КАРТОЧКА ПРОЕКТА,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 16-45-02012

НазваниеПодход к репозиционированию лекарств для социально-значимых и редких заболеваний, основанный на знаниях

РуководительПоройков Владимир Васильевич, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регионФедеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича", г Москва

Года выполнения при поддержке РНФ2016 - 2018

КонкурсКонкурс 2016 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (DST)

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины, 05-702 - Медицинская информатика

Ключевые словаинформационные технологии, моделирование, биоинформатика, хемоинформатика, компьютерное конструирование лекарств, вычислительная платформа, социально значимые заболевания, орфанные заболевания, репозиционирование лекарств, диабет, рак, заболевания ЦНС, туберкулез, лейшманиоз, шистосомоз

Код ГРНТИ76.03.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Несмотря на значительные успехи биомедицины и фармацевтической промышленности, разработка средств для терапии многих широко распространенных и редких социально-значимых заболеваний остается актуальной. Проблемы с созданием новых более эффективных и безопасных лекарств обусловлены, прежде всего, высокой сложностью организации и функционирования биологических систем. Основной проблемой современной биомедицинской науки является необходимость рассмотрения биологических систем во всей их сложности, что привело к возникновению «сетевой биологии» (network biology). Расшифровка геномов человека и патогенных микроорганизмов и последующее развитие геномных и постгеномных технологий порождают генерацию огромного количества разнородных биомедицинских и клинических данных (“big data”). Для хранения, обработки и анализа этих данных необходимо создание и применение специальных методов биоинформатики и реализующих эти методы компьютерных программ, баз данных и баз знаний. Анализ многочисленных и разнородных данных, извлечение из них информации, полезной для идентификации биомаркеров и перспективных фармакологических мишеней, позволит конструировать фармакологические вещества, селективно модулирующие патологические процессы, обеспечивая их нормализацию. В то же время, плейотропность действия существующих фармакологических веществ и необходимость селективной модуляции биологических процессов при различных патологиях обуславливают необходимость интеграции разработанных компьютерных подходов в единую платформу. Целью настоящего проекта является разработка вычислительной платформы, предназначенной для эффективного анализа и интерпретации обширных биомедицинских и клинических данных, сравнительного анализа извлекаемой из этих данных информации в норме и при патологиях, получения новых знаний c целью выявления биомаркеров и фармакологических мишеней, конструирования потенциальных лекарственных препаратов с требуемыми свойствами, определения оптимальных подходов к терапии с учетом индивидуальных особенностей пациента. В рамках проекта будет осуществлен анализ существующих источников данных и методов их анализа; при необходимости будут усовершенствованы имеющиеся и созданы новые методы; разработан подход и осуществлена их интеграция в единую платформу (рисунок 1 в приложении - см. файл 1 с дополнительной информацией). Валидация разработанной вычислительной платформы будет осуществлена на примерах как широко распространенных социально-значимых заболеваний имеющих неинфекционную природу (диабет, рак, заболевания ЦНС), так и инфекционных заболеваний (туберкулез, лейшманиоз, шистосомоз), что позволит определить оптимальные сценарии ее использования и, при необходимости, провести соответствующую модернизацию. Специальный акцент будет сделан на репозиционировании известных препаратов (выявлении новых показаний для известных лекарств), что позволяет во многих случаях осуществить ускоренную проверку компьютерных предсказаний непосредственно в клинике и даже непосредственное внедрение таких препаратов в медицинскую практику (“off-label prescription”). Применение разработанных подходов информатики к анализу доступной медицинской информации даст возможность найти оптимальное применение лекарствам, используемым в клинической практике, с учетом выявленных для них новых фармакологических эффектов. С этой целью будут использованы современные методы компьютерного дизайна лекарств, основанные на структуре мишени и на структуре лигандов, включая QSAR, машинное обучение, молекулярный докинг, молекулярную динамику, виртуальный скрининг, анализ скаффолдов, оценку молекулярного сходства/разнообразия и картирования фармакофоров. Особое внимание будет уделено проблеме поиска препаратов для лечения орфанных заболеваний, не представляющих значительного интереса для фармацевтической промышленности, но имеющих большую общественную значимость. Непосредственное участие в проекте представителей клинической медицины даст возможность для проведения такого рода работ. Синергетическое объединение взаимно-дополнительных знаний, опыта и умений мультидисциплинарных коллективов из России и Индии в рамках настоящего проекта позволит достичь результатов, которые ни один из коллективов не смог бы достичь, работая по-отдельности. Реализация проекта приведет к преодолению междисциплинарных барьеров биомедицинских и клинических дисциплин путем создания динамической информационно-вычислительной среды для взаимодействия разнопрофильных специалистов, что приведет к существенному повышению эффективности использования обширных биомедицинских и клинических данных в медицинской практике, и заложит основу для долговременного сотрудничества индийских и российских ученых в области поиска, создания и применения новых более эффективных и безопасных лекарств.

