КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 18-14-00375
НазваниеМолекулярно-биофизические аспекты олигомеризации мембранных доменов рецепторов, определяющие клеточную сигнализацию в норме и онкогенезе
Руководитель Ефремов Роман Гербертович, Доктор физико-математических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук , г Москва
Конкурс №28 - Конкурс 2018 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-204 - Биофизика
Ключевые слова трансмембранный домен, клеточная мембрана, тирозинкиназа, липидный бислой, оценка свободной энергии, белок-белковые взаимодействия, молекулярная динамика, спектроскопия ядерного магнитного резонанса, онкогенные мутации
Код ГРНТИ34.15.17
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Трансмембранные (ТМ) домены мембранных белков и, в первую очередь, рецепторов играют важную роль в работе клеточных мембран. Они участвуют в процессах сигнализации и транспорта веществ через мембрану, а также обеспечивают формирование пространственной структуры мембранных белков. В большинстве случаев данные ТМ-домены представлены одной или несколькими альфа-спиралями, пронизывающими мембрану. Битопические (т. е. имеющие одну спираль в ТМ-домене) рецепторы, такие как рецепторные тирозинкиназы (РТК), рецепторы цитокинов и другие, представляют повышенный интерес для биомедицинских исследований и приложений, поскольку их дисфункция приводит к серьезным патологиям, в том числе раку и диабету. Несмотря на активное исследование упомянутых мембранных рецепторов с помощью компьютерного моделирования и биофизических методов, молекулярные механизмы работы таких белков в норме и в патологии остаются неясными. В частности, предполагается существование механизма как лиганд-индуцированной, так и спонтанной активации данных сигнальных систем в патологии. Работы последних лет показывают, что для РТК и рецепторов цитокинов конфигурация (взаимное расположение в пространстве) ТМ-доменов непосредственно связана с активацией этих молекул. В то же время нет данных о непосредственной взаимосвязи перестроек в различных частях молекул рецепторов. Важным является вопрос о роли липидной мембраны в передаче сигнала и о взаимном влиянии в системе белок-мембрана. В структурной биологии часто используют редукционистский подход, который заключается в изучении молекул рецепторов по частям: отдельно внеклеточных и киназных доменов в водном окружении и отдельно - ТМ доменов в мембраноподобной среде. Компьютерное моделирование является необходимым дополнением к экспериментальным подходам в области изучения мембранных белков, поскольку позволяет выявить динамические взаимосвязи между различными частями молекулы рецептора и липидным окружением.
Настоящий проект нацелен на всестороннее изучение димеризации мембранных белков в липидном окружении. В первую очередь, будет проверена гипотеза о потенциальном участии липидного бислоя в передаче сигнала рецепторными тирозинкиназами, выдвинутая недавно авторами проекта на основании изучения модельных систем. Ранее мембрану рассматривали как инертную среду, в которой ТМ домены белков способны свободно двигаться. Однако, в отличие от гомогенного растворителя, липидная компонента клеточной мембраны – высокогетерогенная, самоорганизующаяся динамическая система. Поэтому, помимо средних термодинамических параметров димеризации ТМ-доменов необходимо знать их динамические свойства. Такими свойствами могут являться характеристическая динамика ТМ спиралей и молекул водно-липидного окружения, геометрические и временные параметры неоднородностей, возникающих в липидной мембране вследствие влияния белка. Полученные ранее авторами данные о периодическом характере движений ТМ-спиралей и связанных с ними липидов указывают на потенциальную возможность аллостерической передачи сигнала внутри молекулы рецептора с участием липидов. Однако для поиска механизмов влияния на онкогенные формы РТК необходимо приблизиться к пониманию механизма взаимодействия между разными частями рецептора на атомарном уровне. Используемый в настоящем Проекте мультидисциплинарный подход позволит объединить все преимущества современных методов компьютерного моделирования биомолекул и структурной биологии для решения задачи детального описания белок-белковых взаимодействий в мембранах, влияния точечных онкогенных мутаций на равновесие между различными состояниями сигнальных систем клетки, а также поиска способов направленного влияния на патологические состояния организма с помощью воздействия на ТМ-домены целевых РТК и других рецепторов с помощью "пептидов-перехватчиков" и модуляции локальных свойств липидного окружения. В качестве объектов исследования выбраны рецепторы тромбоцитарного фактора роста PDGFRa, семейство рецепторов эпидерамльного фактора роста ErbB, рецептор эндотелиального фактора роста сосудов а также нейраминидаза-1 человека, рецепторы инсулина и инсулин-подобного фактора роста IGF1R. Все эти мембранные белки объединяет то, что они могут быть вовлечены в процесс онкогенеза при возникновении точечных мутаций в их генах. Предполагается, что результатом работы будет детальное описание механизмов спираль-спиральных взаимодействий в мембранах с учётом активной роли мембранного окружения, будет расшифрован механизм работы мутантных онкогенных форм данных белков, а также предложены несколько "пептидов-перехватчиков", являющихся прототипами перспективных селективных модуляторов активности онкогенных форм данных РТК.
