КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 16-45-02012
НазваниеПодход к репозиционированию лекарств для социально-значимых и редких заболеваний, основанный на знаниях
Руководитель Поройков Владимир Васильевич
Организация финансирования, регион ИБМХ , г Москва
Конкурс №12 - Конкурс 2016 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (DST)
Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-702 - Медицинская информатика
Ключевые слова информационные технологии, моделирование, биоинформатика, хемоинформатика, компьютерное конструирование лекарств, вычислительная платформа, социально значимые заболевания, орфанные заболевания, репозиционирование лекарств, диабет, рак, заболевания ЦНС, туберкулез, лейшманиоз, шистосомоз
Код ГРНТИ76.03.00
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Несмотря на значительные успехи биомедицины и фармацевтической промышленности, разработка средств для терапии многих широко распространенных и редких социально-значимых заболеваний остается актуальной. Проблемы с созданием новых более эффективных и безопасных лекарств обусловлены, прежде всего, высокой сложностью организации и функционирования биологических систем. Основной проблемой современной биомедицинской науки является необходимость рассмотрения биологических систем во всей их сложности, что привело к возникновению «сетевой биологии» (network biology). Расшифровка геномов человека и патогенных микроорганизмов и последующее развитие геномных и постгеномных технологий порождают генерацию огромного количества разнородных биомедицинских и клинических данных (“big data”). Для хранения, обработки и анализа этих данных необходимо создание и применение специальных методов биоинформатики и реализующих эти методы компьютерных программ, баз данных и баз знаний. Анализ многочисленных и разнородных данных, извлечение из них информации, полезной для идентификации биомаркеров и перспективных фармакологических мишеней, позволит конструировать фармакологические вещества, селективно модулирующие патологические процессы, обеспечивая их нормализацию. В то же время, плейотропность действия существующих фармакологических веществ и необходимость селективной модуляции биологических процессов при различных патологиях обуславливают необходимость интеграции разработанных компьютерных подходов в единую платформу.
Целью настоящего проекта является разработка вычислительной платформы, предназначенной для эффективного анализа и интерпретации обширных биомедицинских и клинических данных, сравнительного анализа извлекаемой из этих данных информации в норме и при патологиях, получения новых знаний c целью выявления биомаркеров и фармакологических мишеней, конструирования потенциальных лекарственных препаратов с требуемыми свойствами, определения оптимальных подходов к терапии с учетом индивидуальных особенностей пациента. В рамках проекта будет осуществлен анализ существующих источников данных и методов их анализа; при необходимости будут усовершенствованы имеющиеся и созданы новые методы; разработан подход и осуществлена их интеграция в единую платформу (рисунок 1 в приложении - см. файл 1 с дополнительной информацией).
Валидация разработанной вычислительной платформы будет осуществлена на примерах как широко распространенных социально-значимых заболеваний имеющих неинфекционную природу (диабет, рак, заболевания ЦНС), так и инфекционных заболеваний (туберкулез, лейшманиоз, шистосомоз), что позволит определить оптимальные сценарии ее использования и, при необходимости, провести соответствующую модернизацию. Специальный акцент будет сделан на репозиционировании известных препаратов (выявлении новых показаний для известных лекарств), что позволяет во многих случаях осуществить ускоренную проверку компьютерных предсказаний непосредственно в клинике и даже непосредственное внедрение таких препаратов в медицинскую практику (“off-label prescription”). Применение разработанных подходов информатики к анализу доступной медицинской информации даст возможность найти оптимальное применение лекарствам, используемым в клинической практике, с учетом выявленных для них новых фармакологических эффектов. С этой целью будут использованы современные методы компьютерного дизайна лекарств, основанные на структуре мишени и на структуре лигандов, включая QSAR, машинное обучение, молекулярный докинг, молекулярную динамику, виртуальный скрининг, анализ скаффолдов, оценку молекулярного сходства/разнообразия и картирования фармакофоров.
Особое внимание будет уделено проблеме поиска препаратов для лечения орфанных заболеваний, не представляющих значительного интереса для фармацевтической промышленности, но имеющих большую общественную значимость. Непосредственное участие в проекте представителей клинической медицины даст возможность для проведения такого рода работ.
Синергетическое объединение взаимно-дополнительных знаний, опыта и умений мультидисциплинарных коллективов из России и Индии в рамках настоящего проекта позволит достичь результатов, которые ни один из коллективов не смог бы достичь, работая по-отдельности.
Реализация проекта приведет к преодолению междисциплинарных барьеров биомедицинских и клинических дисциплин путем создания динамической информационно-вычислительной среды для взаимодействия разнопрофильных специалистов, что приведет к существенному повышению эффективности использования обширных биомедицинских и клинических данных в медицинской практике, и заложит основу для долговременного сотрудничества индийских и российских ученых в области поиска, создания и применения новых более эффективных и безопасных лекарств.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1. Муртазалиева Х., Поройков В., Дружиловский Д. Applicability of web-services predicting bioactivity for drug repurposing projects Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, стр. 491-492. (год публикации - 2017)
2.