Ожидаемые результаты
Мы проведем инвентаризацию существующих информационных и вычислительных ресурсов, и отберем релевантные источники химических, биомедицинских и клинических данных, и наиболее надежные методы компьютерного конструирования лекарств. Мы разработаем оригинальные методы экстрагирования и фильтрации наиболее надежной информации о механизмах патологий, лекарственных мишенях и разрешенных к медицинскому применению терапевтических средствах из свободно-доступных баз данных; а также средства для хранения и эффективной обработки этой информации с целью создания новых лекарств. Будут усовершенствованы существующие и разработаны новые методы био- и хемоинформатики, предназначенные для поиска перспективных фармакологических мишеней и конструирования действующих их лигандов, обеспечивающие комплексную оценку их фармакодинамических и фармакокинетических характеристик. Созданные информационные ресурсы и методы компьютерного конструирования лекарств будут интегрированы в единую вычислительную платформу; разработаны различные сценарии для ее использования с целью поиска и создания новых более эффективных и безопасных лекарств. На основе анализа регуляторных сигнальных сетей и биологических процессов будет проведен анализ и отбор наиболее перспективных фармакологических мишеней для терапии диабета, рака, заболеваний ЦНС, туберкулеза, лейшманиоза и шистоматоза; осуществлены компьютерный дизайн и получение действующих на эти мишени лигандов; проведено экспериментальное тестирование их биологической активности. Будут оценены возможности репозиционирования используемых в медицинской практике лекарственных препаратов для их применения по новым показаниям с целью терапии диабета, рака, заболеваний ЦНС, туберкулеза, лейшманиоза и шистоматоза. Найденные в ходе реализации проекта наиболее перспективные фармакологические вещества будут переданы в дальнейшую разработку с целью создания на их основе новых лекарств; предложенные для репозиционирования известные препараты найдут непосредственное применение в клинике как "off-label prescription" средства. Будет создана информационно-вычислительная среда для взаимодействия и сотрудничества разнопрофильных специалистов различных стран с целью поиска, создания и применения новых лекарственных препаратов в медицинской практике. Конечным результатом реализации проекта станет существенное повышение эффективности поиска и создания новых более действенных и безопасных препаратов для терапии социально-значимых широко распространенных и орфанных заболеваний, что имеет существенное значение для развития медицины и здравоохранения как в России, так и в Индии. В ходе реализации проекта будет опубликовано не менее 10-ти совместных статей в научных журналах, индексируемых Web of Science и Scopus, со средним значением импакт-фактора не менее 2, и не менее 2-х совместных статей в русскоязычных журналах, индексируемых Российским индексом научного цитирования.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2016 году
Целью настоящего проекта является разработка вычислительной платформы, предназначенной для эффективного анализа и интерпретации доступных биомедицинских и клинических данных, сравнительного анализа информации, извлекаемой из этих данных в норме и при патологиях, получения новых знаний c целью выявления перспективных фармакологических мишеней, поиска и конструирования потенциальных лекарственных препаратов с требуемыми свойствами, определения оптимальных подходов к терапии с учетом индивидуальных особенностей пациента. В ходе реализации проекта планируется интегрировать вычислительные методы компьютерного конструирования лекарств (CADD), основанные на структуре лигандов, и методы CADD, основанные на структуре макромолекулы-мишени. Должна быть осуществлена интеграция двух веб-платформ, ранее созданных российскими участниками проекта Way2Drug (http://www.way2drug.com) и индийскими участниками проекта MPDS – Molecular Properties Diagnostics Suite (http://mpds.osdd.net/) со значительным расширением функциональных возможностей и повышением эффективности существующих веб-сервисов. Также предполагается обеспечить взаимодействие с доступными в сети интернет ресурсами третьих сторон на основе использования соответствующих гипертекстовых ссылок, что позволит существенно обогатить возможности интерпретации получаемых расчетных результатов, благодаря непосредственному доступу к постоянно пополняемой и обновляемой биомедицинской информации. В перспективе создаваемая нами вычислительная платформа станет площадкой для взаимодействия исследователей различных специальностей, работающих в области поиска и создания новых более безопасных и эффективных лекарственных препаратов. Особое внимание в рамках проекта будет уделено репозиционированию лекарств – выявлению новых показаний для уже разрешенных к медицинскому применению препаратов и установлению новых областей применения для фармакологических веществ, в настоящее время изучаемых в клинике и в доклинических исследованиях. Для этого будут использованы методы прогнозирования профилей биологической активности и сетевой фармакологии, позволяющие оценить наиболее вероятные фармакотерапевтические эффекты, обусловленные плейотропным действием фармакологических веществ. Для валидации разрабатываемых вычислительных методов были выбраны такие фармакотерапевтические области, как злокачественные новообразования, диабет, заболевания ЦНС, туберкулез, малярия, лейшманиоз и шистосомоз, что позволяет рассмотреть в рамках проекта возможные особенности применения разрабатываемых вычислительных методов, как к заболеваниям, имеющим неинфекционную природу, так и к инфекционным заболеваниям. Разумеется, в рамках проекта невозможно охватить все разнообразие рассматриваемых неинфекционных заболеваний, поэтому в ходе его реализации мы выберем определенные этиологические формы с учетом рекомендаций участвующих в проекте клиницистов и наличия возможностей для экспериментального тестирования создаваемых фармакологических веществ. В ходе реализации первого этапа проекта нами разработана, с использованием программного инструментария Bootstrap, пилотная версия вычислительной платформы, которая должна обеспечить возможности использования компьютерных методов, реализованных российскими участниками на портале Way2Drug (PASS, GUSAR и др.) и индийскими участниками на портале MPDS (программы для расчета молекулярных дескрипторов, WEKA, докинг и др.). Главными требованиями, положенными в основу при разработке платформы, стали легкость использования и расширяемость. Разработана схема комплекса, объединяющего вычислительные ресурсы российских и индийских участников проекта, и протоколы обмена информацией между участниками проекта, а также обеспечивающие взаимодействие со сторонними пользователями. Заглавная станица этого веб ресурса (www.way2drug.com/dr) представляет мировому научному сообществу наш совместный проект РНФ / DST № 16-45-02012 / INT/RUS/RSF/12. В ходе выполнения первого этапа были сформированы: (1) база данных по лекарственным средствам, зарегистрированных FDA; (2) база данных по более чем 1400 субстанций лекарственных препаратов, зарегистрированных в Российской Федерации. БД FDA содержит информацию о ~1000 лекарств, включая: наименование препарата, синонимы, структурную формулу лекарственной субстанции в форматах MOL и SMILES, фармакотерапевтической области, механизмы действия. БД препаратов, разрешенных к медицинскому применению в РФ, содержит информацию о структурных формулах лекарственных препаратов, наименовании фармацевтической субстанции, торговом наименовании, фирме-производителе. Обе базы данных будут использоваться на следующих стадиях реализации проекта для компьютерной оценки возможностей репозиционирования включенных в них препаратов в рассматриваемых в рамках проекта фармакотерапевтических областях. Для проведения виртуального скрининга веществ, потенциально обладающих биологической активностью в рассматриваемой фармакотерапевтической области, подготовлены базы данных коммерчески доступных образцов химических соединений на основе информации от компаний ChemNavigator (более 60 млн уникальных структур от более чем 200 поставщиков из различных стран мира), а также локальных поставщиков InterBioScreen и AsInEx. Создана база знаний по лекарственным мишеням, воздействие на которые используется для терапии онкологических заболеваний, диабета, туберкулеза и др., а также рассматриваются в качестве перспективных при разработке новых лекарственных препаратов. Все фармакологические мишени разделены на три категории: мишени лекарственных препаратов, разрешенных к медицинскому применению (Launched); мишени лекарственных препаратов, находящихся на стадии клинических испытаний (Clinical); мишени фармакологических веществ, изучаемых в доклинических исследованиях (Preclinical). Соответствующая информация, косвенно характеризующая степень достоверности ассоциации конкретной мишени с рассматриваемым заболеванием, была включена нами в базу данных. Информация из созданной базы знаний включена в разрабатываемую нами веб-платформу и доступна через интернет. Собрана информация о связях между более чем 1200 видами биологической активности, прогнозируемыми программой PASS Online, с внутриклеточными регуляторными путями. При прогнозе биологической активности, для которой имеется информация о связи с регуляторными путями, появляется активная гипертекстовая ссылка. Использование этой гипертекстовой ссылки позволяет перейти на соответствующие интернет-ресурсы UniProt и KEGG и получить доступ к содержащейся там информации о рассматриваемых фармакологических мишенях и путях. Для обеспечения эффективного взаимодействия индийских и российских исследователей в рамках проекта было создано программное обеспечение SAR Creator, которое позволяет вводить и обрабатывать данные о структуре и биологической активности известных фармакологических веществ. Это позволит на дальнейших стадиях проекта совместными усилиями подготавливать обучающие выборки для построения (Q)SAR моделей и использовать построенные модели для виртуального скрининга соединений с требуемыми свойствами. Кроме того, SAR Creator позволит широкому кругу пользователей создаваемой веб-платформы из Индии и России участвовать в пополнении обучающей выборки программы PASS. Как показал проведенный нами анализ, в настоящее время число молекулярных мишеней, релевантных рассматриваемым нами в рамках проекта заболеваний, довольно велико: опухолевые заболевания – 2507; диабет – 943; эпилепсия – 308; малярия – 182; туберкулез – 120; лейшмания – 88; шисостомоз - 20. Поэтому тщательный отбор наиболее перспективных мишеней на начальных стадиях исследований во многом предопределяет успех или провал разработки. Выбор конкретной патологии и наиболее перспективных мишеней должен быть осуществлен совместно с фармакологами и клиницистами. На данной стадии проекта нами определены в качестве объектов для компьютерного поиска и конструирования новых фармакологических веществ в области заболеваний ЦНС – рефрактерная эпилепсия, а в области опухолевых заболеваний в качестве перспективной мишени нами был выбран белок теплового шока Hsp70, который является одной из перспективных мишеней для противоопухолевой терапии. В 2017 году мы планируем осуществить компьютерный поиск веществ, обладающих соответствующими видами активности, и экспериментальную проверку компьютерных предсказаний. Создана пилотная версия системы, интегрирующая ранее разработанные нами методы компьютерного конструирования лекарств на основе структуры лигандов, предоставляющая возможность пользователю выбрать интересующие его в рамках выполняемого им конкретного проекта характеристики биологической активности и получить по электронной почте результаты прогноза в виде PDF файла. Подготовлена обновленная обучающая выборка и проведено обучение программы PASS Targets, что позволило существенно расширить число фармакологических мишеней, релевантных рассматриваемой нами фармакотерапевтической области. В настоящее время разработанные нами веб сервисы дают возможность прогнозировать взаимодействие примерно с 80% молекулярных мишеней, которые изучаются в целевой фармакотерапевтической области. Дальнейшее пополнение и корректировка используемых нами обучающих выборок с использованием разработанного нами программного обеспечения SAR Creator позволит повысить надежность и точность прогноза. Проведено сопоставление разработанного нами метода прогноза профилей (спектров) биологической активности, реализованного в PASS Online, с другими веб сервисами, также основанными на структуре лигандов (ChemProt, SuperPred, SEA, SwissTargetPrediction, TargetHunter, и TarPred). Для этого нами была подготовлена тестовая выборка, содержащая информацию о структурных формулах, исходном и репозиционированном показаниях к медицинскому применению для 50 лекарственных препаратов. Оказалось, что как для исходных, так и для репозиционированных показаний точность прогноза с помощью различных веб сервисов убывает в следующем порядке: PASS > ChemProt > TargetHunter > SEA > SwissTargetPrediction > SuperPred > TarPred. Таким образом, проведенный нами компьютерный эксперимент показал, что веб-сервис PASS Online является наиболее точным для прогноза возможностей репозиционирования лекарств. Повышение качества отбора потенциально активных веществ может быть достигнуто при комбинированном применении наших методов, основанных на структуре лигандов, с методами, основанными на структуре макромолекулы-мишени, которыми располагают индийские участники проекта. Мы оценили возможности применения методов молекулярного моделирования путем их ретроспективной валидации на специально подготовленной тестовой выборке, включающей в себя 18 структурных формул противотуберкулезных соединений. Прогнозирование противотуберкулезной активности с использованием нашей программы PASS показало, что существующая версия PASS успешно прогнозирует активность для 11 из 18 соединений. Молекулярный докинг, проведенный индийскими коллегами, показал, что для 17 из 18 соединений значения оценочной функции энергии связывания (scoring function) превосходят таковые для референтного соединения 2,6-пиридиндикарбоновой кислоты. Таким образом, сочетание методов компьютерного прогноза, основанных на структуре лигандов, которыми располагают российские участники проекта, с методами молекулярного моделирования, которыми располагают индийские участники проекта, позволяет улучшить качество получаемых оценок.