Важнейшей особенностью настоящего Проекта является включение в план работ целого комплекса уникальных биофизических экспериментов (оптическая и ЯМР-спектроскопия, белковая инженерия и пр.), с помощью которых будут получены структурно-динамические данные для ряда ТМ доменов РТК дикого типа и мутантных форм. Как показали предыдущие совместные исследования авторов (см. список публикаций) – сотрудников двух лабораторий Отдела структурной биологии ИБХ РАН, только применение взаимодополняющего комплексного подхода, сочетающего новейшие экспериментальные и вычислительные методики, позволяет получить «прорывные» результаты мирового уровня. Именно эта стратегия исследований будет применена в данном Проекте.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Полянский А.А., Бочаров Э.В., Фелге А.И., Кузнецов А.С., Бочарова О.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С., Загровик Б., Демоулин Я.Б., Ефремов Р.Г.
Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain
BBA General Subjects, V. 1863, No. 1, P. 82-95 (год публикации - 2019)
10.1016/j.bbagen.2018.09.011
2. Полянский А.А., Кузнецов А.С., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г. Proteins and membranes: born to be together. A computational view Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 89 (год публикации - 2018)
3. Замалетдинов М.Ф., Кузнецов А.С., Маурис П., Ефремов Р.Г. Putative role of transmembrane domain dimerization in activation of proteins from the insulin receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 381 (год публикации - 2018)
4. Бершацкий Я.В, Бочарова О.В., Бочаров Э.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С. Expression, purification and NMR study of the transmembrane domains of the insulin-like receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 174 (год публикации - 2018)
5. Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Минеев К.С., Бочарова О.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С. Signal transduction mechanism via transmembrane domains of bitopic receptors studied by high-resolution NMR Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 176 (год публикации - 2018)
6. Бочаров Э.В., Урбан А.С., Надеждин К.Д., Кузьмичев П.К., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В. Structural insights into initial steps of Alzheimer disease via mutation-induced conformational variability of APP transmembrane domain Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 177 (год публикации - 2018)
7.
Дубовский П.В., Ефремов Р.Г.
The role of hydrophobic/hydrophilic balance in the activity of structurally flexible vs. rigid cytolytic polypeptides and analogs developed on their basis
Expert Review of Proteomics, V. 15, No. 11, P. 873-886 (год публикации - 2018)
10.1080/14789450.2018.1537786
8. Ефремов Р.Г. Технология "Молекулярного портрета" в анализе биомолекулярных взаимодействий Сборник научных трудов V Международной конференции "Постгеном'2018", С. 138 (год публикации - 2018)
9.
Волынский П.Е., Нольде Д.Е., Захарова Г.С., Палмер Р.А., Тоневицкий А.Г., Ефремов Р.Г
Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell
Scientific Reports, 9,413 (год публикации - 2019)
10.1038/s41598-018-36310-6
10.
Ефремов Р.Г.
