КАРТОЧКА ПРОЕКТА,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 14-50-00069

НазваниеТрансляционная биомедицина в СПбГУ

РуководительКропачев Николай Михайлович,

Организация финансирования, регионфедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет", г Санкт-Петербург

Года выполнения при поддержке РНФ2014 - 2018

КонкурсКонкурс 2014 г. на получение грантов по приоритетному направлению деятельности РНФ «Реализация комплексных научных программ организаций»


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Во многих странах мира одним из важных трендов прогресса науки стало развитие трансляционной биомедицины. По данным Scopus число публикаций с ключевыми словами «translational sciences» за последние 20 лет выросло более чем в 100 раз, и ежегодный их прирост составляет за последние пять лет в среднем 19,2% в год. В развитии трансляционной биомедицины участвуют государственные структуры (правительство США через National Institutes of Health создало National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS) за последние годы инвестировало в трансляционные науки более 1 млрд долларов, Евросоюз - около 600 млн. евро только через 7 Рамочную программу, Британский Совет по медицинским исследованиям - более 354 млн. фунтов стерлингов, правительство Австралии - 100 млн австралийских долларов и т.п.), фонды и корпорации (например, фонд Тафта создал Tufts Clinical and Translational Sciences Institute), медицинские сообщества (European Global Translational Sciences Consortium ставит целью облегчить сотрудничество и взаимодействие клиницистов, ученых, промышленности, правительств, финансовых и регулирующих органов, инвесторов и политиков в целях развития трансляционных наук в Европе); ведущие университеты открывают в своей структуре Институты трансляционных наук (университет Чикаго - 9 позиция в рейтинге QS, университет Пенсильвании - 13, университет Дюка – 23, и др.), развивают комплексные междисциплинарные исследовательские и образовательные программы в области трансляционных наук (университеты Пенсильвании -13 позиция в рейтинге QS, Гейдельберга - 50, Бирмингема - 62, университете Хельсинки – 69, Бостона – 79, Гронингена – 97 и др.) К сожалению, из опубликованных за последние 5 лет 175 тыс научных статей с ключевыми словами «Translational Sciences» только 30 имеют российскую аффилиацию (по данным Scopus). Приходится признать, что в Российской Федерации сегодня наблюдается существенное отставание в этой области - в объемах исследований и публикаций, в организационном, институциональном и финансовом обеспечении. Поэтому реализация комплексной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» обладает несомненной научной и практической актуальностью для развития фундаментальной и прикладной медицинской науки в Российской федерации. Научные направления комплексной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» 1. Создание и использование биобанка для комплексного биомедицинского исследования основ здоровья и долголетия человека (руководитель –профессор Ю.О. Чернов) Актуальность: Современные молекулярно-генетические методы позволяют выявить индивидуальные (биологически и генетически обусловленные) особенности организма человека, определить риск развития заболеваний с наследственной предрасположенностью, и разработать рекомендации для профилактики и лечения. Критическим элементом для такого исследования является наличие большой выборки индивидуальных проб документированного происхождения, доступных для молекулярно-генетического и биохимического анализа высокой разрешающей способности. Цель данного направления проекта - создание на базе СПбГУ первого в России многофункционального Биобанка для проведения комплексного биомедицинского и биопсихосоциального исследования основ здоровья человека, выявления генетических и экологических факторов риска и разработки новых персонализированных подходов к профилактике, диагностике и лечению комплексных (в частности, нейродегенеративных и сердечно-сосудистых) заболеваний. Ключевые задачи Биобанка СПбГУ – получение и осуществление долговременного хранения биологических проб, взятых у индивидуумов с документированными биографическими и медицинскими характеристиками; использование этих проб для исследований в СПбГУ, в том числе с заинтересованными российскими и зарубежными партнерами; подготовка, переподготовка и повышение квалификации специалистов по биомедицине и здравоохранения. В рамках указанной цели, будут использованы следующие подходы: молекулярно-генетический и биохимический анализ с применением геномики, транскриптомики, протеомики и метаболомики; физиологическое и клинико-инструментальное тестирование; исследование психологических и когнитивных характеристик индивидуумов, у которых брались такие пробы. Основными инфраструктурными компонентами, созданными в результате проекта, будут криохранилище биоматериала (ДНК, РНК, жидкостей организма, клеток, образцов тканей и т.п.), и разветвленная сеть биомедицинских лабораторий СПбГУ и партнерских медицинских учреждений Санкт-Петербурга, предназначенная для всестороннего клинико-инструментального, лабораторного и психологического обследования населения, забора биоматериала и документирования образцов, анализа и обработки данных и организации мероприятий по профилактике заболеваний в выявленных группах риска. В отличие от других структур позиционирующих себя в качестве организаторов биобанков, при создании Биобанка СПбГУ будут использованы принятые в мировой практике ключевые принципы: открытость информации, доступность материалов для исследователей, высокое качество и объективность документации, качественное правовое обеспечение и высокие этические нормы (Principles and Practice in Biobank Governance, Eds. J. Kaye and M. Stranger, Ashgate Publishing Co., 2008, ISBN: 978-0-7546-9619-3). Это позволит Биобанку СПбГУ эффективно встроиться в международную сеть биобанков. Биобанк СПбГУ будет создан как проект Программы развития, и заложенное в ее смету и утвержденное распоряжением Правительства РФ финансирование приоритетного направления развития «Человек и его здоровье» в объеме 500 млн. руб в 2015-2016 гг. будет учитываться в качестве софинансирования Комплексной научной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ». 2. Алгоритмическая биоинформатика (руководитель – профессор П.А. Певзнер) Революция в области технологий медико-биологических наук привела к накоплению огромных массивов данных, анализ и осмысление которых невозможно представить без использования мощных компьютеров и эффективных методов обработки больших объемов информации. Необходимость такого анализа породила возникновение и быстрый рост новой науки биоинформатики, одним из основных разделов которой является разработка новых алгоритмов и методов их применения в биологии и медицине. Стремительный рост развития биотехнологий, их разнообразие и расширение сферы применения привели к необходимости очень быстрого реагировать на изменяющиеся аналитические потребности. В целях развития вычислительных технологий, необходимых для осуществления предлагаемой программы и позволяющих анализировать большие объемы данных и создается Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии (ЦБАБ), который будет разрабатывать алгоритмы оперативного решения геноммых и протеомных задач предлагаемого проекта. Работа по данному направлению будет в первую очередь сконцентрирована на трех основных направлениях: анализ результатов секвенирования ДНК, секвенирования антител и сиквенирования в целях разработки новых антибиотиков. Результатом работы направления явится разработка новых математических алгоритмов и компьютерных подходов к решению медико-биологических задач проекта, а также создание эффективных программных продуктов, легких и удобных для использования исследователями с разным уровнем компьютерной грамотности. Еще одним результатом будет создание междисциплинарной образовательной программы, направленной на развитие науки, технологий и инноваций в России. Эти исследования будут тесным образом связаны с задачами групп профессоров М.Ю. Красавина (дизайн и синтез новых биологически активных соединений), Ю.О. Чернова (биобанк), Р.Р. Гайнетдинова (модели заболеваний человека на трансгенных животных) и Т.Б.Тенниковой (адресная доставка лекарственных препаратов) и направлены на системный биоинформатический анализ данных, получаемых коллегами по комплексной программе. Биоинформатика послужит также связующим звеном между научными исследованиями и их внедрением в практику. 3. Трансгенные модели заболеваний человека на экспериментальных животных (руководитель – профессор Р.Р. Гайнетдинов) В последние годы в развитых странах активно используются генетически модифицированные животные в качестве моделей заболеваний, в этиологии которых задействованы генетические факторы. В списке таких заболеваний числятся, в первую очередь, неврологические и психические заболевания, а также онкологические, иммунные, кардиологические и другие. Это позволяет оценить эффективность и безопасность лекарственных средств до начала клинических исследований и, тем самым, минимизировать временные и финансовые риски, связанные с научными разработками. Целью данного направления является создание оригинальной коллекции генетически измененных линий лабораторных животных для использования в качестве наиболее адекватных экспериментальных моделей заболеваний человека на животных. На этих вновь созданных мутантных животных будут проведены детальные исследования с применением молекулярных, биохимических, нейрохимических и широким спектром поведенческих подходов. Будут решены задачи получения и использования в исследованиях уникальных моделей мышей и крыс со специфическими изменениями в отдельных компонентах системы базальных ганглиев и фронтальной коры. В дальнейшем коллекция будет расширена за счет моделей других заболеваний человека (сердечно-сосудистых заболеваний, диабета, болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера и других когнитивных нарушений и др.) путем создания линий трансгенных лабораторных животных на основании геномного и протеомного анализа Биобанка СПБГУ. Принципом реализации направления будет гибкое сочетание фундаментальных исследований и коммерциализации результатов. Так, ожидаемые данные по терапевтическим мишеням являются объектами для патентования и коммерчески востребованы фармацевтической индустрией. Исследования и разработка новых моделей позволит установить долгосрочные отношения с российскими и международными фармацевтическими компаниями, которые заинтересованы в разработке новых терапевтических препаратов для лечения заболеваний мозга. Важнейшим ожидаемым результатом по данному направлению будет достоверная информация о вовлечении различных нейротрансмиттерных систем в развитие психических и неврологических патологий, полученная в результате генетических модификаций, которая позволит - разработать и тестировать новые лекарственные средства для лечения таких патологий как шизофрения, биполярные расстройства, синдрома дефицита внимания и гиперактивности (СДВГ), депрессия а также болезнь Паркинсона и болезнь Альцгеймера. - разработать новые эффективные терапевтические мишени. - получить новые знания механизмов действия различных лекарственных препаратов, В рамках этого направления будут создаваться новые породы трансгенных животных разрабатываемых по результатам биоинформационного анализа геномного или протеомного профиля пациентов представленных в биобанке СПБГУ. Эти модели буду использоваться для выявления новых молекулярных мишеней и разработки инновационных лекарственных препаратов для лечения этих заболеваний в сотрудничестве с фармакологическими центрами в рамках программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ». 4. Молекулярный дизайн и синтез новых биологически активных соединений для разработки инновационных лекарственных препаратов (руководитель - профессор М. Ю. Красавин) Потребность в новых биологически активных веществах, которые созданы в соответствии с современным пониманием процесса создания лекарств – будет актуальна всегда. Даже оперируя в пространстве уже известных биологических мишеней, фармацевтическая индустрия будет постоянно нуждаться в новых хемотипах с улучшенными свойствами, что также перспективно с точки зрения защиты интеллектуальной собственности. Что же касается трансляционной науки, базирующейся на валидации неизвестных ранее биологических мишеней в терапевтическом контексте, то здесь исследовательский процесс может застопориться, если не будут оперативно найдены молекулярные инструменты модуляции новых мишеней - и не получено доказательство терапевтического подхода, основанного на интервенции при помощи таких инструментов. Наиболее популярны среди последних - если не рассматривать дорогостоящие антитела - так называемые малые молекулы (чаще всего – гетероциклические соединения с молекулярным весом, не превышающим 0.5 кДа). Работа по данному направлению в начальной фазе будет направлена на дизайн, синтез и биологическую характеризацию таких малых молекул – на уже выбранных нами валидированных биологических мишенях в контексте таких заболеваний как онкологические, воспалительные, инфекционные. Кроме того, другими группами внутри создаваемого Центра трансляционной биомедицины будут валидированы новые перспективные биомишени, которые также станут фокусом наших исследований. В реализации целей данного направления мы сделаем ставку на особо сильнее стороны нашей синтетической и медицинско-химической специализации, а именно, de novo дизайн и синтез прототипов лекарств 1) на основе многокомпонентных реакций («платформа МКР») и 2) на основе видоизменения биоактивных природных соединений («платформа ПС»). В результате нашей работы будет создан высокоэффективный набор химических инструментов для дальнейшей валидации вновь открытых в создаваемом Центре биомишеней. Некоторые из полученных нами соединений послужат прототипами лекарственных препаратов с уникальным механизмом действия. Кроме того, будет создана критическая масса структурно новых, тщательно охарактеризованных лид-соединений. Последние могут существенно обогатить арсенал хемотипов для дальнейшей фармацевтической разработки и укрепить конкурентоспособность СПбГУ как одного из академических центров активных в области разработки новых лекарств. Наши усилия по данному направлению, будучи интегрированными с группами биоинформатики (профессор Певзнер), биобанка (профессор Чернов) и трансгенных животных моделей (профессор Гайнетдинов) – и зависимыми от результатов их исследований по валидации новых биомишеней – также взаимозависимы с направлением адресной доставки лекарственных препаратов (профессор Тенникова). В контексте последнего взаимодействия, мы, в частности, планируем решить фундаментальную проблему доставки ингибиторов жизненно важных ферментов болезнетворных микроорганизмов через клеточную стенку бактерий. 5. Биодеградируемые наноконструкции для фармакологии: создание биомиметических систем доставки лекарств и блокирования патогенов» (руководитель – профессор Т. Б. Тенникова) В современном здравоохранении не менее актуальной задачей, чем создание новых лекарств, является разработка не имеющих аналогов «интеллектуальных» лекарственных форм, которые могут обеспечить высочайшую терапевтическую эффективность лекарственного средства и минимумом побочных эффектов. Более того, исследования в данном направлении способны привести к неожиданным решениям при выборе терапии различных, в том числе, широко распространенных и крайне опасных, заболеваний. В частности, биодеградируемые наноконтейнеры с заданными физико-химическими и химическими (размер частиц, распределение размеров, скорость деградации химических связей, определяемая структурой полимера) параметрами наночастиц, а также и биологическими (биомиметическими) свойствами их поверхности, беспрепятственно встраивающиеся в естественные процессы организма человека, способны обеспечить подобные результаты. Целью планируемых в данном научном направлении исследований является создание на основе разработанных в коллективе наночастиц различной химической природы, а также способов их поверхностной биологической функционализации специальных наноконстукций, направленных не только на адресную доставку лекарственного вещества к заданным биологическим мишеням, но и способных блокировать патогены различного генеза и способствовать их быстрому выведению из организма посредством фагоцитоза. Полученные наноконструкции и способы их медицинского использования, безусловно, являются предметом патентной защиты и объектами трансфера в фармацевтическую индустрию. Снижение риска побочных эффектов из-за четкой обозначенности молекулярной мишени и сокращении времени терапии определяет социальную значимость полученного результата и может иметь существенную экономическую выгоду. Использование уникальной информации многофункционального Биобанка СПбГУ и подходов биоинформатики для поиска специфических участков природных биополимеров с целью подбора оптимальных комплементарых пар и in silico моделирования высокоспецифических межмолекулярных взаимодействий позволит проводить функционализацию наноконстукций для разработки новых персонализированных подходов к диагностике и лечению различных заболеваний. Реализация пяти перечисленных выше направлений в рамках предлагаемой программы позволяет создать уникальный центр междисциплинарных трансляционных исследований, в котором каждое из направлений, развиваясь в соответствии с логикой конкретной науки, естественным образом взаимодействует с другими направлениями, дополняя и усиливая результаты, полученные в других частях общего проекта. В результате реализации программы в СПбГУ образуется уникальный научный консорциум (который в будущем будет расширен), объединяющий медиков-клиницистов, математиков, исследователей в области естественных и социо-гуманитарных наук, которые генерируют фундаментальные знания, служащие основой для решения практических проблем биомедицины – создания новых биоактивных молекул, средств доставки лекарственных препаратов, методов и технологий диагностики, - в рамках трансляционных прикладных исследований.