 

Публикации

1. Беженцев В.М., Дружиловский Д.С., Иванов С.М. Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В. Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов. Химико-фармацевтический журнал, - (год публикации - 2016).

2. Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Cемин М.И., Рудик А.В.,Лагунин А.А., Погодин П.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Web-resourses for prediction of biological activity of organic compounds. Abstracts of the XX Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry, том 4, стр. 408 (год публикации - 2016).

3. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Конова В.И., Гойл Р., Поройков В.В. WAY2DRUG - revealing hidden potential in traditional indian medicine Ayurveda. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 295 (год публикации - 2016).

4. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Лагунин А.А., Муртазалиева Х.А., Састри Н., Поройков В.В. Way2Drug - платформа для биомедицинских исследований и поиска новых лекарств. Acta Naturae, том 2, с.156-157 (год публикации - 2016).

5. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук, - (год публикации - 2016).

6. Дубовская В.И., Лагунин А.А., Погодин П.В., Поройков В.В. Поиск in silico соединений, активных по отношению к опухолевым клеточным линиям человека, на примере рака молочной железы. Успехи молекулярной онкологии, выпуск 4, стр. 75-76 (год публикации - 2016).

7. Погодин П.В., Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. PASS Targets: a new web-service for prediction of interactions between the drug-like compounds and human protein targets. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 290 (год публикации - 2016).

8. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А. Computer-aided drug repurposing: new uses for old drugs or filling gaps in biomedical knowledge? Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 246 (год публикации - 2016).

9. Састри Г.Н., Янардан С., Гаур А.С., Поройков В. Computer-aided drug design: development models for specificity, polypharmacology and membrane permeability. Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 199 (год публикации - 2016).

10. Янардан С., Дубовская В., Лагунин А., Рао Б.В., Састри Г.Н., Поройков В. Recent Advances in the Development of Pharmaceutical Agents for Metabolic Disorders: A Computational Perspective. Current Medicinal Chemistry, - (год публикации - 2016).


Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Целью настоящего проекта является разработка вычислительной платформы, предназначенной для эффективного анализа доступных биомедицинских и клинических данных в норме и при патологиях, получения новых знаний c целью выявления перспективных фармакологических мишеней, поиска и конструирования потенциальных лекарственных препаратов с требуемыми свойствами, определения оптимальных подходов к терапии с учетом индивидуальных особенностей пациента. В ходе реализации проекта планируется интегрировать две веб-платформы, ранее созданные российскими участниками проекта Way2Drug (http://www.way2drug.com) и индийскими участниками проекта MPDS (http://mpds.osdd.net/) со значительным расширением функциональных возможностей и повышением эффективности существующих веб-сервисов. Также предполагается обеспечить взаимодействие с доступными в сети интернет ресурсами третьих сторон на основе использования различных протоколов, что позволит существенно обогатить возможности интерпретации получаемых расчетных результатов благодаря непосредственному доступу к постоянно пополняемой и обновляемой биомедицинской информации. В перспективе создаваемая нами вычислительная платформа станет площадкой для взаимодействия исследователей различных специальностей, работающих в области поиска и создания новых более безопасных и эффективных лекарственных препаратов. Особое внимание в рамках проекта уделяется репозиционированию лекарств – выявлению новых показаний для уже разрешенных к медицинскому применению препаратов и расширению области применения фармакологических веществ, изучаемых в клинике и в доклинических исследованиях. Для этого мы разработали методы прогнозирования спектров биологической активности и сетевой фармакологии, позволяющие оценить наиболее вероятные фармакотерапевтические эффекты, в том числе плейотропные. Для валидации вычислительных методов, лежащих в основе нашей платформы, были выбраны такие фармакотерапевтические области, как злокачественные новообразования, диабет, заболевания ЦНС, туберкулез, малярия, лейшманиоз и шистосомоз. Благодаря выбору разнородных фармакотерапевтических областей мы сможем оценить возможности нашей платформы в качестве универсального инструмента, направленного на поиск новых подходов к фармакотерапии различных заболеваний человека. В ходе реализации второго этапа проекта нами продолжена работа по расширению функциональности и интеграции веб ресурсов Way2Drug и MPDS на вычислительной платформе (http://www.way2drug.com/dr). Мы провели сравнение точности прогноза семи различных веб-сервисов, основанных как на оценке структурного сходства (ChemProt, SuperPred, SEA, SwissTargetPrediction, TargetHunter), так и на применении методов машинного обучения (ChemProt и PASS) для исходных и репозиционированных назначений 12 препаратов, недавно запатентованных по новым (репозиционированным) показаниям. Полученные результаты свидетельствуют о том, что методы машинного обучения существенно превосходят по чувствительности подходы, основанные на оценке сходства. Прогноз PASS позволил выявить практически все назначения лекарств, как исходные, так и обнаруженные недавно (чувствительность нашего метода близка к единице), поэтому применение консенсусного прогноза на платформе Way2Drug оказалось нецелесообразным. Для расширения химического и фармакологического разнообразия лекарственных субстанций, информация о которых включена в базу данных (БД) Way2Drug, нами собрана информация примерно по 4000 препаратам, разрешенным к медицинскому применению в промышленно развитых странах. После стандартизации данной информации она будет введена в БД лекарственных субстанций. Разработана и включена в платформу Way2Drug новая версия программы для прогнозирования биологической активности, что позволило на 1151 увеличить число прогнозируемых видов биологической активности. В базе данных лекарственных субстанций реализована процедура поиска по структурному сходству на основе MNA и QNA дескрипторов, что позволяет искать «хиты» в случае, если количество известных лигандов недостаточно для построения (Q)SAR моделей. Также реализована процедура поиска по диапазону физико-химических параметров соединений, рассчитываемых в рамках сервиса MPDS. Эта информация, вместе с данными о биологической активности расширяет возможности оценки свойств анализируемых органических соединений. Дополнительные параметры для фильтрации пользователь может получить, используя модуль PASS Total: оценки LD50 для крыс при четырех способах введения препарата, влияния на опухолевые и неопухолевые клеточные линии, различные характеристики метаболизма лекарственных веществ. С целью повышения качества интерпретации результатов прогноза нами разработан модуль вычислительной платформы PASS Selector, предоставляющий пользователю возможность выбора интересующей его фармакотерапевтической области или конкретных видов биологической активности для дальнейшей работы. В рамках разрабатываемой нами вычислительной платформы Way2Drug расчет физико-химических свойств и ADMET параметров выполняется на основе структурной формулы лекарственно-подобного соединения с помощью созданного индийскими коллегами веб-ресурса MPDS. Нами реализована процедура обмена данными между Way2Drug и MPDS, позволяющая пользователю получить расчетные оценки, как в формате вывода MPDS, так и в виде генерируемой средствами Way2Drug таблицы, отражающей соответствие величины свойства рекомендованному диапазону для лекарственных соединений (зеленый кружок, если значение параметра удовлетворяет рекомендованному диапазону значений, или красный кружок, если это не так). Для зарегистрированных в базе данных FDA субстанций лекарственных препаратов, обладающих противовоспалительным и противомалярийным действием выполнено компьютерное прогнозирование 86 видов биологической активности, связанных с фармакотерапией диабета (антидиабетические эффекты и связанные с ними механизмы действия). Прогноз антидиабетического действия двух антималярийных препаратов (гидроксихлорхинин и колхицин) совпал с известными из литературы данными (в Индии Hydroxychloroquine разрешен для терапии диабета). Результаты прогноза указывают, что два других антималярийных препарата (люмефрантин и клиндамицин) и два противовоспалительных препарата (ацетилсалициловая кислота и кеторолак) также могут рассматриваться в качестве «кандидатов» для репозиционирования в области терапии диабета. Результаты переданы нашим индийским партнерам для сопоставления с клиническими данными. Среди более 1 млн коммерчески доступных образцов органических соединений проведен поиск in silico новых ингибиторов белка теплового шока Hsp70, рассматриваемого в качестве перспективной мишени для противоопухолевой терапии. 7 веществ из базы данных природных соединений и их аналогов компании InterBioScreen было отобрано и протестировано на наличие антишаперонной активности в Институте цитологии РАН (Б.А. Маргулис и И.В. Гужова). Отобрано соединение-лидер М2, которое изучено на более широкой панели тестов для подтверждения биологической активности. Установлено, что М2 проникает в клетки и проявляет ингибиторное действие путем непосредственного взаимодействия с Hsp70. Показано, что М2 повышает анти-пролиферативные эффекты этопозида на 30%, что свидетельствует о его возможном использовании для комбинированной противоопухолевой терапии. На основе поиска in silico аналогов выявленного нами ранее оригинального соединения X-2, обладающего цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям тройного негативного рака молочной железы MDA-MB231, и существенно менее активного по отношению к клеточным культурам фибробластов человека, найдены его аналоги. Их тестирование в Лаборатории механизмов гибели опухолевых клеток НИИ канцерогенеза РОНЦ им. Н.Н. Блохина (А.А. Штиль с сотр.) позволило установить, что наиболее активные соединения имели значения IC50 около 6 мкМ, что существенно лучше, чем у выявленного ранее вещества X-2 (IC50=22 мкМ). Для фитокомпонентов лекарственного растения Achyranthes aspera Linn (ахирантес), широко используемого в традиционной индийской медицине для лечения ряда заболеваний, нами было предсказано на основе прогноза PASS ранее не известное антиэпилептическое действие. Тестирование биологической активности экстракта A. aspera, проведенное в Департаменте фармакологии Университета Пенджаба в Патиале, подтвердило наличие антиконвульсантного эффекта, связанного воздействием на ГАМК-ергическую систему. Тем самым, продемонстрированы возможности репозиционирования средств, применяемых в традиционной народной медицине, в качестве терапевтических агентов, соответствующих принципам доказательной медицины. Важным результатом реализации проекта в 2017 году является существенное расширение аудитории пользователей платформы Way2Drug. В 2017 году веб-сервисами пользовалось 9721 исследователей, из них 2283 человека – новые пользователи. При этом число пользователей из России составило 3488 человек (35% от общего числа пользователей в 2017 году); из Индии - 1177 человек (12% от общего числа пользователей в 2017 году). Ими опубликовано несколько десятков работ, в которых приведены ссылки на использование нашей платформы для установления перспективных направлений исследований фармакологического действия лекарственно-подобных веществ. С 15 по 27 июня 2017 года состоялся визит делегации в составе пяти индийских участников проекта к российским коллегам, а с 21 по 26 октября 2017 года состоялся ответный визит двух российских участников проекта к индийским коллегам. В ходе этих визитов были проведены совместные вычислительные эксперименты, обсуждено текущее состояние реализации проекта, завершена подготовка нескольких совместных публикаций и согласованы планы дальнейших работ. В 2017 году российскими и индийскими участниками проекта опубликовано 5 совместных статей в международных научных журналах, индексируемых Web of Science. Полученные в рамках проекта результаты представлены в виде 14 устных и постерных докладов на международных научных конференциях и симпозиумах, а также в средствах массовой информации (в частности, на конференции, посвященной российско-индийскому научному сотрудничеству, состоявшейся с участием представителей индийских масс-медиа в Гоа, Индия 30 октября 2017 года – см.: http://www.rscf.ru/ru/node/2676).

 

Публикации

1. - Ученые из ИМБХ имени В.Н. Ореховича рассказали о своих разработках на симпозиуме в Индии Сайт РНФ, Достигнутые в рамках проекта результаты представлены и обсуждены на Индийско-Российской конференци по репозиционированию лекарств и использованию природных веществ в медицине с участием ученых и представителей индийских масс-медиа, организованной (год публикации - ).

2. - Будущее биоинформатики обсудили в рамках ежегодного конгресса «Человек и лекарство» Сайт РНФ, Достигнутые в рамках проекта результаты представлены на XXIV Российском национальном конгрессе «Человек и лекарство» (год публикации - ).

3. Гаванде Д.У., Дружиловский Д., Гупта Р.С., Поройков В., Гоел Р.К. Anticonvulsant activity and acute neurotoxic profile of Achyranthes aspera Linn Journal of Ethnopharmacology, V, 202, No. 18, pp. 97-102. (год публикации - 2017).