Dielectric-dependent strength of interlipid H-bonding in biomembranes: a model case study
Journal of Chemical Information and Modeling, v. 59, N 6, 2765-2775 (год публикации - 2019)
10.1021/acs.jcim.9b00193
11.
Бочаров Э.В., Надеждин К.Д., Урбан А.С., Волынский П.Е., Павлов К.В., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В.
Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis
ACS Chemical Biology, v. 14, N 7, 1573-1582. (год публикации - 2019)
10.1021/acschembio.9b00309
12.
Лесовой Д.М., Дубинный М.А., Нольде С.Б., Бочаров Э.В., Арсеньев А.С.
Accurate measurement of dipole/dipole cross-correlation contribution to R2 in methylenes and primary amines of uniformly 13C/15N-labeled proteins
JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR, v. 73, N 5, 245-260 (год публикации - 2019)
10.1007/s10858-019-00252-6
13. Бочаров Э., Лесовой Д., Павлов К., Бочарова О., Урбан А., Бершацкий Я., Штыкова Э., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domains of type I receptors in norma and pathology FEBS OPEN BIO, v. 9,130 (год публикации - 2019)
14. Замалетдинов М., Кузнецов А., Морис П., Ефремов Р. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation FEBS OPEN BIO (2019)., v. 9, 262 (год публикации - 2019)
15. Урбан А., Бочаров Э., Надеждин К., Павлов К., Штыкова Э., Тихая Е., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А., Бочарова О. Conformational variability and intramembrane recognition possibly associated with abnormal cleavage of APP transmembrane domain FEBS OPEN BIO, v.9, 299 (год публикации - 2019)
16.
Ефремов Р.Г.
Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики
VI Съезд биофизиков России. Сборник научных трудов, VI Съезд биофизиков России, г. Сочи, Сб. трудов, Т. 1, С. 16. (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
17.
Кузнецов А.С., Ефремов Р.Г.
Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ERBB
VI Съезд биофизиков России, Сборник трудов, VI Съезд биофизиков России, Сб. трудов, Т. 1, С. 165 (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
18.
Панина И.С., Крылов Н.А., Нольде Д.Е., Ефремов Р.Г., Чугунов А.О.
Environmental and dynamic effects explain how nisin captures membrane-bound lipid II
Scientific Reports, 10, 8821 (год публикации - 2020)
10.1038/s41598-020-65522-y
19.
Кузнецов А.С., Замалетдинов М.Ф., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочарова О.В., Беннасрун А., Морис П., Бочаров Э.В., Ефремов Р.Г.
Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: structures and possible role in activation
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA (BBA) - BIOMEMBRANES, v. 1862, 183417 (год публикации - 2020)
10.1016/j.bbamem.2020.183417
20.
Альбрехт К., Кузнецов А.С., Апперт-Коллин А., Дайде З., Каллеварт М., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочаров Э.В., Багнар Д., Бауд С., Блейз С., Ромье-Крузе Б. , Ефремов Р.Г., Даучес М., Дюка Л., Гиролт М., Морис П., Беннасроун А.
Transmembrane peptides as a new strategy to inhibit neuraminidase-1 activation
Frontiers in Cell and Developmental Biology, т. 8, с.611121 (год публикации - 2020)
10.3389/fcell.2020.611121
21.
Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Бочарова О.В., Урбан А.С., Бершацкий Ю.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С.
The role of protein-lipid interactions in the functioning of bitopic membrane proteins
Biophysical Journal, 118,3,211a (год публикации - 2020)
10.1016/j.bpj.2019.11.1259
Публикации
1.
Полянский А.А., Бочаров Э.В., Фелге А.И., Кузнецов А.С., Бочарова О.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С., Загровик Б., Демоулин Я.Б., Ефремов Р.Г.
Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain
BBA General Subjects, V. 1863, No. 1, P. 82-95 (год публикации - 2019)
10.1016/j.bbagen.2018.09.011
2. Полянский А.А., Кузнецов А.С., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г. Proteins and membranes: born to be together. A computational view Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 89 (год публикации - 2018)
3. Замалетдинов М.Ф., Кузнецов А.С., Маурис П., Ефремов Р.Г. Putative role of transmembrane domain dimerization in activation of proteins from the insulin receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 381 (год публикации - 2018)
4. Бершацкий Я.В, Бочарова О.В., Бочаров Э.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С. Expression, purification and NMR study of the transmembrane domains of the insulin-like receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 174 (год публикации - 2018)
5. Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Минеев К.С., Бочарова О.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С. Signal transduction mechanism via transmembrane domains of bitopic receptors studied by high-resolution NMR Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 176 (год публикации - 2018)
6. Бочаров Э.В., Урбан А.С., Надеждин К.Д., Кузьмичев П.К., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В. Structural insights into initial steps of Alzheimer disease via mutation-induced conformational variability of APP transmembrane domain Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 177 (год публикации - 2018)
7.
Дубовский П.В., Ефремов Р.Г.
The role of hydrophobic/hydrophilic balance in the activity of structurally flexible vs. rigid cytolytic polypeptides and analogs developed on their basis
Expert Review of Proteomics, V. 15, No. 11, P. 873-886 (год публикации - 2018)
10.1080/14789450.2018.1537786
8. Ефремов Р.Г. Технология "Молекулярного портрета" в анализе биомолекулярных взаимодействий Сборник научных трудов V Международной конференции "Постгеном'2018", С. 138 (год публикации - 2018)
9.
Волынский П.Е., Нольде Д.Е., Захарова Г.С., Палмер Р.А., Тоневицкий А.Г., Ефремов Р.Г
Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell
Scientific Reports, 9,413 (год публикации - 2019)
10.1038/s41598-018-36310-6
10.
Ефремов Р.Г.
Dielectric-dependent strength of interlipid H-bonding in biomembranes: a model case study
Journal of Chemical Information and Modeling, v. 59, N 6, 2765-2775 (год публикации - 2019)
10.1021/acs.jcim.9b00193
11.
Бочаров Э.В., Надеждин К.Д., Урбан А.С., Волынский П.Е., Павлов К.В., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В.
Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis
ACS Chemical Biology, v. 14, N 7, 1573-1582. (год публикации - 2019)
10.1021/acschembio.9b00309
12.
Лесовой Д.М., Дубинный М.А., Нольде С.Б., Бочаров Э.В., Арсеньев А.С.
Accurate measurement of dipole/dipole cross-correlation contribution to R2 in methylenes and primary amines of uniformly 13C/15N-labeled proteins
JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR, v. 73, N 5, 245-260 (год публикации - 2019)
10.1007/s10858-019-00252-6
13. Бочаров Э., Лесовой Д., Павлов К., Бочарова О., Урбан А., Бершацкий Я., Штыкова Э., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domains of type I receptors in norma and pathology FEBS OPEN BIO, v. 9,130 (год публикации - 2019)
14. Замалетдинов М., Кузнецов А., Морис П., Ефремов Р. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation FEBS OPEN BIO (2019)., v. 9, 262 (год публикации - 2019)
15. Урбан А., Бочаров Э., Надеждин К., Павлов К., Штыкова Э., Тихая Е., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А., Бочарова О. Conformational variability and intramembrane recognition possibly associated with abnormal cleavage of APP transmembrane domain FEBS OPEN BIO, v.9, 299 (год публикации - 2019)
16.
Ефремов Р.Г.
Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики
VI Съезд биофизиков России. Сборник научных трудов, VI Съезд биофизиков России, г. Сочи, Сб. трудов, Т. 1, С. 16. (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
17.
Кузнецов А.С., Ефремов Р.Г.
Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ERBB
VI Съезд биофизиков России, Сборник трудов, VI Съезд биофизиков России, Сб. трудов, Т. 1, С. 165 (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
18.
Панина И.С., Крылов Н.А., Нольде Д.Е., Ефремов Р.Г., Чугунов А.О.