Ожидаемые результаты
Быстрое развитие такой новой дисциплины как Трансляционная медицина, которая нацелена на улучшение состояния персонального здоровья и здоровья общества в целом путем ”трансляции” результатов междисциплинарных исследований в диагностические инструменты, лечебные процедуры, медицинскую политику и образование, является одним важнейших трендов в современной биомедицине и исследованиях в области общественного здоровья. По сути дела, трансляционная медицина объединяет разнообразные медицинские и немедицинские дисциплины, особенно области биомедицинских исследований, фокусируясь на межпрофессинальных взаимодействиях (например, между исследователями и клиницистами) путем внедрения новых технологий и инструментов анализа данных для трансляции новых подходов в клинику. Кульминацией этого подхода стало создание в США Национального Центра Передовых Трансляционных Наук (NCATS) под эгидой Национального Института Здоровья (NIH) в декабре 2011 ”для трансформации трансляционного процесса так, чтобы новые методы лечения как можно быстрее доходили до пациентов”. В настоящее время в США создано около 60 местных центров трансляционной медицины финансируемых NCATS через Гранты Клинической и Трансляционной Науки. Аналогично Европейский Союз сделал важный шаг в финансировании трансляционной медицины, причем Европейская комиссия нацеливает большую часть бюджета биомедицинских исследований на поддержку трансляционной науки. По данным Scopus число публикаций с ключевыми словами «translational sciences» за последние 20 лет выросло более чем в 100 раз, и ежегодный их прирост составляет за последние пять лет в среднем 19,2% в год. К сожалению, из опубликованных за последние 5 лет 175 тыс научных статей с ключевыми словами «Translational Sciences» только 30 имеют российскую аффилиацию (по данным Scopus). Приходится признать, что в Российской Федерации сегодня наблюдается существенное отставание в области трансляционной биомедицины - в объемах исследований и публикаций, в организационном, институциональном и финансовом обеспечении. Представляемый проект программы «Трансляционная медицина в СПбГУ» нацелен на решение этой проблемы и будет первым примером системного объединения усилий российских клиницистов и исследователей в различных областях науки для ускорения применения новых и современных подходов в клинической практике. Научные направления комплексной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» Создание и использование биобанка для комплексного биомедицинского исследования основ здоровья и долголетия человека (руководитель профессор Ю. О. Чернов). В ходе работы по данному направлению будет, впервые в России, создан Региональный (в перспективе, Национальный) Биобанк для хранения биологического материала (до 100 тысяч образцов от 20-30 тысяч индивидуумов) и проведения широкомасштабных исследований. Будет проведено генетическое исследование образцов Биобанка методом полногеномного секвенирования (NGS). Результаты данного исследования будут сопоставлены с клинико-лабораторными исследованиями, исследованиями преморбидного фона и неблагоприятных факторов внешней среды, которые могут оказать влиянии на раннюю манифестацию заболеваний с наследственной предрасположенностью и реабилитационные процедуры. Будут изучены социально-психологические факторы успешности рекрутирования для донорства в биобанк представителей различных групп населения. На основании этих данных, будут разработаны рекомендации по преодолению социально-психологических барьеров развития биобанкинга в России. Собранные в Биобанке материалы и информация будут использованы для проведения комплексных биомедицинских и биопсихосоциальных исследований на группах индивидуумов перечисленных ниже. Будет проведён анализ генетической предрасположенности и влияния экологических факторов риска на возникновение нейродегенеративных (болезнь Альцгеймера, Паркинсона, и др.) и других амилоидных (диабет II типа и др.) заболеваний. Будут разработаны рекомендации для профилактики амилоидных заболеваний и разработаны новые методов детекции амилоидов и ранней не-инвазивной молекулярной диагностики. Будет проведён анализ генетической предрасположенности к комплексным репродуктивным и сердечно-сосудистым (ишемической болезни сердца, гипертонии, ожирению и др.) заболеваниям в различных популяционных, нозологических, репродуктивных и возрастных группах. Будут определены генетические и эпигенетические маркеры, имеющие прогностическую значимость при оценке наследственной предрасположенности к нарушениям репродуктивной системы человека и к социально-значимым сердечно-сосудистым заболеваниям, и разработаны подходы и рекомендации для персонализированной медицины этих заболеваний. Будет проведено исследование влияния экологических факторов (таких как гипоксия в естественных и искусственных условиях), реабилитационных процедур и наследственности на эффективное восстановление организма человека (включая анализ биоматериалов лиц, которые проходят реабилитацию, и спортсменов, выполняющих нагрузки в условиях гипоксии). Будут определены маркеры, имеющие прогностическую значимость при определении влияния физических напряжений на функциональное состояние, а также для разработки индивидуальных реабилитационных программ и для определении эффективности различных оздоровительных технологий. Будут разработаны и внедрены инновационные компоненты и программы проведения мониторинга физического состояния студентов, включающие в себя тесное взаимодействие поликлинического, лабораторного и научного звена проведения мониторинга. Будут исследованы механизмы возникновения и функционирования языка и высших когнитивных функций, разработаны методы диагностики и коррекции дефектов высших когнитивных функций, осуществлена попытка формализации этих механизмов для использования в нейрокибернетических технологиях. Будет проведено исследование соотношения генетических и приобретенных характеристик основ когнитивной деятельности, включая анализ спектра различных когнитивных патологий, таких как синдром дефицита внимания и гиперактивности (СДВГ), дислексия и дисграфия, специфические семейные языковые расстройства, аутизм, шизофрения и депрессия. Будут выявлены социальные и психологические факторы, наиболее тесно связанные с манифестацией заболевания и успешностью лечения больных тем или иным социально значимым и опасным заболеванием. Полученные результаты будут опубликованы в виде серии статей в научных журналах с высоким индексом цитирования. В ходе проекта будет осуществляться подготовка студентов, аспирантов, докторантов и интернов, получающих опыт и квалификацию в области биобанкинга. Биобанк СПбГУ послужит основой для функционирования Центра Трансляционной Биомедицины в СПБГУ как источник материала для последующего анализа и трансляции полученных знаний в экспериментальные модели на животных и разработки новых профилактических, диагностических и терапевтических подходов. Алгоритмическая биоинформатика (руководитель профессор П. А. Певзнер). Приход новых технологий в персонализированную медицину вызвал стремительный рост накопления данных, анализ которых потребовал разработки новых методов алгоритмической биологии. Экономический прогноз предсказывает рост рынка персонализированной медицины до 100 млрд долларов к 2020 году, а с учетом сиквенсной и аналитической составляющей мировой рынок возрастет до 40 миллиардов долларов. Биоинформатика представляет собой большую и быстро растущую часть этого рынка. Развитие современной биотехнологии и персонализированной медицины в России также невозможно без разработки алгоритмов и программного обеспечения. Предлагаемый нами Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии (CBAB) будет разрабатывать алгоритмы для трех ключевых новейших технологий: секвенирование ДНК нового поколения, секвенирование антител и антибиотиков. Пионерские разработки профессора Певзнера во всех этих направлениях исследований привели к обширному сотрудничеству с ведущими учеными мира, работающими с этими современными технологиями, такими как Illumina, BioNano и Life Technologies (лидеры в технологии сиквенса ДНК), Genentech (лидер в отрасли антител), DNAnexus (лидер в вычислительной геномике), Digital Proteomics (лидер в области анализа последовательностей антител), EMC (лидер в анализе больших данных с большим исследовательским центром в России), BioCad (ведущая компания в России в сфере изучения антител), и AlkorBio (ведущая компания в области медицинской геномики в России). Мы предлагаем разработку принципиально новых подходов решения задач, а не клонирование известных западных образцов. За последние три года, молодые ученые из лаборатории алгоритмической биологии в Санкт-Петербурге (основана П.А.Певзнером в 2011 году) стали мировыми лидерами в вычислительных аспектах секвенирования следующего поколения (NGS) и секвенирования геномов единичных клеток (ГТК), одном из самых перспективных новых направлений современной геномики. Совместно с ведущими американскими центрами, они привели целый ряд совместных проектов по анализу "серой материи жизни", клинических патогенов, и редких микроорганизмов из глубин океана. В сотрудничестве с Тихоокеанской северо-западной национальной лабораторией (PNNL), они также разработали инновационный подход анализа последовательностей антитела. Таким образом, группа представляет собой коллектив мирового уровня, который успешно работает в России, а не Западе. Накопленный опыт и знания Центр применит при решении важнейших технологических проблем, стоящих перед российской биомедициной. Например, в то время как персонализированная медицина уже уверенно входит в медицинскую диагностику в лучших больницах США, в российской медицине такой тенденции еще не наблюдается. Наш Центр имеет возможность не только догнать современную вычислительную методологию персонализированной медицины западных стран, но и продвинуться дальше в решении таких задач, как персонализированный анализ индивидуальных микроорганизмов микробиоты человека, разработка новых лекарственных препаратов и анализа сфер их применения. Несмотря на то, что задача получения терапевтических антител является приоритетной задачей стратегической программы Фарма 2020 российского правительства, в России есть лишь малое число компаний, работающих над развитием совершенно новых лекарственных препаратов на основе антител. В результате, дорогие новейшие препараты зачастую не доступны российским пациентам. Другим примером важнейшей области, требующей новых эффективных вычислительных методов, является область борьбы с антибиотико-устойчивыми заболеваниями, которые представляют собой одну из основных угроз здоровью человека во всем мире (что усиливается в России в связи с отсутствием регулирующих правил). Разработка интенсивных компьютерных технологий для создания новых антибиотиков в России невозможна без математических алгоритмов и биоинформатических подходов, на развитие и создание которых будет направлена деятельность Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии (ЦБАБ) СПбГУ. Таким образом Центр ставит перед собой задачи обеспечить разработку новых вычислительных технологий для персонализированной медицины и биотехнологии, разработать междисциплинарные исследования и программу обучения в области биоинформатики, сотрудничать с ведущими академическими институтами и компаниями в России и за рубежом с целю применения разработанных геномных технологий в сфере создания новых лекарств, а также способствовать установлению научного и прикладного лидерства СПбГУ в области современной биотехнологии и биомедицины. Мы планируем создавать объекты интеллектуальной собственности с целью перевода их в новые продукты. Решение всех этих задач имеет решающее значение для успешного развития биомедицинских наук и создания портфеля интеллектуальной собственности СПбГУ. Своей приоритетной задачей Центр видит внедрение трех новых технологий биоинформатики в практику российской биомедицинской науки и в сотни и тысячи биомедицинских исследований по всему миру. Достижение этой цели немедленно поставит СПбГУ в ряд лучших биоинформатических и биотехнологических центров мира и приведет к прогрессу в персонализированной геномике, в области создания клинических антител и открытию новых антибиотиков в России. Трансгенные модели заболеваний человека на экспериментальных животных (руководитель профессор Р. Р. Гайнетдинов). Одним из критических компонентов исследований в области трансляционной медицины является трансляция накопленных знаний по этиологии и патологии заболеваний полученными разнообразными биомедицинскими методами, включающими в том числе генетический и протеомный анализ, в экспериментальные модели заболеваний человека на животных. В свою очередь, последующее изучение на этих моделях патологических процессов, идентификация потенциальных мишеней для терапевтического воздействия и поиск новых лекарственных средств должно транслироваться в клинику в виде новых диагностических подходов или методов терапии. Использование этих моделей позволяет оценить эффективность и безопасность лекарственных средств до начала клинических исследований и, тем самым, минимизировать временные и финансовые риски, связанные с научными разработками. Таким образом, проблема создания наиболее адекватных экспериментальных моделей заболеваний человека на животных стоит во всем мире и рассматривается как приоритетная в биомедицинских исследованиях. В последние годы активно используются генетически модифицированные животные в качестве моделей заболеваний, в этиологии которых задействованы генетические факторы, и растет понимание, что они являются исключительно важным инструментом в трансляционной медицине и современной фармакологии. В списке таких заболеваний числятся многие неврологические и психические заболевания, а также онкологические, иммунные, кардиологические и другие. В ближайшие годы, генетически модифицированные мыши будут оставаться наиболее часто используемыми моделями в доклинической фармакологии и трансляционной медицины. Недавно появившаяся возможность создавать генетически модифицированных крыс является дополнительным фактором, который значительно повышает научную новизну и значимость этого направления с точки зрения точности последующей трансляции результатов исследований на человеческие заболевания и способы их лечения. В рамках данного направления, мы планируем создать коллекцию из наиболее актуальных моделей заболеваний человека на трансгенных животных. На начальном этапе мы сосредоточимся, в основном, на моделях заболеваний мозга. В частности, мы предлагаем использовать модели генетически измененных мышей и крыс со специфическими изменениями в отдельных компонентах системы базальных ганглиев и фронтальной коры. Понимание вовлечения различных нейротрансмиттерных систем в развитие психических и неврологических патологий, полученное в результате генетических модификаций, позволит разрабатывать и тестировать новые лекарственные средства для лечения таких патологий как шизофрения, биполярные расстройства, синдрома дефицита внимания и гиперактивности (СДВГ), депрессия а также болезнь Паркинсона. Фундаментальные знания по механизмам действия подобных лекарственных препаратов, позволят разработать новые эффективные терапевтические мишени. Данные по мишеням являются не только объектами для патентования, но и коммерчески востребованы фармацевтической индустрией, а значит, являются продуктом коммерциализации научных разработок. Кроме того, мы планируем проводить скрининговые исследования на уже созданных и валидизированных генетически измененных животных в сотрудничестве с фармацевтическими компаниями. Эти исследования и разработка новых моделей позволит нам установить долгосрочные отношения с российскими и международными фармацевтическими компаниями, которые заинтересованы в разработке новых терапевтических препаратов для заболеваний мозга. В дальнейшем мы предполагаем расширить эту коллекцию за счет моделей других заболеваний человека путем создания линий трансгенных лабораторных животных, актуальных для исследований кардиологии, диабета, болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера, психических и когнитивных нарушений и др. на основаниии геномного и протеомного анализа биобанка пациентов создаваемого в СПБГУ. На этих вновь-созданных мутантных животных будут проведены детальные исследования с применением молекулярных, биохимических, нейрохимических и широким спектром поведенческих подходов. Таким образом, это направление проекта будет сконцентрировано на: 1) Фундаментальные исследования, направленные на разработку новых моделей экспериментальных заболеваний человека, изучения патологических процессов и выявления новых молекулярных мишеней для лечения этих заболеваний. Основываясь на этих исследованиях и собственном скрининге, будет разработан портфель новых фармакологически активных молекул для ряда заболеваний. 2) Фармакологические исследования в сотрудничестве с российскими и международными фармацевтическими компаниями. 3) Образовательная деятельность, направленная на подготовку специалистов в СПБГУ в этой области. Молекулярный дизайн и синтез новых биологически активных соединений для разработки инновационных лекарственных препаратов (профессор М. Ю. Красавин). Разработка новых низкомолекулярных биологически активных соединений (прототипов будущих лекарственных препаратов) – один из наиболее важных компонентов трансляционной медицины. Поэтому в рамках настоящего проекта будет развиваться направление, нацеленное на молекулярный дизайн и синтез новых биологически активных соединений. Сегодня во всем мире сложился серьезный кризис продуктивности в области разработки новых препаратов. На фоне и без того крайне высокой стоимости разработки наблюдается устойчивое снижение числа новых одобренных препаратов, а неуклонно возраставшие до недавнего времени инвестиции в инфраструктуру не дали ожидаемого эффекта. Фармацевтическая наука и производство находятся в разгаре переосмысления самой основы того, как ведутся исследования и разработки. Наблюдается устойчивый крен в сторону открытых инноваций, усиления роли эвристики и нестандартных подходов, свойственных академической науке. На последнюю промышленностью делается особо серьезная ставка в плане проведения кардинальных изменений того, как в 21 веке будут разрабатываться новые лекарства. В ближайшие десятилетия именно разрабатываемые в университетах и академических институтах (а также в создаваемых внутри таковых инновационных startup-компаниях) прототипы могут стать основой выпускаемых в клинику новых препаратов. Одна из системных проблем с продуктивностью в фармацевтической промышленности состоит и в том, что недостаточно внимания уделялось качеству выбираемых для изучения химических серий. Анализ этой ситуации позволил сформулировать ряд основных положений, на которые должны быть направлены современные химические исследования в биомедицинской области, чтобы разрешить сложившуюся кризисную ситуацию. Нами будет вестись работа по двум основополагающим направлениям: 1) развитие так называемого платформенного подхода к синтезу новых биологически активных веществ (где мы опираемся на накопленный нашим коллективом опыт развития инновационной платформы многокомпонентных реакций или МКР) – «платформа МКР», и 2) использование массива известных на сегодняшний день биологически активных природных соединений (ПС) или аналогов, их химической модификации путем введения в структуру различных фармакофорных фрагментов с целью создания нового поколения так называемых лид-соединений с улучшенным профилем биологической активности и фармацевтически значимых физико-химических свойств - «платформа ПС». На сегодняшний день у нас существует серьезный задел в работе над рядом важных биологических мишеней, и в начальной фазе проекта мы продолжим работать по намеченной тематике. Тем самым будет создана критическая масса навыков и компетенций внутри создаваемой команды (а также созданы признаваемые стартовые позиции в плане новых публикаций коллектива) в области синтетической органической, медицинской химии, дизайна новых лекарственных препаратов и доклинических аспектов их разработки. Однако далее, после реализации данного задела, логика и приоритеты исследований будут во многом диктоваться теми результатами, которые получат остальные группы Центра трансляционной бимедицины СПбГУ. Ожидается, что в результате усилий по генотипированию и протеомному анализу образцов из Биобанка СПбГУ, а также изучения механизмов возникновения патологических состояний, проведенных на трансгенных животных, будут валидирован ряд новых биологических мишеней с терапевтическим потенциалом в области заболеваний сердечно-сосудистой системы и головного мозга. Поскольку данное направление, наряду с другими, является интегральной частью одного проекта, мы планируем использовать вновь возникающую в ходе выполнения проекта информацию о новых мишенях, чтобы применить отработанные нами походы в медицинско-химическом дизайне и предложить первые в своем роде (first in class) модуляторы (ингибиторы или потенциаторы) этих новых мишеней. Наличие не только вновь валидированных биологических мишеней, но и доступных трансгенных моделей заболевания, вкупе с новыми химическими модуляторами этих мишеней - позволит ускорить дальнейшую разработку таких соединений и обеспечить многие трансляционные аспекты нашего проекта. Предыдущие направления также прекрасно интегрируются с пятым направлением данного проекта, а именно - «Биодеградируемые наноконструкции для фармакологии: создание биомиметических систем доставки лекарств и блокирования патогенов». 5. Биодеградируемые наноконструкции для фармакологии: создание биомиметических систем доставки лекарств и блокирования патогенов (руководитель профессор Т. Б. Тенникова) Создание новых технологий доставки лекарственных препаратов является в конечном итоге логическим развитием процесса разработки современных лекарственных препаратов и исследования такого рода существенно улучшает уровень вновь создаваемых клинических подходов к терапии. Высокоспецифическое молекулярное распознавание является одним из фундаментальных принципов функционирования живых систем и определяет все важнейшие молекулярно-биологические процессы в живом организме, включая взаимодействия гормон-рецептор и антиген-антитело, матричные биосинтезы, ферментативные реакции, трансмембранный транспорт веществ и т.д. Использование этого принципа в создании искусственных биодеградируемых наноконстукций, комплементарных к четко обозначенным молекулярным мишеням, может служить чрезвычайно эффективной терапевтической стратегией, направленной на обеспечение высокой селективности и специфичности узнавания, планирования прочного связывания и переноса различных лекарств при анализе патологических состояний организма на молекулярном уровне. Разрабатываемый нами биомиметический подход является абсолютно инновационным, который позволит повысить эффективность терапии и свести к минимуму ее побочные эффекты. В связи с этим общей целью представляемого научного направления является разработка принципиально новой стратегии терапии социально-значимых и опасных заболеваний, включая тяжелые инфекционные и аутоиммунные заболевания (вирусные гепатиты, ВИЧ, туберкулез, сахарный диабет и др). Запланированное исследование включает разработку и оптимизацию методов синтеза биодеградируемых (со)полимеров циклических производных гидрокси- и аминокислот, в частности, с использованием абсолютно новых инициаторов на основе координационных металлоорганических комплексов, а также методов формирования моноразмерных наночастиц различной морфологии. В химической части работы предполагается применение оригинального подхода функционализации частиц различными биологическими лигандами с целью создания биомиметической поверхности, участвующей в незатрудненном высокоспецифическом взаимодействии с патогеном. Действие описываемых «наноловушек» основано, во-первых, на адресной доставке в кровотоке мультифункциональной наночастицы к искомому патогену или рецептору и, во-вторых, на образовании специфического комплекса между лигандом поверхности частицы и соответствующим комплементарным фрагментом патогенной частицы. Уникальность предлагаемой стратегии заключается в возможности широкой вариации лигандного покрытия. Например, помимо специфичного к таргетному объекту лиганда, предполагается введение молекулярных векторов, способствующих вторичному взаимодействию комплекса с клетками иммунной системы, обеспечивающей выведение частицы из кровотока. В качестве специфических лигандов связывания патогенов в проекте планируется использование соответствующих рекомбинантных фрагментов белков, вовлеченных в патогенез вышеупомянутых заболеваний. Будут использованы методы биоинформатики, включая стратегии сравнительной геномики и протеомики, которые идеально подходит для поиска коротких специфических участков белков, вирусных частиц, патогенов, поверхностных рецепторов клеток и т.д., подбора оптимальных комплементарых пар и моделирования in silico высокоспецифических белок-белковых, белок-пептидных и др. типов взаимодействий. Создание моделей позволит провести предварительную оценку in vitro специфических взаимодействий патоген-рецептор методами, разработанными в нашем коллективе: высокоскоростной аффинной хроматографии на монолитных сорбентах и анализе на чипе той же морфологической структуры операционного слоя. Отдельные этапы проекта планируется посвятить исследованию in vitro внутриклеточной (макрофаги) деградации исходных наночастиц различной природы с использованием для визуализации процесса инкапсулированных фосфоресцентных металлоорганических комплексов и, на конечном этапе, апробации предложенной стратегии на культурах клеток in vitro и на моделях экспериментальных животных in vivo. Накопленный опыт и дальнейшее развитие разрабатываемой технологии будут использованы для получения наноконструкций направленного интрацеллюлярного действия, что существенно расширит их области применения, например, в терапии генетических заболеваний, в том числе, головного мозга. Главным результатом исследования является разработка и предварительная апробация абсолютно новой стратегии лечения сложных заболеваний. Выбранные модели заболеваний чрезвычайно распространены в мире и требуют сложной и весьма дорогостоящей и не всегда эффективной терапии. Разработка инновационных лекарственных средств новейшего поколения представляет высокую социальную значимость и может иметь существенную экономическую выгоду. В процессе выполнения представляемого междисциплинарного проекта планируется получение значимых результатов в области полимерной, коллоидной, тонкой органической, биоорганической и неорганической химии, биохимии, а также молекулярной и клеточной биологии и экспериментальной медицины, поэтому в проекте будут задействованы специалисты химического и медико-биологического профилей. В частности, разработка и оптимизация методов синтеза биодеградируемых полимеров на основе циклических производных гидрокси- и аминокислот с использованием новых металлоорганических координационных соединений, которые проходят апробацию в качестве катализаторов органических реакций, но никогда не использовались как инициаторы полимеризации с раскрытием цикла, представляет несомненную научную новизну и научную значимость. В особой степени, это касается полимеризации карбоксиангидридов аминокислот, где обычно в качестве инициаторов используются амины различного строения. Сравнение эффективности биоспецифических взаимодействий, у становленных в результате исследования биосинтетических (фрагменты белков) и синтетических (пептиды) комплементарных пар будет важным с точки зоения прямой оценки влияния пространственной конформации пептида на его способность связываться с молекулой партнера. Получение частиц с контролируемым и чрезвычайно узким распределением размеров с использованием методов одинарной и двойной эмульсии также представляет научную и практическую ценность ввиду резкого повышения интереса к системам адресной доставки лекарств. Разработка оригинального метода биологической функционализации наноносителей, обеспечивающей выполнение нескольких медицинских задач, внесет важный вклад как в химическую, так и в биомедицинскую области науки. С точки зрения экономического эффекта, разработанный подход к созданию биомиметических систем, наряду с возможностью инкапсулирования дополнительного лекарственного средства внутрь частиц, может выражаться в снижении затрат на курс лекарственной терапии одного пациента. Снижение риска побочных эффектов из-за четкой обозначенности молекулярной мишени и сокращении времени терапии определяет социальную значимость полученного результата. В целом предлагаемая программа «Трансляционная медицина в СПбГУ» нацелена на объединение сильнейших групп клиницистов и ученых из разных областей наук для трансляции информации и знаний по цепочке «пациент - коллекции биобанка – системный анализ данных – идентификация патологических механизмов – определение мишеней для лекарственных препаратов – синтез биологически активных препаратов и разработка новых принципов их направленной доставки», что замыкает полный цикл трансляции с переносом полученных знаний и технологий в клинику к пациентам!. Очевидно, что предлагаемые пять направлений программы не охватывают все области трансляционной биомедицины, однако они критически важны для интеграции клинических наблюдений, геномики, протеомики, системной биологии, и других высокопроизводительных технологий, трансгенных моделей животных, новых принципов фармакологии (в синтезе и направленной доставке лекарств), а также развития когнитивной науки на базе системного анализа биомедицинской и социогуманитарной информации в различных когортах населения. Такого рода интеграция позволит, пожалуй, впервые в российской практике создать прочные междисциплинарные связи в рамках одного проекта, которые станут залогом создания принципиально нового подхода к решению проблем общественного здоровья и персонализированной медицины. С точки зрения продвижения университета в международных рейтингах важным следствием реализации проекта является существенное увеличение числа публикаций членами коллективов программы по сравнению со средними цифрами по университету в целом. Так в настоящее время число публикаций за пять лет в расчете на одного НПР СПбГУ в журналах индексируемых в базах данных WoS и Scopus составляет 1.2, тогда как прогнозное значение этого индикатора для всех коллективов, за исключением научного коллектива Биобанка, почти в два раза выше этой цифры. Очевидно также, что воплощение этого проекта даст возможность создать в СПбГУ столь необходимую инфраструктуру (SPF виварий, биобанк, компьютерные мощности) для продвижения подходов Трансляционной Медицины в других направлениях, а также позволит студентам университета получить знания и опыт работы в стремительно развивающихся областях Трансляционной Медицины.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2014 году
-

 