4. Джанардхан С., Джон Л., Прасанти М., Поройков В.В., Састри Г.Н. A QSAR and molecular modeling study towards new lead finding: Polypharmacological approach to Mycobacterium tuberculosis SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 815-832. (год публикации - 2017).

5. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С. М., Тарасова О.А., Беженцев В.М., Муртазалиева Х.А., Семин М.И., Майоров И.С., Gaur A.S., Sastry G.N., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от прогнозирования биологической активности к репозиционированию лекарств Известия Академии наук. Серия химическая, № 10, стр. 1932-1841, (год публикации - 2017).

6. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С.М., Гаур А.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. Computational platform Way2Drug: from prediction of biological activity to drug repurposing Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Russia, Kazan, September 28 - October 03, 2017. p.90. (год публикации - 2017).

7. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А.., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Гаур А.С.,Састри Г.Н. В.В. Поройков. Way2Drug:платформа для компьютерного поиска новых фармакологических веществ и репозиционирования лекарств Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, г. Уфа, 13-17 ноября 2017 годв, с.21. (год публикации - 2017).

8. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов, на платформе Way2Drug Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»., Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля, 2017. с. 367-368. (год публикации - 2017).

9. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов в рамках веб-платформы Way2Drug Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство» (год публикации - 2017).

10. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Н.Г., Поройков В.В. Way2Drug platform - ligand-based approach to drug repurposing Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources., Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p. 16. (год публикации - 2017).

11. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы. Автореферат дис. соиск. уч. ст. канд. биол. наук по специальности 03.01.09 - математическая биология, биоинформатика. Москва, ИБМХ, 2017. - 22 С., - (год публикации - 2017).

12. Муртазалиева Х., Дружиловский Д., Веселова Д., Поройков В. Applicability of web-services predicting bioactivity profiles for drug repurposing projects Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017., Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017. (год публикации - 2017).

13. Муртазалиева Х., Поройков В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017., Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017, p.61. (год публикации - 2017).

14. Муртазалиева Х., Поройков В., Дружиловский Д. Applicability of web-services predicting bioactivity for drug repurposing projects Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, стр. 491-492. (год публикации - 2017).

15. Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Гоел Р.К., Састри Г.Н., Поройков В.В. How good are publicly available web services that predict bioactivity profiles for drug repurposing? SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 843-862. (год публикации - 2017).

16. Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. How good are publicly available web-resources predicting bioactivity profiles for drug repurposing? Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p.14 (год публикации - 2017).

17. Муртазалиева Х.А., Поройков В.В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года., Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года, стр. 10-11. (год публикации - 2017).

18. Нагамани С., Гаур А.С., Таннееру К. Муексваран Г., Мадугула С.С., Консорциум MPDS, Дружиловский Д., Поройков В.В., Састри Г.Н. Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery SAR and QSAR in Environmental Research, SAR and QSAR in Environmental Research, 2017, 28 (11), 913-926. (год публикации - 2017).

19. Поройков В., Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Г.Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017, Abstr. of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017. CINF 83 (год публикации - 2017).

20. Поройков В.,Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics, Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017. p. 15 (год публикации - 2017).

21. Поройков В.В.,Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Иванов С.М., Погодин П.В., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, с 37-38. (год публикации - 2017).

22. Састри Г.Н., MPDS консорциум, Поройков В.В. Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30,2017, p. 15. (год публикации - 2017).