Environmental and dynamic effects explain how nisin captures membrane-bound lipid II
Scientific Reports, 10, 8821 (год публикации - 2020)
10.1038/s41598-020-65522-y
19.
Кузнецов А.С., Замалетдинов М.Ф., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочарова О.В., Беннасрун А., Морис П., Бочаров Э.В., Ефремов Р.Г.
Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: structures and possible role in activation
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA (BBA) - BIOMEMBRANES, v. 1862, 183417 (год публикации - 2020)
10.1016/j.bbamem.2020.183417
20.
Альбрехт К., Кузнецов А.С., Апперт-Коллин А., Дайде З., Каллеварт М., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочаров Э.В., Багнар Д., Бауд С., Блейз С., Ромье-Крузе Б. , Ефремов Р.Г., Даучес М., Дюка Л., Гиролт М., Морис П., Беннасроун А.
Transmembrane peptides as a new strategy to inhibit neuraminidase-1 activation
Frontiers in Cell and Developmental Biology, т. 8, с.611121 (год публикации - 2020)
10.3389/fcell.2020.611121
21.
Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Бочарова О.В., Урбан А.С., Бершацкий Ю.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С.
The role of protein-lipid interactions in the functioning of bitopic membrane proteins
Biophysical Journal, 118,3,211a (год публикации - 2020)
10.1016/j.bpj.2019.11.1259
Публикации
1.
Полянский А.А., Бочаров Э.В., Фелге А.И., Кузнецов А.С., Бочарова О.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С., Загровик Б., Демоулин Я.Б., Ефремов Р.Г.
Atomistic mechanism of the constitutive activation of PDGFRA via its transmembrane domain
BBA General Subjects, V. 1863, No. 1, P. 82-95 (год публикации - 2019)
10.1016/j.bbagen.2018.09.011
2. Полянский А.А., Кузнецов А.С., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г. Proteins and membranes: born to be together. A computational view Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 89 (год публикации - 2018)
3. Замалетдинов М.Ф., Кузнецов А.С., Маурис П., Ефремов Р.Г. Putative role of transmembrane domain dimerization in activation of proteins from the insulin receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 381 (год публикации - 2018)
4. Бершацкий Я.В, Бочарова О.В., Бочаров Э.В., Урбан А.С., Арсеньев А.С. Expression, purification and NMR study of the transmembrane domains of the insulin-like receptor family Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 174 (год публикации - 2018)
5. Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Минеев К.С., Бочарова О.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С. Signal transduction mechanism via transmembrane domains of bitopic receptors studied by high-resolution NMR Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 176 (год публикации - 2018)
6. Бочаров Э.В., Урбан А.С., Надеждин К.Д., Кузьмичев П.К., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В. Structural insights into initial steps of Alzheimer disease via mutation-induced conformational variability of APP transmembrane domain Biomembranes 2018. International Conference. 01.10.18-05.10.18. Book of Abstracts., С. 177 (год публикации - 2018)
7.
Дубовский П.В., Ефремов Р.Г.
The role of hydrophobic/hydrophilic balance in the activity of structurally flexible vs. rigid cytolytic polypeptides and analogs developed on their basis
Expert Review of Proteomics, V. 15, No. 11, P. 873-886 (год публикации - 2018)
10.1080/14789450.2018.1537786
8. Ефремов Р.Г. Технология "Молекулярного портрета" в анализе биомолекулярных взаимодействий Сборник научных трудов V Международной конференции "Постгеном'2018", С. 138 (год публикации - 2018)
9.
Волынский П.Е., Нольде Д.Е., Захарова Г.С., Палмер Р.А., Тоневицкий А.Г., Ефремов Р.Г
Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell
Scientific Reports, 9,413 (год публикации - 2019)
10.1038/s41598-018-36310-6
10.
Ефремов Р.Г.
Dielectric-dependent strength of interlipid H-bonding in biomembranes: a model case study
Journal of Chemical Information and Modeling, v. 59, N 6, 2765-2775 (год публикации - 2019)
10.1021/acs.jcim.9b00193
11.