Публикации


Аннотация результатов, полученных в 2015 году
Одним из важнейших трендов в современной биомедицине и исследованиях в области общественного здоровья является быстрое развитие такой новой дисциплины как трансляционная биомедицина. Ее основная цель – улучшение состояния здоровья каждого человека и общества в целом с помощью «трансляции» результатов междисциплинарных исследований в диагностические инструменты, лечебные процедуры, медицинскую политику и образование. Поэтому реализация комплексной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» обладает бесспорной научной и практической актуальностью для развития фундаментальной и прикладной медицинской науки в России. В декабре 2014 года Санкт-Петербургский государственный университет выиграл конкурс на получение грантов по приоритетному направлению деятельности РНФ «Реализация комплексных научных программ организаций» по развитию трансляционной биомедицины в СПбГУ. В феврале 2015 года был создан Институт трансляционной биомедицины (ИТБМ) СПбГУ, который 1 апреля 2015 года возглавил известный нейробиолог Рауль Радикович Гайнетдинов. Основные цели создания Института: – формирование сети междисциплинарных исследовательских групп, сфокусированных на проблемах трансляционной биомедицины; – фундаментальные исследования, направленные на изучение патологических процессов заболеваний человека, выявления новых способов их диагностики и лечения; – образовательная деятельность, направленная на подготовку в СПбГУ специалистов в области трансляционной биомедицины. Основные научные направления: медицинская и популяционная генетика, биоинформатика, молекулярная и клеточная биология, нейропсихиатрические заболевания, нейропротезирование, кардиология, разработка лекарственных средств и методов их доставки. В 2015 году в рамках Института трансляционной биомедицины было создано восемь лабораторий: 1) Лаборатория нейробиологии и молекулярной фармакологии (Гайнетдинов Р.Р.) 2) Лаборатория геномных и протеомных исследований (Чернов Ю.О.) 3) Лаборатория химической фармакологии (Красавин М.Ю.) 4) Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» (Певзнер П.А.) 5) Межкафедральная лаборатория биомедицинской химии (Тенникова Т.Б.) 6) Лаборатория клеточной биологии (Шупляков О.В.) 7) Лаборатория биологической психиатрии (Калуев А.В.) 8) Лаборатория нейропротезов (Мусиенко П.Е.) Стоит отметить, что первые пять лабораторий были созданы на основе данного гранта РНФ, тогда как лаборатории нейропротезов, клеточной биологии, биологической психиатрии и биомедицинской химии функционируют благодаря другим (внутренним и внешним) источникам финансирования. При этом активная кооперация между данными исследовательскими группами уже происходит. По мере развития и получения дополнительного финансирования планируется дальнейшее увеличение числа лабораторий и актуальных направлений трансляционной биомедицины, представленных в Институте. В настоящее время идут пусконаладочные работы по установке модульного вивария, которые должны завершиться в марте 2016 года. Важно отметить, что благодаря эффективному импортозамещению (закупке вивария российского производства), появилась возможность закупок большего числа ИВК клеток и сопутствующего оборудования, что позволяет расширить площади для содержания животных. Квалифицированные сотрудники в СПбГУ уже есть, а значит, после сдачи вивария в эксплуатацию колонии мутантных мышей и крыс будут установлены в кратчайшие сроки. За 2015 год было проведено более двадцати значимых мероприятий с участием Института трансляционной биомедицины СПбГУ. Профессор Р.Р. Гайнетдинов участвовал в научных семинарах и выступал с презентациями об исследованиях СПбГУ в области трансляционной биомедицины в Башкирском государственном университете (Уфа), в Институте цитологии и генетики СО РАН и в Институте физиологии СО РАН (Новосибирск), а также в Химико-фармацевтической академии (Санкт-Петербург). Стоит подчеркнуть, что всего в 2015 году сотрудниками ИТБМ опубликовано (включая статьи принятые в печать) более 70 статей с аффилиацией СПбГУ (34 из них имеют аффилиацию ИТБМ СПбГУ). Необходимо также отметить, что публикации команды программы составляют по данным PubMed 29 из 40 российских статей по трансляционной биомедицине (поиск: translational biomedicine Russia), тогда как всего по этой тематике опубликовано 930 статей (из них около 400 – за 2015 г.). За первый год программы была произведена отработка методики CRISPR-Cas для создания новых пород трансгенных животных. Возможности ИТБМ СПбГУ позволили лаборатории алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского университета под руководством Павла Певзнера работать над тем, чтобы сделать процесс создания новых антибиотиков более быстрым и менее трудоемким. Их программное SPAdes-семейство на базе известного ассемблера SPAdes (более 400 ссылок в 2015 г.) теперь включает truSPAdes (принято к публикации в Nature Methods), dipSPAdes (опубликовано в J. Comp. Biol.) и hybridSPAdes (опубликовано в Bioinformatics). Сейчас в лаборатории создают программу, которая поможет определять все антибиотики, производящиеся в колонии бактерий, и оценивать, какие из них можно использовать в качестве лекарства. Это позволит решить одну из главных задач биомедицины – проблему резистентности бактерий к антибиотикам. В области разработки новых синтетических подходов для дизайна лекарственно-подобных (druglike) соединений участниками программы освоено принципиально новое пространство гетероциклических скаффолдов, получаемых по реакции Кастаньоли-Кушмана (Org Lett), чем создан важный прорыв в плане области применения многокомпонентной химии. В области дизайна потентных ингибиторов карбоангидраз человека впервые продемонстрированы возможности получения таковых на основе разнообразия гетероциклических скаффодов. Впервые проведены широкомасштабные исследования одновременно по нескольким направлениям, позволившие создать научно-обоснованный алгоритм формирования наноконструкций для адресной доставки лекарств современнейшего поколения и включавшие следующие этапы: • разработку и оптимизацию методов синтеза биодеградируемых полимеров на основе гидрокси- и аминокислот, в частности, в присутствии новых, не описанных в литературе катализаторов, в том числе, ферментов; • всесторонний анализ полученных полимерных продуктов (молекулярная масса, молекулярно-массовое распределение, состав сополимеров); • детальное исследование деградации полимеров в модельных и физиологических средах с целью установления ее механизма и методов регулирования; • разработку и оптимизацию процессов формирования частиц различной природы и морфологии, оригинальных методов их поверхностной функционализации, включая биологические лиганды, а также спиновые и люминесцентные метки, вводимые в наночастицы на стадии синтеза исходного полимера; • разработку методов контролируемого инкапсулирования и высвобождения модельных лекарственных соединений и меток-индикаторов; • исследования в культурах клеток как нативных наночастиц, так и наноконтейнеров, наполненных люминесцентными соединениями, с целью определения их цитотоксичности, возможности эндоцитоза и визуализации процессов высвобождения метки на внутриклеточном уровне. Создан Биобанк для хранения биологического материала (более 5000 образцов). Проведен сбор материала, анкетирование, получено информированное согласие групп участников в специализированных медицинских кабинетах. Разработаны критерии проведения исследований, с учетом опыта ведущих Биобанков мира. Изучены информированность о биобанке, установки к донорству, а также факторы готовности к донорству в биобанк. С помощью биоинформационного алгоритма "Arch candy" составлена база из 57 последовательностей, содержащей гены, кодирующие известные и прогнозируемые амилоидогенные белки и белки-шапероны человека. Оптимизирована система проверки свойств белков человека на основании фенотипической детекции в дрожжах. Выявлены новые шапероны человека потенциально вовлечённые в формирование и распространение амилоидов. Выявлены маркеры, значимые при диагностике наследственной предрасположенности к социально-значимым сердечно-сосудистым заболеваниям. Разработан новый метод детекции мутаций при сложных беременностях. Выбраны наиболее эффективные методики для реабилитации больных заболеваниями сердечно-сосудистой системы. Выбраны маркеры для прогноза влияния физических напряжений на функциональное состояние, а также эффективности оздоровительных технологий. Создан банк данных разных вариантов речевой деятельности. В 2015 году ресурсный центр Биобанк Научного парка СПбГУ стал участником реализации программы «Альфа-Эндо» (4,9 млн. руб.). В рамках этой программы реализуются возможности геномного секвенирования для диагностики эндокринной патологии. Получены результаты секвенирования экзомов пациентов. Впервые в России подготовлен прототип клинической интерпретации данных секвенирования экзома. Подробная информация о деятельности Института трансляционной биомедицины представлена на портале СПбГУ: http://biomedinstitute.spbu.ru/.

 

Публикации

1. A.S. Glotov, E.S. Sinitsyna, M.M. Danilova, E.S. Vashukova, J.G. Walter, F. Stahl, V.S. Baranov, E.G. Vlakh, T.B. Tennikova Detection of human genome mutations associated with pregnancy complications using 3-D microarray based on macroporous polymer monoliths TALANTA, V. 147, P. 537-546 (год публикации - 2016).

2. Beis D, Holzwarth K, Flinders M, Bader M, Wohr M and Alenina N. Brain serotonin deficiency leads to social communication deficits in mice Biology Letters, - (год публикации - 2015).

3. Bertin, MJ; Schwartz, SL; Lee, J; Korobeynikov, A; Dorrestein, PC; Gerwick, L; Gerwick, WH Spongosine Production by a Vibrio harveyi Strain Associated with the Sponge Tectitethya crypta Journal of Natural Products, 78, 3, 493-499 (год публикации - 2015).

4. Boudreau, PD; Monroe, EA Mehrotra, S; Desfor, S; Korobeynikov, A; Sherman, DH; Murray, TF; Gerwick, L; Dorrestein, PC; Gerwick, WH Expanding the Described Metabolome of the Marine Cyanobacterium Moorea producens JHB through Orthogonal Natural Products Workflows PLoS One, 10, 7, e0133297 (год публикации - 2015).

5. Budygin EA, Weiner JL. Exploring the Neurochemical Basis of Alcohol Addiction- Related Behaviors: Translational Research Translational Biomedicine, - (год публикации - 2015).

6. Chernoff, Y.O. The call of the unknown: The story of [PSI+]. Prion., 9(5), (in press). (год публикации - 2015).

7. Chernova, T.A.; Wilkinson, K.D.; Chernoff, Y.O. Prions, chaperones and proteostasis in yeast Prion Biology (S.B. Prusiner ed.), Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 2016 Nov 4. pii: a023663. (год публикации - 2016).

8. Chizhova, M. E.; Bakulina, O. Yu.; Ivanov, A. Yu.; Lobanov, P. S.; Dar’in, D. V. Facile synthesis of pyrido[2,3-d]pyrimidines via cyclocondensation of 4,6-dichloro-2-methylsulfanylpyrimidine-5-carbaldehyde with beta-substituted beta-aminoacrylic esters. Tetrahedron, Vol. 71, pp. 6196-6203 (год публикации - 2015).

9. Colasante G, Lignani G, Rubio A, Medrihan L, Yekhlef L, Sessa A, Massimino L, Giannelli SG, Sacchetti S, Caiazzo M, Leo D, Alexopoulou D, Dell'Anno MT, Ciabatti E, Orlando M, Studer M, Dahl A, Gainetdinov RR, Taverna S, Benfenati F, Broccoli V. Rapid Conversion of Fibroblasts into Functional Forebrain GABAergic Interneurons by Direct Genetic Reprogramming. Cell Stem Cell, 3;17(6):719-34 (год публикации - 2015).

10. Dar'in, D.; Bakulina, O.; Chizhova, M.; Krasavin, M. New Heterocyclic Product Space for the Castagnoli-Cushman Three-Component Reaction. Organic Letters, Vol. 17, pp. 3930-3933 (год публикации - 2015).

11. Glotov A.S., Kazakov S.V., Zhukova E.A., Alexandrov A.V., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A.A., Shalyto A.A., Baranov V.S. Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group. Clinica Chimica Acta., №446. (2015). Pp. 132–140. (год публикации - 2015).

12. Hainer C, Mosienko V, Koutsikou S, Crook JJ, Gloss B, Kasparov S, Lumb BM, and Alenina N. Beyond Gene Inactivation: Evolution of Tools for Analysis of Serotonergic Circuitry ACS Chemical Neuroscience, - (год публикации - 2015).

13. Iakovenko, R.; Kazakova, A.; Muzalevkiy, V.; Ivanov, A.; Boyarskaya, I. A.; Chicca, A.; Petrucci, V.; Gertsch, J.; Krasavin, M.; Starova, G. L.; Zolotarev, A. A.; Avdontceva, M. S.; Nenajdenko, V.; Vasilyev, A. Reactions of CF3-enones with arenes under superelectrophilic activation: a pathway to trans-1,3-diaryl-1-CF3-indanes, new cannabinoid receptor ligands. Organic and Biomolecular Chemistry, Vol. 13, pp. 8827-8842 (год публикации - 2015).

14. Karamysheva, K.; Reutskaya, E.; Sapegin, A.; Dorogov, M.; Krasavin, M. Atom-economical construction of tetracyclic [1,4]oxazepines involving intramolecular arylation of a 2-imidazoline moiety. Tetrahedron Letters, Vol. 56, pp. 5632-5636 (год публикации - 2015).

15. Kira Vyatkina, Si Wu, Lennard J. M. Dekker, Martijn M. VanDuijn, Xiaowen Liu, Nikola Toli, Mikhail Dvorkin, Sonya Alexandrova, Theo M. Luider, Ljiljana Paša-Toli, and Pavel A. Pevzner De novo sequencing of peptides from top-down tandem mass spectra Journal of Proteome Research, 14, 11, pp 4450–4462 (год публикации - 2015).

16. Kleigrewe, K; Almaliti, J; Tian, IY; Kinnel, RB; Korobeynikov, A; Monroe, EA; Duggan, BM; Di Marzo, V; Sherman, DH; Dorrestein, PC; Gerwick, L; Gerwick, WH Combining Mass Spectrometric Metabolic Profiling with Genomic Analysis: A Powerful Approach for Discovering Natural Products from Cyanobacteria Journal of Natural Products, 78, 7, 1671-1682 (год публикации - 2015).

17. Krasavin, M.; Korsakov, M.; Dorogov, M.; Tuccinardi, T.; Dedeoglu, N.; Supuran, C. T. Probing the ‘bipolar’ nature of the carbonic anhydrase active site: Aromatic sulfonamides containing 1,3-oxazol-5-yl moiety as picomolar inhibitors of cytosolic CA I and CA II isoforms. European Journal of Medicinal Chemistry, Vol. 101, pp. 334-347 (год публикации - 2015).

18. Krasavin, M.; Mujumdar, P.; Parchinsky, V.; Vinogradova, T.; Manicheva, O.; Dogonadze, M. Library of diversely substituted 2-(quinolin-4-yl)imidazolines delivers novel non-cytotoxic antitubercular leads. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 31, 1146-1155 (год публикации - 2016).

19. Lakontseva, E.; Karapetian, R.; Krasavin, M. New Antimycobacterial Leads from Multicomponent Hydrazino-Ugi Reaction Medicinal Chemistry, 12,191-199 (год публикации - 2016).

20. Lam VM, Espinoza S, Gerasimov AS, Gainetdinov RR, Salahpour A. In-vivo pharmacology of trace amine associated receptor 1. The European Journal of Pharmacology, 15;763(Pt B):136-42. (год публикации - 2015).

21. Lukin, A.; Karapetian, R.; Ivanenkov, Y.; Krasavin, M. Privileged 1,2,4-Oxadiazoles in Anticancer Drug Design: Novel 5-Aryloxymethyl-1,2,4-oxadiazole Leads Targeting Prostate Cancer Letters in Drug Design & Discovery, 13, 198-204 (год публикации - 2016).

22. Mikheenko, A; Saveliev, V; Gurevich A MetaQUAST: evaluation of metagenome assemblies Bioinformatics, - (год публикации - 2015).

23. Mujumdar, P.; Sarnpitak, P.; Shetnev, A.; Dorogov, M.; Krasavin, M. Pd-catalyzed amination of imidazolin-1-yl azines: toward a new kinase-inhibitory chemotype. Tetrahedron Letters, Vol. 56, pp. 2827-2831 (год публикации - 2015).

24. Popova, E. A.; Trifonov, R. E. Synthesis and biological properties of amino acids and peptides containing a tetrazolyl moiety. Russian Chemical Reviews, Vol. 84 (9), pp. 891–916 (год публикации - 2015).

25. Pujic P, Bolotin A, Fournier P, Sorokin A, Lapidus A, Richau KH, Briolay J, Mebarki F, Normand P, Sellstedt A. Genome Sequence of the Atypical Symbiotic Frankia R43 Strain, a Nitrogen-Fixing and Hydrogen-Producing Actinobacterium Genome Announcements, 3, 6, e01387-15 (год публикации - 2015).

26. Romanova N.V., Ganti R., Sherman M.Y., Chernoff Y.O. Modulation of polyglutamine toxicity in yeast. Yeast, September 6-12, 2015. P. 209-210. (год публикации - 2015).

27. Safonova, Y.; Bonissone, S.; Kurpilyansky, E.; Starostina, E.; Lapidus, A.; Stinson, J.; Depalatis, L.; Sandoval, W.; Lill, J.; Pevzner, P.A. IgRepertoireConstructor: A novel algorithm for antibody repertoire construction and immunoproteogenomics analysis Bioinformatics, 31, 12, i53–i61 (год публикации - 2015).

28. Safonova, Y; Lapidus, A; Lill, J IgSimulator: a versatile immunosequencing simulator Bioinformatics, 31, 19, 3213-3215 (год публикации - 2015).

29. Samsonov, R.; Shtam, T.; Burdakov, V.; Glotov, A.; Tsyrlina, E.; Berstein, L.; Nosov, A.; Evtushenko, V.; Filatov, M.; Malek A. Lectin-Induced Agglutination Method of Urinary Exosomes Isolation Followed by mi-RNA Analysis: Application for Prostate Cancer Diagnostic. The Prostate., 29 SEP. 2015. (год публикации - 2015).

30. Sharma, A.; Bruce, K.L.; Chen, B.; Gyoneva, S.; Behrens, S.H.; Bommarius, A.S.; Chernoff, Y.O. Contributions of the prion protein sequence, strain and environment to the species barrier. The Journal of Biological Chemistry., 2015. (год публикации - 2015).

31. Sukhanov I, Caffino L, Efimova EV, Espinoza S, Sotnikova TD, Cervo L, Fumagalli F, Gainetdinov RR. Increased context-dependent conditioning to amphetamine in mice lacking taar1. Pharmacological Research, - (год публикации - 2015).

32. Urs NM, Bido S, Peterson SM, Daigle TL, Bass CE, Gainetdinov RR, Bezard E, Caron MG. Targeting β-arrestin2 in the treatment of l-DOPA-induced dyskinesia in Parkinson's disease PNAS, 2015; 112 (19): E2517-26 (год публикации - 2015).

33. Vashukova, E.S.; Glotov, A.S.; Fedotov, P.V.; Efimova, O.A.; Pakin, V.S.; Mozgovaya, E.V.; Pendina, A.A.; Tikhonov, A.V.; Koltsova, A.S.; Baranov, V.S. Placental microRNA expression in pregnancies complicated by superimposed pre-eclampsia on chronic hypertension. Molecular Medicine Reports., Molecular Medicine Reports, 2015. (год публикации - 2015).

34. Vasilenko M.S., Rubel A.A., Sun M., Romanyuk A.V., Chernoff Y.O. Search for new prions in yeast. Yeast, September 6-12, 2015. P. 210-211. (год публикации - 2015).

35. Vasilinetc, I; Prjibelski, AD; Gurevich, A; Korobeynikov, A; Pevzner, PA Assembling short reads from jumping libraries with large insert sizes Bioinformatics, 31, 20, 3262-3268 (год публикации - 2015).

36. Zaarur, N.; Lestienne, P.; Hui, X.; Meriin, A.B.; McComb, M.; Costello, C.E.; Newman, G.P.; Ganti, R.; Romanova, N.V.; Shanmugasundaram, M.; Matias, P.M.; Lednev, I.K.; Chernoff, Y.O.; Sherman, M.Y. RuvbL1 and RuvbL2 control protein aggregation and aggresome formation. The EMBO Journal., Vol. 34. № 18. Pp. 2363-2382. (год публикации - 2015).

37. Zahanich, I.; Kondratov, I.; Naumchyk, V.; Kheylik, Y.; Platonov, M.; Zozulya, S.; Krasavin, M. Phenoxymethyl 1,3-Oxazoles and 1,2,4-Oxadiazoles as Potent and Selective Agonists of Free Fatty Acid Receptor 1 (GPR40). Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, Vol. 25, pp. 3105-3111 (год публикации - 2015).

38. Zubarev, V. Yu.; Trifonov, R. E.; Ostrovskii, V. A.; Moderhack, D. A theoretical study of annular tautomerism of pyrrolotetrazoles in the gas phase Chemistry of Heterocyclic Compounds, Vol. 51(3) (год публикации - 2015).

39. А.А. Беляев, Д.В. Крупеня, Е.В. Грачева, В.В. Гуржий, А.С. Мельников, П.Ю. Сердобинцев, Е.С. Синицына, Е.Г. Влах, Т.Б. Тенникова, С.П. Туник Supramolecular AuI-CuI complexes as new luminescent labels for covalent bioconjugation Bioconjugate Chemistry, - (год публикации - 2016).

40. А.Г. Рахманова, Е.Е. Воронин, В.В. Шаройко Комбинированные препараты прямого противовирусного действия при хроническом гепатите С. Новый препарат Викейра Пак в терапии хронического гепатита С и ВИЧ-коинфекции. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение, №4 (год публикации - 2015).