Гаур А.С., Нагамани С., Таннееру К., Дружиловский Д., Рудик А., Поройков В., Састри Г.Н.
Molecular Property Diagnostic Suite for Diabetes Mellitus (MPDSDM): An Integrated Web Portal for Drug Discovery and Drug Repurposing
Journal of Biomedical Informatics, J. Biomed. Inform., 2018, 85, 114-125. (год публикации - 2018)
10.1016/j.jbi.2018.08.003
3.
Беженцев В., Иванов С., Кумар С., Гоел Р., Поройков В.
Identification of potential drug targets for treatment of refractory epilepsy using network pharmacology
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, J. Bioinform. Comput. Biol., 2018, 16,1, 1840002. (год публикации - 2018)
10.1142/S0219720018400024
4.
Лагунин А.А., Дубовская В.И., Рудик А.В., Погодин П.В., Дружиловский Д.С,, Глориозова Т.А., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В.
CLC-Pred: a freely available web-service for in silico prediction of human cell line cytotoxicity for drug-like compounds
PLoS One, PLoS One, 2018, 13, 1, e0191838. (год публикации - 2018)
10.1371/journal.pone.0191838
5.
Гоел Р.К., Гаванде Д.У., Лагунин А.А., Поройков В.В.
Pharmacological repositioning of Achyranthes aspera as antidepressant using pharmacoinformatic tools PASS and PharmaExpert: A case study with wet lab validation
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR QSAR Environ. Res., 2018, 29, 1, :69-81. (год публикации - 2018)
10.1080/1062936X.2017.1408683
6.
Сверчинский Д.В., Никотина А.Д., Комарова Е.У., Михайлова Е.Р., Аксенов Н.Д., Лазарев В.В., Миткевич В.А., Суезов Р., Дружиловский Д.С., Поройков В.В., Маргулис Б.А., Гужова И.В.
Etoposide-induced apoptosis in cancer cells can be reinforced by a chemically uncoupled link between Hsp70 and Caspase-3
International Journal of Molecular Sciences, Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 9, 2519. (год публикации - 2018)
10.3390/ijms19092519
7. Поройков В., Дружиловский Д. Drug Repositioning: New Opportunities for Older Drugs In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019. - 750 p.p., In: In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019, p.1-18. (год публикации - 2019)
8. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Састри Г.Н., Поройков В. Way2drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 256th National Meeting and Exposition of the American Chemical Society (ACS) - Nanoscience, Nanotechnology and Beyond, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA., Abstr. 256th ACS National Meeting, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA. MEDI 452. (год публикации - 2018)
9. Погодин П., Лагунин А., Филимонов Д., Рудик А., Поройков В. Computer assessment of interaction between chemical compounds and human kinome Abstracts of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, 2018., Abstr. of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, p.111. (год публикации - 2018)
10. Муртазалиева Х.А., Дубровская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Разработка фармакологических веществ, действующих на клеточную линию тройного негативного рака молочной железы MDA-MB231 Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 164-165. (год публикации - 2018)
11. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Погодин П.В., Савосина П.И., Гаур А.С.., Састри Г.Н., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань: ИОФХ им. А.Е. Арбузова ФИЦ КАзНЦ РАН. - 121 С., Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань 26-28 ноября 2018 года, с. 6. (год публикации - 2018)
12. Лагунин А.А., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Drug-Drug Interactions for FDA Approved Drugs Estimated on the Basis of Known "Mechanism-Effect" Relationships on Drug Repositioning Way2Drug Platform Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.18. (год публикации - 2018)
13. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Гоел Р.К., Поройков В.В. Way2Drug platform – approach to drug repurposing for socially significant diseases Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.17. (год публикации - 2018)
14. Филимонов Д., Лагунин А., Глориозова Т., Дружиловский Д.,Рудик А., Дмитриев А., Погодин П., Поройков В. Three decades of PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances): development and application in drug discovery Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.13. (год публикации - 2018)
15. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Иванов С.М., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств»., Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 73. (год публикации - 2018)
16. Поройков В.В. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г.., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с. 82-83. (год публикации - 2018)
17. Муртазалиева Х.А., Дубовская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Компьютерный поиск и экспериментальная валидация фармакологических веществ, действующих на клеточные линии МDA-MB231 и MCF7 Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с.78. (год публикации - 2018)
18. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Погодин П., Лагунин А., Састри Н., Поройков В. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia., Abstr. of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia, p.28. (год публикации - 2018)
19. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С. М., Тарасова О.А., Беженцев В.М., Муртазалиева Х.А., Семин М.И., Майоров И.С., Gaur A.S., Sastry G.N., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от прогнозирования биологической активности к репозиционированию лекарств Известия Академии наук. Серия химическая, № 10, стр. 1932-1841, (год публикации - 2017)
20. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Лагунин А.А., Муртазалиева Х.А., Састри Н., Поройков В.В. Way2Drug - платформа для биомедицинских исследований и поиска новых лекарств. Acta Naturae, том 2, с.156-157 (год публикации - 2016)
21. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Н.Г., Поройков В.В. Way2Drug platform - ligand-based approach to drug repurposing Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources., Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p. 16. (год публикации - 2017)
22. Дубовская В.И., Лагунин А.А., Погодин П.В., Поройков В.В. Поиск in silico соединений, активных по отношению к опухолевым клеточным линиям человека, на примере рака молочной железы. Успехи молекулярной онкологии, выпуск 4, стр. 75-76 (год публикации - 2016)
23. Погодин П.В., Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. PASS Targets: a new web-service for prediction of interactions between the drug-like compounds and human protein targets. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 290 (год публикации - 2016)
24.