Аннотация результатов, полученных в 2018 году
Целью проекта является разработка вычислительной платформы, предназначенной для эффективного анализа доступных биомедицинских и клинических данных в норме и при патологиях, получения новых знаний c целью выявления перспективных фармакологических мишеней, поиска и конструирования потенциальных лекарственных препаратов с требуемыми свойствами (http://www.way2drug.com/dr). В ходе реализации проекта нами осуществлена интеграция двух веб-платформ, ранее созданных российскими участниками проекта Way2Drug (http://www.way2drug.com) и индийскими участниками проекта MPDS (http://mpds.osdd.net/) со значительным расширением функциональных возможностей и повышением эффективности существующих веб-сервисов. Обеспечено взаимодействие с доступными в сети интернет ресурсами третьих сторон (FDA database, ChEMBL, UniProt, KEGG, PDB) на основе использования различных протоколов, что позволило существенно обогатить возможности интерпретации получаемых расчетных результатов в контексте актуальной биомедицинской информации. Важным результатом реализации проекта в отчетном году стало существенное расширение аудитории пользователей платформы Way2Drug. В 2018 году веб-сервисами пользовалось 9921 исследователей, из них 2739 человека – новые пользователи. При этом число пользователей из России составило 2042 человек (20,5% от общего числа пользователей в 2018 году); из Индии - 2415 человек (24,3% от общего числа пользователей в 2018 году). Ими опубликовано несколько десятков работ, в которых приведены ссылки на использование нашей платформы для установления перспективных направлений исследований фармакологического действия лекарственно-подобных веществ. В результате проведенного анализа собранных нами из различных источников данных по более чем 4000 субстанций лекарственных препаратов, разрешенных к медицинскому применению в промышленно-развитых странах, была создана интегрированная база данных (БД), содержащая информацию по 3936 лекарственно-подобным соединениям. Для 94% включенных в БД молекул структурные формулы нормализованы, что позволяет выявлять новые виды биологической активности на основе компьютерного прогноза нескольких тысяч видов биологической активности. Вся информация свободно доступна через веб-интерфейс созданной нами вычислительной платформы (http://www.way2drug.com/dr/ww_drug_approved.php). В базе данных реализован эффективный поиск по любому ключевому слову или его части, что обеспечивает быстрый доступ к информации. Пользователю предоставлена возможность получения результатов прогноза нескольких тысяч видов биологической активности с помощью компьютерной программы PASS для любой из лекарственных субстанций, включенных в базу данных. Кроме того, в системе реализован поиск по структурному сходству (http://www.way2drug.com/dr/simil/index.php) на основе MNA и QNA дескрипторов, что позволяет выявлять новые вероятные фармакотерапевтические показания для разрешенных к медицинскому применению лекарственных препаратов в случае новых мишеней, для которых стандартные (Q)SAR методы пока не могут быть применены вследствие ограниченного объема обучающих выборок. Также для включенных в базу данных лекарственных субстанций пользователь имеет возможность рассчитать различные параметры, характеризующие физико-химические свойства и “drug-likeness” веществ с использованием вычислительных ресурсов портала MPDS (http://mpds.osdd.net/), разработанного нашими индийскими партнерами по проекту. На основе анализа обширной информации из многочисленных доступных источников в отчетном году нами существенно обновлена база знаний по фармакологическим мишеням, исследуемым в качестве перспективных для терапии рассматриваемых в рамках проекта заболеваний (рак, сахарный диабет, эпилепсия, туберкулез, малярия, лейшманиоз, шистосомоз). В базу знаний добавлена новая информация по 2727 мишеням и исключено 666 записей для фармакологических мишеней, перспективность использования которых при терапии определенной патологии не была подтверждена согласно литературным данным по доклиническим и клиническим исследованиям. В результате объем обновленной базы знаний был увеличен почти в два раза (с 2322 до 4383 молекулярных мишеней. Количество мишеней для целевых заболеваний составило: рак – 3847; диабет – 1358; эпилепсия – 433; малярия – 233; туберкулез – 199; лейшмания – 104; шистосомоз – 32. Все фармакологические мишени были нами разделены на три категории: мишени лекарственных препаратов, разрешенных к медицинскому применению (Launched); мишени лекарственных препаратов, находящихся на стадии клинических испытаний (Clinical); мишени фармакологических веществ, изучаемых в доклинических исследованиях (Preclinical). Проведенный анализ показал, что многие мишени рассматриваются как перспективные для терапии двух или даже нескольких заболеваний; при этом стадии изучения для разных заболеваний также различаются. Общее число мишеней на различных стадиях исследования: Launched – 1294; Clinical – 1623; Preclinical – 2585. Нами разработан подход к идентификации наиболее перспективных фармакологических мишеней, основанный на сетевой фармакологии. Его апробация проведена на примере поиска мишеней для терапии рефрактерной эпилепсии. Для девяти из десяти отобранных нами мишеней в литературе была найдена связь с различными формами эпилепсии, что подтверждает перспективность разработанного нами подхода к выявлению фармакологических мишеней с применением методов сетевой фармакологии. Поиск новых молекул с потенциальным антиэпилептическим эффектом на основе прогноза соответствующей активности для разрешенных к медицинскому применению лекарств из нашей базы данных позволил предположить, что таким действием могут обладать три препарата (Fludarabine phosphate, Cladribine и Clofarabine). Для этих препаратов показания к применению с целью терапии эпилепсии не были установлены ранее. Однако, проведенный нами информационный поиск показал, что для двух препаратов Cladribine и Clofarabine в литературе имеются косвенные свидетельства возможного антиэпилептического действия, полученные в экспериментах на дрозофиле. Информация о возможности репозиционирования этих препаратов для терапии эпилепсии передана нашим индийским партнерам для поведения фармакологических экспериментов на моделях рефрактерной эпилепсии. На основе анализа данных, содержащихся в БД ChEMBL, была подготовлена обучающая выборка для проведения анализа взаимосвязей «структура - противотуберкулезная активность. Были построены количественные и классификационные (Q)SAR модели с использованием разработанных нами компьютерных программ PASS и GUSAR, обладающие достаточно высокой точностью и предсказательной способностью. Проведен виртуальный скрининг более 200 тысяч коммерчески доступных образцов лекарственно-подобных соединений, который позволил отобрать 128 молекул, согласно прогнозу обладающих целевой активностью. 20 соединений из библиотеки Института органической химии имени Н.Д. Зелинского РАН были протестированы в ФИЦ Биотехнологии РАН. 11 из 20 исследованных соединений (>50%) обладали активностью в отношении M. tuberculosis H37Rv в интервале значений МИК = 1,5-10 мкМ, что сопоставимо с активностью референсного препарата изониазида. Проведенный нашими индийскими партнерами докинг структур отобранных химических соединений в отношении 26 молекулярных мишеней M. tuberculosis позволил установить для них наиболее вероятные механизмы действия. Таким образом, разработанная нами процедура виртуального скрининга позволяет выявлять вещества с потенциальной противотуберкулезной активностью среди коммерчески доступных образцов лекарственно-подобных химических соединений. Компьютерный прогноз спектров биологической активности фитокомпонентов широко используемого в традиционной индийской медицине для лечения ряда заболеваний лекарственного растения Achyranthes aspera Linn (ахирантес), позволил предположить наличие у этих веществ ранее не известного антидепрессантного действия. Тестирование биологической активности экстракта этого растения, проведенное нашими индийскими коллегами в Университете Пенджаба, подтвердило наличие антидепрессантного эффекта. В процессе обсуждения с пользователями созданной нами вычислительной платформы на российских и международных конференциях, а также на основе анализа опубликованных ими работ, стало понятно, что использование платформы затрудняет недостаток знаний пользователей относительно возможностей и ограничений компьютерного прогнозирования биологической активности. С целью повышения осведомленности пользователей мы подготовили и опубликовали специальную работу, содержащую экспертные рекомендации, которая свободно доступна через Интернет на сайте журнала: http://bmc-rm.org/index.php/bmcrm/article/view/4/4. С 6 по 20 августа 2018 года состоялся визит индийского участника проекта, проф. Раджеша Гоела (Prof. Rajesh Kumar Goel, Punjabi University, Patiala), к российским коллегам, в ходе которого были проведены совместные вычислительные эксперименты, обсуждено текущее состояние реализации проекта и согласованы планы дальнейших работ. С 29 октября по 7 ноября 2018 года состоялся визит трех российских участников проекта к индийским коллегам, в ходе которого было обсуждено текущее состояние реализации проекта и начата подготовка дополнительных совместных публикаций. Все три российских участника проекта представили устные доклады на Международной конференции «International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018)», состоявшейся в Патиале (Пенджаб, Индия) с 1 по 4 ноября 2018 года. За отчетный период в международных научных журналах, индексируемых Web of Science, опубликовано 4 совместных статьи российских и индийских авторов. Одна статья (Sverchinsky D.V. et al. Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 2519.) и глава в книге (In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019) были опубликованы без участия индийских коллег, но со ссылками на поддержку настоящим грантом РНФ. Полученные в рамках проекта результаты представлены в виде 14 устных и постерных докладов на международных и российских конференциях и симпозиумах, а также в публичных лекциях проф. В.В. Поройкова в Научно-технологическом центре органической и фармацевтической химии Национальной академии наук Армении (07.03.2018), на заседании Ученого Совета ИФАВ РАН (24.04.2018), Тбилисском государственном университете им. Ив. Джавахишвили (04.05.2018), в Агентстве стратегических инициатив РФ на совещании «Фундаментальные исследования для сегодняшних разработок в рамках НТИ и Стратегии НТР» (29.05.2018); и на рабочем совещании в Chitkara University, Chandigarh, Punjab, India (31.10.2018), где также выступили с докладами Д.С. Дружиловский и А.А. Лагунин.