41. Антонец К.С., Мальцева А.Л., Аршакян Л.М., Галкин А.П., Нижников А.А. Протеомный анализ белковых фракций бактерии Escherichia coli, устойчивых к солюбилизации ионными детергентами. Биохимия., Выпуск 1. 2016. (год публикации - 2016).

42. В.В. Шаройко, А.Г. Рахманова, Е.Ю. Колпащикова, Н.Г. Захарова, А.Г. Шевалдин, Е.А. Жмаев Опыт применения шрота расторопши пятнистой для снижения вирусной нагрузки у пациентов с хроническим гепатитом С ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии, Т. 8, №4 (год публикации - 2015).

43. Глотов О.С., Кьергаард А.В., Намозова С.Ш., Лещев Д.В. Регрессионные модели оценки фенотипических признаков спортсменов на основе анамнестических данных, генетических и лабораторных анализов. Теория и практика физической культуры., № 12 (декабрь). 2015. С. 34-36. (год публикации - 2015).

44. Глотов О.С., Полякова И.В., Королькова Т.Н., Согомонян А.В., Стернин Ю.И., Асеев М.В., Лещев Д.В., Баранов В.С. Роль полиморфизма генов, ассоциированных с сердечно-сосудистой системой, в формировании гиноидной липодистрофии. Регионарное кровообращение и микроциркуляция., Т. 14. Номер 1(53). 2015. С. 67-73. (год публикации - 2015).

45. дубль первой статьи информация об индексации в базах данных проставлена,нет, для избежания двойного учета Detection of human genome mutations associated with pregnancy complications using 3-D microarray based on macroporous polymer monoliths. Talanta., №147. 2016. Pp. 537-546. (год публикации - 2016).

46. Каледина А.С., Зорина А.Д., В.В.Зарубаев, Анохина В.В., Е.Б.Эрхитуева, Трифонов Р.Е. Синтез и свойства 2-цианоэтоксипроизводных даммарановых тритерпеноидов Журнал органической химии, Т.51, Вып.11, С.1656-1661 (год публикации - 2015).

47. Логунова Е.В., Шелепин Ю.Е. Исследование роли пространственно-частотной фильтрации изображений при оценке возраста и восприятия эмоционального выражения лиц. Оптический журнал., № 82 (10). 2015. C. 65-71. (год публикации - 2015).

48. Намозова С.Ш., Хуббиев Ш.З., Шадрин Л.В., Минвалеев Р.С. Влияние регулярных занятий физической культурой на функциональное состояние организма студентов. Теория и практика физической культуры., № 10 (октябрь). 2015. С. 23-25. (год публикации - 2015).

49. Намозова С.Ш., Хуббиев Ш.З., Шадрин Л.В., Минвалеев Р.С. Мониторинг функционального состояния членов сборных команд в системе педагогического управления студенческим спортом: отбор значимых критериев. Теория и практика физической культуры., 2016. (год публикации - 2016).

50. Рахманова А.Г. Яковлев А.А., Шаройко В.В. Новые препараты прямого противовирусного действия даклатасвир и асунапревир в лечении пациентов с хроническим вирусным гепатитом С и ВИЧ-коинфекцией. Перспективы высокоэффективной противовирусной терапии. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии, Т. 7, №3, С. 17-30 (год публикации - 2015).

51. Федяков М.А., Велеславова О.Е., Глотов О.С., Апалько С.В., Сарана А.М., Щербак С.Г. Аритмогенная кардиомиопатия / дисплазия правого желудочка: клинические и молекулярно-генетические особенности. Вестник аритмологии., № 81. 2015. С. 33-41. (год публикации - 2015).

52. Цветкова Л.А., Ерицян К.Ю., Антонова Н.А. Awareness and attitudes towards biobanks among Russian students. Psychology in Russia: State of the Art., 8 (4), 2015. (год публикации - 2015).


Аннотация результатов, полученных в 2016 году
Одним из важнейших трендов в современной биомедицине и исследованиях в области общественного здоровья является быстрое развитие такой новой дисциплины как трансляционная биомедицина. Ее основная цель – улучшение состояния здоровья каждого человека и общества в целом с помощью «трансляции» результатов междисциплинарных исследований в диагностические инструменты, лечебные процедуры, медицинскую политику и образование. Поэтому реализация комплексной программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» обладает бесспорной научной и практической актуальностью для развития фундаментальной и прикладной медицинской науки в России. В декабре 2014 года Санкт-Петербургский государственный университет выиграл конкурс на получение грантов по приоритетному направлению деятельности РНФ «Реализация комплексных научных программ организаций» по развитию трансляционной биомедицины в СПбГУ. В феврале 2015 года был создан Институт трансляционной биомедицины (ИТБМ) СПбГУ, который возглавил известный нейробиолог Рауль Радикович Гайнетдинов. В связи с возложенными обязанностями директора ИТБМ и желанием полностью включиться в организацию работы по программе, Рауль Радикович Гайнетдинов прекратил занимать позицию Senior Researcher в Italian Institute of Technology (Genova), и его лаборатория в Италии была официально закрыта в июне 2016 года. Основные цели создания Института: – формирование сети междисциплинарных исследовательских групп, сфокусированных на проблемах трансляционной биомедицины; – фундаментальные исследования, направленные на изучение патологических процессов заболеваний человека, выявления новых способов их диагностики и лечения; – образовательная деятельность, направленная на подготовку в СПбГУ специалистов в области трансляционной биомедицины. Об уровне отдельных лабораторий ИТБМ СПбГУ говорит в т.ч. и такой наукометрический показатель как H-index (известный как индекс Хирша) руководителей отдельных научных групп: • Руководитель лаборатории нейробиологии и молекулярной фармакологии Гайнетдинов Р.Р. – 63; • Руководитель лаборатории геномных и протеомных исследований Чернов Ю.О. – 36; • Руководитель лаборатории химической фармакологии Красавин М.Ю. – 16; • Руководитель лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» Певзнер П.А. – 51; • Руководитель Межкафедральной лаборатории биомедицинской химии Тенникова Т.Б. – 24; • Руководитель лаборатории нейропротезов Мусиенко П.Е.– 15. • Руководитель лаборатории клеточной биологии Шупляков О.В. – 37; • Руководитель лаборатории биологической психиатрии Калуев А.В. – 37; Важно подчеркнуть, что уже в первые два года реализации программы началась активная кооперация между направлениями программы, несколько интересных тематик развиваются совместно рядом лабораторий ИТБМ. Результатом сотрудничества представителей разных научных направлений в рамках общей институциональной программы уже стали две заявки на патенты, а ещё две находятся в стадии подготовки. Большинство участников программы ведут работу по подготовке публикаций преимущественно в высокоимпактных (IF≥4) научных журналах, индексируемых Web of Sciences и Scopus, что нашло отражение в списке публикаций, таких как Nature Methods, Nature Reviews Neuroscience, Nature Medicine, PNAS, Nature Communications, Nature Chemical Biology и других авторитетных журналах. Всего в 2016 году сотрудниками ИТБМ было опубликовано 70 статей в международных научных журналах с аффилиацией СПбГУ с общим ИФ 370.2 (для сравнения, в 2015 году было опубликовано 63 статьи с общим ИФ 222.3). Основные научные направления, которые нашли отражение в публикациях: медицинская и популяционная генетика, биоинформатика, молекулярная и клеточная биология, нейропсихиатрические заболевания, нейропротезирование, кардиология, разработка лекарственных средств и методов их доставки. Основная задача программы в целом — объединить усилия ведущих учёных СПбГУ для реализации полного цикла исследований, связанных с изучением здоровья человека, — от получения и хранения биоматериалов для последующего анализа до создания новых лекарств. Одним из важнейших этапов реализации проекта стало начало в 2016 году работы ресурсного центра «Биобанк» СПбГУ — специализированного криохранилища биологических материалов, а также клинической, лабораторной и персональной информации. Первый в России биобанк предназначен для достижения глобальных научных и медицинских целей, а именно — для осуществления биомедицинских исследований основ здоровья и долголетия человека. В семинаре, приуроченном к открытию Биобанка СПбГУ, приняли участие ведущие ученые России и Европы в области Биобанкинга и генетики человека. Руководитель направления по созданию Биобанка Юрий Олегович Чернов был избран почётным членом (honorary Fellow) Американской ассоциации содействия науке (American Association for the Advancement of Science, AAAS) за достижения в области молекулярной и клеточной биологии. Создание Биобанка особо заинтересовало министра образования и науки РФ О.Ю. Васильеву во время посещения стенда СПбГУ на IV выставке «ВУЗПРОМЭКСПО-2016». В 2016 году был создан отвечающий всем современным требованиям комплекс для работы с трансгенными животными общей площадью 380 кв. метров, для содержания до 4000 мышей и 1000 крыс и всеми необходимыми площадями для экспериментальных лабораторий. На данный момент в вивариуме СПбГУ содержатся 6 пород мышей и 3 породы крыс. На роль визитной карточки программы справедливо претендует сборщик геномных данных SPAdes, который пополнился новым важным модулем для сбора плазмид (plasmidSPAdes), возможностью собирать геномы размером до 500 Мб, способностью более эффективно без участия лабораторных экспериментов повышать качество грубой первично сборки до практически уровня референса. Улучшение работы разработанного в 2015 metaSPAdes для сбора метагеномных данных, привело к тому, что oн стал весьма востребованным даже на этапе бета-тестирования. И это не единственные новшества, позволяющие программе SPAdes шагать в ногу с развитием новых методов и технологий секвенрования геномов. Популярность программы превысила все наши ожидания - более 5000 скачиваний в год. В рамках создания единой клиники в составе Университета объединены ресурсы поликлиники СПбГУ, клиники восстановительной медицины СПбГУ и «Санкт-Петербургского многопрофильного центра» Минздрава РФ. Следующим шагом станет в стадии реорганизация данного комплекса в Университетскую клинику Санкт-Петербургского государственного университета. Состав коллектива и подход к исследованиям уже сейчас носит ярко выраженный междисциплинарный характер, но по мере развития ИТБМ планируется дальнейшее расширение числа лабораторий и актуальных направлений Трансляционной Биомедицины представленных в СПбГУ. Общее число сотрудников Института трансляционной биомедицины СПбГУ на декабрь 2016 года достигло 60 человек без учёта задействованных в исследованиях научно-педагогических работников других подразделений. Как продолжение массового открытого он-лайн курса «Введения в биоинформатику» на популярной международной платформе Coursera уже разработан, записан и выложен новый он-лайн курс «Введение в биоинформатику: метагеномика». Он начал свою работу 12 декабря 2016 для слушателей платформы Coursera, а в феврале 2017 будет запущен для студенческой аудитории на национальной платформе «Открытое образование». Подробная информация о деятельности Института трансляционной биомедицины представлена на портале СПбГУ: http://biomedinstitute.spbu.ru/.

 

Публикации

1. - Инновации вузов и Образовательный форум Первый канал, 24 ноября, вторник, 12:24, Первый Канал - Санкт-Петербург. (год публикации - ).

2. - Знай их в лицо: МГУ, СПбГУ и МФТИ как кузницы кадров Учёба.ру, 17 мая 2016 (год публикации - ).

3. - Ученые СПбГУ создали уникальный инструмент для работы с Natural Products Planet-today.ru, Вторник, 01 Ноября 2016 11:48 (год публикации - ).

4. - Право вернуться домой надо заслужить газета «Известия», 13 июля 2016, 09:15, ОАО «Газета Известия» (год публикации - ).

5. - Ученые меняют клетки на аквариумы: изучают стресс на рыбках, а не грызунах Доктор Питер, 17:20, 07.06.2016 (год публикации - ).

6. - Петербургский Университет распахнул двери тем, кто пришел на Фестиваль знаний «Вечерний Санкт-Петербург», 03/10/2016 (год публикации - ).

7. - "Работать в России - плавать без воды": реплики ученых-эмигрантов газета «Московский Комсомолец», 2 июня 2016 в 19:31, ЗАО "Редакция газеты "Московский Комсомолец", Электронное периодическое издание «MK.ru» (год публикации - ).

8. Dar'in, D.; Bakulina, O.; Nikolskaya, S.; Gluzdikov, I.; Krasavin, M. The rare cis-configures trisubstitututed lactam products obtained by the Castagnoli-Cushman reaction in N,N-dimethylformamide. RSC Advances, 6, с. 49411-49415 (год публикации - 2016).

9. Grigory Kantin, Mikhail Krasavin N-Arylation of Amidines and Guanidines: An Update Current Organic Chemistry, № 20, с. 1370-1388 (год публикации - 2016).

10. Homberg J, Kyzar E, Nguyen M, Norton W, Pittman J, Poudel M, Gaikwad S, Nakamura S, Koshiba M, Yamanouchi H, Scattoni M, Ullman J, Diamond D, Kaluyeva A, Parker M, Klimenko V, Apryatin S, Brown R, Song C, Gainetdinov R, Gottesman I, Kalueff A. Understanding autism and other neurodevelopmental disorders through experimental translationalneurobehavioral models Neuroscience And Biobehavioral Reviews, 65, P. 292-312 (год публикации - 2016).

11. Illiano P, Lanzo A, Leo D, Paglione M, Zampi G, Gainetdinov RR, Di Schiavi E A Caenorhabditis elegans model to study dopamine transporter deficiency syndrome European Journal Of Neuroscience, - (год публикации - 2016).

12. Kalinin, S.; Supuran, C. T.; Krasavin, M. Multicomponent chemistry in the synthesis of carbonic anhydrase inhibitors. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, опубликована онлайн (год публикации - 2016).

13. Krasavin, M.; Dar'in, D. Current diversity of cyclic anhydrides for the Castagnoli–Cushman type formal cycloaddition reactions: prospects and challenges Tetrahedron Letters, № 57, с. 1635-1640 (год публикации - 2016).

14. Krasavin, M.; Lukin, A.; Bagnyukova, D.; Zhurilo, N.; Zahanich, I.; Zozulya, I.; Ihalainen, J.; Forsberg, M. M.; Lehtonen, M.; Rautio, J.; Moore, D.; Tikhonova, I. G. Free fatty acid receptor 1 (GPR40) agonists containing spirocyclic periphery inspired by LY2881835. Bioorganic and Medicinal Chemistry, № 24, с. 5481-5494 (год публикации - 2016).

15. Krasavin, M.; Lukin, A.; Bagnyukova, D.; Zhurilo, N.; Zahanich, I.; Zozulya, S. Novel FFA1 (GPR40) agonists containing spirocyclic periphery: polar azine periphery as a driver of potency. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, опубликована онлайн (год публикации - 2016).

16. Krasavin, M.; Lukin, A.; Zhurilo, N.; Kovalenko, A.; Zahanich, I.; Zozulya, S. Novel agonists of free fatty acid receptor 1 (GPR40) based on 3-(1,3,4-thiadiazol-2-yl)propanoic acid scaffold. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, № 31, с. 1404-1410 (год публикации - 2016).

17. Krasavin, M.; Lukin, A.; Zhurilo, N.; Kovalenko, A.; Zahanich, I.; Zozulya, S.; Moore, D.; Tikhonova, I. G. Novel free fatty acid receptor 1 (GPR40) agonists based on 1,3,4-thiadiazole-2-carboxamide scaffold. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 24, с. 2954-2963 (год публикации - 2016).

18. Krasavin, M.; Stavniichuk, R.; Zozulya, S.; Borysko, P.; Vullo, D.; Supuran, C. T. Discovery of Strecker-type alpha-aminonitriles as a new class of human carbonic anhydrase inhibitors using differential scanning fluorimetry. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, № 31, с. 1707-1711 (год публикации - 2016).

19. Kulyashova, A.; Krasavin, M. Convenient modular construction of medicinally important 5-acylamino-4,5-dihydroisoxazoles featuring four elements of diversity. Tetrahedron Letters, № 57, с. 4395-4397 (год публикации - 2016).

20. Lepikhina, A.; Bakulina, O.; Dar'in, D.; Krasavin, M. The first solvent-free synthesis of privileged gamma- and delta-lactams via the Castagnoli-Cushman reaction. RSC Advances, № 6, с. 83808 - 83813 (год публикации - 2016).

21. Lukin, A.; Bagnyukova, D.; Kalinchenkova, N.; Zhurilo, N.; Krasavin. M. Spirocyclic Amino Alcohol Building Blocks Prepared via a Prins-Type Cyclization in Aqueous Sulfuric Acid. Tetrahedron Letters, № 57, с. 3311-3314 (год публикации - 2016).

22. Lukin, A.; Bagnyukova, D.; Zhurilo, N.; Krasavin, M. Gram-scale Synthesis of a Novel Core Building Block for the New GPR40 Agonist Design. Letters in Organic Chemistry, 13, с. 491-495 (год публикации - 2016).

23. Lukin, A.; Vedekhina, T.; Tovpeko, D.; Zhurilo, N.; Krasavin, M. Zn-Catalyzed hydrohydrazination of propargylamides with BocNHNH2: a novel entry into 1,2,4-triazine core. RSC Advances, № 6, с. 57956 - 57959 (год публикации - 2016).

24. Maia N. Putintseva, Olga Yu. Bakulina, Alexander Yu. Ivanov, Pavel S. Lobanov, Sofia K. Nikolskaya, Ilya E. Kolesnikov, Dmitry V. Dar’in Double tandem cyclization of 4-(1-acyl-2,2-diaminovinyl)-6-arylpyrimidine-5-carbonitriles. Synthesis of novel peri-annulated azines Tetrahedron Letters, № 57, с. 5192-5196 (год публикации - 2016).

25. Megan E. Fox, Maria A. Mikhailova, Caroline E. Bass, Pavel Takmakov, Raul R. Gainetdinov, Evgeny A. Budygin and R. Mark Wightman Cross-hemispheric dopamine projections have functional role Society for Neuroscience, Program#/Poster#: 498.10/F39 Topic: B.01. Neurotransmitters and Signaling Molecules (год публикации - 2016).

26. Megan E. Fox, Maria A. Mikhailova, Caroline E. Bass, Pavel Takmakov, Raul R. Gainetdinov, Evgeny A. Budygin and R. Mark Wightman. Cross-hemispheric dopamine projections have functional significance Proceedings of the National Academy of Sciences of The United States Of America (PNAS), 113(25):6985-90 (год публикации - 2016).

27. Mikhailova MA, Bass CE, Grinevich VP, Chappell AM, Deal AL, Bonin KD, Weiner JL, Gainetdinov RR, Budygin EA Optogenetically-induced tonic dopamine release from VTA-nucleus accumbens projections inhibitsreward consummatory behaviors Neuroscience, 333:54-64 (год публикации - 2016).

28. Mishchuk, A.; Shtil, N.; Poberezhnyk, M.; Nazarenko, K.; Savchenko, T.; Tolmachev, A.; Krasavin, M. Keeping it small, polar and non-flat: diversely functionalized building blocks containing the privileged 5,6,7,8-tetrahydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]- and [1,5-a]pyridine cores. Tetrahedron Letters, № 57, с. 1056-1059 (год публикации - 2016).

29. Sapegin, A.; Panova, V.; Reutskaya, E.; Smirnov, A. V.; Krasavin, M. A novel, flexible strategy to construct privileged dibenzo[b,f][1,4,5]oxathiazepine-5,5-dioxides and their heterocyclic isosteres. Tetrahedron, № 72, с. 7570-7578 (год публикации - 2016).

30. Sapegin, A.; Reutskaya, E.; Smirnov, A.; Korsakov, M.; Krasavin, M. Facile entry into structurally diverse, privileged, (hetero)arene-fused N-alkoxy 3,4-dihydrobenzo[f][1,4]oxazepin-5(2H)-ones. Tetrahedron Letters, опубликована онлайн (год публикации - 2016).

31. Sukhanov I., Sotnikova T.D., Gainetdinov R.R. Differences in effects of NMDA receptor antagonists in BARR2-KO mice European Neuropsychopharmacology, Volume 26, Supplement 2, Page S276 (год публикации - 2016).

32. Supuran, C.T.; Kalinin, S.; Tanç, M.; Sarnpitak, P.; Mujumdar, P. Poulsen, S.-A.; Krasavin, M. Isoform-selective inhibitory profile of 2-imidazoline-substituted benzenesulfonamides against a panel of human carbonic anhydrases. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, опубликована онлайн (год публикации - 2016).

33. Антипов Д.Ю., Коробейников А.И., Певзнер П.А. HybridSPAdes: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads Bioinformatics, 32 (7): 1009-1015 (год публикации - 2016).

34. Банкевич А.В., Певзнер П.А. TruSPAdes: barcode assembly of TruSeq synthetic long reads Nature Methods, Vol. 13, pp. 248–250 (год публикации - 2016).

35. Баранова Т.И., Берлов Д.Н., Глотов О.С., Корф Е.А., Мингалин А.Д., Митрофанова А.В., Ахметов И.И., Глотов А.С. Genetic determination of the vascular reactions in humans in response to the diving reflex American Journal of Physiology - Heart and Circulatory Physiology, American Journal of Physiology - Heart and Circulatory Physiology (год публикации - 2017).

36. Влах E.Г., Зашихина Н.Н., Тенникова T.Б. Перспективные системы доставки лекарств на основе амфифильных полипептидов. Актуальные вопросы биологической физики и химии, Т. 2, С. 90-94 (год публикации - 2016).