Джанардхан С., Джон Л., Прасанти М., Поройков В.В., Састри Г.Н.
A QSAR and molecular modeling study towards new lead finding: Polypharmacological approach to Mycobacterium tuberculosis
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 815-832. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1398782
25. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А. Computer-aided drug repurposing: new uses for old drugs or filling gaps in biomedical knowledge? Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 246 (год публикации - 2016)
26. Поройков В.В.,Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Иванов С.М., Погодин П.В., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, с 37-38. (год публикации - 2017)
27. Састри Г.Н., Янардан С., Гаур А.С., Поройков В. Computer-aided drug design: development models for specificity, polypharmacology and membrane permeability. Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 199 (год публикации - 2016)
28. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов в рамках веб-платформы Way2Drug Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство» (год публикации - 2017)
29. Муртазалиева Х.А., Поройков В.В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года., Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года, стр. 10-11. (год публикации - 2017)
30. Беженцев В.М., Дружиловский Д.С., Иванов С.М. Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В. Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов. Химико-фармацевтический журнал (год публикации - 2016)
31. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы. Автореферат дис. соиск. уч. ст. канд. биол. наук по специальности 03.01.09 - математическая биология, биоинформатика. Москва, ИБМХ, 2017. - 22 С. (год публикации - 2017)
32. Муртазалиева Х., Поройков В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017., Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017, p.61. (год публикации - 2017)
33. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С.М., Гаур А.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. Computational platform Way2Drug: from prediction of biological activity to drug repurposing Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Russia, Kazan, September 28 - October 03, 2017. p.90. (год публикации - 2017)
34.
Нагамани С., Гаур А.С., Таннееру К. Муексваран Г., Мадугула С.С., Консорциум MPDS, Дружиловский Д., Поройков В.В., Састри Г.Н.
Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR and QSAR in Environmental Research, 2017, 28 (11), 913-926. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1402819
35. Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Cемин М.И., Рудик А.В.,Лагунин А.А., Погодин П.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Web-resourses for prediction of biological activity of organic compounds. Abstracts of the XX Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry, том 4, стр. 408 (год публикации - 2016)
36. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов, на платформе Way2Drug Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»., Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля, 2017. с. 367-368. (год публикации - 2017)
37. Поройков В.,Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics, Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017. p. 15 (год публикации - 2017)
38. Муртазалиева Х., Дружиловский Д., Веселова Д., Поройков В. Applicability of web-services predicting bioactivity profiles for drug repurposing projects Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017., Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017. (год публикации - 2017)
39.
Гаванде Д.У., Дружиловский Д., Гупта Р.С., Поройков В., Гоел Р.К.
Anticonvulsant activity and acute neurotoxic profile of Achyranthes aspera Linn
Journal of Ethnopharmacology, V, 202, No. 18, pp. 97-102. (год публикации - 2017)
10.1016/j.jep.2017.03.018
40. Састри Г.Н., MPDS консорциум, Поройков В.В. Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30,2017, p. 15. (год публикации - 2017)
41.
Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Гоел Р.К., Састри Г.Н., Поройков В.В.
How good are publicly available web services that predict bioactivity profiles for drug repurposing?
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 843-862. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1399448
42. Янардан С., Дубовская В., Лагунин А., Рао Б.В., Састри Г.Н., Поройков В. Recent Advances in the Development of Pharmaceutical Agents for Metabolic Disorders: A Computational Perspective. Current Medicinal Chemistry (год публикации - 2016)
43. Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. How good are publicly available web-resources predicting bioactivity profiles for drug repurposing? Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p.14 (год публикации - 2017)
44. Поройков В., Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Г.Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017, Abstr. of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017. CINF 83 (год публикации - 2017)
45. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук (год публикации - 2016)
46. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А.., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Гаур А.С.,Састри Г.Н. В.В. Поройков. Way2Drug:платформа для компьютерного поиска новых фармакологических веществ и репозиционирования лекарств Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, г. Уфа, 13-17 ноября 2017 годв, с.21. (год публикации - 2017)
47. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Конова В.И., Гойл Р., Поройков В.В. WAY2DRUG - revealing hidden potential in traditional indian medicine Ayurveda. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 295 (год публикации - 2016)
Публикации
1. Муртазалиева Х., Поройков В., Дружиловский Д. Applicability of web-services predicting bioactivity for drug repurposing projects Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, стр. 491-492. (год публикации - 2017)
2.