Бочаров Э.В., Надеждин К.Д., Урбан А.С., Волынский П.Е., Павлов К.В., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С., Бочарова О.В.
Familial L723P Mutation Can Shift the Distribution between the Alternative APP Transmembrane Domain Cleavage Cascades by Local Unfolding of the Ε‑Cleavage Site Suggesting a Straightforward Mechanism of Alzheimer’s Disease Pathogenesis
ACS Chemical Biology, v. 14, N 7, 1573-1582. (год публикации - 2019)
10.1021/acschembio.9b00309
12.
Лесовой Д.М., Дубинный М.А., Нольде С.Б., Бочаров Э.В., Арсеньев А.С.
Accurate measurement of dipole/dipole cross-correlation contribution to R2 in methylenes and primary amines of uniformly 13C/15N-labeled proteins
JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR, v. 73, N 5, 245-260 (год публикации - 2019)
10.1007/s10858-019-00252-6
13. Бочаров Э., Лесовой Д., Павлов К., Бочарова О., Урбан А., Бершацкий Я., Штыкова Э., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А. Structural basis of the signal transduction via transmembrane domains of type I receptors in norma and pathology FEBS OPEN BIO, v. 9,130 (год публикации - 2019)
14. Замалетдинов М., Кузнецов А., Морис П., Ефремов Р. Dimerization of transmembrane domain of insulin receptor: structure and possible role in activation FEBS OPEN BIO (2019)., v. 9, 262 (год публикации - 2019)
15. Урбан А., Бочаров Э., Надеждин К., Павлов К., Штыкова Э., Тихая Е., Волынский П., Ефремов Р., Арсеньев А., Бочарова О. Conformational variability and intramembrane recognition possibly associated with abnormal cleavage of APP transmembrane domain FEBS OPEN BIO, v.9, 299 (год публикации - 2019)
16.
Ефремов Р.Г.
Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики
VI Съезд биофизиков России. Сборник научных трудов, VI Съезд биофизиков России, г. Сочи, Сб. трудов, Т. 1, С. 16. (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
17.
Кузнецов А.С., Ефремов Р.Г.
Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ERBB
VI Съезд биофизиков России, Сборник трудов, VI Съезд биофизиков России, Сб. трудов, Т. 1, С. 165 (год публикации - 2019)
10.31429/SbR6.2019.001
18.
Панина И.С., Крылов Н.А., Нольде Д.Е., Ефремов Р.Г., Чугунов А.О.
Environmental and dynamic effects explain how nisin captures membrane-bound lipid II
Scientific Reports, 10, 8821 (год публикации - 2020)
10.1038/s41598-020-65522-y
19.
Кузнецов А.С., Замалетдинов М.Ф., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочарова О.В., Беннасрун А., Морис П., Бочаров Э.В., Ефремов Р.Г.
Dimeric states of transmembrane domains of insulin and IGF-1R receptors: structures and possible role in activation
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA (BBA) - BIOMEMBRANES, v. 1862, 183417 (год публикации - 2020)
10.1016/j.bbamem.2020.183417
20.
Альбрехт К., Кузнецов А.С., Апперт-Коллин А., Дайде З., Каллеварт М., Бершацкий Я.В., Урбан А.С., Бочаров Э.В., Багнар Д., Бауд С., Блейз С., Ромье-Крузе Б. , Ефремов Р.Г., Даучес М., Дюка Л., Гиролт М., Морис П., Беннасроун А.
Transmembrane peptides as a new strategy to inhibit neuraminidase-1 activation
Frontiers in Cell and Developmental Biology, т. 8, с.611121 (год публикации - 2020)
10.3389/fcell.2020.611121
21.
Бочаров Э.В., Лесовой Д.М., Бочарова О.В., Урбан А.С., Бершацкий Ю.В., Волынский П.Е., Ефремов Р.Г., Арсеньев А.С.
The role of protein-lipid interactions in the functioning of bitopic membrane proteins
Biophysical Journal, 118,3,211a (год публикации - 2020)
10.1016/j.bpj.2019.11.1259