37. Влах Е., Ананян А., Зашихина Н., Губина А., Погодаев А., Волокитина М., Шаройко В., Тенникова Т. Preparation, Characterization, and Biological Evaluation of Poly(Glutamic Acid)-b-Polyphenylalanine Polymersomes POLYMERS, V. 8, I. 6, P. 212 (год публикации - 2016).

38. Вяткина К.В., Певзнер П.А. Top-down analysis of protein samples by de novo sequencing techniques Bioinformatics, 32 (18): 2753-2759 (год публикации - 2016).

39. Глотов О.,Глотов А.,Жукова Е.,Башнина Е.,Береснева О.,Туркунова М.,Полякова И.,Иващенко Т.,Апалько С.,Федяков М.,Швед Н.,Шабанова Е.,Полев Д.,Дубинина Т.,Тыртова Л.,Полянская М.,Лобанова Н.,Оленев А.,Платонова В.,Корытко Т.,Карпушкина А.,Баранов В. Exome sequencing in infants with monogenic diabetes mellitus in Russia European Journal of Human Genetics, Vol 24 E-Supplement 1, May 20, 2016. P. 142. (год публикации - 2016).

40. Гризель А.В., Рубель А.А., Чернов Ю.О. Strain confirmation controls the specificity of cross-species prion transmission in the yeast model Prion, 10(4). P. 269-282. (год публикации - 2016).

41. Губина А.В., Погодаев A.A., Шаройко В.В., Влах E.Г., Тенникова T.Б. Self-assembled spin-labeled nanoparticles based on poly(amino acids) REACTIVE AND FUNCTIONAL POLYMERS, V. 100, P. 173-180 (год публикации - 2016).

42. Гуревич А.А., Михеенко А.А., Певзнер П.А. Dereplication of Peptidic Natural Products Through Database Search of Mass Spectra Nature Chemical Biology, - (год публикации - 2016).

43. Дорофейкова М.В., Петрова Н.Н. Сравнительные характеристики когнитивного статуса больных шизоаффективным расстройством и шизофренией Обозрение психиатрии и медицинской психологии им. В.М. Бехтерева, № 4. С. 56-61. (год публикации - 2015).

44. Дроздова П.Б., Тарасов О.В., Матвеенко А.Г., Радченко Е.А., Сопова Ю.В., Полев Д.Е., Инге-Вечтомов С.Г., Добрынин П.В. Genome Sequencing and Comparative Analysis of Saccharomyces cerevisiae Strains of the Peterhof Genetic Collection PLoS One, 11(5):e0154722. doi: 10.1371/journal.pone.0154722. eCollection 2016. (год публикации - 2016).

45. Евгения В. Гуревич, Рауль Р. Гайнетдинов, Всеволод В. Гуревич G protein-coupled receptor kinases as regulators of dopamine receptor functions Pharmacological Research, 111:1-16 (год публикации - 2016).

46. Жук А.С., Степченкова Е.И., Павлов Ю.И., Инге-Вечтомов С.Г. Оценка эффективности методов синхронизации клеточных делений у дрожжей Saccharomyces cerevisiae Цитология, T. 58. № 12. C. 936 – 946. (год публикации - 2016).

47. И. Гурьянов, С. Фьоруччи, Т. Тенникова Receptor-ligand interactions: Advanced biomedical applications MATERIALS SCIENCE & ENGINEERING C - MATERIALS FOR BIOLOGICAL APPLICATIONS, V. 68, P. 890-903 (год публикации - 2016).

48. Комиссарова С.М., Чакова Н.Н., Ниязова С.С., Казаков С.В., Жукова Е.А., Александров А.В., Глотов О.С., Глотов А.С. Особенности клинических проявлений гипертрофической кардиомиопатии у пациентов с различными мутациями в генах саркомеров / The specifics of hypertrophic cardiomyopathy clinical presentation in patients with various mutations of sarcomere genes Российский кардиологический журнал / Russian Journal of Cardiology, 1 (129). С. 20-25. (год публикации - 2016).

49. Коржиков В., Аверьянов М., Литвинчук М., Тенникова Т.Б. Polyester-based microparticles of different hydrophobicity: the patterns of lipophilic drug entrapment and release JOURNAL OF MICROENCAPSULATION, V. 33, I. 3, P. 199-208 (год публикации - 2016).

50. Коржиков В.А., Синицына Е.С., Собинина Ю.М., Тенникова Т.Б. Биофункциональные частицы на основе алифатических сложных полиэфиров – перспективные системы доставки лекарств. Актуальные вопросы биологической физики и химии, Т. 2, С. 206-210 (год публикации - 2016).

51. Коржиков-Влах В., Крылова М., Синицына Е., Иванькова Е., Аверьянов И., Тенникова Т.Б. Hydrogel layers on the surface of polyester-based materials for improvement of their biointeractions and controlled release of proteins POLYMERS, V. 8, I. 12, P. 418. (год публикации - 2016).

52. Коробейников А.И. The Phormidolide Biosynthetic Gene Cluster: A trans-AT PKS Pathway Encoding a Toxic Macrocyclic Polyketide ChemBioChem, 17(2):164-173 (год публикации - 2016).

53. Коробейников А.И. A novel uncultured heterotrophic bacterial associate of the cyanobacterium Moorea producens JHB BMC Microbiology, 16(1):198 (год публикации - 2016).

54. Коробейников А.И. Sequencing Rare Marine Actinomycete Genomes Reveals High Density of Unique Natural Product Biosynthetic Gene Clusters Microbiology, - (год публикации - 2016).

55. Лапидус А.Л. Complete genome sequence of Desulfurivibrio alkaliphilus strain AHT2T, a haloalkaliphilic sulfidogen from Egyptian hypersaline alkaline lakes Standards in Genomic Sciences, 11(1): 67 (год публикации - 2016).

56. Логунова Е.В., Шелепин Ю.Е. Study of the role of spatial-frequency filtering of images when evaluating the age and interpreting the emotional expression of faces Journal of Optical Technology, 82(10). P. 694-699 (год публикации - 2015).

57. Намозова С.Ш., Хуббиев Ш.З., Шадрин Л.В. University sport levels Theory and practice of physical culture, №10. С. 56-58. (год публикации - 2016).

58. Нижников А.А., Рыжова Т.А., Волков К.В., Задорский С.П., Сопова Ю.В., Инге-Вечтомов С.Г., Галкин А.П. Interaction of prions causes heritable traits in Saccharomyces cerevisiae PLoS Genetics, - (год публикации - 2017).

59. Петрова Н.Н., Дорофейкова М.В., Воинкова Е.Е. Cognitive disorders in patients with schizophrenia at different stages of the disease Zhurnal Nevrologii i Psikhiatrii imeni S.S. Korsakova, 116 (4). P. 10-15 (год публикации - 2016).

60. Романова Н.В., Зелинский А.А., Бондарев С.А., Чадрамовлишваран П., Декнер З., Каява А.В., Рубель А.А., Чернов Ю.О. Yeast-based search for new human amyloidogenic proteins Prion, 10:sup1, S65. P-055 (год публикации - 2016).

61. Рубель А.А., Гризель А.В., Бондарев С.А., Качкин Д.В., Чернов Ю.О. Analysis of interspecies prion transmission in yeast Prion, 10:sup1, S65-S66. P-056 (год публикации - 2016).

62. Сафонова Яна Юрьевна (RU), Шлемов Александр Юрьевич (RU) Направление "Алгоритмическая биоинформатика" «Программа для построения репертуара иммуноглобулинов и Т-клеточных рецепторов на основе данных иммуносеквенирования» (IgRepertoireConstructor) -, Заявка No 2015662708 (год публикации - ).

63. Чернов Ю.О. Are there prions in plants? Proceedings of the National Academy of Sciences of USA, Vol. 113. № 22. P. 6097-6099. (год публикации - 2016).

64. Чернов Ю.О., Киктев Д.А. Dual role of ribosome-associated chaperones in prion formation and propagation Current Genetics, 62:677-685 (год публикации - 2016).

65. Чернов Ю.О., Чандрамовлишвран П., Мэнг Сун Prion nucleation and propagation by amyloid β in the yeast model Prion, 10:sup1, S25-S26. O-06 (год публикации - 2016).

66. Чижова М.; Бакулина О.; Дарьин Д.; Красавин М. New Dicarboxylic Acid Anhydride for Ambient-Temperature Castagnoli-Cushman Reaction. ChemistrySelect, № 1, с. 5487-5492 (год публикации - 2016).


Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Программа «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» с учётом накопленного опыта ключевых участников и существенных кадровых, интеллектуальных, материально-технических и других ресурсов способствует интеграции биомедицинских и смежных исследований на площадке Института трансляционной биомедицины (ИТБМ) СПбГУ. Ориентиром для деятельности Института в 2017 году и планирования деятельности на среднесрочный период послужила «Стратегия научно-технологического развития Российской Федерации», утвержденная Указом Президента Российской Федерации от 01.12.2016 г. № 642 «О Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации». Вся деятельность Института направлена на решение проблем, лежащих в поле стратегического приоритета «переход к персонализированной медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения». Научная работа специалистов ИТБМ и проводимые в рамках программы организационные мероприятия можно рассматривать как значимые шаги по выполнению поставленных задач, ключевую роль среди которых играет задача объединения усилия ведущих учёных СПбГУ для реализации полного цикла исследований, связанных с изучением здоровья человека, — от получения и хранения биоматериалов для последующего анализа до создания новых лекарств. В соответствии с программой, начиная с 2015 года, под руководством ведущих ученых в Институте ведется работа по следующим основным научным направлениям: • медицинская и популяционная генетика (Чернов Ю.О., WOS h-index - 35); • биоинформатика (Певзнер П.А., WOS h-index - 55); • нейропсихиатрические заболевания (Гайнетдинов Р.Р., WOS h-index - 68); • разработка лекарственных средств (Красавин М.Ю., WOS h-index - 17); • новые методы доставки лекарственных средств (Тенникова Т.Б., WOS h-index - 25). В 2016 году в состав Института вошли еще три лаборатории: лаборатория биологии синапсов (Шупляков О.В., WOS h-index - 37); Лаборатория биологической психиатрии (Калуев А.В., WOS h-index - 41) и лаборатория нейропротезирования (Мусиенко П.Е., WOS h-index - 18). В 2017 году развивающаяся активная кооперация между направлениями программы способствовала формированию новых лабораторий на площадке ИТБМ, что полностью соответствует одному из положений целевого сценария Стратегии научно-технологического развития, в соответствии с которым достижение высоких научных результатов требует концентрации ресурсов. Открыты еще три лаборатории: • лаборатория клеточной и молекулярной биологии (Томилин А.Н., WOS h-index - 14); • лаборатория «Методы ЯМР в молекулярной биомедицине» (Скрынников Н.Р., WOS h-index - 27); • лаборатория «Вычислительной системной биологии» (Канапин А.А., WOS h-index - 23; Самсонова А.А., WOS h-index - 11). Таким образом, сейчас в структуру ИТБМ входит 11 лабораторий; общее число сотрудников на декабрь 2017 года увеличилось до 78 человек без учёта задействованных в исследованиях научно-педагогических работников других подразделений. Кроме того, важно подчеркнуть, что показателем эффективности создаваемой научной среды в области трансляционных биомедицинских исследований является сотрудничество и проведение совместных научных мероприятий с другими лабораториями, созданными в рамках мегагратов Правительства РФ и работающими в СПбГУ, под руководством таких ведущих ученых как И.Ю. Шенфельд (WOS h-index - 94); Дж. О’Брайен ( WOS h-index - 85), Ю.Ю. Штыров (WOS h-index - 33); Е.Л. Григоренко (WOS h-index - 35) и А.О. Уртти (WOS h-index - 52). В 2017 году сотрудники Института опубликовали 71 статью с общим ИФ 389.8, в том числе в высокоимпактных научных журналах (IF≥10), индексируемых Web of Sciences и Scopus, таких как Science, Nature Methods, Nature Biotechnology, Nature Neuroscience, Nature Chemical Biology, Trends in Pharmacological Sciences и других авторитетных изданиях. Всего в 2015-2017 годы участниками программы была опубликована 201 статья в международных научных журналах с аффилиацией СПбГУ с общим ИФ 979.4. Таким образом, исследования коллектива участников программы и ассоциированных лабораторий вышли на устойчивый уровень, который в полной мере соответствует мировому. Благодаря развитию научной программы РНФ и смежных научных направлений Санкт-Петербургский университет впервые включён на 2018 год в предметные рейтинги Times Higher Education World University Rankings на 2018 по областям «Life Sciences» (в группе 201-250), «Clinical, Pre-clinical and Health» (в группе 401-500) и «Computer Science» (в группе 201-250). Приоритетом деятельности ИТБМ является также формирование модели международного научно-технического сотрудничества. Результатом включенности коллектива в международную и внутрироссийскую научную кооперацию стал переход от разовых открытых лекций ведущих ученых к формату единого цикла семинаров и активному участии в организации и работе ежегодных международных конференций В 2017 году проведены 3-ий ежегодный научный семинар ИТБМ СПбГУ «Актуальные проблемы трансляционной биомедицины»; Международная научная конференция «Биоинформатика: от алгоритма к применению»; круглый стол «Биобанки. Объединение усилий для решения острых вопросов права и стандартизации» и школа по биоинформатике для врачей в рамках IV Российского конгресса с международным участием «Молекулярные основы клинической медицины – возможное и реальное». ИТБМ также выступил в качестве участника и соорганизатора 24th Multidisciplinary International Neuroscience and Biological Psychiatry Conference “Stress and Behavior” ISBS Conference, объединившего более 300 участников из 36 стран; В 2017 году продолжено создание необходимой обеспечивающей инфраструктуры для трансляционных исследований: на базе ИТБМ СПбГУ создан Центр Трансгенных Технологий – инфраструктурная основа для разработки и создания генно-модифицированных животных. Применение технологии CRISPR/Cas9 позволяет разрабатывать и внедрять в научный оборот новые линии генетически модифицированных мышей. Центр также предоставляет услуги по размножению, генотипированию и сохранению этих линий. Кроме того, подготовлены все необходимые документы и укомплектованы помещения для получения ресурсным центром «Центр Биобанк» медицинской аккредитации, соответствующей эпидемиологическому надзору и лицензионным требованиям, с дальнейшей задачей получения ISO, GLP и CLIA аккредитации. Налажены контакты между РЦ «Центр Биобанк» и ведущими Биобанками Европы: Биобанк г. Граца (Австрия) и Биобанк г. Тарту (Эстония). Сотрудники ресурсного центра повышают квалификацию, развивая навыки работы на современном биомедицинском оборудовании, в том числе по международной программе «Principles of biobanking for clinical, biological and environmental biospecimens and bioresources». На площадках ресурсного центра «Центр Биобанк» Научного парка при активном участии лабораторий алгоритмической биоинформатики и геномных и протеомных исследований ИТБМ СПбГУ в июле 2017 года организована и проведена дополнительная образовательная программа «Основы секвенирования нового поколения и интерпретации NGS данных в клинической практике» (The basis of Next Generation Sequencing and data interpretation in clinical practice), направленная на обучение теоретическим основам и практическим навыкам владения разнообразными приложениями метода секвенирования нового поколения (NGS), анализа и интерпретации данных для клинического анализа в различных областях биологии, биотехнологии и медицины. Также совместно с ООО «Квадрос-Био» создана первая в России образовательная программа «Основы биобанкирования: теория и практика» (The Fundamentals of Biobanking: Theory and Practice), основной целью которой является обучение теоретическим основам и практическим навыкам в области биобанкирования. В 2017 году в СПбГУ при участии ИТБМ начал работу Ресурсный образовательный центр высоких медицинских технологий «Центр медицинских аккредитаций», одной из ключевых задач которого наряду с созданием условий для работы системы непрерывного медицинского и фармацевтического образования, является обеспечение клинической базы для возможности реализации научных разработок и внедрения в практическое здравоохранение результатов научных исследований и передовых медицинских технологий. Проект вносит существенный вклад и в совершенствование образовательной деятельности СПбГУ. В 2017 году на платформах «Открытое образование» и Stepik запущен он-лайн курс «Введение в биоинформатику: метагеномика», что делает его более доступным и привлекательным для российской аудитории. Объявлен приём на магистерскую программу 06.04.01 "Биоинформатика" — первую в Санкт-Петербурге и одну из немногих в стране программ по биоинформатике широкого профиля, не фокусирующуюся на какой-то одной области наук о жизни. Программа направлена на восполнение существующего дефицита специалистов, владеющих как базовыми знаниями в области наук о жизни, так и основами математики, статистики, программирования и методами анализа больших массивов данных. В ходе её внедрения будет апробировано использование научной базы ИТБМ для запуска новых образовательных программ и новых учебных дисциплин для широкого круга обучающихся. Подробная информация на портале СПбГУ: http://spbu.ru/postupayushchim/programms/magistratura/bioinformatika . Подробная информация о деятельности Института трансляционной биомедицины представлена на портале СПбГУ: http://biomedinstitute.spbu.ru/.

 

Публикации

1. - Ученые СПбГУ открыли новое химическое соединение для борьбы с диабетом СПбГУ, 02.03.2017 (год публикации - ).

2. - УЧЕНЫЕ СПбГУ ОТКРЫЛИ НОВОЕ ХИМИЧЕСКОЕ СОЕДИНЕНИЕ ДЛЯ БОРЬБЫ С ДИАБЕТОМ Обзор (obzor.lt). Новости Литвы, 04.03.2017 (год публикации - ).

3. - Найден способ лечения устойчивого туберкулеза. Ученые синтезировали вещества, которые убивают бактерии, не нанося вреда пациентам. Известия.ру (iz.ru), 14.07.2017 (год публикации - ).

4. - УЧЕНЫЕ СПБГУ ОТКРЫЛИ НОВОЕ ХИМИЧЕСКОЕ СОЕДИНЕНИЕ ДЛЯ БОРЬБЫ С ДИАБЕТОМ Вести. Новости Севастополя, 02.03.2017 (год публикации - ).

5. - РОССИЙСКИЕ УЧЕНЫЕ НАШЛИ ЗАМЕНУ ТОКСИЧНОМУ ПРЕПАРАТУ ОТ ДИАБЕТА Чердак: наука, технологии, будущее (chrdk.ru). новости, 26.11.2017 (год публикации - ).

6. - В РОССИИ УЧЕНЫЕ РАЗРАБОТАЛИ ЛЕКАРСТВО ОТ САХАРНОГО ДИАБЕТА Ньюс-НН.ру (newsnn.ru), 04.07.2017 (год публикации - ).

7. - ПЕРВУЮ В РОССИИ ШКОЛУ ПО БИОБАНКИНГУ ОРГАНИЗОВАЛИ В ПЕТЕРБУРГСКОМ УНИВЕРСИТЕТЕ - «ЗДОРОВЬЕ» Новости дня(novosti-dny.com), 28.09.2017 (год публикации - ).

8. - УЧЕНЫЕ СПБГУ ОТКРЫЛИ НОВЫЙ ПРЕПАРАТ ДЛЯ БОРЬБЫ С ДИАБЕТОМ Интервью. Агентство Диалог (topdialog.ru). Лента новостей, 02.03.2017 (год публикации - ).

9. - В РОССИИ СОЗДАЛИ ПРЕПАРАТ, С КОТОРЫМ ПОТЕРПЕЛ НЕУДАЧУ ЯПОНСКИЙ ФАРМГИГАНТ Наука и технологии России (strf.ru). Новости, 02.03.2017 (год публикации - ).

10. - Рецепты из лаборатории. Университет транслирует здоровье. Поиск. Еженедельная газета научного сообщества, 26.05.2017 (год публикации - ).

11. - Диабет победят жирными кислотами Химики Санкт-Петербургского государственного университета синтезировали биологически активное вещество для снижения уровня глюкозы в крови Известия.ру (iz.ru), 04.07.2017 (год публикации - ).

12. Berry MD, Gainetdinov RR, Hoener MC, Shahid M. Pharmacology of human trace amine-associated receptors: Therapeutic opportunities and challenges Pharmacology & Therapeutics, Volume 180, December 2017, Pages 161-180 (год публикации - 2017).

13. Bowers RM, NC Kyrpides, R Stepanauskas, AR Rivers, EA Eloe-Fadrosh, SG Tringe, NN Ivanova, A Copeland, A Clum, SP Jungbluth, TJG Ettema, S Tighe, ..., Alla Lapidus, F Meyer, P Yilmaz, DH Parks, JF Banfield, P Hugenholtz, T Woyke Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea Nature Biotechnology, 35, 725-731 (год публикации - 2017).

14. Budygin E.A., Oleson E.B., Lee Y.B., Blume L.C., Bruno M.J., Howlett A.C., Thompson A.C. and Bass C.E. Acute Depletion of D2 Receptors from the Rat Substantia Nigra Alters Dopamine Kinetics in the Dorsal Striatum and Drug Responsivity Frontiers in Behavioral Neuroscience, 2017 Jan 19;10:248. doi: 10.3389/fnbeh.2016.00248. eCollection 2016. (год публикации - 2017).