Гаур А.С., Нагамани С., Таннееру К., Дружиловский Д., Рудик А., Поройков В., Састри Г.Н.
Molecular Property Diagnostic Suite for Diabetes Mellitus (MPDSDM): An Integrated Web Portal for Drug Discovery and Drug Repurposing
Journal of Biomedical Informatics, J. Biomed. Inform., 2018, 85, 114-125. (год публикации - 2018)
10.1016/j.jbi.2018.08.003
3.
Беженцев В., Иванов С., Кумар С., Гоел Р., Поройков В.
Identification of potential drug targets for treatment of refractory epilepsy using network pharmacology
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, J. Bioinform. Comput. Biol., 2018, 16,1, 1840002. (год публикации - 2018)
10.1142/S0219720018400024
4.
Лагунин А.А., Дубовская В.И., Рудик А.В., Погодин П.В., Дружиловский Д.С,, Глориозова Т.А., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В.
CLC-Pred: a freely available web-service for in silico prediction of human cell line cytotoxicity for drug-like compounds
PLoS One, PLoS One, 2018, 13, 1, e0191838. (год публикации - 2018)
10.1371/journal.pone.0191838
5.
Гоел Р.К., Гаванде Д.У., Лагунин А.А., Поройков В.В.
Pharmacological repositioning of Achyranthes aspera as antidepressant using pharmacoinformatic tools PASS and PharmaExpert: A case study with wet lab validation
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR QSAR Environ. Res., 2018, 29, 1, :69-81. (год публикации - 2018)
10.1080/1062936X.2017.1408683
6.
Сверчинский Д.В., Никотина А.Д., Комарова Е.У., Михайлова Е.Р., Аксенов Н.Д., Лазарев В.В., Миткевич В.А., Суезов Р., Дружиловский Д.С., Поройков В.В., Маргулис Б.А., Гужова И.В.
Etoposide-induced apoptosis in cancer cells can be reinforced by a chemically uncoupled link between Hsp70 and Caspase-3
International Journal of Molecular Sciences, Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 9, 2519. (год публикации - 2018)
10.3390/ijms19092519
7. Поройков В., Дружиловский Д. Drug Repositioning: New Opportunities for Older Drugs In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019. - 750 p.p., In: In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019, p.1-18. (год публикации - 2019)
8. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Састри Г.Н., Поройков В. Way2drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 256th National Meeting and Exposition of the American Chemical Society (ACS) - Nanoscience, Nanotechnology and Beyond, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA., Abstr. 256th ACS National Meeting, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA. MEDI 452. (год публикации - 2018)
9. Погодин П., Лагунин А., Филимонов Д., Рудик А., Поройков В. Computer assessment of interaction between chemical compounds and human kinome Abstracts of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, 2018., Abstr. of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, p.111. (год публикации - 2018)
10. Муртазалиева Х.А., Дубровская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Разработка фармакологических веществ, действующих на клеточную линию тройного негативного рака молочной железы MDA-MB231 Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 164-165. (год публикации - 2018)
11. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Погодин П.В., Савосина П.И., Гаур А.С.., Састри Г.Н., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань: ИОФХ им. А.Е. Арбузова ФИЦ КАзНЦ РАН. - 121 С., Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань 26-28 ноября 2018 года, с. 6. (год публикации - 2018)
12. Лагунин А.А., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Drug-Drug Interactions for FDA Approved Drugs Estimated on the Basis of Known "Mechanism-Effect" Relationships on Drug Repositioning Way2Drug Platform Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.18. (год публикации - 2018)
13. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Гоел Р.К., Поройков В.В. Way2Drug platform – approach to drug repurposing for socially significant diseases Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.17. (год публикации - 2018)
14. Филимонов Д., Лагунин А., Глориозова Т., Дружиловский Д.,Рудик А., Дмитриев А., Погодин П., Поройков В. Three decades of PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances): development and application in drug discovery Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.13. (год публикации - 2018)
15. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Иванов С.М., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств»., Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 73. (год публикации - 2018)
16. Поройков В.В. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г.., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с. 82-83. (год публикации - 2018)
17. Муртазалиева Х.А., Дубовская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Компьютерный поиск и экспериментальная валидация фармакологических веществ, действующих на клеточные линии МDA-MB231 и MCF7 Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с.78. (год публикации - 2018)
18. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Погодин П., Лагунин А., Састри Н., Поройков В. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia., Abstr. of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia, p.28. (год публикации - 2018)
19. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С. М., Тарасова О.А., Беженцев В.М., Муртазалиева Х.А., Семин М.И., Майоров И.С., Gaur A.S., Sastry G.N., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от прогнозирования биологической активности к репозиционированию лекарств Известия Академии наук. Серия химическая, № 10, стр. 1932-1841, (год публикации - 2017)
20. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Лагунин А.А., Муртазалиева Х.А., Састри Н., Поройков В.В. Way2Drug - платформа для биомедицинских исследований и поиска новых лекарств. Acta Naturae, том 2, с.156-157 (год публикации - 2016)
21. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Н.Г., Поройков В.В. Way2Drug platform - ligand-based approach to drug repurposing Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources., Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p. 16. (год публикации - 2017)
22. Дубовская В.И., Лагунин А.А., Погодин П.В., Поройков В.В. Поиск in silico соединений, активных по отношению к опухолевым клеточным линиям человека, на примере рака молочной железы. Успехи молекулярной онкологии, выпуск 4, стр. 75-76 (год публикации - 2016)
23. Погодин П.В., Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. PASS Targets: a new web-service for prediction of interactions between the drug-like compounds and human protein targets. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 290 (год публикации - 2016)
24.