 

Публикации

1. - Результаты проектов РНФ-DST представлены на международной конференции в Индии Веб-сайт Российского научного фонда, Пресс-служба РНФ, 30 ноября 2018 года. (год публикации - ).

2. - Информационные технологии для репозиционирования лекарств Веб-сайт Института биомедицинской химии (ИБМХ), Пресс-служба ИБМХ, 7 декабря 2018 года. (год публикации - ).

3. - Вычислительная платформа для репозиционирования лекарств Отчетные материалы Научного совета РАН по медицинской химии за 2017 год, Отчетные материалы Научного совета РАН по медицинской химии за 2017 год, Москва: Отделение химии и наук о материалах РАН 2018, стр. 90-92. (год публикации - ).

4. Беженцев В., Иванов С., Кумар С., Гоел Р., Поройков В. Identification of potential drug targets for treatment of refractory epilepsy using network pharmacology Journal of Bioinformatics and Computational Biology, J. Bioinform. Comput. Biol., 2018, 16,1, 1840002. (год публикации - 2018).

5. Гаур А.С., Нагамани С., Таннееру К., Дружиловский Д., Рудик А., Поройков В., Састри Г.Н. Molecular Property Diagnostic Suite for Diabetes Mellitus (MPDSDM): An Integrated Web Portal for Drug Discovery and Drug Repurposing Journal of Biomedical Informatics, J. Biomed. Inform., 2018, 85, 114-125. (год публикации - 2018).

6. Гоел Р.К., Гаванде Д.У., Лагунин А.А., Поройков В.В. Pharmacological repositioning of Achyranthes aspera as antidepressant using pharmacoinformatic tools PASS and PharmaExpert: A case study with wet lab validation SAR and QSAR in Environmental Research, SAR QSAR Environ. Res., 2018, 29, 1, :69-81. (год публикации - 2018).

7. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Погодин П., Лагунин А., Састри Н., Поройков В. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia., Abstr. of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia, p.28. (год публикации - 2018).

8. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Састри Г.Н., Поройков В. Way2drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 256th National Meeting and Exposition of the American Chemical Society (ACS) - Nanoscience, Nanotechnology and Beyond, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA., Abstr. 256th ACS National Meeting, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA. MEDI 452. (год публикации - 2018).

9. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Погодин П.В., Савосина П.И., Гаур А.С.., Састри Г.Н., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань: ИОФХ им. А.Е. Арбузова ФИЦ КАзНЦ РАН. - 121 С., Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань 26-28 ноября 2018 года, с. 6. (год публикации - 2018).

10. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Иванов С.М., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств»., Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 73. (год публикации - 2018).

11. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Гоел Р.К., Поройков В.В. Way2Drug platform – approach to drug repurposing for socially significant diseases Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.17. (год публикации - 2018).

12. Лагунин А.А., Дубовская В.И., Рудик А.В., Погодин П.В., Дружиловский Д.С,, Глориозова Т.А., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В. CLC-Pred: a freely available web-service for in silico prediction of human cell line cytotoxicity for drug-like compounds PLoS One, PLoS One, 2018, 13, 1, e0191838. (год публикации - 2018).

13. Лагунин А.А., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Drug-Drug Interactions for FDA Approved Drugs Estimated on the Basis of Known “Mechanism-Effect” Relationships on Drug Repositioning Way2Drug Platform Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.18. (год публикации - 2018).

14. Муртазалиева Х.А., Дубовская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Компьютерный поиск и экспериментальная валидация фармакологических веществ, действующих на клеточные линии МDA-MB231 и MCF7 Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с.78. (год публикации - 2018).

15. Муртазалиева Х.А., Дубровская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Разработка фармакологических веществ, действующих на клеточную линию тройного негативного рака молочной железы MDA-MB231 Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 164-165. (год публикации - 2018).

16. Погодин П., Лагунин А., Филимонов Д., Рудик А., Поройков В. Computer assessment of interaction between chemical compounds and human kinome Abstracts of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, 2018., Abstr. of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, p.111. (год публикации - 2018).

17. Поройков В., Дружиловский Д. Drug Repositioning: New Opportunities for Older Drugs In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019. - 750 p.p., In: In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019, p.1-18. (год публикации - 2019).

18. Поройков В.В. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г.., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с. 82-83. (год публикации - 2018).

19. Сверчинский Д.В., Никотина А.Д., Комарова Е.У., Михайлова Е.Р., Аксенов Н.Д., Лазарев В.В., Миткевич В.А., Суезов Р., Дружиловский Д.С., Поройков В.В., Маргулис Б.А., Гужова И.В. Etoposide-induced apoptosis in cancer cells can be reinforced by a chemically uncoupled link between Hsp70 and Caspase-3 International Journal of Molecular Sciences, Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 9, 2519. (год публикации - 2018).

20. Филимонов Д., Лагунин А., Глориозова Т., Дружиловский Д.,Рудик А., Дмитриев А., Погодин П., Поройков В. Three decades of PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances): development and application in drug discovery Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.13. (год публикации - 2018).