15. Ferraroni, M.; Luccarini, L.; Masini, E.; Korsakov, M.; Scozzafava, A.; Supuran, C. T.; Krasavin, M. 1,3-Oxazole-based selective picomolar inhibitors of cytosolic human carbonic anhydrase II alleviate ocular hypertension in rabbits: potency is supported by X-ray crystallography of two leads. Bioorganic and Medicinal Chemistry, Volume 25, Issue 17, pp. 4560-4565 (год публикации - 2017).

16. Gurevich A., Mikheenko A., Shlemov A., Korobeynikov A., Mohimani H., Pevzner P. Increased diversity of peptidic natural products revealed by modification-tolerant database search of mass spectra Nature Microbiology, - (год публикации - 2017).

17. Kalinin, S.; Kopylov, S.; Tuccinardi, T.; Sapegin, A.; Dar'in, D.; Angeli, A.; Supuran, C. T.; Krasavin, M. Lucky Switcheroo: Dramatic Potency and Selectivity Improvement of Imidazoline Inhibitors of Human Carbonic Anhydrase VII ACS Medicinal Chemistry Letters, Volume 8, Issue 10, pp. 1105-1109 (год публикации - 2017).

18. Krasavin, M.; Korsakov, M.; Ronzhina, O.; Tuccinardi, T.; Kalinin, S.; Tanç, M.; Supuran, C. T. Primary mono- and bis-sulfonamides obtained via regiospecific sulfochlorination of N-arylpyrazoles: inhibition profile against a panel of human carbonic anhydrases. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, Volume 32, Issue 1, pp. 920-934 (год публикации - 2017).

19. Krasavin, M.; Korsakov, M.; Zvonaryova, Z.; Semyonychev, E.; Tuccinardi, T.; Kalinin, S.; Tanç, M.; Supuran, C. T. Human carbonic anhydrase inhibitory profile of mono- and bis-sulfonamides synthesized via a direct sulfochlorination of 3-and 4-(hetero)arylisoxazol-5-amine scaffolds. Bioorganic and Medicinal Chemistry, Volume 25, Issue 6, pp. 1914-1925 (год публикации - 2017).

20. Krasavin, M.; Lukin, A.; Bagnyukova, D.; Zhurilo, N.; Golovanov, A.; Zozulya, S.; Zahanich, I.; Moore, D.; Tikhonova, I. G. Polar aromatic periphery increases agonist potency of spirocyclic free fatty acid receptor (GPR40) agonists inspired by LY2881835. European Journal of Medicinal Chemistry, Volume 127, pp. 357-368 (год публикации - 2017).

21. Krasavin, M.; Lukin, A.; Bakholdina, A.; Zhurilo, N.; Onopchenko, O.; Borysko, P.; Zozulya, S.; Moore, D.; Tikhonova, I. G. Continued SAR Exploration of 1,2,4-Thiadiazole-containing Scaffolds in the Design of Free Fatty Acid Receptor 1 (GPR40) agonists. European Journal of Medicinal Chemistry, Volume 140, pp. 229-238 (год публикации - 2017).

22. Krasavin, M.; Parchinsky, V.; Kantin, G.; Manicheva, O; Dogonadze, M.; Vinogradova, T.; Karge, B.; Brönstrup, M. New nitrofurans amenable by isocyanide multicomponent chemistry are active against multidrug-resistant and poly-resistant Mycobacterium tuberculosis. Bioorganic and Medicinal Chemistry, Volume 25, Issue 6, pp. 1867-1874 (год публикации - 2017).

23. Krasavin, M.; Shetnev,A.; Sharonova, T.; Baykov, S.; Tuccinardi, T.; Kalinin, S.; Angeli, A.; Supuran, C. T. Heterocyclic Periphery in the Design of Carbonic Anhydrase Inhibitors: 1,2,4-Oxadiazol-5-yl Benzenesulfonamides as Potent and Selective Inhibitors of Cytosolic hCA II and Membrane-Bound hCA IX Isoforms. Bioorganic Chemistry, Volume 76, pp. 88-97 (год публикации - 2018).

24. Kyzar EJ, Nichols CD, Raul R. Gainetdinov RR, Nichols DE, Kalueff AV Psychedelic Drugs in Biomedicine Trends in Pharmacological Sciences, Volume 38, Issue 11, p992–1005, (год публикации - 2017).

25. Leao T., Castelão G., Korobeynikov A., Monroe E., Podell S., Glukhov E., Allen E, Gerwick W., Gerwick L. Comparative genomics uncovers the prolific and distinctive metabolic potential of the cyanobacterial genus Moorea PNAS, 114, 12, 3198-3203 (год публикации - 2017).

26. Maggi S., Lassi G., Garcia-Garcia C., Plano A., Espinoza S., Mus L., Tinarelli F., Gainetdinov R.R., Balci F., Nolan P.M., Thierry Nieus T., Tucci V. The after-hours circadian mutant has reduced phenotypic plasticity in behaviors at multiple timescales and in sleep homeostasis Scientific Reports, - (год публикации - 2017).

27. Polanco MJ, Parodi S, Piol D, Stack C, Chivet M, Contestabile A, Miranda HC, Lievens PM, Espinoza S, Jochum T, Rocchi A, Grunseich C, Gainetdinov RR, Cato AC, Lieberman AP, La Spada AR, Sambataro F, Fischbeck KH, Gozes I, Pennuto M Adenylyl cyclase activating polypeptide reduces phosphorylation and toxicity of the polyglutamine-expanded androgen receptor in spinobulbar muscular atrophy Science Translational Medicine, Vol. 8, Issue 370, pp. 370ra181 (год публикации - 2017).

28. Sandel MW, Aguilar А, Fast К, O’Brien S, Lapidus А, Allison DB, Teterina V, Kirilchik S. Complete mitochondrial genomes of Baikal oilfishes (Perciformes: Cottoidei), earth’s deepest-swimming freshwater fishes Mitochondrial DNA, VOL. 2, NO. 2, 773–775 (год публикации - 2017).

29. Sapegin, A.; Kalinin, S.; Angeli, A.; Supuran, C. T.; Krasavin, M. Unprotected primary sulfonamide group facilitates ring-forming cascade en route to polycyclic [1,4]oxazepine-based carbonic anhydrase inhibitors Bioorganic Chemistry, Volume 76, 140-146 (год публикации - 2018).

30. Shlemov A., Bankevich S., Bzikadze A., Turchaninova M.A., Safonova Y., Pevzner, P.A. Reconstructing antibody repertoires from error-prone immunosequencing datasets Lecture Notes in Computer Science, 10229 LNCS, 396-397 (год публикации - 2017).

31. Susanti D, Johnson EF, Lapidus A, Han J, Reddy TBK, Mukherjee S, Pillay M, Perevalova AA, Ivanova NN, Woyke T, Kyrpides NC, Mukhopadhyay B. Permanent Draft Genome Sequence of Desulfurococcus amylolyticus Strain Z-533T, a Peptide and Starch Degrader Isolated from Thermal Springs in the Kamchatka Peninsula and Kunashir Island, Russia Genome Announcements, 13; 5 (15) (год публикации - 2017).

32. А.А. Вдовченко, А.В. Губина, Е.Г. Влах, Т.Б. Тенникова Self-assembled polymer particles based on thermoresponsive biodegradable copolymers of amino acids. Mendeleev Communications, V. 27(2), P. 153-154 (год публикации - 2017).

33. А.В. Лепихина, Д.В. Дарьин, О.Ю. Бакулина, Е.Г. Чупахин, М.Ю. Красавин Skeletal Diversity in Combinatorial Fashion: A New Format for the Castagnoli-Cushman Reaction. ACS Combinatorial Science, Volume 19, Issue 11, pp. 702–707 (год публикации - 2017).

34. А.В. Сапегин, А.Т. Осипян, М.Ю. Красавин Structurally Diverse Arene-Fused Ten-Membered Lactams Accessed via Hydrolytic Imidazoline Ring Expansion. Organic and Biomolecular Chesmitry, Volume 15, Issue 14, pp. 2906-2909 (год публикации - 2017).

35. Барбитов Ю.А., Безродных И.В., Полев Д.Е., Серебрякова Е.А., Глотов А.С., Глотов О.С., Предеус А.В. Catching hidden variation: systematic correction of reference minor allele annotation in clinical variant calling. Genetics in Medicine., - (год публикации - 2017).

36. Барбитов Ю.А., Матвеенко А.Г., Москаленко С.Е., Землянко О.М., Ньюнам Г.П., Пател А., Чернова Т.А., Чернов Ю.О., Журавлева Г.А. To CURe or not to CURe? Differential effects of the chaperone sorting factor Cur1 on yeast prions are mediated by the chaperone Sis1. Molecular Microbiology., Molecular Microbiology. 2017. V. 10. № 2. P. 242-257. (год публикации - 2017).

37. Вяткина Кира, Деккер Леннард, Ву Си, Мартайн ван Дайюн, Лиу Шаовен, Толич Никола, Лайюдер Тео, Паша-Толич Лилиана De Novo Sequencing of Peptides from High-Resolution Bottom-Up Tandem Mass Spectra using Top-Down Intended Methods Proteomics, - (год публикации - 2017).

38. Г.П. Кантин, Е.Г. Чупахин, Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин Efficient cyclodehydration of dicarboxylic acids with oxalyl chloride. Tetrahedron Letters, Volume 58, Issue 32, pp. 3160-3163 (год публикации - 2017).

39. Г.П. Кантин, М.Ю. Красавин Reaction of α-tetralone, 1Н-tetrazol-5-amine, and aromatic aldehydes upon microwave irradiation – a convenient method for the synthesis of 5,6,7,12-tetrahydrobenzo[h]tetrazolo[5,1-b]quinazolines Chemistry of Heterocyclic Compounds, Volume 52, Issue 11, pp 918–922 (год публикации - 2016).

40. Г.П. Кантин, М.Ю. Красавин Microwave-promoted reaction of N-alk-1-enyl chloroacetamides with sodium azide unexpectedly yields 1H-imidazol-5(4H)-ones Mendeleev Communications, Volume 27, Issue 1, pp. 95-96 (год публикации - 2017).

41. Гайнетдинов Рауль Радикович; Герасимов Андрей Сергеевич; Лукин Алексей Юрьевич; Красавин Михаил Юрьевич Замещенные 1,2,4-оксадиазолы как модуляторы ассоциированного со следовыми аминами рецептора 1 (TAAR1) -, - (год публикации - ).

42. Галкин А.П. Prions and the concept of polyprionic inheritance. Current Genetics., V. 63. № 5. P. 799-802. (год публикации - 2017).

43. Гуревич Алексей Александрович, Савельев Владислав Владимирович, Михеенко Алла Александровна Программа для оценки качества сборки геномных последовательностей «QUAST» (QUAST) -, 2016661824 (год публикации - ).

44. Гуревич Алексей Александрович, Савельев Владислав Владимирович, Михеенко Алла Александровна Программа для визуализации качества сборки геномных последовательностей «Icarus» (Icarus) -, 2016661615 (год публикации - ).

45. Гуревич Алексей Александрович, Савельев Владислав Владимирович, Михеенко Алла Александровна Программа для оценки качества сборки метагеномных последовательностей «MetaQUAST» (MetaQUAST) -, 2016661838 (год публикации - ).

46. Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин The Chan-Evans-Lam N-Arylation of 2-Imidazolines. Journal of Organic Chemistry, Volume 81, Issue 24, pp. 12514-12519 (год публикации - 2016).

47. Д.С. Поляков, О.И. Антимонова, Р.Г. Сахабеев, Н.А. Грудинина, А.Е. Ходова, Е.С. Синицына, В.А. Коржиков-Влах, Т.Б. Тенникова, М.М. Шавловский Влияние наночастиц из полимолочной кислоты на иммуногенность связанного с ними белка. Инфекция и иммунитет, Т. 7, № 2, С. 123–129. (год публикации - 2017).

48. Долгорукова А., Доротенко А., Мус Л., Гайнетдинов Р., Суханов И. Activation of trace amine-associated receptor 1 reduces schedule-induced polydipsia in rats Animal Behaviour, P.1.h Basic and clinical neuroscience, P.1.h.020, S673 (год публикации - 2017).

49. Дорофейков В., Дорофейкова М., Петрова Н. Serum levels of neuron-specific Enolase, S100B and C-reactive protein in schizophrenia. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine., Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. 2017, 55, Special Suppl., S. 972. (год публикации - 2017).

50. Дорофейкова М., Незнанов Н., Петрова Н. Cognitive deficit in patients with paranoid schizophrenia: Its clinical and laboratory correlates/ Psychiatry Research., Psychiatry Research. (год публикации - 2017).

51. Е.Г. Влах, Е.В. Грачева, Д.Д. Жуковский, А.В. Губина, А.С. Михайлова, Ю.Р. Шакирова, В.В. Шаройко, С.П. Туник, Т.Б. Тенникова Self-assemble nanoparticles based on polypeptides containing C-terminal luminescent Pt-cysteine complex. Scientific Reports, V. 7, ID 41991 (год публикации - 2017).

52. Ефимова О.А., Пендина А.А., Тихонов А.В., Парфеньев С.Е., Мекина И.Д., Комарова Е.М., Мазлина М.А., Даев Е.В., Чиряева О.Г., Галембо И.А., Крапивин М.И., Глотов О.С., Степанова И.С., Шлыкова С.А., Коган И.Ю., Гзгзян А.М., Кузнецова Т.В., Баранов В.С. Genome-wide 5-hydroxymethylcytosine patterns in human spermatogenesis are associated with semen quality. Oncotarget., Oncotarget. 2017 Jun 1.V. 8. № 51. P. 88294-88307. (год публикации - 2017).

53. Золотарева А.Д., Глотов О.С., Асеев М.В., Вашукова Е.С., Щербак С.Г. Изучение полиморфизма генов, вовлеченных в HIF-1A индуцированную гипоксию, у альпинистов. Теория и практика физической культуры., Теория и практика физической культуры. 2017. № 6. С. 51-54. (год публикации - 2017).

54. И. Гурьянов, Е.В. Убыйвовк, Е. Коржикова-Влах, Т. Тенникова, А.Т. Рад, М.П. Ние, Ф. Поло, Ф. Маран Poly-L-lysine Grafted Au144 Nanoclusters: Birth and Growth of a Healthy Surface-Plasmon-Resonance-like Band. Chemical Science, V. 8(4), P. 3228-3238 (год публикации - 2017).

55. И. Гурьянов, С. Киприани, С. Фьоруччи, Н. Зашихина, В. Коржиков-Влах, Е. Попова, Е. Коржикова-Влах, Б. Бьонди, Ф. Формаджо, Т. Тенникова Nanotraps with biomimetic surface as decoys for chemokines. Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine, V. 13, P. 2575-2585. (год публикации - 2017).

56. Л.М. Усманова, О.Ю. Бакулина, Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин Spontaneous formation of tricyclic lactones following the Castagnoli-Cushman reaction. Chemistry of Heterocyclic Compounds, Volume 53, Issue 4, pp. 474-479 (год публикации - 2017).

57. Левченко А., Канапин А., Самсонова А., Гайнетдинов Р. Human accelerated regions and other human-specific sequence variations in the context of evolution and their relevance for brain development Genome Biology and Evolution, 2017 Nov 14. doi: 10.1093/gbe/evx240. (год публикации - 2017).

58. Лязина Л.В., Бодюль Н.Н., Вохмянина Н.В., Ефимова А.Г., Серебрякова Е.А., Иващенко Т.Э., Глотов О.С., Глотов А.С., Романова О.В., Куранова М.Л., Василишина А.А., Суспицын Е.Н., Михайлов А.В., Сарана А.М., Щербак С.Г., Баранов В.С. Возможности оказания медицинской помощи в современных условиях на примере семьи с наследственной патологией. Медицинская генетика., Медицинская генетика. 2017. № 10. С. 51-54. (год публикации - 2017).

59. М.В. Волокитина, А.В. Никитина, Т.Б. Тенникова, Е.Г. Коржикова-Влах Immobilized enzyme reactors based on monoliths: effect of pore size and enzyme loading on biocatalytic process. Electrophoresis, V. 38 (22-23). P. 2931-2939. (год публикации - 2017).

60. М.В. Волокитина, В.А. Коржиков-Влах, Т.Б. Тенникова, Е.Г. Коржикова-Влах Macroporous monoliths for biodegradation study of polymer particles considered as drug delivery systems. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, V. 145, P. 169-177. (год публикации - 2017).

61. М.Е. Чижова, Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин Complications in the Castagnoli-Cushman reaction: an unusual course of reaction between cyclic anhydrides and sterically hindered indolenines. Tetrahedron Letters, Volume 58, Issue 35, pp. 3470-3473 (год публикации - 2017).

62. М.Ю. Красавин N-(Hetero)aryl-2-imidazolines: an emerging privileged motif for contemporary drug design Chemistry of Heterocyclic Compounds, Volume 53, Issue 3, pp 240–255 (год публикации - 2017).

63. Матвеенко А.Г., Барбитов Ю.А., Джэй-Гарсия Л.М., Чернов Ю.О., Журавлева Г.А. Differential effects of chaperones on yeast prions: CURrent view. Current Genetics., Current Genetics. 20 September 2017. P. 1-9. (год публикации - 2017).

64. Михайлин Е.С., Иванова Л.А., Пакин В.С., Глотов А.С. Попытка верификации диагноза у несовершеннолетней беременной с подозрением на наследственную мозжечковую атаксию Пьера Мари. Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований., Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. 2017. № 10-1. С. 48-51. (год публикации - 2017).

65. Моисеенко Г.А., Вахрамеева О.А., Ламминпия А.М., Пронин С.В., Мальцев Д.С., Сухинин М.В., Вершинина Е.А., Ковальская А.А., Коскин С.А., Шелепин Ю.Е. Investigation of dependence between foveola sizes and characteristics of visual perception. Human Physiology., Human Physiology. (English Translation of Fiziologiya Cheloveka). (год публикации - 2018).

66. Н.Н. Зашихина, М.В. Волокитина, В.А. Коржиков-Влах, И.И. Тарасенко, А. Лаврентьева, Т. Шепер, Е. Рюль, Р.В. Орлова, Т.Б. Тенникова, Е.Г. Коржикова-Влах Self-assembled polypeptide nanoparticles for intracellular irinotecan delivery. European Journal of Pharmaceutical Sciences, V. 109, P. 1-12. (год публикации - 2017).

67. Намозова С.Ш., Хуббиев Ш.З., Шадрин Л.В., Ильина Н.Л. Морфофункциональный и психологический профили студентов-спортсменов и задачи спортивной тренировки. Теория и практика физический культуры., Теория и практика физический культуры. № 10. 2017. С. 20-22. (год публикации - 2017).

68. Нурк С.Ю., Мелешко Д.А., Коробейников А.И., Певзнер П.А. metaSPAdes: a new versatile de novo metagenomics assembler Genome Research, 5, 27, 824-834 (год публикации - 2017).

69. О.Ю. Бакулина, А.Ю. Иванов, В.В. Суслонов, Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин A Speedy Route to Sterically Encumbered, Benzene-fused Derivatives of Privileged, Naturally Occurring Hexahydropyrrolo[1,2-b]isoquinoline. Beilstein Journal of Organic Chemistry, Volume 13, pp. 1413-1424 (год публикации - 2017).

70. О.Ю. Бакулина, Д.В. Дарьин, М.Ю. Красавин o-Phenylenediacetic acid anhydride in the Castagnoli-Cushman reaction: extending the product space to epsilon-lactams. Synlett, Volume 28, Issue 10, pp. 1165-1169 (год публикации - 2017).

71. Окатомо А., Хосода Н., Танака А., Ньюнам Г.П., Чернов Ю.О. Хошино С.И. Proteolysis suppresses spontaneous prion generation in yeast. Journal of Biological Chemistry., Journal of Biological Chemistry. 2017. December 8. 292 (49): 20113-20124. (год публикации - 2017).

72. Пакин В.С. Молекулярно-генетические аспекты гестационного сахарного диабета. Проблемы эндокринологии., Проблемы эндокринологии. 2017. 63(3). С. 204-207. (год публикации - 2017).

73. Петрова Н., Дорофейкова М. Cognition in schizophrenia: Selective impairment and factors that influence it. European Psychiatry., European Psychiatry. V. 41. (S). S193-S193. (год публикации - 2017).

74. Петрова Н.Н., Дорофейков В.В., Воинкова Е.Е. Динамика биохимических показателей у пациентов с первым психотическим эпизодом. Современная терапия психических расстройств., Современная терапия психических расстройств. 2017. № 3. С. 2-6. (год публикации - 2018).

75. Петрова Н.Н., Янченко М.А. Депрессия и когнитивные нарушения. Неврологический вестник., Неврологический вестник. Журнал им. В.М. Бехтерева. 2017. Т. XLIX. Выпуск 4. С. 21-29. (год публикации - 2017).

76. Рубель А.А., Сайфитдинова А.Ф., Романова Н.В. Protein assembly disorders and protein-based inheritance. Genetics, Evolution and Radiation: Crossing Borders, The Interdisciplinary Legacy of Nikolay W. Timofeeff-Ressovsky. Springer International Publishing AG, 2017. 588 p., Genetics, Evolution and Radiation: Crossing Borders, The Interdisciplinary Legacy of Nikolay W. Timofeeff-Ressovsky. [Ed.: V.L. Korogodina, C.E. Mothersill, S.G. Inge-Vechtomov, C.B. Seymour]. ISBN 978-3-319-48838-7 (eBook). 558 p. P. 85-105. (год публикации - 2017).