Джанардхан С., Джон Л., Прасанти М., Поройков В.В., Састри Г.Н.
A QSAR and molecular modeling study towards new lead finding: Polypharmacological approach to Mycobacterium tuberculosis
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 815-832. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1398782
25. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А. Computer-aided drug repurposing: new uses for old drugs or filling gaps in biomedical knowledge? Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 246 (год публикации - 2016)
26. Поройков В.В.,Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Иванов С.М., Погодин П.В., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, с 37-38. (год публикации - 2017)
27. Састри Г.Н., Янардан С., Гаур А.С., Поройков В. Computer-aided drug design: development models for specificity, polypharmacology and membrane permeability. Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 199 (год публикации - 2016)
28. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов в рамках веб-платформы Way2Drug Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство» (год публикации - 2017)
29. Муртазалиева Х.А., Поройков В.В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года., Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года, стр. 10-11. (год публикации - 2017)
30. Беженцев В.М., Дружиловский Д.С., Иванов С.М. Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В. Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов. Химико-фармацевтический журнал (год публикации - 2016)
31. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы. Автореферат дис. соиск. уч. ст. канд. биол. наук по специальности 03.01.09 - математическая биология, биоинформатика. Москва, ИБМХ, 2017. - 22 С. (год публикации - 2017)
32. Муртазалиева Х., Поройков В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017., Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017, p.61. (год публикации - 2017)
33. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С.М., Гаур А.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. Computational platform Way2Drug: from prediction of biological activity to drug repurposing Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Russia, Kazan, September 28 - October 03, 2017. p.90. (год публикации - 2017)
34.
Нагамани С., Гаур А.С., Таннееру К. Муексваран Г., Мадугула С.С., Консорциум MPDS, Дружиловский Д., Поройков В.В., Састри Г.Н.
Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR and QSAR in Environmental Research, 2017, 28 (11), 913-926. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1402819
35. Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Cемин М.И., Рудик А.В.,Лагунин А.А., Погодин П.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Web-resourses for prediction of biological activity of organic compounds. Abstracts of the XX Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry, том 4, стр. 408 (год публикации - 2016)
36. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов, на платформе Way2Drug Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»., Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля, 2017. с. 367-368. (год публикации - 2017)
37. Поройков В.,Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics, Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017. p. 15 (год публикации - 2017)
38. Муртазалиева Х., Дружиловский Д., Веселова Д., Поройков В. Applicability of web-services predicting bioactivity profiles for drug repurposing projects Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017., Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017. (год публикации - 2017)
39.
Гаванде Д.У., Дружиловский Д., Гупта Р.С., Поройков В., Гоел Р.К.
Anticonvulsant activity and acute neurotoxic profile of Achyranthes aspera Linn
Journal of Ethnopharmacology, V, 202, No. 18, pp. 97-102. (год публикации - 2017)
10.1016/j.jep.2017.03.018
40. Састри Г.Н., MPDS консорциум, Поройков В.В. Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30,2017, p. 15. (год публикации - 2017)
41.
Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Гоел Р.К., Састри Г.Н., Поройков В.В.
How good are publicly available web services that predict bioactivity profiles for drug repurposing?
