В.Г., Бутенко И.О., Арапиди Г.П., Мамаева А.С., Иванов В.Т., Говорун В.М. Distinct types of short open reading frames are translated in plant cells Genome Research, Genome Res 29(9): 1464-1477 (год публикации - 2019) https://doi.org/10.1101/gr.253302.119

3. Ляпина И.С.б Филиппова А.А., Фесенко И.А. The role of peptide signals hidden in the structure of functional proteins in plant immune responses International Journal of Molecular Sciences, International Journal of Molecular Sciences 20(18),4343 (год публикации - 2019) https://doi.org/10.3390/ijms20184343

4. ФИЛИППОВА А.А., ФЕСЕНКО И.А., ЛЯПИНА И.С., ХАЗИГАЛЕЕВА Р.А ИДЕНТИФИКАЦИЯ БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНЫХ ПЕПТИДОВ В СЕКРЕТОМЕ МХА PHYSCOMITRELLA PATENS VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ Сборник тезисов Международного Конгресса, с. 721 (год публикации - 2019)

5. - Новые регуляторные микробелки нашли в геноме растений Индикатор, - (год публикации - )

6. - Новые регуляторные микробелки нашли в геноме растений gazeta.ru, - (год публикации - )

Возможность практического использования результатов
На сегодняшний момент у растений открыты 22 регуляторных пептида, распределенных по 15 семействам. Следует отметить, что роль большинства этих пептидов в процессах роста и развития растений, а также ответе на стрессовые воздействия была изучена в последние 5 лет. Таким образом, огромный пласт регуляторных биоактивных молекул растений остается слабо изученным. В своем исследовании мы сосредоточились на растительных пептидных сигналах, как выщепляющихся из белков-прекурсоров, так и транслирующихся с коротких открытых рамок считывания. Открытые нами новые пептиды, в том числе регулирующие баланс между ростом и ответом на стресс представляют новый класс регуляторных молекул, которые могут быть использованы в высокотехнологичном сельском хозяйстве.