77. Рыжова Т.А., Сопова Ю.В., Задорский С.П., Синюкова В.А., Сергеева А.В., Нижников А.А., Шенфельд А.А., Волков К.В., Галкин А.П. Screening for amyloid proteins in the yeast proteome. Current Genetics., - (год публикации - 2017).

78. Суханов И., Доротенко А., Долгорукова А., Дорофейкова М., Гайнетдинов Р.Р. The trace amine-associated receptor 1 modulates nicotine behavioural effects Animal Behaviour, P.1.h Basic and clinical neuroscience, P.1.h.021, S673 (год публикации - 2017).

79. Чернов Ю.О. In memory of Susan Lindquist (1949-2016). Prion., Prion. 2017. V. 11. № 1. P. 1-3. (год публикации - 2017).

80. Чернова Т.А., Киктев Д.А., Романюк А.В., Шэнкс Дж. Р., Лаур О., Али М., Гхош А., Ким Д., Янг З., Манг М., Чернов Ю.О., Вилкинсон К.Д. Yeast short-lived actin associated protein forms a metastable prion in response to thermal stress. Cell Reports., Cell Reports. 2017. V. 18. № 3. P. 751-761. (год публикации - 2017).

81. Чернова Т.А., Чернов Ю.О., Вилкинсон К.Д. Prion-based memory of heat stress in yeast. Prion., Prion. 2017. V. 11. № 3. P. 151-161. (год публикации - 2017).

82. Шлемов А.Ю., Банкевич С.В., Бзикадзе А.В., Турчанинова М.А., Сафонова Я.Ю., Певзнер П.А. Reconstructing Antibody Repertoires from Error-Prone Immunosequencing Reads Journal of Immunology, 199, 9, 3369-3380 (год публикации - 2017).

83. Шлемов Александр Юрьевич Программа для оценки качества построения иммунных репертуаров антител (IgQUAST) -, 2017619384 (год публикации - ).


Аннотация результатов, полученных в 2018 году
В 2018 году реализация программы «Трансляционная биомедицина в СПбГУ» вышла на финишную прямую. Накопленный опыт ключевых участников программы, а также имеющиеся интеллектуальные, материально-технические и другие ресурсы позволили достичь существенной интеграции на площадке Института трансляционной биомедицины (ИТБМ СПбГУ) биомедицинских и смежных исследований, ведущихся в Университете. Подробная информация о деятельности ИТБМ представлена на портале http://biomedinstitute.spbu.ru. В частности, в 2018 году увеличилось количество лабораторий, входящих в ИТБМ: открылась новая лаборатория биобанкинга и геномной медицины во главе с молодым доктором наук Андреем Глотовым. Она призвана продолжить работу, начатую несколько лет назад в лаборатории под руководством профессора Юрия Чернова и в ресурсном центре "Центр Биобанк". Кроме того, на базе «Центра Биобанк» создан Российский консорциум по психиатрической генетике, включающий в себя ведущие психиатрические клиники России; производится сбор образцов пациентов для последующего генотипирования и сотрудничества с Международным консорциумом психиатрической геномики (Psychiatric Genomics Consortium, далее – PGC), который является мировым лидером в области генетики и геномики психических заболеваний. Последовательно развивая взаимодействие с бизнесом и нацеливаясь на решение практических задач, поставленных коммерческими заказчиками, Институт вышел в 2018г. на реализацию совместного проекта с Петербургской инновационной биотехнологической компанией BIOCAD (работа с генетически модифицированными мышами). В 2019-2020гг. предполагается активное продолжение этой деятельности. Среди основных научных результатов 2018 года, которые в определенной степени подводят итог деятельности Института в 2014-2018гг., - создание новых биоинформатических программ для анализа геномной, протеомной и иммунологической информации; разработка методов вычислительной биологии, которые позволят находить принципиально новые антибиотики; создание систематизированной коллекции химических соединений для фармакологического скрининга; обнаружение принципиально новых лекарственных средства для лечения шизофрении и депрессии, а также диабета и ожирения; разработка на основании связывания вируса гепатита с наноловушками инновационного подхода к лечению гепатита С; развитие с использованием углеродных наноматериалов принципиально новых моделей гибких нейропротезов для лечения травм спинного мозга и т.д. Чрезвычайно важно, что с самого начала реализации программы ИТБМ вносит существенный вклад в совершенствование образовательной деятельности СПбГУ. Только за 2018 год подготовлено 8 РИД, которые имеют реальные перспективы внедрения. Логичным продолжением развития популярных он-лайн курсов на платформах Coursera, «Открытое образование» и Stepik в области биоинформатики явились создание основной образовательной программы магистратуры «Биоинформатика», приём на которую впервые состоялся в 2018 году. Это первая в Санкт-Петербурге и одна из немногих в стране программа по биоинформатике широкого профиля, не фокусирующаяся на какой-то одной области наук о жизни. Именно в 2018 году в состав СПбГУ передан из Министерства здравоохранения РФ поликлинический комплекс Санкт-Петербургского многопрофильного центра ФГБУ "СПМЦ" (Распоряжение Правительства РФ №184-р от 10 февраля 2015 года). Теперь Клиника высоких медицинских технологий СПбГУ (новое название) – ведущая клиника в Европе по ряду направлений, в числе которых кардиохирургия, хирургическая эндокринология, хирургия тазового дна у женщин - стала структурным подразделением Университета, что предоставляет облегченные возможности для проведения совместных научных исследований и реальной трансляции результатов лабораторных испытаний ИТБМ в клиническую практику. Таким образом, к концу 2018г. в результате реализации программы "Трансляционная биомедицина СПбГУ" в Университете сформирован научный консорциум нового типа, объединяющий медиков-клиницистов и исследователей в области естественных и точных наук, которые генерируют фундаментальные знания. Это позволяет решать практические проблемы биомедицины и создавать новые биоактивные молекулы, а также средства доставки лекарственных препаратов, разрабатывать современные методы и технологии диагностики различных заболеваний, развивать направление правового обеспечения трансляционных прикладных исследований и пр. Любопытный и неожиданный опыт участия в образовательной и просветительской деятельности был получен в связи с реализацией совместно с компанией BIOCAD биомедицинского проекта для школьников в рамках программы "Большие вызовы". Проект был успешно реализован в образовательном центре Сириус 1-25 июля 2018 года и получил массу положительных отзывов. Проект открыл перед школьниками абсолютно новый для них мир молекулярной биологии: они освоили такие базовые методы как ПЦР, выделение ДНК и РНК, транскрипцию, а также получили навыки работы с базой данных ncbi для анализа последовательностей ДНК и умение использовать программе crispr.mit.edu для поиска нужный гид РНК.

 

Публикации

1. - Петербургские генетики помогли паре с редкой наследственной патологией с рождением здорового ребенка Интерфакс. Interfax-russia.ru., 14 февраля 2018 г. 18:44 (год публикации - ).

2. - Нокаут болезням. Наука бьется за здоровье пациентов. Поиск (poisknews.ru). Интернет-газета, №31-32(2018), 10.08.2018 (год публикации - ).

3. - Ученые разрабатывают новый метод целевой доставки лекарств в организм Фармацевтический вестник. Интернет-газета, 6 февраля 2018 г (год публикации - ).

4. - 20 молодых и перспективных: рейтинг РБК РБК (Журнал), №6 за июнь - 22 мая 2018 г. (год публикации - ).

5. - Математика желудка: ученые поняли, как посчитать полезные бактерии Известия.ру (iz.ru)., Новости портала 28 сентября 2018 г. 16:03 (год публикации - ).

6. - Без биобанкинга будущее невозможно. ФАН-ТВ Федеральное агентство новостей (riafan.ru). Новости, новость от 10 ноября 2018 г. 16:43 (год публикации - ).

7. - Российская газета (RG.RU). Российские ученые разработали алгоритм поиска новых антибиотиков, Новости портала 25 января 2018 г. 10:45 (год публикации - ).

8. - Удар по диабету Поиск (poisknews.ru). Интернет-газета, №47 (2018), 23.11.2018 (год публикации - ).

9. - Новости. 18:00 Телеканал Санкт-Петербург (topspb.tv)., Материалы эфира 20 июля 2018 г. (год публикации - ).

10. - Лаборатория биобанкинга и геномной медицины открылась в СПбГУ Интерфакс, новость от 30 октября 2018 г. (год публикации - ).

11. - Эксперт СПбГУ предрекает "новую волну" на мировом рынке лекарств Мой район (mr7.ru)., Новости портала 19 июля 2018 г. (год публикации - ).

12. - Новости ГТРК Вести.Ru (Россия 24)., Новости эфира 31 июля 2018 г. (год публикации - ).

13. - Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке Санкт-Петербургские новости(npit.ru). Новости, новость от 31 июля 2018 г. 20:02 (год публикации - ).

14. - И лекарства бывают блокбастерами Санкт-Петербургские ведомости, Люди 14 Сентября 2018 (год публикации - ).

15. - Российские биологи обнаружили невидимую половину кишечной микрофлоры Чердак: наука, технологии, будущее (chrdk.ru)., нововсти 30 июля 2018 г. в 16:05 (год публикации - ).

16. Адинольфи А., Карбоне К., Лео Д., Гайнетдинов Р.Р., Лавьола Г., Адриани У. Novelty-related behavior of young and adult DAT-KO rats: implication for cognitive and emotional phenotypic patterns Genes, Brain and Behavior, 17(4):e12463. (год публикации - 2018).

17. Адинольфи А., Целли С., Лео Д., Корбоне К., Мус Л., Иллиано П., Аллева Е., Гайнетдинов Р.Р., Адриани В. Behavioral characterization of DAT-KO rats and evidence of asocial-like phenotypes in DAT-HET rats: The potential involvement of norepinephrine system Behavioural Brain Research, pii: S0166-4328(18)30736-8 (год публикации - 2018).

18. Алавердян Д.А., Мамаева О.П., Намозова С.Ш., Лещев Д.В., Федяков М.А., Полякова И.В., Швед Н.Ю., Асеев М.В., Меркурьева В.А., Кьергаард А.В., Сарана А.М., Уразов С.П., Смирнов В.В., Масленников А.Б., Щербак С.Г., Глотов О.С. Анализ показателей метаболического профиля и полиморфизма генов ACE, PPARA, PPARD, PPARG, PPARGC1A, AMPD1, ACTN3, DRD2A, HTR2A при адаптации к различным видам физической нагрузки Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике / Под ред. чл.-корр. РАЕН А.Б. Масленникова. Выпуск 27. Новосибирск: Академиздат, 2018., C. 84-96. (год публикации - 2018).

19. Александров А.А., Дмитриева Е.С., Вольнова А.Б., Князева В.М., Герасимов А.С., Гайнетдинов Р.Р. TAAR5 receptor agonist affects sensory gating in rats Neuroscience Letters, 666:144-147 (год публикации - 2018).

20. Александров А.А., Князева В.М., Вольнова А.Б., Дмитриева Е.С., Коренькова О., Эспиноза С., Герасимов А., Гайнетдинов Р.Р. Identification of TAAR5 Agonist Activity of Alpha-NETA and Its Effect on Mismatch Negativity Amplitude in Awake Rats Neurotoxicity Research, Volume 34, Issue 3, pp 442–451 (год публикации - 2018).

21. Антонова Н.А., Ерицян К.Ю., Цветкова Л.А. Мнение и установки университетского сообщества к донорству в биобанк Социальная психология и общество., - (год публикации - 2019).

22. Бакулина, О.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Mixed Carboxylic-Sulfonic Anhydride in Reactions with Imines: A Straightforward Route to Water-Soluble Beta-Lactams via a Staudinger-Type Reaction. Organic and Biomolecular Chemistry, 16? 3989-3998 (год публикации - 2018).

23. Бакулина, О.; Чижова, М.; Дарьин, Д.; Красавин, М. A General Way to Construct Arene-Fused Seven-Membered Nitrogen Heterocycles European Journal of Organic Chemistry, 362-371 (год публикации - 2018).

24. Банкевич А.В., Певзнер П.А. Joint Analysis of Long and Short Reads Enables Accurate Estimates of Microbiome Complexity Cell Systems, volume 7, issue 2, Pages: 192-+ (год публикации - 2018).

25. Банкевич А.В., Певзнер П.А. Long Reads Enable Accurate Estimates of Complexity of Metagenomes Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics) 2018, 10812 LNBI, pages 1-20 (год публикации - 2018).

26. Баранова Т.И., Берлов Д.Н., Глотов А.С., Глотов О.С., Заварина Л.Б., Качанова Т.А., Намозова С.Ш., Подъячева Е.Ю., Шлейкина А.В. Генетические детерминанты адаптивных сердечно-сосудистых реакций при имитации ныряния у человека Российский физиологический журнал им. И.М. Сеченова. Т. 104. №7., С. 845-855. (год публикации - 2018).

27. Баранова Т.И., Берлов Д.Н., Глотов А.С., Глотов О.С., Заварина Л.Б., Качанова Т.А., Намозова С.Ш., Подъячева Е.Ю., Шлейкина А.В. О некоторых генетических детерминантах сосудистых реакций при имитации ныряния у человека Журнал эволюционной биохимии и физиологии. T. 55., - (год публикации - 2019).

28. Барбитов Ю.А., Бездворных И.В., Глотов А.С. Программа для интеграции обработки данных секвенирования следующего поколения для использования в медицинской генетике” (NGSAnalyzer) -, №2018617467 от 25.06.2018 (год публикации - ).

29. Барбитов Ю.А., Бездворных И.В., Глотов А.С. Программа для визуализации и ранжирования генетических вариантов для интерпретации данных секвенирования следующего поколения в медицинской генетике” (SNVViewer) -, №2018617725 от 28.06.2018 (год публикации - ).

30. Барбитов Ю.А., Бездворных И.В., Глотов А.С. Программа для работы с базой данных маркерных генетических вариантов для интерпретации результатов секвенирования следующего поколения при диагностике эндокринологических заболеваний” (DiabMarkersDBViewer) -, №2018617436 от 25.06.2018 (год публикации - ).

31. Барбитов Ю.А., Глотов А.С., Серебрякова Е.А. База данных генетических вариантов для аннотации и интерпретации данных секвенирования следующего поколения при диагностике эндокринологических заболеваний” (DiabMarkersDB) -, №2018620498 от 28.03.2018 (год публикации - ).

32. Барбитов Ю.А., Серебрякова Е.А., Насыхова Ю.А., Предеус А.В., Полев Д.Е., Шувалова А.Р., Васильев Е.В., Уразов С.П., Сарана А.М., Щербак С.Г., Гладышев Д.В., Покровская М.С., Сивакова О.В., Мешков А.Н., Глотов О.С., Глотов А.С. Identification of novel candidate markers of type 2 diabetes and obesity in Russia by exome sequencing with a limited sample size Genes. 2018. Special Issue Computational Approaches for Disease Gene Identification., Том: 9. Выпуск: 8. Номер статьи: 415 (год публикации - 2018).

33. Белов Д.Р., Фесенко З.С., Лакстыгал А.М., Гайнетдинов Р.Р., Колодяжный С.Ф. Эффект агониста рецептора TAAR5 следовых аминов как модель шизофрении по данным электрокортикографии крыс Российский Физиологический Журнал им. И. М. Сеченова, Т. 104. № 11. С. 000—000. (год публикации - 2018).

34. Бривио П., Сбрини Г., Пива П., Тодриас М., Бадер М., Аленина Н., Калабрезе Ф. TPH2 Deficiency Influences Neuroplastic Mechanisms and Alters the Response to an Acute Stress in a Sex Specific Manner Frontiers in Molecular Neuroscience, 11:389 (год публикации - 2018).

35. Бушманова Е.Л., Антипов Д.Ю., Пржибельский А.Д. Программа для ЭВМ "rnaQUAST" -, 2018617829 (год публикации - ).

36. Волокитина М., Крутякова М., Сиротов В., Ларионов М., Тенникова Т., Коржикова-Влах Е. Protein biochips based on macroporous polymer supports: material properties and analytical potential Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, - (год публикации - 2019).

37. Гайнетдинов Р.Р., Хёнер М.К., Берри М.Д. Trace Amines and Their Receptors Pharmacological Reviews, 70(3):549-620 (год публикации - 2018).

38. Гайнетдинов Р.Р.; Герасимов А.С.; Лукин А.Ю., Бахолдина А.Г., Красавин М.Ю. Замещенные 2,3,4,5-тетрагидробензо[f][1,4]оксазепины как модуляторы ассоциированного со следовыми аминами рецептора 1 (TAAR1) -, - (год публикации - ).

39. Гайнетдинов Р.Р.; Герасимов А.С.; Лукин А.Ю., Журило Н.И., Красавин М.Ю. (Азациклоалкил)метокси-замещенные бензамиды как модуляторы ассоциированного со следовыми аминами рецептора 1 (TAAR1) -, - (год публикации - ).

40. Гайнетдинов Р.Р.; Герасимов А.С.; Лукин А.Ю., Красавин М.Ю. Замещенные 2-(5-арил-4H-1,2,4-триазол-3-ил)этанамины как модуляторы ассоциированного со следовыми аминами рецептора 1 (TAAR1) -, - (год публикации - ).

41. Галкин А.П., Велижанина М.Е., Сопова Ю.В., Шенфельд А.А., Задорский С.П. Prions and Non-infectious Amyloids of Mammals – Similarities and Differences Biochemistry (Moscow)., Vol. 83. №. 10. Pp. 1184-1195. (год публикации - 2018).

42. Гебхардт К., Мосиенко В., Аленина Н., Альбрехт Д. Priming of LTP in amygdala and hippocampus by prior paired pulse facilitation paradigm in mice lacking brain serotonin Hippocampus, - (год публикации - 2018).

43. Глотов А.С. Возможна ли реализация современных генетических проектов вне поля биобанков? Биобанки и прогресс биомедицины. / под ред. Анисимова С.В. СПб.: Издательская группа «Isber. Передовые практики»., С. 29-36. (год публикации - 2018).

44. Глотов А.С., Казаков С.В., Вашукова Е.С., Пакин В.С., Данилова М.М., Насыхова Ю.А., Машарский А.Е., Мозговая Е.В., Еремеева Д.Р., Зайнуллина М.С., Баранов В.С. Targeted sequencing analysis of ACVR2A gene identifies novel risk variants associated with preeclampsia The journal of maternal-fetal & neonatal medicine: the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians., P. 1-7. (год публикации - 2018).

45. Глотов О., Серебрякова Е., Торкунова М., Башнина Е., Глотов А., Барбитов И., Иващенко Т., Федяков М., Сарана А., Щербак С., Баранов В. Molecular genetic diagnosis of monogenic forms of diabetes in Russia Drug Metabolism and Personalized Therapy. 33(3): eA1–eA54, eA34 (год публикации - 2018).

46. Глотов О.С., Романова О.В., Эйсмонт Ю.А. и др. Comparative analysis of NGS and Sanger sequencing methods for HLA typing at a Russian University Hospital Cellular Therapy and Transplantation. Vol. 7. № 4., Cellular Therapy and Transplantation. Vol. 7. № 4. [In print]. (год публикации - 2018).

47. Гуарьенто С., Тонелли М., Эспиноза С., Герасимов А.С., Гайнетдинов Р.Р., Чичеро Е. Rational design, chemical synthesis and biological evaluation of novel biguanides exploring species-specificity responsiveness of TAAR1 agonists European Journal of Medicinal Chemistry, 146:171-184 (год публикации - 2018).

48. Гуранова, Н.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Facile access to 3-unsubstituted tetrahydroisoquinolonic acids via the Castagnoli-Cushman reaction. Synthesis, 50, 2076-2086 (год публикации - 2018).

49. Гуревич А.А., Михеенко А.А., Шлемов А.Ю., Коробейников А.И., Мохимани Х., Певзнер П.А. Increased diversity of peptidic natural products revealed by modification-tolerant database search of mass spectra Nature Microbiology, volume 3, issue: 3, pages: 319-327 (год публикации - 2018).

50. Гурьянов И., Реал-Фернандез Ф., Сабатино Г., Приско Н., Коржиков-Влах В., Бьонди Б., Папини А.М., Коржикова-Влах Е., Тенникова Т. Modeling interaction between gp120 HIV protein and CCR5 receptor. Journal of Peptide Science., - (год публикации - 2018).

51. Дарьин, Д.; Зарубаев, В.; Галочкина, А.; Гуреев, М.; Красавин, М. Non-chelating p-phenylidene-linked bis-imidazoline analogs of known influenza virus endonuclease inhibitors: synthesis and anti-influenza activity. European Journal of Medicinal Chemistry, 161, 526-532 (год публикации - 2019).

52. Джужа А.Ю., Волокитина М.В., Коржикова-Влах Е.Г., Тенникова Т.Б. Монолитные молекулярно-импринтированные системы для детектирования фенилкетонурии: разработка и изучение свойств. Актуальные вопросы биологической физики и химии., Т.3 № 3. С.636–641. (год публикации - 2018).