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 843-862. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1399448
42. Янардан С., Дубовская В., Лагунин А., Рао Б.В., Састри Г.Н., Поройков В. Recent Advances in the Development of Pharmaceutical Agents for Metabolic Disorders: A Computational Perspective. Current Medicinal Chemistry (год публикации - 2016)
43. Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. How good are publicly available web-resources predicting bioactivity profiles for drug repurposing? Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p.14 (год публикации - 2017)
44. Поройков В., Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Г.Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017, Abstr. of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017. CINF 83 (год публикации - 2017)
45. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук (год публикации - 2016)
46. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А.., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Гаур А.С.,Састри Г.Н. В.В. Поройков. Way2Drug:платформа для компьютерного поиска новых фармакологических веществ и репозиционирования лекарств Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, г. Уфа, 13-17 ноября 2017 годв, с.21. (год публикации - 2017)
47. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Конова В.И., Гойл Р., Поройков В.В. WAY2DRUG - revealing hidden potential in traditional indian medicine Ayurveda. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 295 (год публикации - 2016)
Публикации
1. Муртазалиева Х., Поройков В., Дружиловский Д. Applicability of web-services predicting bioactivity for drug repurposing projects Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, Тезисы докладов IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, стр. 491-492. (год публикации - 2017)
2.
Гаур А.С., Нагамани С., Таннееру К., Дружиловский Д., Рудик А., Поройков В., Састри Г.Н.
Molecular Property Diagnostic Suite for Diabetes Mellitus (MPDSDM): An Integrated Web Portal for Drug Discovery and Drug Repurposing
Journal of Biomedical Informatics, J. Biomed. Inform., 2018, 85, 114-125. (год публикации - 2018)
10.1016/j.jbi.2018.08.003
3.
Беженцев В., Иванов С., Кумар С., Гоел Р., Поройков В.
Identification of potential drug targets for treatment of refractory epilepsy using network pharmacology
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, J. Bioinform. Comput. Biol., 2018, 16,1, 1840002. (год публикации - 2018)
10.1142/S0219720018400024
4.
Лагунин А.А., Дубовская В.И., Рудик А.В., Погодин П.В., Дружиловский Д.С,, Глориозова Т.А., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В.
CLC-Pred: a freely available web-service for in silico prediction of human cell line cytotoxicity for drug-like compounds
PLoS One, PLoS One, 2018, 13, 1, e0191838. (год публикации - 2018)
10.1371/journal.pone.0191838
5.
Гоел Р.К., Гаванде Д.У., Лагунин А.А., Поройков В.В.
Pharmacological repositioning of Achyranthes aspera as antidepressant using pharmacoinformatic tools PASS and PharmaExpert: A case study with wet lab validation
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR QSAR Environ. Res., 2018, 29, 1, :69-81. (год публикации - 2018)
10.1080/1062936X.2017.1408683
6.
Сверчинский Д.В., Никотина А.Д., Комарова Е.У., Михайлова Е.Р., Аксенов Н.Д., Лазарев В.В., Миткевич В.А., Суезов Р., Дружиловский Д.С., Поройков В.В., Маргулис Б.А., Гужова И.В.
Etoposide-induced apoptosis in cancer cells can be reinforced by a chemically uncoupled link between Hsp70 and Caspase-3
International Journal of Molecular Sciences, Int. J. Mol. Sci., 2018, 19, 9, 2519. (год публикации - 2018)
10.3390/ijms19092519
7. Поройков В., Дружиловский Д. Drug Repositioning: New Opportunities for Older Drugs In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019. - 750 p.p., In: In Silico Drug Design, 1st Edition. Repurposing Techniques and Methodologies. Chapter 1. Editors: Kunal Roy. Elsevier, Academic Press, 2019, p.1-18. (год публикации - 2019)
8. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Састри Г.Н., Поройков В. Way2drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 256th National Meeting and Exposition of the American Chemical Society (ACS) - Nanoscience, Nanotechnology and Beyond, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA., Abstr. 256th ACS National Meeting, August 19-23, 2018, Boston, Massachusetts, USA. MEDI 452. (год публикации - 2018)
9. Погодин П., Лагунин А., Филимонов Д., Рудик А., Поройков В. Computer assessment of interaction between chemical compounds and human kinome Abstracts of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, 2018., Abstr. of the 11th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), Novosibirsk, Russia, August-21-22, p.111. (год публикации - 2018)
10. Муртазалиева Х.А., Дубровская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Разработка фармакологических веществ, действующих на клеточную линию тройного негативного рака молочной железы MDA-MB231 Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 164-165. (год публикации - 2018)
11. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Погодин П.В., Савосина П.И., Гаур А.С.., Састри Г.Н., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань: ИОФХ им. А.Е. Арбузова ФИЦ КАзНЦ РАН. - 121 С., Тезисы докладов Научной конференции грантодержателей РНФ «Современные тенденции в химии, биологии, медицине «От молекулы к лекарству», Казань 26-28 ноября 2018 года, с. 6. (год публикации - 2018)
12. Лагунин А.А., Рудик А.В., Дружиловский Д.С., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Drug-Drug Interactions for FDA Approved Drugs Estimated on the Basis of Known "Mechanism-Effect" Relationships on Drug Repositioning Way2Drug Platform Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.18. (год публикации - 2018)
13. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Гоел Р.К., Поройков В.В. Way2Drug platform – approach to drug repurposing for socially significant diseases Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.17. (год публикации - 2018)