53. Дил А.Л., Константопулос Дж.К., Вейнер Дж.Л., Будыгин Е.А. Exploring the consequences of social defeat stress and intermittent ethanol drinking on dopamine dynamics in the rat nucleus accumbens Scientific Reports, 8:332 (год публикации - 2018).

54. Дил А.Л., Михайлова М.А., Гриневич В.П., Вейнер Дж.Л., Гайнетдинов Р.Р., Будыгин Е.А. In vivo voltammetric evidence that locus coeruleus activation predominantly releases norepinephrine in the infralimbic cortex: Effect of acute ethanol Synapse, - (год публикации - 2018).

55. Доротенко А., Долгорукова А., Антонова К., Ефимова., Гайнетдинов Р.Р., Суханов И. No tolerance to anticompulsive activity of trace amine-associated receptor 1 agonist following repeated administration European Neuropsychopharmacology, Volume 28, Supplement 1, Page S41 (год публикации - 2018).

56. Ершов В.А., Тарасов А.Л., Лапидус А.Л., Коробейников А.И. IonHammer: Homopolymer-Space Hamming Clustering for IonTorrent Read Error Correction Journal of Computational Biology, PMID: 30328692 (год публикации - 2018).

57. Ефимова О.А., Пендина А.А., Крапивин М.И., Копат В.В., Тихонов А.В., Петровская-Каминская А.В., Наводникова П.М., Талантова О.Е., Глотов О.С., Баранов В.С. Inter-cell and inter-chromosome variability of 5-hydroxymethylcytosine patterns in non-cultured human embryonic and extraembryonic cells Cytogenetic and Genome Research., - (год публикации - 2018).

58. Жук А.С., Задорский С.П., Ширяева А.А., Коченова О.В., Инге-Вечтомов С.Г., Степченкова Е.И. Идентификация мутации kar1-1, приводящей к повышению частоты цитодукции и снижению частоты гибридизации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae Генетика., Том 54. Приложение. С. S18–S21. (год публикации - 2018).

59. Ильина Н.Л., Намозова С.Ш. Отношение к студенческому спорту и программе ГТО спортсменов разного уровня студенческого спорта и специалистов, обеспечивающих учебно-тренировочный процесс в ВУЗе Актуальные вопросы физического воспитания молодежи и студенческого спорта: сборник трудов Всероссийской научно-практической конференции 18 мая 2018 года г. Саратов. Саратов: Изд-во «Саратовский источник», 2018. 352 с., С. 65-74. (год публикации - 2018).

60. Ильина Н.Л., Намозова С.Ш. Психологический аспект в разработке моделей отбора спортсменов в системе студенческого спорта (на примере плавания) Ученые записки университета имени П.Ф. Лесгафта., № 8 (162). C. 234-239. (год публикации - 2018).

61. Каннен В., Сакита Дж.Ю., Карниеро З.А., Бадер М., Аленина Н., Тейксейра Р.Р., де Оливейра Е.К., Брунальди М.О., Гаспаротто Б., Сартори Д.К., Фернандес К.Р., Сильва Дж.С., Андраде М.В., Сильва У.А.мл., Уемура С.А., Гарсия С.Б. Mast Cells and Serotonin Synthesis Modulate Chagas Disease in the Colon: Clinical and Experimental Evidence Digestive Diseases and Sciences, - (год публикации - 2018).

62. Кантин, Г.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Rh(II)-catalyzed Cycloaddition of α-Diazo Homophthalimides and Nitriles Delivers Novel Oxazolo[5,4-c]isoquinolin-5(4H)-one Scaffold. European Journal of Organic Chemistry, 4857-4859 (год публикации - 2018).

63. Клемпин Ф., Мосиенко В., Маттес С., Виллела Д.С., Тодриас М., Пеннинджер Дж.М., Бадер М., Сантос Р.А.С., Аленина Н. Depletion of angiotensin‐converting enzyme 2 reduces brain serotonin and impairs the running‐induced neurogenic response Cellular and Molecular Life Sciences, Volume 75, Issue 19, pp 3625–3634 (год публикации - 2018).

64. Коржиков-Влах В., Аверьянов И., Синицына Е., Нащекина Ю., Поляков Д., Лаврентьева А., Раддатц Л., Коржикова-Влах Е., Тенникова Т. Novel Pathway for Efficient Covalent Modification of Polyester Materials of Different Design to Prepare Biomimetic Surfaces. Polymers, V. 10. P. 1299. (год публикации - 2018).

65. Кострцева Р.М., Видра К., Филип М., Кроуфорд К., МакДугал С.А., Браун Р.У., Боротто-Эскуэлла Д.О., Фукс К., Гайнетдинов Р.Р. Dopamine D2 Receptor Supersensitivity as a Spectrum of Neurotoxicity and Status in Psychiatric Disorders Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, - (год публикации - 2018).

66. Красавин, М.; Гуреев, М. А.; Дарьин, Д.; Бакулина, О.; Чижова, М.; Лепихина, А.; Новикова, Д.; Григорьева, Т.; Иванов, Г.; Жумагалиева, А.; Гарабаджиу, А. В.; Трибулович, В. Г. Design, in silico prioritization and biological profiling of apoptosis-inducing lactams amenable by the Castagnoli-Cushman reaction. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 26, 2651-2673 (год публикации - 2018).

67. Красавин, М.; Лукин, А.; Ведехина, Т.; Маничева, О.; Догонадзе, М.; Виноградова, Т.; Заболотных, Н.; Рогачева, Е.; Краева, Л.; Яблонский, П. Conjugation of a 5-nitrofuran-2-oyl moiety to aminoalkylimidazoles produces non-toxic nitrofurans that are efficacious in vitro and in vivo against multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis. European Journal of Medicinal Chemistry, 157, 1115-1126 (год публикации - 2018).

68. Кунявская О.А., Пржбельский А.Д. SGTK: a toolkit for visualization and assessment of scaffold graphs Bioinformatics, bty956 (год публикации - 2018).

69. Лада А.Г., Степченкова Е.И., Жук А.С., Кливер С.Ф., Рогозин И.Б., Полев Д.Е., Дар А., Павлов Ю.И. Recombination Is Responsible for the Increased Recovery of Drug-Resistant Mutants with Hypermutated Genomes in Resting Yeast Diploids Expressing APOBEC Deaminases Frontiers in Genetics., Том: 8. Номер статьи: 202. (год публикации - 2018).

70. Левит М., Зашихина Н., Добродумов А., Тарасенко И., Панарин Е., Фьоруччи С., Коржикова-Влах Е., Тенникова Т. Synthesis and characterization of well-defined poly(2-deoxy-2-methacrylamido-D-glucose) and its biopotential block copolymers via RAFT and ROP polymerization. European Polymer Journal, V. 105. P. 26-37. (год публикации - 2018).

71. Левит М.Л., Назарова О.В., Панарин Е.Ф., Коржикова-Влах Е.Г., Тенникова Т.Б. Macroporous monolithic columns modified with cholesterol-containing glycopolymer for cholesterol solid-phase extraction Mendeleev Communications, V. 28. P. 340-342. (год публикации - 2018).

72. Лео Д., Суханов И., Гайнетдинов Р.Р. Novel translational rat models of dopamine transporter deficiency Neural Regeneration Research, 13(12):2091-2093 (год публикации - 2018).

73. Лео Д., Суханов И., Дзоратто Ф., Иллиано П., Каффино Л., Санна Ф., Месса Дж., Эммануэль М., Эспозито А., Дорофейкова М., Будыгин Е.А., Мус Л., Ефимова Е.В., Ниелло М., Эспиноза С, Сотникова ТД, Хёнер МК, Лавьола Дж, Фумагалли Ф, Адриани У, Гайнетдинов РР. Pronounced Hyperactivity, Cognitive Dysfunctions, and BDNF Dysregulation in Dopamine Transporter Knock-out Rats Journal of Neuroscience, 38(8):1959-1972 (год публикации - 2018).

74. Лукин, А.; Калинченкова, Н.; Ведехина, Т.; Журило, Н.; Красавин, М. Diversity-oriented synthesis of N,N-dimethylamino-substituted azoles employing TBTU Tetrahedron Letters, 59, 2732-2735 (год публикации - 2018).

75. Лукин, А.; Крамер, Й.; Хартманн, М.: Вайзель, Л. и др. Discovery of Polar Spirocyclic Orally Bioavailable Urea Inhibitors of Soluble Epoxide Hydrolase. Bioorganic Chemistry, 80, 655-667 (год публикации - 2018).

76. Лэм В.М., Мельник К.А., Бэимел К., Бирепут П., Эспиноза С., Суханов И., Хорсфол У., Гайнетдинов РР., Борглэнд С.Л., Рэмзи А.Дж., Салапур А. Behavioral Effects of a Potential Novel TAAR1 Antagonist Frontiers in Pharmacology, - (год публикации - 2018).

77. Мелешко Д.А. и др. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research ASM MSYSTEMS, volume 3; issue 3; article number e00031-18 (год публикации - 2018).

78. Мешалкина Д.А., Кисель Э.В., Антонова К.А., Дёмин К.А., Колесникова Т.О., Хацко С.Л., Гайнетдинов Р.Р., Алексеева П.А., Калуев А.В. The Effects of Chronic Amitriptyline on Zebrafish Behavior and Monoamine Neurochemistry Neurochemical Research, Volume 43, Issue 6, pp 1191–1199 (год публикации - 2018).

79. Минвалеев Р.С., Сарана А.М., Щербак С.Г., Глотов А.С., Глотов О.С., Мамаева О.П., Павлова Н.Е., Гусева О.А., Иванов А.И., Левитов А.И., Саммерфилд Д.Т. Autonomic Control of Muscular Activity Before and After Exposure to Altitudes of 2000–3700 m. Human Physiology. 44(5)., P. 556–564. (год публикации - 2018).

80. Михайлова М., Дил А., Будыгин Е., Гайнетдинов Р. Optogenetics: Applications in neurobiology Biological Communications, VOL 62 NO 4 (2017) (год публикации - 2018).

81. Михайлова М.А., Дил А.Л., Гриневич В.П., Бонин К.Д., Гайнетдинов Р.Р., Будыгин Е.А. Real-Time Accumbal Dopamine Response to Negative Stimuli: Effects of Ethanol ACS Chemical Neuroscience, - (год публикации - 2018).

82. Михеев, А.; Кантин, Г.; Красавин, М. Aldazines in the Castagnoli-Cushman reaction. Synthesis, 50, 2076-2086 (год публикации - 2018).

83. Михеенко А.А., Пржбильский А.Д., Савельев В.В., Антипов Д.Ю., Гуревич А.А. Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG Bioinformatics, Volume 34, issue 13, pages i142–i150 (год публикации - 2018).

84. Моисеенко Г.А., Вахрамеева О.А., Ламминпия А.М., Пронин С.В., Мальцев Д.С., Сухинин М.В., ... & Шелепин Ю.Е. Dependence between the Size of the Foveola and the Parameters of Visual Perception Human Physiology. 44(5)., P. 510-516. (год публикации - 2018).

85. Моро, Э.; Дарьин, Д.; Красавин, М. The first example of azole-fused cyclic anhydride reacting in the Castagnoli-Cushman way. Synlett, 29, 890-893 (год публикации - 2018).

86. Мохимани Х., Гуревич А.А., Шлемов А.Ю, Михеенко А.А., Коробейников А.И., Цао Л., Щербин Е.М., Нотиас Л.-Ф., Дорренстайн П.С., Певзнер П.А. Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra Nature Communications, volume 9, article number 4035 (год публикации - 2018).

87. Осипян, А.; Сапегин, А.; Новиков, А.; Красавин, М. Rare Medium-Sized Rings Prepared via Hydrolytic Imidazoline Ring Expansion (HIRE) The Journal of Organic Chemistry, 83, 9707-9717 (год публикации - 2018).

88. Петрова Н.Н., Воинкова Е.Е., Дорофейкова М.В. Половые особенности первого эпизода шизофрении Психическое здоровье., № 5. С. 43-50. (год публикации - 2018).

89. Петрова Н.Н., Дорофейкова М.В. Гендерные особенности терапевтического ответа при шизофрении Психиатрия и психофармакотерапия., Т. 20. № 5. С. 4-9. (год публикации - 2018).

90. Полякова Н.В., Виноградова Е.П., Александров А.А., Гайнетдинов Р.Р. Преимпульсное торможение у мышей-нокаутов по TAAR1 рецептору Российский Физиологический Журнал им. И. М. Сеченова, Т. 104. No 9. С. 1098—1105. 2018 (год публикации - 2018).

91. Пржибельский А.Д., Коробейников А.И., Лапидус А.Л. Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: Sequence Analysis Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, Elsevier, Oxford, UK, vol. 3, pp. 292-322 (год публикации - 2019).

92. Романова О., Иващенко Т., Глотов О., Федяков М., Насонова И., Горбунова А., Барбитов И., Донников М., Колбасин Л., Сарана А., Щербак С., Баранов В. Analysis of CFTR by next-generation sequencing in patients with cystic fibrosis from West Drug Metabolism and Personalized Therapy. 33(3): eA1–eA54., eA41 (год публикации - 2018).

93. Рыжова Т.А., Сопова Ю.В., Задорский С.П., Синюкова В.А., Сергеева А.В., Галкина С.А., Нижников А.А., Шенфельд А.А., Волков К.В., Галкин А.П. Screening for amyloid proteins in the yeast proteome Current Genetics., 64(2): 469-478. (год публикации - 2018).

94. Сафрыгин, А.; Кривошеева, Е.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Efficient conversion of tertiary propargylamides into imidazoles via hydroamination-cyclization. Synthesis, 50, 3048-3058 (год публикации - 2018).

95. Сергеева А., Сопова Ю., Белашова Т., Синюкова В., Чиринскайте А., Галкин А., Задорский С. Amyloid properties of the yeast cell wall protein Toh1 and its interaction with prion proteins Rnq1 and Sup35 Prion., - (год публикации - 2019).

96. Синицына Е.С., Коржиков-Влах В.А., Беспалов В.Г., Тенникова Т.Б. Биодеградируемые наночастицы на основе алифатических сложных полиэфиров в качестве систем доставки лекарств. Актуальные вопросы биологической физики и химии., Том 3. № 3. С. 622-625. (год публикации - 2018).

97. Синк С., Дзоратто Ф., Поледжи А., Лео Д., Сернеглиа Л., Цимино С., Тамбелли Р., Аллева Е., Гайнетдинов Р.Р., Лавьола Г., Адриани У. Behavioral Phenotyping of Dopamine Transporter Knockout Rats: Compulsive Traits, Motor Stereotypies, and Anhedonia Frontiers in Psychiatry, - (год публикации - 2018).

98. Степченкова Е.И., Ширяева А.А., Павлов Ю.И. Deletion of the DEF1 gene does not confer UV-immutability but frequently leads to self-diploidization in yeast Saccharomyces cerevisiae DNA Repair., 70: 49-54 (год публикации - 2018).

99. Суханов И., Доротенко А., Долгорукова А., Хёнер М.К., Гайнетдинов Р.Р., Беспалов А.Ю. Activation of trace amine-associated receptor 1 attenuates schedule-induced polydipsia in rats Neuropharmacology, 144:184-192 (год публикации - 2018).

100. Суханов И., Дорофейкова М., Долгорукова А., Доротенко А., Гайнетдинов Р.Р. Trace Amine-Associated Receptor 1 Modulates the Locomotor and Sensitization Effects of Nicotine Frontiers in Pharmacology, 9:329 (год публикации - 2018).

101. Тарасенко И., Зашихина Н., Гурьянов И., Волокитина М., Бьонди Б., Фьоруччи С., Формаджо Ф., Тенникова Т., Коржикова-Влах Е. Amphiphilic polypeptides with prolonged enzymatic stability for the preparation of self-assembled nanobiomaterials. RSC Advances., V. 8. P. 34603–34613. (год публикации - 2018).

102. Тутов, А.; Бакулина, О.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Concise Synthesis of 2-N-Hydroxy-3,4-dihydroisoquinol-2-one: a Bacterial Siderophore and Human 5-Lipooxygenase Inhibitor. Tetrahedron Letters, 59, 1511-1512 (год публикации - 2018).

103. Уилсон С.Дж., Боммариус А.С., Чемпион Дж.А., Чернов Ю.О., Линн Д.Г., Паравасту А.К., Лян С., Се М.С., Хемстра Дж.М. Biomolecular Assemblies: Moving from Observation to Predictive Design Chemical Reviews., - (год публикации - 2018).

104. Уокер Л.С., Линн Д.Г., Чернов Ю.О. A standard model of Alzheimer’s disease? Prion., 12(5-6): 261-265. (год публикации - 2018).

105. Усманова, Л.; Дарьин, Д.; Новиков, М.С.; Гуреев, М.; Красавин, М. Bicyclic Piperazine Mimetics of the Peptide Beta-Turn Assembled via the Castagnoli-Cushman Reaction. The Journal of Organic Chemistry, 83, 5859-5868 (год публикации - 2018).

106. Фанг, З., Монк Дж.М., Нурк С.Ю., Аксешина М.Д., Жу К., Геммель С., Жанетто-Хилл, С., Леунг Н., Жубин Р., Сандерс Дж., Сэндборн У.Дж, Грей-Оувен С.Д., Найт Р., Аллен-Верко Е., Палссон Б.О., Смарр, Л. Metagenomics-Based, Strain-Level Analysis of Escherichia coli From a Time-Series of Microbiome Samples From a Crohn's Disease Patient Frontiers in Microbiology, volume 9, year 2018, page 2559 (год публикации - 2018).

107. Федяков М.А., Барбитов Ю.А., Серебрякова E.A, Первунина Т.М., Власов Н.Н., Корниенко Е.А., Глотов А.С., Сарана А.М., Щербак С.Г., Глотов О.С. Исследование частоты распространения дефицита лизосомной кислой липазы в российской популяции Педиатрическая фармакология., Т. 15. № 2. С. 184-185. (год публикации - 2018).

108. Федяков М.А., Поленникова Э.С., Иващенко Т.Э., Алавердян Д.А., Барбитов Ю.А., Полев Д.Е., Глотов А.С., Сарана А.М., Щербак С.Г., Масленников А.Б., Глотов О.С. Сочетание Х-сцепленной и аутосомно-доминантной форм у пациента с врожденным ихтиозом Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике / Под ред. чл.-корр. РАЕН А.Б. Масленникова. Вып. 27. Новосибирск: Академиздат, 2018. 256 с., С. 198-203. (год публикации - 2018).

109. Хуббиев Ш.З., Намозова С.Ш., Ильина Н.Л., Шадрин Л.В. Эквивалентный подход к разработке моделей функциональной подготовленности атлетов в системе студенческого спорта Теория и практика физической культуры. № 4., С. 88-90. (год публикации - 2018).

110. Чандрамовлишваран П., Сун М., Кейси К.Л., Романюк А.В., Гризель А.В., Сопова Ю.В., Рубель А.А., Нуссбаум-Краммер С., Ворберг И.М., Чернов Ю.О. Mammalian amyloidogenic proteins promote prion nucleation in yeast Journal of Biological Chemistry., 293(9):3436-3450. (год публикации - 2018).

111. Чижова, М.; Хорошилова, О.; Дарьин, Д.; Красавин, М. Unusually Reactive Cyclic Anhydride Expands the Scope of the Castagnoli-Cushman Reaction. The Journal of Organic Chemistry, 83, 12722-12733 (год публикации - 2018).

112. Чупрун, С.С.; Кантин, Г.; Красавин, М. Synthesis and Medicinal Applications of N-Aryl-C-nitroazoles Mini-Reviews in Medicinal Chemistry, 18, 1733-1752 (год публикации - 2018).

113. Чурилов Л., Коржиков-Влах В., Синицына Е., Поляков Д., Дарашкевич О., Пойда М., Виноградова Т., Утехин В., Заболотных Н., Цинзерлинг В., Яблонский П., Уртти А., Тенникова Т. Enhanced delivery of 4-t hioureidoiminomethylpyridinium perchlorate in tuberculosis models with IgG functionalized poly(lactic acid) based particles Pharmaceutics, - (год публикации - 2018).

114. Шарма А., Беренс С.Х., Чернов Ю.О., Боммариус А.С. Modulation of the Formation of Aβ- and Sup35NM-Based Amyloids by Complex Interplay of Specific and Nonspecific Ion Effects The Journal of Physical Chemistry B: Biophysical Chemistry and Biomolecules., 122(19):4972-4981. (год публикации - 2018).

115. Шварц М.Д., Каналес Дж.Дж., Дзукки Р., Эспиноза С., Суханов И., Гайнетдинов Р.Р. Trace amine-associated receptor 1: a multimodal therapeutic target for neuropsychiatric diseases Expert Opinion on Therapeutic Targets, - (год публикации - 2018).

116. Эспиноза С., Лео Д., Сотникова Т.Д., Шахид М., Каариайнен Т.М., Гайнетдинов Р.Р. Biochemical and Functional Characterization of the Trace Amine-Associated Receptor 1 (TAAR1) Agonist RO5263397 Frontiers in Pharmacology, - (год публикации - 2018).