14. Филимонов Д., Лагунин А., Глориозова Т., Дружиловский Д.,Рудик А., Дмитриев А., Погодин П., Поройков В. Three decades of PASS (Prediction of Activity Spectra for Substances): development and application in drug discovery Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018., Abstracts of the International Conference & Workshop on Informatics Tools in Drug Discovery and Delivery (IT-DDD 2018), Patiala, Punjab, India, November 1-4, 2018, p.13. (год публикации - 2018)
15. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Иванов С.М., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от оценки биологической активности фармакологических веществ к репозиционированию лекарств Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств»., Экспериментальная и клиническая фармакология. Приложение 2018. Материалы V съезда фармакологов России «Научные основы поиска и создания новых лекарств», Ярославль, 14-18 мая 2018 г., с. 73. (год публикации - 2018)
16. Поройков В.В. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г.., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с. 82-83. (год публикации - 2018)
17. Муртазалиева Х.А., Дубовская В.И., Иванова Е.С., Вахрушев И.В., Поройков В.В. Компьютерный поиск и экспериментальная валидация фармакологических веществ, действующих на клеточные линии МDA-MB231 и MCF7 Тезисы докладов XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., Тез. докл. XXV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Москва, 9-12 апреля 2018 г., с.78. (год публикации - 2018)
18. Дружиловский Д., Рудик А., Филимонов Д., Погодин П., Лагунин А., Састри Н., Поройков В. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia., Abstr. of the Third International School-Seminar «From Empirical to Predictive Chemistry», April 5-7, 2018, Kazan, Russia, p.28. (год публикации - 2018)
19. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С. М., Тарасова О.А., Беженцев В.М., Муртазалиева Х.А., Семин М.И., Майоров И.С., Gaur A.S., Sastry G.N., Поройков В.В. Компьютерная платформа Way2Drug: от прогнозирования биологической активности к репозиционированию лекарств Известия Академии наук. Серия химическая, № 10, стр. 1932-1841, (год публикации - 2017)
20. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Лагунин А.А., Муртазалиева Х.А., Састри Н., Поройков В.В. Way2Drug - платформа для биомедицинских исследований и поиска новых лекарств. Acta Naturae, том 2, с.156-157 (год публикации - 2016)
21. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Састри Н.Г., Поройков В.В. Way2Drug platform - ligand-based approach to drug repurposing Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources., Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p. 16. (год публикации - 2017)
22. Дубовская В.И., Лагунин А.А., Погодин П.В., Поройков В.В. Поиск in silico соединений, активных по отношению к опухолевым клеточным линиям человека, на примере рака молочной железы. Успехи молекулярной онкологии, выпуск 4, стр. 75-76 (год публикации - 2016)
23. Погодин П.В., Лагунин А.А., Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. PASS Targets: a new web-service for prediction of interactions between the drug-like compounds and human protein targets. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 290 (год публикации - 2016)
24.
Джанардхан С., Джон Л., Прасанти М., Поройков В.В., Састри Г.Н.
A QSAR and molecular modeling study towards new lead finding: Polypharmacological approach to Mycobacterium tuberculosis
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 815-832. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1398782
25. Поройков В.В., Филимонов Д.А., Лагунин А.А., Глориозова Т.А. Computer-aided drug repurposing: new uses for old drugs or filling gaps in biomedical knowledge? Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 246 (год публикации - 2016)
26. Поройков В.В.,Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Иванов С.М., Погодин П.В., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А. Компьютерные подходы к репозиционированию лекарств Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля 2017 года, с 37-38. (год публикации - 2017)
27. Састри Г.Н., Янардан С., Гаур А.С., Поройков В. Computer-aided drug design: development models for specificity, polypharmacology and membrane permeability. Abstracts of 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016), стр. 199 (год публикации - 2016)
28. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов в рамках веб-платформы Way2Drug Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство», Тез. докл. XXIV Российского национального конгресса «Человек и лекарство» (год публикации - 2017)
29. Муртазалиева Х.А., Поройков В.В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года., Летняя школа по биоинформатике, Институт биоинформатики, Москва, 31 июля - 5 августа 2017 года, стр. 10-11. (год публикации - 2017)
30. Беженцев В.М., Дружиловский Д.С., Иванов С.М. Филимонов Д.А., Састри Г.Н., Поройков В.В. Веб-ресурсы для поиска и разработки новых лекарственных препаратов. Химико-фармацевтический журнал (год публикации - 2016)
31. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы. Автореферат дис. соиск. уч. ст. канд. биол. наук по специальности 03.01.09 - математическая биология, биоинформатика. Москва, ИБМХ, 2017. - 22 С. (год публикации - 2017)
32. Муртазалиева Х., Поройков В. Computer-aided prediction of multitarget profiles: case studies for clozapine and dasatinib Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017., Abstracts of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017, p.61. (год публикации - 2017)
33. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А., Дмитриев А.В., Погодин П.В., Дубовская В.И., Иванов С.М., Гаур А.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. Computational platform Way2Drug: from prediction of biological activity to drug repurposing Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Abstr. of the 3rd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Russia, Kazan, September 28 - October 03, 2017. p.90. (год публикации - 2017)
34.
Нагамани С., Гаур А.С., Таннееру К. Муексваран Г., Мадугула С.С., Консорциум MPDS, Дружиловский Д., Поройков В.В., Састри Г.Н.
Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery
SAR and QSAR in Environmental Research, SAR and QSAR in Environmental Research, 2017, 28 (11), 913-926. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1402819
35. Дружиловский Д.С., Муртазалиева Х.А., Cемин М.И., Рудик А.В.,Лагунин А.А., Погодин П.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Web-resourses for prediction of biological activity of organic compounds. Abstracts of the XX Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry, том 4, стр. 408 (год публикации - 2016)
36. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Поройков В.В. Подход к репозиционированию лекарств, основанный на структуре лигандов, на платформе Way2Drug Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития»., Тез. докл. IX Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва, 20-22 февраля, 2017. с. 367-368. (год публикации - 2017)
37. Поройков В.,Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics, Abstr. of the 3rd Kasan Summer School on Chemoinformatics. Kasan, Russia, July 5-7, 2017. p. 15 (год публикации - 2017)
38. Муртазалиева Х., Дружиловский Д., Веселова Д., Поройков В. Applicability of web-services predicting bioactivity profiles for drug repurposing projects Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017., Skoltech & MIT Conference "Shaping the Future: Big Data, Biomedicine and Frontier Technologies", Skolkovo Innovation Center, Moscow, April 25-26, 2017. (год публикации - 2017)
39.
Гаванде Д.У., Дружиловский Д., Гупта Р.С., Поройков В., Гоел Р.К.
Anticonvulsant activity and acute neurotoxic profile of Achyranthes aspera Linn
Journal of Ethnopharmacology, V, 202, No. 18, pp. 97-102. (год публикации - 2017)
10.1016/j.jep.2017.03.018
40. Састри Г.Н., MPDS консорциум, Поройков В.В. Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30,2017, p. 15. (год публикации - 2017)
41.
Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Гоел Р.К., Састри Г.Н., Поройков В.В.
How good are publicly available web services that predict bioactivity profiles for drug repurposing?
SAR and QSAR in Environmental Research, V. 28, No. 10, p.p. 843-862. (год публикации - 2017)
10.1080/1062936X.2017.1399448
42. Янардан С., Дубовская В., Лагунин А., Рао Б.В., Састри Г.Н., Поройков В. Recent Advances in the Development of Pharmaceutical Agents for Metabolic Disorders: A Computational Perspective. Current Medicinal Chemistry (год публикации - 2016)
43. Муртазалиева Х.А., Дружиловский Д.С., Састри Г.Н., Поройков В.В. How good are publicly available web-resources predicting bioactivity profiles for drug repurposing? Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources, Abstr. 9th Internat. Symp. on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Bogmallo Beach Resort,(CMTPI-2017), Goa, India, October 27-30, 2017. p.14 (год публикации - 2017)
44. Поройков В., Дружиловский Д., Рудик А., Погодин П., Филимонов Д., Лагунин А., Састри Г.Н. Way2Drug cheminformatics platform for drug repurposing Abstracts of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017, Abstr. of the 254th American Chemical Society National Meeting, Washington, DC, August 20-24, 2017. CINF 83 (год публикации - 2017)
45. Дубовская В.И. Компьютерный поиск веществ, обладающих цитотоксичностью по отношению к клеточным линиям рака молочной железы Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук (год публикации - 2016)
46. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Филимонов Д.А., Погодин П.А., Глориозова Т.А., Лагунин А.А.., Дмитриев А.В., Иванов С.М., Гаур А.С.,Састри Г.Н. В.В. Поройков. Way2Drug:платформа для компьютерного поиска новых фармакологических веществ и репозиционирования лекарств Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, Тезисы Всероссийской конференции по квантовой и математической химии, г. Уфа, 13-17 ноября 2017 годв, с.21. (год публикации - 2017)
47. Дружиловский Д.С., Рудик А.В., Лагунин А.А., Филимонов Д.А., Погодин П.В., Конова В.И., Гойл Р., Поройков В.В. WAY2DRUG - revealing hidden potential in traditional indian medicine Ayurveda. Abstracts of 21th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships, стр. 295 (год публикации - 2016)